genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18484255--18484520	27	9.8	27	79	7	252	31	7	19	40	1.80
18484284--18484558	81	3.4	81	78	8	254	30	8	20	41	1.80
18484257--18484550	54	5.4	54	77	7	238	30	8	19	40	1.82
18484549--18484670	27	4.5	27	90	0	163	39	4	23	31	1.76
18484575--18484692	54	2.2	54	81	0	128	42	7	22	27	1.81
18485723--18485856	49	2.7	50	82	3	155	26	17	27	28	1.97
18487716--18487899	40	4.6	40	85	5	212	24	23	26	25	2.00
18496493--18496532	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
18496498--18496540	21	2.1	21	83	12	54	32	0	20	46	1.51
18501486--18501639	28	5.5	28	96	0	265	33	27	11	26	1.91
18507582--18507722	70	2.0	70	97	0	264	37	26	17	18	1.93
18510367--18510421	28	2.0	28	92	0	92	30	16	27	25	1.96
18510599--18510711	58	1.9	58	92	3	192	25	6	19	48	1.72
18513335--18513397	25	2.6	22	80	14	54	38	19	22	20	1.94
18514907--18515004	46	2.1	46	96	0	178	31	16	15	36	1.90
18517501--18517612	49	2.3	49	92	6	183	29	27	8	34	1.85
18521240--18521395	40	3.9	40	85	0	195	25	28	22	23	1.99
18521454--18521528	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
18522234--18522357	42	3.0	42	91	3	216	37	16	9	36	1.81
18524060--18524406	47	7.3	47	96	1	502	28	31	9	30	1.89
18529348--18529376	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
18540175--18540257	41	2.0	41	97	0	157	36	8	12	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18540842--18541060	46	4.7	46	84	9	293	29	26	21	22	1.99
18551634--18551707	28	2.7	28	82	2	87	21	25	18	33	1.96
18551634--18551746	27	4.2	27	78	4	95	22	24	17	35	1.95
18561910--18562024	27	4.3	26	82	7	122	20	21	20	38	1.94
18566854--18566888	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18566845--18567116	147	1.8	148	94	2	485	47	2	3	46	1.35
18567001--18567035	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18567197--18567291	45	2.1	44	84	1	118	34	25	5	34	1.78
18567272--18567323	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
18571474--18571534	30	2.0	30	83	0	77	32	22	8	36	1.84
18583193--18583229	14	2.8	13	88	11	58	59	8	8	24	1.53
18586698--18586790	48	1.9	48	85	8	127	24	25	19	30	1.98
18589285--18589339	28	2.0	28	85	0	74	25	30	12	30	1.93
18589291--18589361	28	2.5	28	79	0	70	28	30	14	26	1.95
18593803--18593905	28	3.7	28	88	0	143	25	33	18	23	1.97
18596013--18596105	46	2.0	46	95	0	168	23	20	9	46	1.80
18596939--18597123	79	2.3	82	81	7	211	24	26	22	25	2.00
18596939--18597123	40	4.7	40	81	6	207	24	26	22	25	2.00
18599197--18599247	25	2.0	25	92	0	84	21	27	7	43	1.80
18604736--18604815	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
18604727--18604814	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
18610120--18610152	6	5.5	6	92	0	57	15	27	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18617212--18617388	88	2.0	88	96	0	327	29	22	12	34	1.92
18620680--18620717	16	2.4	16	91	4	60	57	2	10	28	1.45
18622361--18622567	53	3.8	52	73	8	182	20	25	18	35	1.95
18625207--18625469	40	6.6	40	91	3	399	28	27	21	23	1.99
18632046--18632111	32	2.1	32	94	0	114	36	12	6	45	1.66
18633120--18633183	13	4.9	13	79	7	67	37	7	17	37	1.79
18634043--18634095	27	2.0	27	88	7	81	28	18	18	33	1.95
18634056--18634135	27	3.0	27	84	0	97	22	18	16	42	1.89
18640771--18640858	42	2.1	42	93	0	149	23	27	25	23	2.00
18644206--18644263	27	2.1	28	83	3	73	39	15	15	29	1.88
18647676--18648036	46	8.0	46	87	6	470	38	15	24	22	1.92
18657441--18657474	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
18658060--18658120	23	2.7	23	78	11	65	32	4	1	60	1.28
18664532--18664616	31	2.8	31	89	1	136	22	24	20	32	1.97
18664823--18664882	26	2.4	25	81	10	68	30	20	18	31	1.96
18664836--18664931	26	3.8	25	79	2	95	25	19	26	29	1.99
