genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8437506--8437564	23	2.6	23	81	7	68	27	18	20	33	1.96
8446856--8446914	29	2.1	29	87	3	84	54	15	8	22	1.68
8446865--8446928	29	2.2	29	83	2	76	51	18	6	23	1.69
8447153--8447182	8	3.8	8	100	0	60	90	0	0	10	0.47
8453752--8453796	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
8455846--8455889	18	2.3	19	85	14	56	31	6	2	59	1.36
8462735--8462856	24	5.1	24	100	0	244	40	4	0	54	1.19
8468316--8468368	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
8469631--8469672	18	2.2	19	83	8	50	14	7	7	71	1.29
8477442--8477545	52	2.0	52	96	0	190	31	18	27	22	1.97
8485219--8485441	117	1.9	117	97	0	419	39	19	22	18	1.93
8486678--8486792	46	2.5	46	83	5	137	33	21	19	26	1.97
8486801--8486914	47	2.6	43	82	9	133	27	21	21	28	1.99
8515106--8515162	30	1.9	30	96	0	105	10	10	28	50	1.69
8520413--8520438	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
8522709--8522752	22	2.0	22	95	0	79	38	18	11	31	1.86
8523619--8523661	21	2.2	20	84	16	54	65	0	0	34	0.93
8524445--8524522	6	12.7	6	79	11	70	66	24	2	6	1.28
8524453--8524528	39	1.9	39	89	5	118	64	23	3	7	1.37
8524447--8524538	45	2.0	45	97	0	175	63	22	4	9	1.43
8525005--8525059	28	2.0	28	92	0	92	41	16	12	29	1.85
8525668--8525708	15	2.8	15	85	3	57	17	2	14	65	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8535677--8535738	25	2.5	25	94	0	106	19	17	25	37	1.94
8538130--8538161	15	2.1	15	100	0	64	53	6	28	12	1.62
8542421--8542493	37	2.0	36	86	5	103	38	4	10	46	1.58
8547305--8547352	21	2.3	20	76	13	53	52	0	6	41	1.27
8552749--8552790	11	3.9	11	84	6	50	23	45	2	28	1.66
8553323--8553397	18	4.2	18	78	0	78	30	20	13	36	1.91
8557372--8557414	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
8557372--8557413	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
8559427--8559565	43	3.2	43	84	0	170	27	29	18	24	1.98
8559768--8559844	6	12.5	6	72	10	57	71	2	2	23	1.11
8559761--8559802	20	2.1	20	86	8	59	73	4	0	21	1.01
8559761--8559844	19	4.1	19	71	24	64	70	2	2	25	1.11
8564569--8564605	15	2.5	15	86	4	58	43	32	5	18	1.73
8564763--8564796	16	2.1	17	94	5	61	20	0	29	50	1.49
8564866--8565171	41	7.5	41	93	0	531	18	22	25	33	1.97
8564866--8565169	82	3.7	82	100	0	608	18	22	25	33	1.97
8579066--8579118	24	2.2	24	93	0	88	32	7	35	24	1.84
8586815--8586855	20	2.0	20	100	0	82	48	7	19	24	1.74
8589224--8589258	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
8593666--8593718	19	2.9	19	81	15	67	75	0	1	22	0.90
8593668--8593708	17	2.3	18	83	4	57	80	0	2	17	0.82
8593683--8593752	20	3.5	20	78	9	63	62	0	4	32	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8593757--8593798	19	2.2	19	86	0	57	64	2	2	30	1.19
8594521--8594555	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
8595934--8595991	28	2.1	28	93	0	98	37	10	10	41	1.73
8597525--8597562	19	2.1	19	90	5	60	34	0	5	60	1.19
8599859--8600120	44	6.0	44	78	4	255	30	26	16	27	1.96
8599856--8600123	132	2.0	132	96	1	493	29	26	15	28	1.96
8626027--8626067	3	13.7	3	94	0	73	31	2	0	65	1.05
8635051--8635173	60	2.0	60	90	0	192	26	20	9	43	1.83
8640362--8640402	17	2.4	17	84	8	57	51	39	2	7	1.43
8641520--8641600	22	3.7	22	68	14	60	29	9	1	59	1.38
8642129--8642281	3	50.7	3	67	13	55	28	7	4	59	1.45
8642127--8642185	21	2.9	21	78	12	68	27	10	3	59	1.46
8642122--8642243	65	1.9	65	81	3	147	28	11	4	55	1.53
8642145--8642281	3	46.0	3	68	9	57	27	7	5	59	1.45
8647139--8647362	66	3.4	66	79	6	213	20	24	28	26	1.99
8656240--8656385	43	3.4	43	75	12	147	28	15	24	31	1.95
8663923--8663987	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
