genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140--433	148	2.0	148	97	0	561	25	17	24	32	1.96
1447--3204	303	5.8	303	85	2	2242	26	19	21	32	1.97
3537--3983	223	2.0	223	91	0	732	27	19	22	30	1.98
3760--4920	296	3.7	300	72	14	1026	26	19	21	31	1.98
4086--4713	338	1.9	331	86	3	891	27	19	21	31	1.98
4697--5143	223	2.0	223	88	1	673	28	19	21	31	1.97
4423--5425	526	1.9	526	86	2	1431	28	19	21	31	1.97
4921--6627	303	5.6	303	83	3	2069	27	18	21	32	1.97
15557--19697	302	13.6	302	88	3	5852	25	19	22	32	1.97
15557--29911	604	23.5	604	79	8	13508	25	19	22	32	1.98
19486--19909	212	2.0	212	98	0	812	24	19	21	34	1.96
19698--20455	302	2.5	302	92	0	1282	25	19	22	32	1.97
20236--21555	220	6.0	220	100	0	2640	23	23	21	31	1.98
21415--21877	154	3.0	154	99	0	917	23	20	17	39	1.93
21730--29911	303	27.0	302	88	3	11328	25	19	22	32	1.98
24381--24477	49	2.0	48	91	0	149	23	29	25	19	1.98
29775--30051	140	2.0	140	87	2	396	29	19	28	22	1.98
29925--30710	302	2.6	302	94	1	1326	25	18	23	32	1.97
30713--32780	303	6.8	303	95	0	3640	24	19	23	32	1.98
55033--55091	21	2.8	21	87	5	75	71	0	22	6	1.09
55044--55091	15	3.3	14	82	5	60	77	0	18	4	0.93
59484--59537	12	4.7	12	75	13	51	3	16	1	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59478--59537	19	2.8	20	82	17	68	5	16	1	76	1.04
61161--61225	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
62568--62630	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
68860--68904	19	2.3	20	88	3	65	6	13	2	77	1.05
71617--71664	13	3.6	13	91	5	78	68	0	10	20	1.18
71616--71664	14	3.6	14	91	5	82	69	0	10	20	1.17
73692--73735	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
80033--80210	27	6.6	27	81	5	171	28	28	15	27	1.96
80054--80209	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	27	1.97
88392--88416	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
88832--88936	42	2.5	42	76	4	113	27	19	21	31	1.97
88793--88949	43	3.7	43	71	15	128	26	18	24	30	1.98
90059--90172	43	2.7	43	88	2	158	22	21	27	28	1.99
94149--94209	30	2.0	30	93	0	104	11	18	27	42	1.84
96465--96621	43	3.7	42	76	7	147	25	18	24	31	1.98
104923--104993	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
104923--105016	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
106409--106523	54	2.1	54	85	3	151	16	23	21	38	1.93
106409--106523	27	4.3	27	81	7	135	16	23	21	38	1.93
114177--114288	27	4.1	27	80	7	120	16	24	21	37	1.94
114177--114288	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
120422--120473	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120521--120566	21	2.2	21	84	7	67	36	19	10	32	1.87
126856--126920	34	1.9	33	84	3	85	27	20	21	30	1.98
126942--126985	22	2.0	23	90	4	72	22	54	2	20	1.56
136458--136527	34	2.1	33	83	2	86	28	21	21	28	1.99
139694--139816	29	4.3	29	91	1	203	29	31	13	25	1.94
163463--163514	26	2.0	26	88	7	79	36	1	15	46	1.57
169862--169931	25	2.8	25	88	0	104	24	21	27	27	1.99
170739--170803	27	2.4	27	79	5	69	24	24	15	35	1.94
170834--171074	27	8.9	27	78	3	169	30	9	19	39	1.84
170921--171071	81	1.9	81	86	5	216	27	7	21	42	1.81
170920--171103	27	6.8	26	82	6	181	28	9	21	41	1.83
170920--171103	81	2.3	81	81	5	203	28	9	21	41	1.83
171102--171299	27	7.3	27	83	2	236	39	7	24	28	1.82
171102--171299	81	2.4	81	88	1	299	39	7	24	28	1.82
179983--180136	47	3.3	47	91	0	263	29	30	7	33	1.84
180033--180110	25	3.2	25	63	17	65	32	30	3	33	1.76
181988--182012	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
