genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753446--2753516	35	2.0	35	100	0	142	25	8	8	57	1.56
2758581--2758984	44	8.8	44	68	15	217	32	19	21	26	1.97
2758619--2759059	142	3.1	142	97	0	821	33	19	20	27	1.96
2758909--2759027	44	2.7	44	80	5	116	32	18	19	29	1.96
2766847--2766941	4	23.8	4	100	0	190	50	24	0	25	1.49
2770006--2770047	22	1.9	22	85	0	57	38	2	16	42	1.61
2774857--2775134	108	2.6	107	80	5	280	32	23	17	26	1.97
2776132--2776432	67	4.5	67	85	2	345	36	16	22	23	1.94
2777286--2777318	9	3.8	9	92	4	50	18	3	0	78	0.87
2778113--2778161	25	2.0	25	91	0	80	30	2	6	61	1.32
2782596--2782658	29	2.1	29	88	2	90	53	14	7	23	1.66
2787387--2787419	11	3.1	11	86	4	50	78	6	15	0	0.93
2790249--2790315	34	2.0	34	96	0	125	37	19	8	34	1.83
2801320--2801393	29	2.5	28	78	6	76	36	14	27	21	1.93
2801415--2801510	44	2.2	44	90	0	147	29	20	34	15	1.94
2803874--2803930	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
2804328--2804370	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
2804435--2806123	730	2.3	730	99	0	3342	28	19	17	34	1.95
2807492--2807565	29	2.5	28	78	6	76	36	14	27	21	1.93
2807587--2807682	44	2.2	44	90	0	147	29	20	34	15	1.94
2810046--2810102	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
2810500--2810542	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810607--2814984	730	6.0	730	99	0	8603	29	19	17	34	1.94
2815950--2816018	30	2.3	30	89	0	102	39	0	24	36	1.56
2818409--2818440	16	2.0	16	93	0	55	34	25	28	12	1.92
2819120--2819232	26	4.4	25	76	6	102	60	5	6	28	1.43
2819162--2819384	26	7.9	27	67	17	98	60	4	5	29	1.40
2819239--2819382	27	5.2	27	72	14	107	59	2	5	31	1.35
2819433--2819489	25	2.2	25	84	12	71	66	1	5	26	1.22
2821060--2821098	19	2.1	19	85	9	53	61	5	2	30	1.31
2822205--2822243	19	2.1	19	85	9	53	61	5	2	30	1.31
2831946--2831973	12	2.3	12	100	0	56	21	28	0	50	1.49
2831944--2832008	11	6.0	10	81	15	60	23	27	1	47	1.60
2833854--2833896	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
2834534--2834580	7	6.7	7	85	0	58	46	31	0	21	1.51
2835603--2835867	125	2.1	126	87	2	390	27	22	17	32	1.96
2836050--2836108	23	2.3	26	86	11	79	52	32	0	15	1.43
2836581--2836627	19	2.5	18	83	10	58	42	0	0	57	0.98
2836587--2836638	21	2.5	21	78	6	61	50	0	0	50	1.00
2837995--2838046	6	8.7	6	91	0	86	36	15	48	0	1.45
2852253--2852281	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2853329--2853354	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
2853319--2853424	42	2.5	40	89	9	149	33	2	0	62	1.16
2853892--2853955	19	3.3	20	74	20	64	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855052--2855083	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
2855365--2855464	11	9.4	11	73	17	86	38	3	1	58	1.20
2855356--2855452	31	3.2	31	95	1	169	37	2	1	59	1.16
2855448--2855498	16	3.2	16	69	20	52	27	3	0	68	1.07
2855468--2855518	20	2.4	22	83	9	79	33	1	0	64	1.05
2861223--2861262	17	2.4	17	87	4	55	60	0	0	40	0.97
2861491--2861536	21	2.2	20	88	3	65	69	13	2	15	1.28
2866608--2866686	13	6.5	13	73	16	80	49	11	1	37	1.47
2866608--2866686	36	2.2	36	95	0	140	49	11	1	37	1.47
2866644--2866695	23	2.3	23	93	0	86	50	9	1	38	1.46
2866644--2866708	23	2.8	23	83	4	69	52	9	1	36	1.43
2867657--2867684	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
2868205--2868238	15	2.4	14	90	5	50	70	0	5	23	1.09
2871087--2871122	19	1.9	18	88	5	54	63	2	19	13	1.41
2871245--2871269	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2874550--2874656	54	2.0	54	96	0	196	18	13	42	26	1.87
2878790--2878828	20	2.0	20	84	0	51	28	12	7	51	1.67
