genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23773096--23773132	19	1.9	19	94	0	65	40	21	13	24	1.89
23779772--23779833	30	2.1	30	96	0	115	45	19	24	11	1.83
23789947--23790276	173	1.9	172	88	0	498	26	11	25	36	1.90
23792469--23792657	55	3.5	53	85	5	245	21	24	19	34	1.96
23802653--23802879	48	4.8	48	74	12	211	25	19	25	29	1.98
23806452--23806664	47	4.6	46	75	13	163	25	30	19	25	1.98
23806399--23806716	94	3.4	93	78	6	313	23	30	19	26	1.98
23813107--23813335	48	4.9	48	76	9	238	25	19	25	29	1.99
23824672--23824714	10	4.1	10	85	11	59	62	0	0	37	0.95
23824675--23824712	12	3.5	11	89	10	60	65	0	0	34	0.93
23824677--23824720	22	2.0	22	90	0	70	59	2	0	38	1.10
23824672--23824719	10	4.6	10	85	10	51	60	2	0	37	1.09
23828209--23828252	22	2.0	22	81	0	52	47	0	4	47	1.22
23833264--23833415	40	3.8	41	87	3	202	24	30	22	22	1.99
23836333--23836400	34	2.0	34	100	0	136	32	23	20	23	1.98
23842445--23842564	40	3.0	40	73	10	109	33	26	15	24	1.95
23848204--23848235	17	1.9	17	93	6	57	62	0	25	12	1.30
23852333--23852399	33	2.0	33	97	0	125	61	14	4	19	1.50
23852600--23853074	147	3.2	143	82	7	555	45	4	8	41	1.57
23853485--23853547	31	1.9	34	81	15	80	26	15	3	53	1.57
23861946--23862039	25	3.8	25	71	20	81	23	22	20	34	1.97
23861933--23862045	49	2.3	50	81	7	133	25	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23864539--23864572	17	1.9	18	94	5	61	55	0	11	32	1.36
23865298--23865357	10	6.0	10	80	7	59	66	3	5	25	1.27
23869280--23869313	16	2.2	16	89	5	52	82	0	2	14	0.79
23881525--23881604	25	3.2	24	68	19	65	22	20	20	37	1.94
23884368--23884835	154	3.0	147	80	11	478	42	4	10	42	1.61
23884806--23884863	19	3.0	20	76	11	59	46	3	12	37	1.58
23886396--23886422	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
23890292--23890349	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
23895659--23895738	24	3.3	23	67	23	58	35	17	1	46	1.56
23907511--23907931	44	9.6	44	70	12	235	29	20	21	27	1.98
23907498--23907983	175	2.8	175	95	0	866	30	19	21	27	1.98
23907510--23907981	44	10.8	43	67	14	198	30	19	21	27	1.98
23909551--23909630	24	3.3	23	67	23	58	35	17	1	46	1.56
23913733--23913788	29	2.0	28	82	3	67	39	7	14	39	1.73
23914075--23914103	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
23914259--23914291	10	3.3	10	91	8	50	81	6	0	12	0.85
23915942--23916002	13	4.8	13	74	9	63	34	18	8	39	1.80
23917242--23917269	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
23921903--23921970	35	1.9	35	100	0	136	27	26	16	29	1.97
23942133--23942167	15	2.4	15	90	4	54	34	0	0	65	0.93
23942127--23942167	20	2.1	19	86	4	55	31	0	0	68	0.90
23943556--23943601	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23948851--23948909	10	5.9	10	80	7	66	64	1	10	23	1.34
23948851--23948908	30	1.9	30	82	6	73	63	1	10	24	1.35
23952346--23952371	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
23955189--23955278	47	2.0	45	88	2	126	27	21	30	21	1.98
23957322--23957890	283	2.0	284	95	0	1023	36	11	26	25	1.91
23963824--23964002	47	3.8	49	78	12	187	27	20	29	22	1.98
23965141--23965180	21	2.0	21	85	5	55	12	32	27	27	1.93
23977345--23977608	40	6.7	40	89	5	369	25	21	27	25	1.99
23977397--23977641	120	2.1	118	87	4	350	25	20	27	26	1.99
23978954--23979007	21	2.6	21	75	0	54	42	16	24	16	1.88
23978954--23979060	42	2.5	42	84	0	133	42	15	22	18	1.88
23979043--23979089	20	2.3	21	82	14	62	40	12	19	27	1.88
23986270--23986330	23	2.8	21	79	20	79	75	8	3	13	1.15
23986801--23986825	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
23990036--23990228	91	2.1	91	81	2	226	45	11	10	32	1.75
23990543--23990574	15	2.1	15	94	0	55	28	9	37	25	1.87
