genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19233671--19233742	30	2.4	30	100	0	144	37	2	8	51	1.47
19243524--19243605	37	2.2	37	95	0	146	40	9	23	26	1.85
19245002--19245162	41	3.9	41	84	4	207	27	17	24	31	1.97
19245001--19245161	82	2.0	83	89	1	252	27	17	24	30	1.97
19245998--19246105	55	2.0	55	84	0	144	25	30	24	19	1.98
19246954--19247168	47	4.7	44	77	14	177	25	29	18	26	1.98
19246904--19247174	94	2.9	92	78	10	266	25	29	16	28	1.97
19246852--19247119	139	1.9	139	83	6	335	24	29	18	27	1.98
19246852--19247162	141	2.2	139	81	7	342	25	28	18	28	1.98
19247506--19247563	30	1.9	30	89	0	89	31	27	10	31	1.90
19249125--19249349	40	5.7	40	85	5	269	25	27	21	25	1.99
19249127--19249349	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	2.00
19250483--19251090	56	11.1	56	88	7	941	23	23	8	44	1.80
19250600--19250683	40	2.1	40	100	0	168	25	22	5	46	1.74
19251520--19251544	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
19258608--19258752	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
19263921--19264049	47	2.7	47	83	2	161	32	8	31	27	1.87
19264168--19265045	37	23.7	37	99	0	1711	24	18	32	24	1.97
19266057--19266185	47	2.8	46	74	12	136	23	27	20	28	1.99
19265968--19266185	94	2.4	91	84	6	262	23	27	19	29	1.98
19266898--19266922	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
19269203--19269282	40	2.0	40	97	0	151	30	12	31	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19270077--19270172	43	2.2	43	96	0	174	18	34	23	22	1.96
19270536--19270592	30	1.9	30	100	0	114	40	21	0	38	1.53
19271372--19271476	43	2.4	43	74	12	106	34	24	15	25	1.95
19274186--19274224	20	2.0	20	94	0	69	17	0	17	64	1.30
19274890--19274930	21	2.0	20	90	4	64	34	0	14	51	1.43
19283103--19283234	65	2.0	65	85	2	176	37	21	10	30	1.87
19283103--19283234	33	4.1	32	84	2	174	37	21	10	30	1.87
19283884--19283931	21	2.2	22	82	14	64	33	16	2	47	1.58
19290146--19290246	29	3.6	29	81	7	118	26	16	28	27	1.97
19303612--19303944	163	2.0	163	87	1	470	26	24	26	22	2.00
19305334--19305411	32	2.4	33	78	8	88	20	28	14	37	1.91
19311485--19311522	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
19314535--19314773	47	5.1	47	90	0	352	31	10	30	27	1.89
19314892--19314970	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
19316999--19317053	23	2.3	24	84	6	67	34	0	25	40	1.56
19327737--19327762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
19328869--19328968	43	2.3	43	84	3	121	32	15	20	33	1.93
19343449--19343794	47	7.3	47	92	1	539	29	30	8	31	1.86
19347518--19347749	40	5.8	40	91	1	369	26	30	21	21	1.98
19347516--19347749	120	2.0	118	94	1	414	26	30	21	21	1.98
19349029--19349100	37	1.9	37	91	0	117	29	30	18	22	1.97
19349254--19349587	98	3.4	98	97	0	605	30	27	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19349247--19349585	48	6.9	48	90	3	498	31	27	6	35	1.82
19352477--19352658	48	3.8	48	89	4	276	29	26	7	36	1.84
19352477--19352658	98	1.9	97	90	4	296	29	26	7	36	1.84
19352629--19352822	47	4.1	47	86	0	262	26	28	11	32	1.92
19360260--19360291	16	2.0	16	93	0	55	21	15	31	31	1.95
19360177--19360408	47	5.0	47	78	10	192	28	15	25	30	1.96
19360340--19360434	42	2.3	42	90	3	147	32	14	25	27	1.95
19360198--19360416	91	2.4	94	81	7	252	29	15	25	30	1.95
19362050--19362203	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
19362025--19362203	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
19372442--19372633	40	4.8	40	91	1	226	26	27	21	24	1.99
19372413--19372632	80	2.8	80	81	4	248	27	27	20	24	1.99
19378875--19379033	3	53.0	3	100	0	318	33	0	0	66	0.92
19379220--19379302	28	2.9	28	72	12	71	32	8	2	56	1.42
19382469--19382553	43	2.0	42	88	2	125	24	15	31	28	1.95
19391121--19391373	45	5.7	45	71	13	150	27	19	23	29	1.98
19391073--19391802	353	2.1	353	89	1	1131	28	19	22	29	1.98
