genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24079574--24079642	25	2.7	26	78	13	81	28	2	2	65	1.22
24079574--24079660	26	3.4	25	73	10	79	26	3	4	65	1.28
24098966--24099483	259	2.0	258	91	1	833	30	20	11	36	1.89
24107070--24107121	20	2.6	20	81	0	68	34	19	19	26	1.95
24124048--24124155	53	2.1	53	92	1	182	22	13	9	54	1.67
24127710--24127775	34	2.0	33	81	3	78	24	19	0	56	1.43
24127723--24127786	33	1.9	34	84	9	87	20	20	0	59	1.38
24131205--24131583	187	2.0	187	100	0	758	34	16	21	28	1.95
24133487--24133626	73	1.9	73	92	0	235	25	4	20	50	1.66
24136811--24136844	17	1.9	18	88	5	52	61	8	23	5	1.47
24141104--24141131	12	2.3	12	100	0	56	7	17	35	39	1.78
24143792--24143823	15	2.1	16	94	5	57	59	0	21	18	1.38
24143791--24143842	20	2.6	20	84	0	68	51	1	23	23	1.58
24146415--24146441	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
24148493--24148565	37	2.0	37	100	0	146	30	10	21	36	1.88
24149607--24149633	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
24149939--24149963	11	2.3	11	100	0	50	20	16	12	52	1.75
24152359--24152491	56	2.4	53	75	11	126	59	3	5	32	1.35
24152453--24152501	20	2.6	18	78	15	53	63	4	0	32	1.13
24152550--24152603	9	5.8	9	80	8	63	62	1	3	31	1.23
24152538--24152604	19	3.5	19	76	8	73	61	5	2	29	1.35
24152541--24152613	29	2.5	29	73	8	69	63	6	2	27	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24152992--24153180	10	20.0	9	70	14	78	36	2	4	57	1.30
24152992--24153170	19	9.5	19	72	16	90	36	2	4	56	1.32
24152987--24153082	45	2.1	44	78	16	99	34	3	3	59	1.29
24153156--24153186	10	3.1	10	100	0	62	29	0	0	70	0.87
24156753--24156787	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
24161563--24161593	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
24166087--24166117	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
24172475--24172517	20	2.0	22	91	8	72	48	0	0	51	1.00
24172489--24172586	29	3.2	29	76	5	106	57	0	1	41	1.05
24172504--24172586	20	4.1	20	73	14	80	57	0	1	40	1.06
24172495--24172574	9	8.3	9	70	17	54	56	0	1	42	1.07
24174529--24174562	17	2.0	17	94	0	59	35	26	29	8	1.87
24175122--24175178	9	6.2	9	76	9	53	54	0	1	43	1.10
24175110--24175190	29	2.8	29	79	9	101	53	1	1	44	1.16
24175127--24175173	20	2.3	20	92	0	76	57	0	2	40	1.11
24175394--24175427	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
24180651--24180677	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
24185127--24185185	18	3.5	18	75	15	63	42	0	3	54	1.17
24185147--24185444	146	2.0	147	95	1	535	50	10	1	37	1.46
24185432--24185520	38	2.2	41	86	5	121	39	2	6	51	1.41
24190168--24190194	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
24195459--24195533	26	2.9	26	85	0	96	38	10	17	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24204921--24204998	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
24204951--24205278	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	30	1.95
24218419--24218448	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
24239434--24239611	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24239455--24239610	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24240099--24240124	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
24250390--24250432	22	2.0	21	86	4	59	39	0	4	55	1.20
24250824--24251033	42	5.0	42	80	4	163	30	18	21	29	1.97
24254546--24255199	240	2.7	236	84	7	766	44	11	11	32	1.76
24256439--24256542	51	2.1	49	85	3	136	44	8	18	28	1.79
24256522--24256546	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
24256797--24256872	37	2.1	37	100	0	152	32	13	23	30	1.93
24265671--24265729	26	2.3	26	87	0	82	38	11	15	33	1.84
24280436--24280469	2	17.0	2	87	0	50	47	2	0	50	1.16
24280833--24280943	27	4.0	27	72	16	82	57	3	0	38	1.16