23991391--23991478	21	4.6	20	66	23	55	55	0	0	44	0.99
23991391--23991474	37	2.2	37	85	8	116	55	0	0	44	0.99
23991449--23991473	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23991694--23991820	66	1.9	66	90	0	200	33	11	10	44	1.75
24009758--24009799	16	2.5	17	84	11	59	38	0	0	61	0.96
24009757--24009807	23	2.2	24	85	3	68	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24010186--24010245	31	1.9	31	86	0	84	18	16	11	53	1.72
24012421--24012505	42	2.0	42	100	0	170	34	18	2	44	1.63
24014917--24014973	26	2.2	26	87	0	78	56	14	7	22	1.62
24015989--24016033	21	2.1	22	87	4	65	60	4	4	31	1.37
24028242--24028361	9	12.8	9	69	18	50	60	0	6	32	1.29
24028320--24028361	18	2.2	20	87	8	61	61	0	2	35	1.09
24030859--24030905	23	2.0	23	100	0	94	29	17	17	36	1.92
24031670--24031708	11	3.5	11	93	6	62	25	35	0	38	1.56
24032888--24032919	7	4.6	7	92	0	55	28	0	9	62	1.26
24033822--24033879	21	2.8	21	79	10	57	32	46	13	6	1.70
24033986--24034501	132	3.9	132	95	1	901	34	4	4	56	1.40
24033986--24034501	265	2.0	264	94	1	910	34	4	4	56	1.40
24034455--24034539	39	2.2	38	81	6	100	41	4	7	47	1.52
24034527--24034557	9	3.4	9	90	0	53	38	3	0	58	1.15
24036663--24036701	19	2.0	20	85	14	55	53	5	2	38	1.37
24037319--24037358	22	1.9	21	85	10	55	25	20	7	47	1.75
24038245--24038772	265	2.0	265	92	0	887	38	14	12	33	1.85
24039463--24039500	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
24039731--24039781	21	2.4	21	76	0	57	29	47	15	7	1.74
24039887--24040398	132	3.9	131	92	1	839	34	3	5	55	1.41
24039888--24040398	263	1.9	262	92	1	846	35	3	5	55	1.41
24040352--24040436	39	2.2	38	81	6	100	41	5	5	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24040424--24040454	9	3.4	9	100	0	62	38	0	0	61	0.96
24044361--24044415	20	2.8	20	80	0	56	70	3	3	21	1.18
24044389--24044454	21	3.1	21	75	12	71	65	1	3	30	1.17
24044389--24044454	22	3.0	22	82	4	89	65	1	3	30	1.17
24044546--24044572	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24044892--24045057	29	5.6	30	74	16	132	33	3	0	62	1.15
24044892--24045034	61	2.5	59	84	8	170	33	2	0	63	1.11
24044917--24045043	10	12.8	10	71	12	84	33	1	0	64	1.03
24045859--24045903	23	2.0	23	91	4	74	46	17	4	31	1.68
24045856--24045919	22	3.0	21	82	12	78	43	18	4	32	1.71
24047991--24048015	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
24049541--24049585	23	2.0	23	86	4	65	48	17	2	31	1.59
24049538--24049594	22	2.6	21	83	8	69	45	19	1	33	1.61
24050637--24050678	16	2.7	16	81	3	50	59	2	35	2	1.23
24051448--24051486	9	4.1	9	81	12	51	28	0	0	71	0.86
24054509--24054724	93	2.3	93	99	0	423	30	7	25	37	1.83
24055326--24055367	18	2.3	19	80	12	52	26	35	33	4	1.77
24055925--24055953	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
24055896--24056063	62	2.7	62	94	0	291	48	8	7	35	1.62
24060142--24060289	72	2.1	71	89	6	228	19	6	23	50	1.70
24060762--24060806	13	3.4	13	81	3	54	17	8	11	62	1.53
24064035--24064120	9	9.0	10	74	15	60	58	3	0	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24063993--24064104	9	12.1	9	71	12	75	58	4	1	35	1.29
24064032--24064122	28	3.3	26	76	11	74	59	3	0	37	1.14
24064032--24064099	19	3.6	19	78	18	63	63	2	0	33	1.10
24064077--24064186	29	3.8	29	70	17	86	57	4	3	34	1.37
24072494--24072535	21	2.0	20	82	13	50	38	23	16	21	1.93
24076103--24076317	46	4.6	45	72	12	134	28	19	28	23	1.98
24079437--24079495	21	2.9	20	83	11	59	35	0	5	59	1.20
24079437--24079483	21	2.2	21	92	3	76	34	0	6	59	1.23
24079480--24079530	9	5.7	9	77	13	52	29	0	1	68	1.00
24079577--24079618	17	2.4	18	88	7	61	28	0	2	69	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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