genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7600210--7600251	5	8.6	5	84	5	59	76	0	0	23	0.79
7600212--7600249	10	3.9	10	96	3	69	73	0	0	26	0.83
7601187--7601218	15	2.1	15	94	0	55	56	6	15	21	1.62
7604312--7604376	32	2.0	32	96	0	121	29	6	24	40	1.79
7605855--7605907	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
7614171--7614246	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
7614200--7614297	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
7614207--7614297	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
7614649--7614832	45	4.0	45	72	6	165	27	26	15	30	1.96
7614773--7615064	78	3.8	78	87	1	417	25	23	18	32	1.97
7615053--7615328	44	6.3	44	82	3	306	28	23	14	32	1.95
7623759--7623794	17	2.1	18	89	5	56	63	0	2	33	1.08
7624047--7624122	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
7624083--7624173	19	4.9	19	90	8	152	35	16	10	37	1.84
7624076--7624173	35	2.7	37	86	12	141	34	17	10	37	1.83
7624097--7624152	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
7624292--7624330	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
7633631--7633679	24	2.0	24	84	7	64	32	14	8	44	1.74
7633763--7633807	12	3.9	12	75	18	51	33	2	0	64	1.06
7633817--7633854	19	2.1	19	90	5	60	42	2	2	52	1.29
7634044--7634092	24	2.0	24	84	7	64	32	14	8	44	1.74
7634174--7634224	13	3.8	13	82	14	68	33	1	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7634176--7634235	27	2.3	27	88	5	88	31	6	0	61	1.22
7634174--7634272	13	6.8	15	71	18	59	29	8	0	62	1.23
7634174--7634224	20	2.5	20	75	25	54	33	1	0	64	1.05
7634469--7634523	17	3.4	16	80	9	67	36	3	0	60	1.15
7634546--7634730	55	3.1	55	63	24	133	35	9	2	52	1.45
7634505--7634754	122	2.0	122	99	0	491	33	9	2	54	1.45
7641231--7641268	16	2.4	16	95	4	69	31	26	13	28	1.93
7647516--7647541	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
7652405--7652520	43	2.7	43	82	2	135	33	24	16	25	1.96
7652759--7652801	21	2.0	21	86	0	59	18	20	9	51	1.74
7659941--7659996	28	2.0	28	96	0	103	41	14	12	32	1.83
7667103--7667365	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
7667142--7667400	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
7674154--7674196	23	1.9	23	95	4	79	25	4	51	18	1.66
7674216--7674292	34	2.3	34	79	4	93	32	23	18	25	1.97
7682795--7683047	40	6.3	40	97	1	431	22	22	27	26	1.99
7687975--7688054	34	2.4	33	85	10	101	21	26	23	28	1.99
7693280--7693345	33	2.0	33	93	0	114	36	19	16	27	1.93
7697763--7697804	18	2.3	18	84	8	59	61	4	4	28	1.36
7699294--7699373	3	26.3	3	73	12	65	67	2	6	23	1.26
7699505--7699612	54	2.0	54	81	3	128	58	2	5	33	1.36
7699536--7699654	3	39.7	3	72	9	91	60	2	5	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7699632--7699669	14	2.8	13	85	14	51	60	0	10	28	1.30
7699571--7699699	42	3.0	43	78	10	120	55	2	10	31	1.47
7699677--7699714	18	2.1	18	90	5	58	55	7	13	23	1.64
7701306--7701350	21	2.3	19	85	11	56	48	8	2	40	1.47
7701376--7701408	16	2.0	17	88	5	50	21	3	0	75	0.93
7702331--7702374	18	2.5	17	82	10	52	40	2	6	50	1.42
7702336--7702384	19	2.6	18	87	9	62	36	2	8	53	1.43
7710502--7710580	39	2.0	39	100	0	158	44	5	12	37	1.65
7716991--7717028	16	2.5	15	87	8	58	57	0	0	42	0.98
7722179--7722245	34	1.9	35	90	3	109	43	11	10	34	1.76
7722830--7722858	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
7724447--7724631	98	1.9	98	94	2	327	24	23	31	19	1.98
7725872--7725918	15	3.1	15	76	14	51	46	2	2	48	1.25
7727237--7727281	22	2.0	22	83	8	56	42	6	0	51	1.28
7729244--7729658	208	2.0	207	97	1	787	37	13	14	35	1.85
7730318--7730417	15	6.3	16	73	24	72	60	2	7	31	1.35
