genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  44  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14106437--14106524	29	3.1	29	80	4	99	27	28	14	29	1.95
14106740--14106774	16	2.2	16	89	0	52	11	17	20	51	1.75
14111761--14111948	49	3.8	49	83	2	250	29	26	18	26	1.98
14111766--14111951	100	1.9	100	94	0	327	29	26	18	25	1.98
14112257--14112294	14	2.5	16	87	8	53	34	21	2	42	1.67
14114093--14114152	15	4.0	15	86	0	75	60	18	13	8	1.58
14114083--14114151	30	2.3	30	82	2	86	59	18	14	7	1.58
14117126--14117300	49	3.6	49	78	3	199	29	26	16	27	1.97
14117119--14117301	100	1.8	99	91	1	303	28	26	17	27	1.98
14122913--14123104	54	3.4	54	69	16	174	27	19	23	29	1.99
14122855--14123100	114	2.2	114	100	0	492	26	19	24	30	1.98
14126220--14126250	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
14137701--14137760	30	2.0	30	93	0	102	30	30	5	35	1.79
14139918--14140074	43	3.7	43	70	13	110	33	25	18	22	1.97
14141984--14142024	21	2.0	21	100	0	82	31	24	4	39	1.76
14147440--14147481	21	1.9	23	85	9	61	26	0	28	45	1.54
14149391--14149458	32	2.1	32	86	5	93	29	29	20	20	1.98
14151497--14151529	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
14155671--14155746	32	2.4	32	86	0	98	28	28	18	23	1.98
14159095--14159325	48	4.8	48	95	0	426	35	6	27	31	1.82
14163088--14163272	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
14163069--14163272	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14167036--14167291	40	6.4	40	89	2	358	26	26	22	24	2.00
14175188--14175309	40	3.0	40	92	2	201	26	28	21	23	1.99
14191957--14192140	67	2.8	64	74	10	178	28	17	29	23	1.97
14193437--14193473	18	2.0	19	89	5	58	43	10	18	27	1.83
14195118--14195229	61	1.9	58	87	5	161	50	6	3	40	1.45
14205467--14205516	26	1.9	26	95	0	91	34	2	8	56	1.40
14205632--14205733	43	2.4	43	83	3	125	29	15	24	30	1.96
14208050--14208179	41	3.2	41	76	2	145	36	18	22	22	1.95
14208276--14208331	22	2.5	22	85	2	67	5	33	5	55	1.45
14212667--14212786	60	2.0	62	83	6	156	30	20	22	27	1.98
14219465--14219705	50	4.8	50	81	1	257	26	17	25	30	1.97
14219465--14219652	101	1.9	101	82	0	241	25	18	25	30	1.98
14219468--14219740	151	1.8	151	84	1	377	25	17	26	30	1.97
14244170--14244203	16	2.1	17	88	5	52	44	5	23	26	1.76
14246040--14246172	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
14247560--14247872	47	6.6	47	90	2	482	33	7	29	28	1.86
14247560--14247872	96	3.3	96	95	1	553	33	7	29	28	1.86
14247560--14247872	143	2.2	142	90	2	484	33	7	29	28	1.86
14250117--14250162	24	1.9	24	90	0	74	28	10	45	15	1.79
14253903--14253951	26	1.9	25	84	12	64	40	8	18	32	1.80
14263810--14263847	13	2.8	13	92	4	58	44	13	0	42	1.43
14267374--14267398	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14270604--14270670	33	2.0	33	97	0	125	29	22	2	44	1.67
14271769--14271950	91	2.0	91	97	0	346	29	21	19	29	1.97
14279092--14279120	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
14280435--14280487	24	2.3	23	77	9	54	32	1	0	66	1.03
14280913--14281119	80	2.6	80	80	3	211	37	9	10	43	1.70
14285422--14285529	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
14292493--14292546	26	2.1	26	92	0	90	37	22	7	33	1.82
14296178--14296439	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
14303846--14303913	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
14303735--14304062	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
14304015--14304093	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
14305933--14306053	57	2.1	58	80	4	138	45	6	19	28	1.75
14309884--14310061	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
14309885--14310040	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
14309881--14310061	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