19391073--19391802	176	4.1	176	90	1	1113	28	19	22	29	1.98
19393273--19393315	22	1.9	23	85	4	61	34	0	2	62	1.08
19395722--19395765	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
19404472--19404513	20	2.0	21	90	4	68	30	0	2	66	1.04
19404473--19404530	29	2.0	29	86	0	80	32	1	1	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19404702--19404751	17	3.0	17	72	16	50	54	12	4	30	1.55
19405686--19405718	16	2.1	16	100	0	66	54	18	6	21	1.64
19414730--19414906	27	6.6	27	81	4	178	26	15	28	29	1.96
19414731--19414881	82	1.9	81	87	4	223	26	15	29	28	1.96
19414731--19414884	55	2.8	55	81	2	177	25	15	29	29	1.96
19428214--19428255	21	2.0	21	95	0	75	0	30	23	45	1.53
19444688--19445026	40	8.5	40	94	1	540	22	23	28	25	1.99
19447667--19447740	21	3.5	21	88	0	103	20	24	17	37	1.93
19450003--19450212	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
19449950--19450212	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
19450003--19450247	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
19457952--19458123	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
19457899--19458121	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
19457979--19458156	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
19464937--19465065	45	2.9	45	80	0	150	41	12	17	27	1.86
19465082--19465159	27	2.9	27	86	0	102	43	21	21	12	1.86
19466319--19466352	13	2.6	13	90	9	52	55	17	2	23	1.55
19471796--19471913	39	3.0	39	87	0	155	27	21	26	24	1.99
19478403--19478520	39	3.0	39	89	0	173	27	20	27	24	1.99
19479403--19479443	22	2.0	21	86	13	59	43	0	0	56	0.99
19479431--19479495	26	2.5	26	76	16	64	41	3	6	49	1.43
19494206--19494277	36	2.0	36	100	0	144	13	22	27	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19506298--19506359	27	2.3	26	86	8	81	17	25	20	35	1.95
19508287--19508500	43	5.0	43	80	10	222	26	17	24	31	1.97
19511062--19511114	28	1.9	27	85	11	72	50	3	18	26	1.64
19511616--19511757	43	3.3	43	85	0	194	24	15	28	31	1.96
19511706--19511838	56	2.4	56	83	5	171	27	13	24	35	1.93
19514590--19514713	27	4.6	27	83	5	144	20	16	22	40	1.91
19514569--19514713	54	2.6	54	82	4	157	21	19	20	39	1.93
19519595--19519629	17	2.1	17	89	10	54	2	28	2	65	1.21
19520940--19520987	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
19523826--19523869	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
19523965--19523993	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
19525568--19525601	16	2.2	15	89	5	50	50	26	20	2	1.63
19526211--19526258	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
19528356--19528432	25	3.3	25	70	17	83	59	2	10	27	1.43
19528366--19528440	26	3.2	25	65	31	65	60	1	10	28	1.38
19528357--19528444	45	2.0	45	97	0	167	59	2	10	28	1.42
19530382--19530576	55	3.6	53	78	8	187	35	18	24	21	1.95
19530705--19530749	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
19530828--19530858	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19535041--19535152	39	2.9	39	91	0	179	27	22	23	26	1.99
19535374--19535408	15	2.2	16	90	5	54	37	11	14	37	1.82
19545618--19545715	34	2.9	34	89	0	142	24	23	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19545705--19545754	18	2.8	18	76	11	57	42	20	16	22	1.89
19546103--19546162	27	2.2	27	87	0	84	26	18	13	41	1.87
19546115--19546170	27	2.1	27	82	0	67	28	23	12	35	1.91
19546158--19546216	27	2.2	27	84	0	73	22	20	18	38	1.93
19546212--19546440	81	2.8	80	89	1	334	38	17	13	31	1.88
19546211--19546439	27	8.6	27	85	3	293	38	17	13	31	1.87
19548319--19548490	93	1.8	93	92	4	294	28	28	20	22	1.99
19548312--19548487	46	3.8	47	79	14	204	29	28	20	21	1.98
19548320--19548506	46	4.0	44	72	18	132	28	28	20	22	1.98
19549929--19550166	125	1.9	125	92	0	395	40	21	21	16	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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