genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  75  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24813801--24813945	56	2.6	55	84	6	170	32	20	17	29	1.95
24820364--24820508	56	2.6	56	86	2	177	33	21	17	28	1.96
24820382--24820508	56	2.3	56	90	2	193	33	20	17	28	1.95
24822912--24823081	91	1.8	95	82	9	226	24	31	18	25	1.97
24822912--24823083	47	3.7	46	77	7	154	25	31	18	25	1.97
24828508--24828583	29	2.5	29	80	6	71	61	2	1	34	1.18
24828590--24828641	26	2.0	26	81	7	61	48	0	7	44	1.31
24828850--24828893	16	2.8	16	85	0	61	27	29	4	38	1.76
24828847--24828914	32	2.1	32	86	0	91	26	27	4	41	1.75
24833811--24834035	40	5.7	40	84	5	251	25	27	21	25	2.00
24833811--24834035	79	2.8	79	80	6	231	25	27	21	25	2.00
24833813--24834035	119	1.9	120	81	8	276	25	26	21	25	2.00
24835179--24835466	56	5.1	56	98	0	549	22	22	9	45	1.81
24839241--24839532	40	7.3	40	92	3	412	26	21	27	24	1.99
24839189--24839565	80	4.7	80	83	7	238	26	21	27	23	1.99
24853639--24853870	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
24862899--24862981	27	3.1	27	85	3	114	26	19	9	44	1.81
24863019--24863113	27	3.6	26	85	4	136	41	22	8	28	1.83
24863019--24863129	27	4.2	26	80	7	125	41	20	8	29	1.81
24863019--24863218	54	3.7	53	76	10	172	42	18	8	31	1.80
24863019--24863223	27	7.6	27	75	10	116	41	20	8	30	1.81
24863257--24863333	27	2.9	27	78	7	77	35	19	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24864007--24864129	26	4.8	26	92	1	196	26	21	23	28	1.99
24864274--24864365	42	2.2	42	90	0	139	29	15	21	33	1.94
24864389--24864467	31	2.5	31	89	0	131	29	16	25	29	1.97
24866547--24866737	39	4.9	39	89	3	192	19	24	30	25	1.98
24870154--24870262	43	2.5	43	86	2	148	32	20	16	31	1.95
24872344--24872398	17	3.3	17	92	2	85	58	5	27	9	1.51
24873508--24873549	23	1.9	22	85	9	59	28	2	0	69	1.01
24876153--24876235	25	3.2	25	64	12	58	38	9	27	24	1.86
24876122--24876330	54	3.9	54	86	5	287	36	13	25	23	1.92
24876169--24876251	27	3.0	29	65	20	77	40	12	25	21	1.88
24876122--24876322	109	1.9	108	89	5	316	37	13	25	22	1.92
24886673--24886751	40	2.0	40	92	0	131	20	12	31	35	1.90
24902824--24902891	29	2.3	30	80	7	86	27	30	13	27	1.94
24902854--24903162	147	2.1	145	97	1	582	31	24	14	29	1.95
24903140--24903218	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
24908628--24908680	27	2.0	27	92	0	88	15	22	41	20	1.89
24909893--24909983	43	2.1	43	83	2	112	24	18	28	28	1.98
24913182--24913388	53	3.8	53	78	3	189	20	24	16	38	1.93
24913722--24913781	30	2.0	30	87	3	86	26	23	6	43	1.78
24925413--24925496	10	7.8	11	76	20	72	17	5	5	70	1.29
24925413--24925498	20	4.1	20	75	20	86	19	5	5	68	1.31
24926615--24926749	67	2.1	65	84	13	172	40	13	8	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24929258--24929403	27	5.5	27	73	6	127	35	25	11	27	1.91
24929255--24929428	26	6.6	26	72	5	134	34	27	12	26	1.92
24929255--24929428	53	3.3	53	95	0	321	34	27	12	26	1.92
24929836--24929927	27	3.4	27	79	5	98	32	27	13	27	1.93
24929414--24930328	499	1.8	499	99	0	1812	37	21	6	34	1.79
24933522--24933745	46	4.7	49	75	13	202	21	27	20	30	1.98
24933522--24933785	46	5.6	47	73	12	170	21	27	20	29	1.98
24933521--24933787	94	2.9	92	79	12	271	22	27	20	29	1.99
24941905--24942022	27	4.4	27	84	6	152	33	18	22	25	1.97
24941905--24942022	54	2.2	53	89	4	175	33	18	22	25	1.97
24941905--24942038	54	2.5	54	86	6	166	33	18	22	25	1.97
24941905--24942043	27	5.2	25	80	13	136	33	19	22	25	1.97
