genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28035133--28035191	30	1.9	30	86	3	82	42	8	13	35	1.75
28037964--28038101	68	2.0	69	94	1	242	38	7	7	46	1.61
28041303--28041478	68	2.6	69	78	12	177	34	15	28	21	1.94
28050530--28050602	24	3.0	24	89	0	110	30	5	42	21	1.76
28052041--28052139	27	3.6	27	76	11	94	17	23	23	36	1.95
28054233--28054478	72	3.4	71	84	4	289	25	16	26	32	1.96
28056526--28056736	48	4.5	47	78	7	205	23	27	20	29	1.99
28056526--28056697	94	1.8	94	86	2	247	24	27	20	27	1.99
28056526--28056736	94	2.2	93	81	5	246	23	27	20	29	1.99
28058670--28058715	13	3.7	13	81	18	62	60	0	0	39	0.97
28058670--28058709	8	5.0	8	93	0	71	60	0	0	40	0.97
28058670--28058715	16	3.1	15	82	17	60	60	0	0	39	0.97
28059481--28059538	27	2.1	28	84	9	75	36	0	24	39	1.55
28059506--28059553	18	2.7	17	81	15	53	39	0	18	41	1.51
28068800--28068857	27	2.1	28	84	15	77	36	0	20	43	1.52
28068825--28068872	18	2.7	17	81	15	53	39	0	18	41	1.51
28069123--28069206	40	2.1	40	82	4	98	33	19	26	21	1.97
28069783--28069830	7	6.9	7	90	0	69	41	37	0	20	1.53
28069783--28069839	21	2.7	21	81	13	71	42	36	0	21	1.53
28069880--28069922	21	2.0	21	82	8	52	48	20	0	30	1.50
28070044--28070100	21	2.7	21	88	2	78	50	26	0	22	1.49
28070433--28070482	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070582--28070950	189	2.0	187	80	6	415	33	19	18	28	1.95
28075218--28075267	23	2.2	23	96	0	91	36	16	14	34	1.88
28075400--28075884	241	2.0	239	97	0	925	33	17	15	33	1.91
28076064--28076191	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
28076081--28076158	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
28076077--28076189	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
28076249--28076285	18	2.1	17	95	5	65	45	21	0	32	1.52
28081732--28081775	21	2.1	21	95	0	79	29	15	52	2	1.55
28082069--28082203	43	3.1	43	83	0	162	22	18	22	36	1.95
28082111--28082309	106	1.9	107	80	5	233	22	20	21	35	1.96
28085411--28085466	25	2.2	25	84	6	69	69	14	14	1	1.27
28085482--28085533	6	8.7	6	85	8	61	82	0	5	11	0.82
28086481--28086521	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
28089146--28089186	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
28089984--28090040	28	2.0	28	100	0	114	24	10	21	43	1.83
28094047--28094111	28	2.3	28	92	5	105	35	26	7	30	1.84
28094217--28094306	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
28094770--28094808	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
28095388--28095421	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
28095386--28095418	11	3.1	11	82	8	50	30	9	9	51	1.64
28101925--28101989	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
28102105--28102184	27	2.9	28	81	5	99	18	26	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28102648--28102686	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
28108235--28108285	14	3.6	14	78	21	61	39	27	5	27	1.79
28108594--28108631	17	2.2	17	90	0	58	42	21	13	23	1.88
28109517--28109545	13	2.2	13	100	0	58	37	13	13	34	1.85
28110993--28111052	31	1.9	31	86	0	84	40	11	15	33	1.83
28111326--28111424	43	2.3	43	83	0	117	27	24	19	29	1.98
28111397--28111478	43	1.9	43	84	0	110	26	15	26	30	1.96
28122039--28122117	12	6.3	12	73	16	54	34	5	0	60	1.18
28122088--28122130	15	2.9	15	86	10	61	32	0	0	67	0.91
28122018--28122133	13	9.0	13	70	16	73	34	3	0	61	1.19
28133593--28134564	208	4.7	207	90	1	1457	30	17	22	29	1.97
28134796--28134826	13	2.4	13	94	0	53	35	12	6	45	1.68
28139528--28139858	163	2.0	163	94	1	583	35	18	6	38	1.78
28144990--28145040	25	2.0	26	92	3	86	41	1	3	52	1.31
28154043--28154067	11	2.3	11	100	0	50	64	8	8	20	1.46
28154201--28154244	24	1.9	23	86	9	63	54	13	2	29	1.51
28154315--28154350	18	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