14309966--14310072	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
14314623--14314676	25	2.2	25	86	0	72	33	12	24	29	1.92
14327718--14327974	129	2.0	129	94	0	451	29	17	24	28	1.97
14336425--14336546	60	2.0	60	98	0	235	32	18	3	45	1.66
14336425--14336523	33	3.2	33	65	26	88	28	22	4	45	1.70
14341731--14341761	15	2.0	16	93	6	55	12	0	6	80	0.89
14344582--14344638	21	2.7	21	78	10	62	15	15	3	64	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14345777--14345823	9	5.3	9	79	5	51	21	10	12	55	1.67
14345776--14345817	18	2.4	17	84	7	57	21	9	14	54	1.68
14345962--14346020	30	1.9	32	83	13	79	59	3	8	28	1.43
14356865--14356909	22	2.0	22	86	8	63	33	17	15	33	1.92
14357026--14357054	15	2.0	15	93	6	51	13	0	0	86	0.58
14357896--14357937	19	2.2	19	87	8	59	42	9	0	47	1.36
14357896--14357933	9	3.8	10	89	10	51	42	10	0	47	1.38
14362856--14362903	12	4.0	12	76	10	53	52	0	2	45	1.12
14369182--14369308	33	3.8	33	82	2	139	28	10	45	15	1.79
14369182--14369310	66	2.0	66	85	3	179	28	10	45	15	1.78
14369215--14369327	33	3.4	33	83	2	129	32	8	41	16	1.80
14369184--14369327	66	2.2	66	82	5	157	31	9	43	15	1.80
14371603--14371701	30	3.2	32	66	21	84	54	16	0	29	1.42
14371624--14371722	31	3.3	31	68	21	100	57	14	0	28	1.37
14371605--14371722	60	2.0	60	96	0	218	55	15	0	29	1.41
14371780--14371886	33	3.4	32	64	27	77	52	10	0	37	1.36
14371799--14371888	26	3.2	26	68	24	74	53	10	0	36	1.35
14371771--14371898	59	2.2	59	91	2	204	55	11	0	32	1.36
14372056--14372103	3	16.3	3	86	4	71	0	31	0	68	0.90
14372052--14372121	9	7.2	10	78	12	51	0	37	0	62	0.95
14372658--14372682	10	2.5	10	100	0	50	28	8	0	64	1.22
14372748--14372809	31	2.0	32	87	3	90	69	0	3	27	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14372748--14372824	33	2.4	32	82	6	84	68	0	2	28	1.02
14372764--14372839	15	4.9	15	71	16	57	71	0	3	25	1.03
14373878--14373925	14	3.4	14	82	0	51	45	6	29	18	1.74
14381572--14381647	37	2.1	37	97	0	143	35	2	7	53	1.44
14403938--14403966	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
14407688--14407738	25	2.0	25	85	7	68	66	5	25	1	1.24
14408568--14408610	22	2.0	22	100	0	86	41	23	9	25	1.84
14409547--14409597	19	2.8	18	75	13	52	54	1	0	43	1.11
14412079--14412121	18	2.2	20	80	12	54	79	4	11	4	1.04
14412079--14412129	18	2.8	17	76	21	50	80	3	9	5	1.01
14412086--14412129	18	2.4	18	76	0	52	81	4	9	4	0.96
14417763--14417974	111	1.9	113	92	2	356	33	8	12	46	1.71
14427378--14427569	46	3.9	50	76	13	157	25	15	29	29	1.96
14427378--14427514	53	2.6	53	85	5	163	27	16	27	29	1.97
14427378--14427570	53	3.9	48	75	16	153	25	15	29	29	1.96
14438529--14438699	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
14438521--14438696	46	3.8	46	78	10	205	28	29	20	21	1.98
14441578--14441678	39	2.6	39	91	0	166	39	24	23	11	1.89
14443028--14443181	18	8.2	18	77	7	137	33	18	12	35	1.89
14443028--14443133	38	2.8	38	85	5	137	33	18	14	33	1.91
14443045--14443181	56	2.4	56	87	4	188	32	17	13	36	1.88
14443040--14443181	38	3.8	36	82	5	140	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14453988--14454291	40	7.7	40	90	4	431	25	27	21	25	1.99
14457617--14457679	32	2.0	32	96	0	117	36	6	20	36	1.78
14458514--14458811	47	6.6	47	83	11	327	33	10	28	27	1.90
14458611--14458680	35	2.0	35	91	0	113	32	10	28	28	1.89
14458564--14458793	82	2.6	85	87	8	313	33	11	28	26	1.91
14458517--14458774	129	2.0	129	93	0	444	33	10	27	27	1.90
14458656--14458778	25	5.2	25	64	18	91	34	11	26	26	1.91
14458668--14458790	22	5.3	22	66	21	81	33	12	28	26	1.92
14458646--14458833	47	4.0	47	94	1	297	33	11	28	26	1.91
14458807--14459035	46	5.0	46	95	0	377	34	9	32	24	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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