2907338--2907407	31	2.3	31	82	4	90	40	21	8	30	1.83
2907606--2907632	14	1.9	14	100	0	54	29	14	18	37	1.91
2909218--2909268	22	2.3	23	77	16	61	31	1	7	58	1.37
2909932--2909978	24	2.0	24	91	0	76	27	19	12	40	1.88
2914891--2914938	18	2.7	18	80	3	62	33	2	4	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2915950--2915979	14	2.1	14	100	0	60	33	6	0	60	1.23
2917524--2917569	21	2.2	21	77	11	51	50	10	0	39	1.38
2917506--2917624	63	1.9	62	91	1	193	52	10	4	32	1.56
2920383--2920420	20	1.9	20	94	0	67	39	7	34	18	1.80
2921679--2921737	29	2.0	30	90	3	93	32	0	11	55	1.36
2923783--2923807	3	8.3	3	100	0	50	32	32	36	0	1.58
2930773--2930814	21	2.0	22	85	4	59	47	7	0	45	1.30
2932928--2932976	17	2.9	17	82	8	55	26	6	0	67	1.14
2938687--2938873	51	3.7	50	80	4	232	31	28	16	23	1.96
2938688--2938871	101	1.8	101	91	3	307	31	28	16	22	1.96
2939402--2939430	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
2939414--2940194	390	2.0	390	100	0	1562	39	11	17	31	1.85
2941570--2941607	19	2.0	19	94	0	67	34	5	18	42	1.73
2941729--2941840	57	2.0	56	89	1	170	28	20	26	24	1.99
2946512--2946570	29	2.0	31	86	6	86	35	18	20	25	1.95
2948909--2948939	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
2948909--2948954	22	2.1	22	84	8	58	36	0	2	60	1.09
2953059--2953099	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2956999--2957035	18	2.1	18	89	0	56	59	8	0	32	1.27
2957985--2958042	9	6.4	9	91	0	98	41	22	12	24	1.87
2958145--2958188	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
2964896--2964953	27	2.2	26	90	6	91	27	13	15	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2967156--2967219	4	15.2	4	73	20	51	3	18	6	71	1.20
2975364--2975426	30	2.1	31	93	3	110	36	9	17	36	1.82
2980088--2980150	30	2.1	31	93	3	110	36	9	17	36	1.82
2982645--2982850	112	1.8	112	98	0	403	16	13	18	51	1.76
3006005--3006047	22	2.0	22	85	0	59	48	2	0	48	1.14
3006581--3006618	14	2.6	14	80	19	51	57	7	0	34	1.28
3019581--3019819	50	4.7	49	80	6	212	27	20	28	23	1.99
3020898--3021028	19	6.4	19	80	14	136	36	6	14	41	1.73
3020902--3021028	42	3.0	41	77	15	134	37	6	14	40	1.72
3020898--3021028	61	2.1	62	94	2	228	36	6	14	41	1.73
3021460--3021496	19	1.9	20	88	5	58	32	0	2	64	1.07
3025036--3025144	54	2.0	54	96	0	200	19	14	11	55	1.69
3025311--3025364	26	2.0	26	82	10	63	61	7	0	31	1.24
3029901--3029930	9	3.2	9	90	9	51	40	0	0	60	0.97
3029901--3029930	10	3.1	10	95	4	53	40	0	0	60	0.97
3030845--3030888	21	2.1	21	83	4	54	40	2	2	54	1.25
3031437--3031482	22	2.1	22	84	8	58	52	2	36	8	1.45
3033151--3033342	100	1.9	100	86	0	276	32	17	13	36	1.88
3040227--3040260	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
3040295--3040335	21	2.0	21	90	0	64	36	2	0	60	1.10
3040294--3040353	21	2.8	21	80	16	61	40	1	3	55	1.27
3041337--3041384	22	2.1	24	88	7	73	68	4	0	27	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3045454--3045486	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
3048435--3048529	44	2.1	44	80	7	111	33	5	24	36	1.78
3048908--3048963	23	2.5	22	81	16	62	46	0	7	46	1.30
3049204--3049248	6	7.3	6	92	5	54	75	0	0	24	0.80
3049205--3049247	13	3.4	13	87	3	61	76	0	0	23	0.78
3049205--3049248	19	2.3	19	88	0	61	77	0	0	22	0.77
3054601--3054904	46	7.1	46	81	14	362	28	21	15	34	1.94
3054714--3054868	36	4.0	36	79	15	184	27	20	14	37	1.92
3054668--3054904	82	2.9	82	98	0	447	27	21	13	36	1.92
3054601--3054904	128	2.4	132	79	15	366	28	21	15	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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