18665064--18665111	25	1.9	25	91	0	78	31	10	22	35	1.88
18677396--18677457	31	2.0	31	96	0	115	43	19	6	30	1.76
18680164--18680245	31	2.7	31	88	1	121	23	26	19	30	1.98
18680455--18680539	26	3.4	25	85	9	93	28	22	21	28	1.99
18680468--18680563	26	3.8	26	90	2	135	26	22	25	26	2.00
18682919--18682943	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18688423--18688830	56	7.3	56	88	2	559	33	21	13	32	1.92
18688422--18688830	168	2.4	168	90	0	622	33	21	13	32	1.92
18694045--18694224	40	4.5	40	80	8	181	24	20	28	26	1.99
18702143--18702327	40	4.7	40	82	6	207	23	22	28	26	1.99
18702196--18702350	79	2.0	78	81	10	181	25	20	28	26	1.99
18704061--18704111	20	2.5	20	93	0	84	11	33	35	19	1.88
18707215--18707550	40	8.5	40	89	2	484	25	22	26	26	2.00
18714628--18714893	93	2.9	93	96	0	478	26	30	22	20	1.98
18714621--18714889	46	5.8	46	76	11	271	27	30	21	20	1.98
18722839--18722938	50	2.0	50	98	0	191	42	23	12	23	1.87
18728119--18728192	37	2.0	37	91	0	121	31	10	32	25	1.90
18736513--18736544	16	2.0	16	100	0	64	50	18	0	31	1.48
18736916--18737336	140	3.0	140	96	0	761	40	17	5	37	1.72
18741301--18741345	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
18749368--18749552	79	2.3	81	84	7	236	25	22	27	24	2.00
18749368--18749552	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
18749421--18749585	79	2.1	79	84	6	210	27	21	27	24	1.99
18754276--18754424	40	3.7	40	90	3	237	26	27	22	24	2.00
18762539--18762687	40	3.7	40	89	3	228	26	26	22	25	2.00
18772581--18772681	44	2.4	43	81	6	109	24	12	26	35	1.92
18776468--18776692	40	5.6	40	85	2	290	25	24	27	23	2.00
18785151--18785215	27	2.4	27	84	5	87	16	23	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786928--18787014	44	2.0	44	89	6	135	35	16	16	32	1.91
18791160--18791206	18	2.6	20	75	21	50	12	21	40	25	1.89
18795665--18795743	31	2.5	31	93	0	140	29	26	17	26	1.98
18795964--18796029	25	2.6	25	83	4	80	28	25	25	19	1.99
18796959--18797045	28	3.1	28	75	15	90	35	9	16	39	1.80
18797023--18797173	27	5.6	27	84	4	180	28	7	21	41	1.81
18796939--18797206	54	4.9	54	77	5	198	30	10	19	39	1.86
18797024--18797173	81	1.9	81	87	2	221	28	8	21	42	1.81
18797023--18797206	81	2.3	81	82	5	212	28	10	20	40	1.85
18797205--18797645	27	16.3	27	87	0	578	39	8	23	29	1.83
18797239--18797645	81	5.0	81	96	0	697	39	8	23	29	1.83
18799558--18799594	6	6.5	6	90	9	60	83	0	0	16	0.64
18799558--18799594	11	3.3	11	92	7	65	83	0	0	16	0.64
18799558--18799594	17	2.2	17	90	9	58	83	0	0	16	0.64
18810250--18810637	96	4.0	96	100	0	776	34	13	19	32	1.91
18810888--18810923	14	2.6	14	90	0	54	52	5	16	25	1.65
18811103--18811554	74	6.0	74	79	13	374	34	21	15	28	1.94
18811342--18811717	75	4.9	75	76	10	343	33	22	16	27	1.96
18825742--18825960	48	4.6	48	83	2	262	23	19	30	26	1.98
18851510--18851605	23	4.2	22	75	7	84	38	20	21	18	1.93
18860853--18860909	23	2.5	23	94	0	96	26	10	10	52	1.68
18862945--18862977	14	2.3	15	89	5	50	72	3	3	21	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18867730--18867933	46	4.4	46	81	10	218	23	31	19	26	1.98
18867730--18867939	94	2.2	92	82	8	246	23	30	19	26	1.98
18867857--18867946	46	1.9	48	84	4	121	24	28	20	26	1.99
18870180--18870483	80	3.8	80	82	8	361	25	27	20	25	1.99
18870180--18870430	40	6.3	40	94	1	337	26	27	19	25	1.99
18870180--18870483	40	7.7	40	86	8	301	25	27	20	25	1.99
18885114--18885200	44	2.0	44	93	0	147	26	19	24	29	1.98
18897469--18897654	47	4.0	47	95	0	338	32	8	29	30	1.87
18897580--18898470	68	13.0	68	97	1	1665	30	11	29	27	1.92
18897486--18897790	115	2.7	115	75	20	382	31	10	29	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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