7730311--7730394	33	2.3	39	78	15	99	59	1	7	32	1.32
7730354--7730393	17	2.4	17	86	0	53	57	2	10	30	1.45
7731855--7731887	17	1.9	17	88	11	50	15	9	42	33	1.78
7734340--7734445	47	2.3	47	81	6	126	35	25	17	20	1.95
7737796--7737850	27	2.0	27	96	0	101	45	3	0	50	1.19
7737901--7737933	10	3.4	10	95	4	59	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737901--7737933	15	2.3	14	94	5	57	63	0	0	36	0.95
7738386--7738452	20	3.4	20	76	15	68	64	1	2	31	1.18
7738364--7738483	39	3.4	37	71	15	94	65	1	1	31	1.13
7738914--7738973	31	2.0	31	83	9	79	66	0	0	33	0.92
7740058--7740087	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
7740801--7740885	35	2.4	35	80	9	100	35	28	7	29	1.83
7741580--7741627	21	2.3	22	78	10	55	47	27	2	22	1.62
7741693--7741767	7	10.9	7	80	5	64	54	36	0	9	1.33
7742120--7742162	20	2.1	20	83	12	52	44	2	4	48	1.36
7744051--7744086	16	2.2	16	90	0	54	30	16	13	38	1.88
7747591--7747683	14	6.7	14	70	7	64	27	2	23	46	1.64
7750421--7750481	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
7751351--7751425	27	2.8	26	83	4	78	34	2	21	41	1.67
7751483--7751532	21	2.4	21	86	6	66	66	6	6	22	1.36
7754286--7754319	16	2.1	16	100	0	68	55	14	0	29	1.40
7756123--7756158	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
7756123--7756158	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
7756175--7756247	10	7.2	10	73	18	53	61	0	5	32	1.19
7756430--7756482	18	2.9	18	81	13	56	66	0	1	32	1.03
7756350--7756477	25	5.0	25	69	16	73	63	1	6	28	1.28
7758090--7758684	44	13.5	44	84	1	762	27	25	15	31	1.96
7770509--7770544	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7770509--7770544	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
7770529--7770634	10	10.2	10	70	18	56	62	0	7	30	1.23
7771463--7771517	9	6.1	9	91	0	83	18	54	27	0	1.44
7771462--7771513	27	1.9	27	96	0	95	17	51	30	0	1.45
7772255--7772287	14	2.3	15	89	5	50	21	0	0	78	0.75
7774752--7775136	133	2.9	130	79	9	401	47	4	7	41	1.51
7774913--7774974	32	1.9	32	90	6	99	48	0	6	45	1.28
7777036--7777118	41	2.0	41	92	0	139	32	4	16	45	1.69
7779596--7779634	3	13.3	3	86	5	53	74	0	25	0	0.82
7781917--7782012	21	4.6	21	88	1	122	37	3	18	40	1.67
7781917--7781994	7	11.3	7	94	1	122	39	1	17	41	1.58
7781988--7782017	14	2.1	14	93	0	51	26	13	26	33	1.93
7782349--7782410	32	2.0	31	87	3	88	50	0	12	37	1.41
7782467--7782525	31	1.9	31	96	0	109	42	0	11	45	1.41
7782493--7782706	101	2.1	101	91	5	353	44	6	5	43	1.52
7782615--7782700	42	2.0	42	82	4	102	47	8	3	40	1.50
7782877--7783071	95	2.0	97	85	2	259	25	21	21	31	1.98
7787540--7787598	21	2.8	20	74	2	55	25	6	28	38	1.81
7799622--7799672	25	2.1	26	85	10	72	62	0	0	37	0.95
7800743--7800767	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7801181--7801217	16	2.3	16	90	0	56	21	0	2	75	0.92
7813868--7813928	27	2.2	28	80	8	72	36	4	11	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7813883--7813937	27	2.0	27	100	0	110	25	7	14	52	1.67
7814892--7814944	20	2.5	20	75	6	52	45	1	3	49	1.31
7815145--7815209	17	3.8	18	73	17	57	64	3	1	30	1.18
7815749--7815779	12	2.6	12	94	0	53	90	0	9	0	0.46
7818714--7818853	73	1.9	73	81	8	169	32	15	10	42	1.80
7818787--7819108	87	3.7	86	78	7	303	33	13	11	40	1.82
7826363--7826388	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
7827407--7827441	17	2.1	17	89	5	54	31	8	0	60	1.27
7828039--7828113	9	8.1	9	73	22	50	53	0	1	45	1.08
7828065--7828171	33	3.1	35	76	11	107	52	0	1	44	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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