genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8820951--8821002	3	17.7	3	88	11	81	67	0	1	30	1.02
8820955--8821000	23	2.0	23	91	8	76	69	0	2	28	1.00
8821244--8821290	23	2.0	23	100	0	94	40	12	12	34	1.82
8839268--8839295	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
8840053--8840247	58	3.3	58	95	0	336	52	4	3	39	1.38
8843530--8843595	35	1.9	34	87	6	98	45	13	9	31	1.75
8858492--8858539	15	3.4	15	75	13	57	16	0	8	75	1.04
8858492--8858559	27	2.5	28	83	9	79	14	2	7	75	1.14
8858567--8858606	18	2.2	19	86	4	55	7	17	0	75	1.03
8859844--8860037	92	2.1	92	81	1	246	25	23	19	31	1.98
8860416--8860501	25	3.4	25	81	0	109	26	15	18	39	1.90
8863332--8863356	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8873750--8873801	15	3.4	15	77	15	61	69	0	3	26	1.06
8873747--8873805	31	2.0	30	90	6	93	67	0	3	28	1.06
8875719--8875761	17	2.6	16	85	10	59	74	2	6	16	1.14
8875720--8875764	20	2.2	20	84	7	56	75	2	6	15	1.11
8880753--8881074	78	4.0	79	78	8	278	39	13	14	31	1.85
8880916--8881085	89	2.0	85	82	4	205	40	11	14	34	1.81
8881681--8882253	260	2.2	261	93	2	967	42	9	19	29	1.82
8883014--8883060	22	2.1	22	100	0	94	31	4	17	46	1.67
8885015--8885060	14	3.1	17	74	25	50	36	0	4	58	1.18
8885948--8885982	15	2.3	15	100	0	70	57	25	11	5	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8889400--8889428	13	2.1	14	93	6	51	20	24	37	17	1.93
8889634--8889707	32	2.3	32	95	0	130	17	9	37	35	1.82
8892288--8892740	144	3.2	142	83	6	526	30	19	13	37	1.90
8892340--8892809	144	3.3	140	84	5	507	31	19	13	35	1.90
8901862--8902008	66	2.2	69	85	7	194	30	18	9	41	1.82
8901892--8901989	34	2.9	33	69	10	83	27	18	10	43	1.82
8903817--8903843	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8905420--8905501	42	2.0	42	95	0	146	40	25	13	20	1.89
8906069--8906121	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8906991--8907101	56	2.0	56	98	0	213	23	26	12	37	1.90
8907660--8907741	26	3.2	26	92	0	146	35	24	7	32	1.83
8908835--8908869	17	2.1	17	94	0	61	31	0	2	65	1.07
8908840--8908890	3	17.0	3	80	8	50	31	3	1	62	1.24
8909168--8909203	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
8909464--8909509	20	2.3	21	77	11	60	34	4	6	54	1.46
8920800--8920876	40	1.9	40	87	10	113	55	11	19	12	1.67
8921758--8921790	15	2.3	15	89	5	50	15	12	9	63	1.51
8921931--8921961	13	2.4	13	100	0	62	12	16	6	64	1.47
8921691--8922209	86	6.0	85	78	10	495	26	16	19	38	1.92
8921699--8922170	173	2.7	172	81	9	516	26	16	19	37	1.93
8921691--8922208	260	2.0	255	81	9	611	26	16	19	38	1.92
8922323--8922421	44	2.2	44	87	0	135	29	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923876--8923910	17	2.1	17	94	0	61	31	0	2	65	1.07
8923881--8924002	3	40.0	3	71	15	56	31	4	5	59	1.40
8923885--8924029	71	2.0	71	97	0	272	31	3	7	57	1.44
8923885--8924048	71	2.3	71	91	4	242	31	3	8	56	1.47
8923885--8924073	71	2.7	71	87	6	224	31	4	7	57	1.46
8924285--8924320	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
8924581--8924626	20	2.3	21	77	11	60	34	4	6	54	1.46
8929060--8929157	19	5.2	19	87	7	146	38	9	16	35	1.80
8929060--8929166	36	2.8	37	83	9	135	37	10	15	36	1.82
8931116--8931162	24	2.0	24	95	0	85	38	8	10	42	1.70
8937785--8938045	126	2.1	126	88	2	389	27	16	16	38	1.91
8937785--8938103	126	2.5	126	83	5	342	27	15	18	38	1.91
8939889--8939996	26	4.2	26	89	0	162	34	6	22	37	1.80
8942367--8942653	143	2.0	143	98	0	556	21	21	24	32	1.98
8942869--8942914	19	2.4	19	89	7	67	21	21	10	45	1.82
8945102--8945140	16	2.4	16	83	8	53	82	2	15	0	0.79
8946158--8946194	18	2.1	18	100	0	74	21	10	10	56	1.64
8946865--8946989	64	2.0	64	90	3	198	29	15	16	39	1.89
