genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20870917--20871396	27	17.5	27	83	4	539	33	21	21	24	1.97
20871471--20871616	27	5.4	27	84	0	184	35	19	21	23	1.96
20871252--20871691	220	2.0	219	92	0	736	32	17	19	31	1.94
20871065--20871616	81	6.8	81	74	7	436	33	19	20	26	1.96
20871065--20871616	54	10.2	53	73	7	252	33	19	20	26	1.96
20871963--20872055	28	3.0	33	73	15	97	25	23	23	26	2.00
20877947--20878020	37	2.0	37	97	0	139	36	14	10	37	1.82
20881245--20881385	27	5.2	27	83	11	182	35	24	23	17	1.95
20881245--20881385	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
20882970--20883049	26	3.1	26	96	0	151	36	26	6	31	1.81
20884544--20884692	43	3.5	42	74	12	119	26	25	20	28	1.99
20893889--20893928	21	1.9	21	90	10	64	62	10	5	22	1.46
20902922--20902999	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
20904311--20904536	113	2.0	113	89	1	346	40	11	19	28	1.87
20910999--20911208	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
20910946--20911208	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
20910999--20911243	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
20913710--20913804	40	2.4	40	82	12	115	26	26	16	30	1.97
20937333--20937431	27	3.7	26	77	11	83	19	25	19	36	1.95
20942137--20942175	19	2.1	19	95	0	69	28	0	38	33	1.57
20945193--20945298	27	3.9	26	82	7	122	16	23	22	36	1.94
20947966--20948074	58	1.9	57	83	5	139	33	19	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951107--20951150	17	2.8	16	83	12	56	27	22	18	31	1.97
20953208--20953248	21	2.1	19	86	9	55	46	21	4	26	1.72
20956273--20956306	14	2.3	15	90	5	52	79	2	0	17	0.86
20956273--20956306	5	7.0	5	86	6	52	79	2	0	17	0.86
20959071--20959298	48	4.9	48	78	7	225	28	23	21	25	1.99
20960772--20960815	22	2.0	22	86	0	61	52	4	0	43	1.22
20961229--20961296	33	2.1	33	94	0	118	32	13	10	44	1.77
20961516--20961554	5	7.4	5	83	11	51	0	17	2	79	0.84
20969876--20969919	22	2.0	22	86	0	61	54	2	0	43	1.12
20971925--20972000	25	3.0	25	76	3	80	38	15	6	39	1.74
20977343--20977626	147	1.9	147	92	1	480	29	15	16	38	1.89
20984605--20984653	6	8.0	6	78	13	55	48	16	16	18	1.81
20984772--20984831	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
20985104--20985323	27	8.1	27	88	0	314	24	20	20	35	1.96
20985104--20985379	81	3.4	80	83	5	315	25	18	19	36	1.94
20985108--20985353	54	4.6	54	84	4	268	24	19	19	36	1.95
20985311--20985407	27	3.7	26	90	6	151	27	8	20	43	1.80
20985313--20985423	53	2.1	53	83	6	136	30	8	18	42	1.80
20987312--20987543	49	4.7	49	76	3	239	32	25	17	25	1.96
20987789--20987841	27	2.0	27	84	0	70	39	13	7	39	1.73
20992333--20992695	46	7.7	50	70	16	172	27	19	28	24	1.99
21007118--21007142	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21010047--21010201	56	2.8	56	91	0	247	25	13	25	36	1.92
21010047--21010230	56	3.3	56	83	3	174	25	14	26	34	1.93
21010711--21010738	13	2.2	13	100	0	56	14	0	32	53	1.41
21012887--21013261	46	7.9	48	74	10	229	27	19	28	24	1.98
21012848--21013105	46	5.5	46	78	10	199	28	18	29	23	1.98
21019173--21019417	47	5.2	47	93	1	409	31	8	31	28	1.87
21019173--21019417	95	2.6	95	92	1	404	31	8	31	28	1.87
21019536--21019614	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
21019695--21019896	47	4.3	47	88	1	278	31	8	31	28	1.87
21020015--21020093	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
21023314--21023345	15	2.1	15	100	0	64	31	21	6	40	1.78
21045766--21045806	20	1.9	22	85	14	59	58	4	17	19	1.56
21046898--21046957	6	10.0	6	72	5	50	75	0	21	3	0.95
21046898--21046957	18	3.3	18	86	13	88	75	0	21	3	0.95
21046898--21046976	35	2.2	35	84	6	97	70	0	24	5	1.06
21049858--21050048	40	4.8	40	87	2	251	23	24	28	23	1.99
21069702--21069836	40	3.4	40	87	2	191	24	22	28	25	1.99
