genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  85  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28268106--28268212	45	2.4	45	84	6	128	37	15	21	25	1.93
28268181--28268383	45	4.5	46	76	14	138	42	16	21	20	1.89
28268266--28268392	45	2.8	45	90	2	193	42	17	21	18	1.89
28278406--28278510	47	2.2	47	93	0	174	27	30	6	35	1.83
28283710--28283734	10	2.5	10	100	0	50	40	0	28	32	1.57
28285875--28286051	27	6.6	27	86	0	219	27	15	19	37	1.92
28285875--28286082	81	2.6	81	80	1	184	27	15	19	36	1.93
28288193--28288252	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
28292556--28292590	16	2.2	16	100	0	70	25	5	25	42	1.77
28293241--28293375	40	3.4	40	92	0	225	20	20	31	28	1.97
28293242--28293392	80	1.9	80	85	0	212	22	21	29	27	1.99
28300022--28300877	63	13.6	63	100	0	1712	30	20	22	26	1.98
28302141--28302235	40	2.4	40	92	0	154	20	20	28	31	1.97
28307082--28307133	27	2.0	26	84	3	68	28	23	17	30	1.97
28307823--28307882	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
28309258--28309297	20	2.0	21	85	5	55	20	7	5	67	1.34
28315455--28315593	71	2.0	71	98	0	269	23	25	15	35	1.94
28317794--28317855	30	2.1	30	84	0	79	32	24	6	37	1.81
28318808--28318846	13	3.1	13	85	3	53	69	20	5	5	1.28
28318881--28318905	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
28322736--28322760	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
28338181--28338298	44	2.8	42	75	15	109	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359535--28359574	13	3.1	13	85	0	62	35	25	7	32	1.84
28360746--28360816	13	5.5	13	81	6	81	38	28	8	25	1.85
28362608--28362933	81	4.0	81	88	1	485	36	20	18	24	1.95
28362611--28362915	27	11.3	27	86	1	423	35	20	19	24	1.95
28363303--28363366	28	2.3	28	84	7	78	23	23	26	26	2.00
28363329--28363391	33	1.9	33	96	0	117	26	22	26	23	2.00
28373367--28373612	49	4.9	50	82	2	307	25	18	27	28	1.98
28373472--28373555	28	3.2	28	64	25	74	23	17	29	28	1.97
28379628--28379934	27	11.4	27	86	0	409	34	18	20	26	1.96
28380114--28380170	27	2.1	27	83	6	71	22	24	19	33	1.97
28385715--28385851	43	3.2	43	84	3	186	29	28	17	24	1.97
28391510--28391638	41	3.1	41	80	3	127	27	19	10	43	1.83
28391774--28391838	14	4.4	14	81	14	53	27	3	3	66	1.22
28391776--28391831	23	2.4	23	90	0	85	25	1	3	69	1.14
28391776--28391838	8	8.4	7	92	5	72	25	3	3	68	1.19
28392420--28392500	14	5.8	14	77	11	76	54	30	0	14	1.41
28392869--28392992	40	3.1	39	82	6	142	29	21	16	32	1.96
28394813--28394978	43	3.9	43	74	7	158	24	15	26	33	1.95
28399883--28399940	25	2.3	25	90	0	98	22	32	29	15	1.95
28403046--28403122	5	15.8	5	71	24	58	41	0	2	55	1.13
28403062--28403116	8	6.2	8	82	15	56	41	0	1	56	1.10
28403046--28403108	28	2.3	29	86	8	87	39	0	3	57	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28403231--28403260	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
28403321--28403368	16	3.1	15	76	8	51	70	0	27	2	0.98
28406478--28406521	18	2.4	18	96	0	79	34	20	18	27	1.96
28409015--28409064	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
28409732--28409915	96	1.9	97	86	3	264	30	25	14	29	1.94
28411012--28411056	21	2.1	21	95	0	81	71	0	2	26	0.98
28411060--28411084	12	2.1	12	100	0	50	68	8	16	8	1.38
28418920--28418962	10	4.3	10	80	11	52	69	2	4	23	1.18
28420855--28421004	49	3.1	49	86	1	187	27	31	9	32	1.88
28428373--28428573	55	3.7	54	81	4	199	21	25	17	35	1.95
28428373--28428580	53	3.9	54	81	6	224	21	25	16	36	1.94
28428561--28428680	47	2.6	47	91	0	195	25	23	12	38	1.90
28433237--28433317	24	3.4	24	70	3	65	43	18	20	17	1.88
28433232--28433331	47	2.1	47	83	3	130	39	18	22	21	1.93
28433254--28433329	24	3.2	24	62	7	57	40	17	19	22	1.91
28442177--28442445	141	1.9	141	90	3	434	31	22	10	35	1.88