186142--186264	61	2.0	61	93	0	210	28	14	19	37	1.91
186419--186463	21	2.1	21	95	0	81	24	8	28	37	1.86
191519--191602	41	2.0	41	86	4	116	33	15	7	44	1.74
193954--194030	31	2.5	31	78	17	81	35	7	9	48	1.64
195293--195514	46	4.8	45	73	15	148	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202448--202654	53	3.8	54	78	1	209	19	24	19	37	1.94
203156--203340	92	2.0	92	100	0	370	24	15	14	45	1.83
205582--205757	46	3.8	46	75	10	153	27	19	30	22	1.98
206102--206155	15	3.5	15	70	9	54	29	22	9	38	1.85
206103--206172	32	2.2	32	100	0	140	27	22	11	38	1.89
206118--206172	17	3.4	17	70	10	60	25	23	12	38	1.90
215320--215422	35	2.9	35	86	0	143	17	18	27	36	1.93
216097--216131	18	1.9	18	100	0	70	34	22	11	31	1.90
219190--219375	20	9.3	20	70	11	121	13	32	16	38	1.87
219292--219391	20	5.0	20	73	9	87	16	31	14	39	1.87
219192--219391	40	5.0	40	88	0	256	14	33	15	37	1.87
221212--221281	27	2.6	26	90	2	86	30	28	12	28	1.93
221212--221309	28	3.5	28	87	2	126	30	28	13	27	1.94
225268--225414	40	3.7	40	85	0	186	25	14	22	36	1.93
231321--231496	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
231318--231489	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
235158--235248	46	2.0	46	88	0	137	25	30	8	35	1.86
235265--235340	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
235262--236370	47	23.6	47	98	0	2047	26	28	12	32	1.93
235312--235433	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
236252--236326	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
242432--242461	12	2.5	12	88	0	51	46	6	3	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242508--242544	16	2.2	18	85	9	51	59	2	2	35	1.26
246914--247019	26	4.1	26	93	0	185	35	23	7	33	1.83
248533--248614	40	2.0	42	95	4	150	21	35	10	31	1.89
258945--259000	26	2.1	27	80	9	62	26	19	3	50	1.64
262846--262889	19	2.3	19	88	4	61	29	18	4	47	1.68
270294--270470	47	3.8	47	75	13	177	29	27	20	23	1.99
270892--270951	30	2.0	30	83	6	77	28	25	6	40	1.80
273942--274304	44	7.9	45	66	14	114	31	19	21	27	1.97
274133--274300	45	3.8	45	74	10	123	33	19	19	27	1.96
273944--274458	227	2.2	230	82	5	616	31	19	21	27	1.97
275784--275823	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
275881--276002	62	2.0	62	95	0	217	36	30	17	15	1.91
280108--280155	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
284869--284913	23	2.0	24	83	16	60	20	13	6	60	1.55
287339--287482	43	3.4	43	83	0	182	20	20	29	29	1.98
287274--287502	43	5.3	43	78	3	176	25	23	27	24	2.00
288857--288904	16	2.9	16	82	11	53	54	0	2	43	1.12
301612--301688	38	2.0	39	92	5	129	48	18	0	33	1.48
303383--303483	41	2.4	41	80	1	112	44	16	14	23	1.85
319026--319165	70	2.0	71	95	1	255	17	33	18	30	1.94
323469--323604	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
323501--323578	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326299--326359	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
328409--328476	34	2.0	34	97	0	127	35	16	14	33	1.89
330705--330731	8	3.4	8	100	0	54	48	14	0	37	1.45
330993--331085	21	4.4	21	77	5	89	39	17	23	19	1.92
331049--331090	21	2.0	21	85	0	57	42	21	23	11	1.86
331938--332012	35	2.1	35	97	0	141	45	13	10	30	1.77
335375--335432	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
335376--335433	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
335378--335433	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
336731--336769	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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