8947165--8947349	45	4.2	45	68	9	119	24	16	28	30	1.96
8947056--8947495	132	3.3	132	87	1	634	26	20	26	27	1.99
8947056--8947570	132	3.9	130	82	5	380	27	20	25	26	1.99
8947673--8948183	88	5.8	88	88	0	718	25	23	23	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8947679--8948075	44	9.0	44	63	14	149	25	23	23	27	2.00
8947676--8948183	264	1.9	264	90	0	811	25	23	23	27	2.00
8948180--8948501	44	7.1	44	72	9	209	30	19	23	26	1.98
8948331--8948432	51	2.0	52	82	5	127	35	22	18	23	1.96
8949900--8950015	58	2.0	58	96	0	214	19	9	21	49	1.77
8950242--8950289	17	2.8	17	87	3	60	20	0	6	72	1.05
8951322--8951554	126	1.8	126	89	0	367	28	15	16	39	1.89
8951338--8951606	126	2.1	126	83	4	328	27	14	15	42	1.87
8951338--8951640	126	2.4	126	81	5	301	26	15	16	40	1.89
8959869--8960078	3	69.7	3	99	0	411	66	0	0	33	0.96
8961119--8961198	42	1.9	42	86	0	115	23	28	35	12	1.91
8961027--8961293	104	2.6	104	84	2	313	25	22	31	20	1.98
8962080--8962127	25	1.9	25	87	8	71	10	27	10	52	1.68
8964938--8965012	19	4.1	19	91	8	129	37	10	14	37	1.81
8965199--8965273	19	4.1	19	91	8	129	37	10	14	37	1.81
8965461--8965535	19	4.1	19	91	8	129	37	10	14	37	1.81
8964741--8965793	261	4.0	261	97	0	1966	39	17	14	27	1.89
8964741--8965793	523	2.0	523	96	1	1968	39	17	14	27	1.89
8965724--8965779	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
8965722--8965800	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
8965722--8965793	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
8965722--8965816	17	4.8	22	84	12	79	36	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8965785--8965830	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
8965772--8965830	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
8966085--8966118	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
8968600--8968709	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
8970444--8970558	27	4.3	26	80	7	122	18	23	20	37	1.94
8973311--8973342	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
8989945--8990042	48	2.1	47	90	7	162	15	9	10	64	1.48
8991717--8991751	3	11.3	3	87	6	52	34	2	0	62	1.10
9000797--9000853	9	6.2	9	80	8	62	84	1	10	3	0.82
9002116--9002157	22	2.0	22	85	4	59	35	16	4	42	1.69
9003637--9003680	3	14.7	3	100	0	88	68	0	31	0	0.90
9004258--9004344	42	2.1	42	95	0	156	22	36	4	35	1.75
9006455--9006506	24	2.0	24	85	10	68	63	1	5	28	1.28
9006840--9006869	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
9007829--9007903	22	3.6	21	74	15	66	41	17	5	36	1.72
9007857--9007903	19	2.6	19	87	9	64	34	19	6	40	1.77
9007960--9008004	23	2.0	23	86	4	65	42	15	8	33	1.78
9007970--9008031	19	3.0	22	79	15	78	37	17	9	35	1.83
9007796--9008055	128	2.0	128	98	0	502	40	16	10	33	1.82
9008002--9008089	30	2.9	30	98	1	167	36	19	10	34	1.85
9008439--9008637	45	4.5	45	85	1	258	24	28	15	31	1.96
9008453--9008618	89	1.9	88	89	1	260	27	29	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9008735--9008921	44	4.2	44	70	15	116	27	23	19	29	1.98
9008631--9008979	134	2.6	133	88	3	468	27	23	17	31	1.97
9008766--9008975	44	4.6	46	72	14	175	25	23	19	30	1.98
9009027--9009733	44	16.0	44	77	12	598	27	27	15	29	1.96
9009055--9009558	176	2.8	176	84	7	660	27	26	15	29	1.96
9009034--9009733	220	3.2	219	86	4	878	28	27	15	29	1.96
9015572--9015616	23	2.0	23	86	4	65	42	15	8	33	1.78
9015582--9015671	19	4.9	19	73	25	79	36	17	10	35	1.84
9015614--9015671	30	1.9	31	96	3	109	36	18	10	34	1.85
9016416--9016472	28	2.0	28	80	12	64	40	0	42	17	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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