21076763--21076940	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
21076764--21076919	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21081101--21081154	25	2.2	25	89	0	81	22	27	29	20	1.98
21099354--21099577	40	5.6	40	84	5	290	24	23	26	25	2.00
21099358--21099577	83	2.7	80	86	5	284	24	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21102042--21102066	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
21114322--21114372	25	2.0	25	100	0	102	27	15	15	41	1.88
21115363--21115503	57	2.4	56	77	8	140	27	23	19	29	1.98
21118010--21118034	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
21118395--21118436	21	2.0	21	85	0	57	59	11	14	14	1.61
21118789--21118845	18	3.4	18	65	30	54	17	22	40	19	1.91
21118788--21118863	31	2.5	31	95	0	134	19	21	38	21	1.94
21119211--21119255	23	1.9	24	86	4	65	22	4	48	24	1.68
21119329--21119396	34	2.0	34	85	5	93	27	22	27	22	1.99
21138590--21138644	17	3.1	17	84	5	65	45	14	3	36	1.63
21146137--21146314	61	3.0	60	72	16	161	43	1	3	51	1.28
21146229--21146287	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
21146242--21146297	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
21146268--21146336	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
21146214--21146354	17	8.6	17	67	22	61	45	1	0	52	1.14
21146582--21146649	16	4.2	16	92	0	118	35	36	0	27	1.58
21149004--21149072	36	1.9	35	91	2	111	27	8	15	47	1.75
21153927--21154046	63	1.9	63	94	0	213	45	19	16	19	1.86
21155423--21155472	25	2.0	25	100	0	100	16	28	12	44	1.83
21160210--21160265	28	2.0	29	85	3	78	55	1	0	42	1.10
21160785--21160841	24	2.4	25	79	8	73	63	1	7	28	1.30
21160886--21160950	32	2.0	32	100	0	130	49	9	6	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21164256--21164308	22	2.4	22	74	0	61	16	18	22	41	1.90
21164341--21164384	22	2.0	22	82	8	54	18	18	29	34	1.94
21164288--21164417	38	3.4	38	85	0	179	20	17	26	35	1.95
21165650--21165816	43	3.9	43	75	10	130	28	20	24	26	1.99
21165707--21165813	42	2.5	43	79	11	121	28	21	23	26	1.99
21166062--21166128	32	2.1	32	97	0	125	22	8	23	44	1.81
21168034--21168072	12	3.2	12	81	0	51	30	33	20	15	1.94
21173885--21173914	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
21178774--21178816	22	2.0	22	86	4	61	32	0	2	65	1.06
21182475--21182512	18	2.2	17	86	9	51	63	26	2	7	1.35
21188423--21188484	25	2.5	25	81	5	72	22	24	17	35	1.95
21197297--21197366	28	2.5	28	85	0	104	51	17	4	27	1.63
21212135--21212319	40	4.7	39	84	7	216	24	22	27	25	2.00
21212135--21212319	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
21212136--21212352	79	2.7	79	81	7	192	26	22	27	24	2.00
21217662--21217945	48	5.9	48	74	5	200	26	23	19	29	1.98
21217692--21217945	96	2.6	96	83	3	298	26	24	19	29	1.98
21219087--21219184	40	2.4	42	83	11	114	25	17	28	28	1.97
21225040--21225110	28	2.5	28	88	0	106	50	15	8	25	1.72
21232449--21232547	38	2.6	38	81	12	114	40	5	8	46	1.55
21238935--21238995	32	1.9	32	100	0	122	42	8	0	49	1.32
21240563--21240615	20	2.7	20	79	2	63	26	3	3	66	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21252512--21252568	13	4.6	13	82	12	75	40	0	14	45	1.44
21252505--21252554	23	2.2	23	92	3	84	40	0	12	48	1.40
21259857--21259892	18	1.9	19	88	5	56	52	2	8	36	1.46
21265131--21265226	28	3.6	28	77	11	110	37	14	21	26	1.92
21265253--21265401	51	2.9	51	91	2	237	31	14	25	28	1.94
21266347--21266399	25	2.1	25	100	0	106	35	24	3	35	1.74
21270833--21271057	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
21270833--21271093	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
21270833--21271093	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
21271939--21272249	155	2.0	155	100	0	622	31	14	16	37	1.89

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