28154452--28154576	48	2.6	49	75	13	120	66	2	4	26	1.24
28156987--28157037	25	2.0	25	88	7	77	31	21	17	29	1.96
28157150--28157219	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
28157149--28157246	25	4.0	24	78	13	76	29	24	21	24	1.99
28157466--28157530	31	2.1	30	91	2	103	33	13	24	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28158650--28158677	9	3.1	9	100	0	56	0	21	32	46	1.52
28165367--28165431	34	1.9	34	93	0	112	10	21	23	44	1.83
28165902--28165969	24	2.8	24	88	4	93	32	5	38	23	1.79
28167406--28167517	27	4.2	26	79	7	116	16	23	23	36	1.94
28167631--28167782	78	1.9	78	95	0	277	25	15	20	39	1.91
28170357--28170523	46	3.6	46	75	10	169	30	29	18	21	1.97
28170364--28170536	93	1.9	93	88	0	265	28	28	20	21	1.98
28176428--28176593	85	2.0	85	97	0	314	30	13	34	21	1.92
28176705--28176778	24	3.1	24	84	0	85	35	6	37	20	1.79
28178216--28178327	27	4.2	26	77	7	98	17	22	22	37	1.94
28184650--28184686	18	2.1	18	100	0	74	24	5	10	59	1.52
28186676--28186725	24	2.1	24	88	0	73	34	4	40	22	1.72
28188163--28188269	27	3.9	27	82	9	128	17	23	21	37	1.94
28192540--28192724	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
28192541--28192724	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
28192593--28192757	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
28194913--28194971	17	3.6	16	78	14	57	77	5	8	8	1.10
28194931--28194981	22	2.4	22	75	21	54	78	0	9	11	0.97
28194968--28195004	17	2.2	17	90	0	56	72	5	0	21	1.04
28196812--28196873	30	2.1	30	90	0	97	16	20	12	50	1.78
28199458--28199725	40	6.7	40	95	0	473	21	26	20	31	1.98
28204072--28204233	81	2.0	81	97	0	306	30	32	17	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28204168--28204332	46	3.7	46	71	12	162	30	29	19	20	1.97
28208986--28209047	6	11.0	6	79	10	69	79	1	3	16	0.95
28208990--28209042	22	2.4	22	87	6	72	79	1	3	15	0.96
28208986--28209047	16	3.8	16	87	10	81	79	1	3	16	0.95
28208986--28209047	11	5.5	11	81	14	65	79	1	3	16	0.95
28212369--28212399	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28212366--28212405	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28212478--28212522	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
28212648--28212845	55	3.7	53	77	6	175	22	24	17	35	1.95
28224475--28224601	43	3.0	43	71	5	123	33	22	13	30	1.93
28230535--28230567	12	2.8	12	100	0	66	33	18	6	42	1.75
28231669--28232068	200	2.0	200	99	0	782	26	24	24	24	2.00
28237289--28238233	40	23.6	40	99	0	1863	22	27	22	27	1.99
28241049--28241081	18	1.9	18	88	11	52	42	15	12	30	1.83
28246521--28246651	49	2.7	49	83	2	156	24	28	18	29	1.98
28251468--28251623	45	3.4	45	78	4	136	39	15	24	20	1.91
28252896--28252998	27	3.8	27	80	0	107	33	25	4	36	1.77
28252977--28253109	28	4.9	27	76	8	101	39	21	6	31	1.80
28252991--28253091	28	3.6	28	85	6	118	41	21	7	28	1.81
28253103--28253177	27	2.8	28	82	8	102	28	24	6	41	1.80
28253209--28253359	27	5.7	26	73	12	108	41	21	7	29	1.80
28253232--28253353	54	2.3	54	84	2	147	43	18	7	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28253379--28253452	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
28254163--28254248	20	4.3	20	89	5	131	40	10	17	31	1.83
28254163--28254248	39	2.2	40	89	6	131	40	10	17	31	1.83
28254298--28254445	26	5.8	26	95	0	257	25	25	23	25	2.00
28254591--28254684	42	2.2	42	88	3	136	29	14	19	36	1.92
28254706--28254815	31	3.5	31	93	0	193	29	16	26	28	1.97
28263547--28263696	27	5.5	27	78	4	122	28	27	16	28	1.97
28263568--28263723	27	5.7	27	76	13	108	29	26	16	27	1.97
28266661--28266813	77	2.0	77	90	0	243	32	8	25	33	1.86
28268085--28268172	45	2.0	45	86	0	122	37	13	22	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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