24280873--24280906	12	2.9	12	91	4	52	67	5	0	26	1.13
24283521--24283603	41	2.0	41	92	0	139	18	18	7	56	1.63
24294591--24294650	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
24301113--24301173	30	2.0	30	93	0	104	29	24	6	39	1.80
24318056--24318088	17	1.9	18	88	11	52	45	6	15	33	1.70
24318635--24318750	57	2.0	57	86	0	160	37	22	17	23	1.94
24320228--24320561	35	9.4	34	68	11	143	34	22	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24320288--24320561	108	2.6	107	86	1	370	34	22	19	23	1.97
24330713--24330790	38	2.1	38	100	0	156	38	7	15	38	1.76
24331823--24331881	31	1.9	31	86	6	84	37	15	16	30	1.90
24334979--24335039	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24338676--24338985	94	3.3	93	77	5	288	27	19	28	24	1.99
24344056--24344270	27	8.0	27	91	0	304	35	18	21	24	1.96
24344477--24344569	25	3.7	25	91	0	150	24	25	22	26	2.00
24344477--24344605	25	5.1	24	82	8	116	28	22	22	26	1.99
24347677--24347779	23	4.5	23	73	10	86	40	17	18	23	1.91
24347762--24347815	26	2.2	26	86	6	76	40	18	16	24	1.90
24359015--24359331	47	6.8	45	77	11	252	22	29	20	27	1.98
24359016--24359331	94	3.4	93	76	12	283	22	30	20	26	1.98
24359016--24359331	141	2.2	138	81	7	334	22	30	20	26	1.98
24359671--24359728	30	1.9	30	89	0	89	27	24	13	34	1.93
24364796--24364828	17	1.9	17	88	11	50	51	0	3	45	1.16
24366639--24366748	40	2.8	40	84	2	132	25	28	12	33	1.92
24367851--24367876	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24368340--24368464	62	2.0	62	100	0	250	28	6	19	45	1.74
24371428--24371542	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
24371453--24371542	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
24371648--24371712	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
24379067--24379156	28	3.2	27	84	4	108	32	22	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379547--24379576	16	1.9	15	93	6	51	6	20	20	53	1.67
24386615--24386705	45	2.0	45	91	0	146	25	13	24	37	1.91
24394308--24394405	28	3.5	29	80	8	105	30	26	14	28	1.95
24399168--24399247	39	2.1	39	100	0	160	35	17	2	45	1.62
24408910--24408945	16	2.2	17	95	5	65	72	0	5	22	1.05
24409002--24409031	14	2.1	14	100	0	60	30	36	6	26	1.82
24409082--24409118	19	1.9	18	89	10	56	35	0	0	64	0.94
24409518--24409566	22	2.2	23	92	3	82	32	0	10	57	1.32
24409927--24409986	30	2.0	30	96	0	111	31	8	23	36	1.84
24426159--24426523	194	1.9	194	95	0	658	33	10	17	38	1.84
24430223--24430406	40	4.6	41	82	12	208	26	22	27	24	2.00
24430275--24430439	79	2.1	79	82	8	194	27	21	27	24	1.99
24435078--24435128	24	2.2	24	89	3	77	37	3	7	50	1.50
24435094--24435140	24	2.0	24	83	8	60	40	6	10	42	1.65
24439357--24439719	47	7.8	45	74	13	247	22	29	20	27	1.99
24439356--24439721	94	3.9	94	79	8	381	22	29	20	27	1.99
24439356--24439722	141	2.6	139	76	8	377	22	29	20	27	1.99
24440202--24440239	20	2.0	20	89	5	60	34	18	0	47	1.49
24440998--24441025	13	2.2	13	100	0	56	50	28	14	7	1.69
24442110--24442166	24	2.4	24	90	0	87	40	5	7	47	1.53
24445185--24445239	25	2.2	25	90	3	85	58	0	3	38	1.16
24445186--24445252	25	2.8	25	84	8	68	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24445954--24446030	24	3.2	23	70	17	59	48	1	5	45	1.33
24448156--24448188	17	1.9	17	93	0	57	69	21	0	9	1.15
24449173--24449230	30	1.9	30	85	0	80	18	17	6	56	1.62
24449389--24449445	29	2.0	29	92	0	96	31	0	1	66	1.02
24449491--24449651	7	22.0	7	70	23	93	31	1	0	66	1.04
24449496--24449650	12	13.9	12	74	18	115	32	1	0	65	1.05
24449478--24449650	80	2.2	79	85	9	228	32	1	0	65	1.07
24449477--24449658	15	12.6	15	70	26	103	32	1	1	64	1.11
24459348--24459558	115	1.8	112	83	8	271	30	4	12	52	1.59
24471678--24471874	37	5.3	37	97	0	358	26	34	19	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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