8665468--8665520	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8667435--8667464	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
8667431--8667493	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
8667489--8667520	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
8673830--8673868	16	2.3	18	86	8	55	20	7	2	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8676926--8676974	21	2.5	20	83	9	64	65	4	0	30	1.11
8680386--8680415	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
8684153--8684196	20	2.2	20	84	15	56	20	2	0	77	0.88
8685622--8685651	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
8685676--8685719	20	2.3	19	84	11	54	29	2	2	65	1.16
8690251--8690385	43	3.2	43	87	3	184	27	19	22	30	1.98
8692314--8692353	5	7.6	5	94	5	62	82	0	0	17	0.67
8692314--8692353	11	3.7	11	90	9	57	82	0	0	17	0.67
8692682--8692737	29	1.9	29	92	0	94	32	25	14	28	1.94
8696760--8696795	17	2.1	18	94	5	65	86	0	0	13	0.58
8699436--8700464	253	4.0	255	96	1	1881	32	18	14	34	1.92
8703796--8703846	24	2.1	24	88	0	75	21	3	35	39	1.72
8711829--8711918	24	3.6	25	75	11	67	38	1	0	60	1.04
8711817--8711885	33	2.1	34	86	2	95	36	0	0	63	0.94
8711822--8711852	10	3.2	10	95	4	55	35	0	0	64	0.94
8712786--8712922	69	2.0	67	84	8	179	32	10	12	43	1.77
8713964--8714028	32	2.0	32	100	0	130	27	3	30	38	1.72
8716014--8716127	27	3.9	28	72	19	90	24	26	21	27	2.00
8716156--8716211	19	2.8	20	86	2	78	35	23	16	25	1.94
8717491--8717544	28	1.9	28	85	7	74	66	3	20	9	1.35
8718588--8718631	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
8730373--8730480	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8731983--8732085	50	2.1	50	88	0	152	23	33	13	29	1.93
8737522--8737629	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
8755664--8755735	30	2.4	30	92	2	126	26	15	23	34	1.94
8763056--8763127	30	2.4	30	97	2	135	26	16	22	34	1.95
8769933--8770168	128	1.8	128	100	0	472	40	13	11	34	1.81
8770538--8770773	128	1.8	128	100	0	472	40	13	11	34	1.81
8769663--8771250	605	2.6	605	98	0	3068	42	11	10	35	1.76
8770666--8771727	477	2.2	477	99	0	2106	42	11	10	36	1.75
8771620--8771921	128	2.4	128	100	0	604	40	13	10	35	1.80
8776222--8776253	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
8777280--8777563	41	7.0	41	85	3	342	20	22	20	36	1.95
8780685--8781364	144	4.7	145	81	8	719	30	19	13	36	1.90
8784740--8784772	12	2.5	13	90	9	50	36	0	12	51	1.39
8786424--8786449	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
8787747--8787804	30	2.0	29	86	3	80	34	5	0	60	1.19
8788007--8788042	18	2.0	18	89	10	56	27	0	5	66	1.13
8788312--8788336	9	2.8	9	100	0	50	24	12	8	56	1.62
8789624--8789649	12	2.2	12	100	0	52	46	7	38	7	1.61
8799883--8800523	44	14.6	44	83	2	662	30	13	26	29	1.94
8802033--8802099	29	2.3	29	82	7	84	32	4	0	62	1.15
8802293--8802328	18	2.0	18	89	10	56	27	0	5	66	1.13
8804007--8804046	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804108--8804273	27	6.1	27	86	4	212	35	22	24	18	1.95
8804108--8804273	54	3.1	54	92	1	262	35	22	24	18	1.95
8804384--8804454	26	2.6	28	88	4	101	33	9	21	35	1.86
8805712--8805795	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
8809668--8809707	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
8809769--8809934	27	6.1	27	86	4	203	36	22	22	17	1.94
8809769--8809934	54	3.1	54	92	1	262	36	22	22	17	1.94
8811324--8811433	26	4.2	26	94	2	177	36	25	3	34	1.74
8813882--8813956	29	2.6	29	85	8	91	60	1	2	36	1.20
8813933--8813975	21	2.1	20	87	12	61	67	2	4	25	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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