28442457--28442568	43	2.7	43	81	4	131	28	26	17	26	1.98
28442496--28442627	45	3.0	44	78	11	123	33	25	16	25	1.96
28444335--28444566	48	4.8	48	97	0	437	21	29	23	24	1.99
28455019--28455088	34	2.1	34	100	0	140	47	20	5	27	1.72
28460658--28460890	48	4.9	48	80	2	252	24	29	18	27	1.98
28460655--28460890	96	2.5	96	86	1	303	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28465660--28465759	49	2.0	49	84	3	130	27	13	20	40	1.89
28466762--28466787	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
28478074--28478215	71	2.0	71	97	0	266	33	7	17	41	1.77
28485008--28485232	79	2.8	80	81	11	264	26	22	26	24	2.00
28485008--28485232	40	5.7	40	87	5	271	26	22	26	24	2.00
28485008--28485232	119	1.9	120	82	9	291	26	22	26	24	2.00
28485015--28485265	79	3.2	78	79	12	244	27	21	26	24	1.99
28500803--28500932	48	2.7	48	90	2	190	32	25	20	22	1.98
28504072--28504159	24	3.7	24	89	0	131	20	40	4	34	1.73
28510656--28510708	26	2.0	26	82	7	63	22	16	18	41	1.90
28511963--28512063	24	4.2	23	79	10	105	20	35	4	38	1.75
28523772--28523894	52	2.4	51	94	2	212	26	21	24	27	1.99
28523772--28523894	26	4.8	26	89	1	178	26	21	24	27	1.99
28531940--28532115	46	3.8	44	78	11	176	21	18	29	30	1.97
28531936--28532107	93	1.8	93	90	2	274	21	19	30	29	1.97
28535016--28535062	20	2.3	20	89	7	69	38	10	19	31	1.86
28535112--28535208	51	1.9	51	91	4	160	27	24	20	26	1.99
28535112--28535208	26	3.8	26	87	1	135	27	24	20	26	1.99
28542097--28542167	26	2.7	26	86	0	88	28	23	22	25	2.00
28547988--28548344	173	2.1	172	94	1	635	28	9	17	44	1.80
28555492--28555534	16	2.7	16	85	0	59	53	13	18	13	1.73
28555641--28555677	19	2.0	19	89	5	58	21	18	43	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28559609--28559738	24	5.4	24	88	7	192	28	20	19	32	1.96
28559796--28559852	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
28559792--28559854	20	3.2	20	100	0	126	33	19	11	36	1.87
28559792--28559843	11	5.1	11	73	17	58	32	19	11	36	1.87
28559892--28559940	25	2.0	25	100	0	98	30	16	24	28	1.96
28567896--28567920	13	1.9	13	100	0	50	24	8	24	44	1.80
28567891--28567975	45	1.9	44	87	2	125	27	12	27	32	1.93
28567811--28568030	101	2.2	101	86	4	302	26	13	25	34	1.93
28571232--28571266	16	2.2	16	89	0	52	57	20	14	8	1.63
28571477--28571537	28	2.1	29	90	3	97	26	13	31	29	1.93
28576555--28576636	43	1.9	43	97	0	155	30	34	25	9	1.88
28576629--28576712	38	2.2	38	84	0	114	30	25	22	21	1.98
28579958--28579985	12	2.3	12	100	0	56	7	17	42	32	1.77
28588621--28588662	19	2.2	19	86	0	57	28	9	14	47	1.75
28596351--28596529	85	2.1	85	98	0	349	38	8	26	26	1.85
28612279--28612501	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
28612354--28612536	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
28613994--28614140	74	2.0	74	98	0	285	27	19	33	19	1.96
28629691--28629926	130	1.8	130	96	0	436	27	22	12	37	1.90
28632850--28633030	40	4.6	40	80	4	188	25	24	25	24	2.00
28636350--28636414	33	2.0	33	93	0	112	18	24	15	41	1.89
28639735--28639853	43	2.8	42	84	5	141	23	17	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28643274--28643371	40	2.5	40	88	5	137	24	23	29	22	1.99
28650389--28650432	21	2.0	22	86	4	63	34	50	2	13	1.55
28650615--28650657	20	2.2	20	100	0	86	34	23	11	30	1.90
28654233--28654303	22	3.3	22	74	4	81	22	35	25	16	1.95
28658043--28658171	54	2.4	54	86	2	179	40	18	10	30	1.85
28658043--28658171	27	4.8	27	83	1	152	40	18	10	30	1.85
28658081--28658183	54	1.9	54	87	0	152	41	16	12	29	1.85
28658601--28658661	27	2.2	28	85	8	90	21	13	18	47	1.82
28658611--28658674	27	2.4	27	83	0	83	17	15	23	43	1.87
28665650--28665701	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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