24946139--24946349	53	3.9	54	85	2	255	32	18	23	26	1.97
24946132--24946349	27	8.1	27	84	2	233	32	18	23	26	1.97
24946518--24946570	27	2.0	27	88	0	79	24	20	18	35	1.95
24946781--24946845	33	2.0	33	84	0	85	32	18	21	27	1.97
24949810--24949876	21	3.3	21	70	8	75	49	0	44	5	1.27
24949803--24949886	40	2.1	40	97	0	159	52	0	40	7	1.29
24954205--24954231	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
24954719--24954896	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24954720--24954875	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24954716--24954896	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24962909--24963086	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24962910--24963065	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24962906--24963086	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24967863--24968108	49	5.0	49	82	3	285	28	27	19	25	1.98
24967863--24968107	100	2.5	99	83	2	303	28	26	19	25	1.99
24968355--24968408	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
24972566--24972615	23	2.2	23	88	0	73	30	16	14	40	1.87
24972576--24972621	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
24989325--24989491	72	2.3	72	100	0	334	19	32	14	32	1.93
24995401--24995429	7	4.1	7	100	0	58	27	31	0	41	1.56
24998865--24998898	18	1.9	18	88	5	52	20	5	11	61	1.50
25000890--25001064	47	3.6	47	81	5	188	24	29	20	25	1.99
25006994--25007178	40	4.6	40	79	8	198	24	24	28	23	2.00
25006994--25007178	80	2.3	81	85	6	243	24	24	28	23	2.00
25021544--25021768	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
25021544--25021804	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
25021544--25021804	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
25026252--25026373	46	2.7	44	80	10	131	25	30	15	28	1.96
25030703--25031005	151	2.0	151	100	0	606	33	30	11	24	1.91
25034303--25034355	26	2.0	26	88	0	79	16	18	20	43	1.88
25048897--25049042	40	3.6	41	81	9	176	23	21	27	26	1.99
25048897--25049075	80	2.2	80	80	6	186	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25050408--25050471	33	1.9	34	90	3	103	29	20	25	25	1.99
25053981--25054037	27	2.2	26	81	9	62	45	14	10	29	1.78
25069055--25069201	43	3.4	43	76	7	138	28	15	24	31	1.96
25069852--25070233	190	2.0	190	97	0	728	32	24	13	29	1.93
25084973--25085011	13	2.9	14	84	3	53	76	2	2	17	1.01
25086559--25086588	10	2.9	10	95	5	51	73	10	0	16	1.09
25100214--25100247	14	2.5	13	86	9	50	67	11	2	17	1.34
25104760--25104897	55	2.5	55	78	2	152	18	26	25	29	1.98
25113748--25113925	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25113769--25113924	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25133597--25133955	193	1.9	194	82	6	460	38	14	9	37	1.80
25139741--25139864	49	2.5	49	80	2	140	26	16	27	29	1.97
25139937--25140089	49	3.1	49	79	3	180	26	16	26	30	1.97
25147048--25147107	29	2.1	29	81	9	70	46	1	25	26	1.62
25155402--25155705	40	7.7	40	90	4	431	25	21	27	25	1.99
25163375--25163559	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
25163376--25163559	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
25163376--25163592	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
25169112--25169142	10	3.1	10	95	0	53	29	12	32	25	1.93
25184835--25185003	46	3.7	46	94	0	275	34	8	33	23	1.86
25194273--25194309	16	2.3	16	90	0	56	45	16	24	13	1.83
25195486--25195604	29	4.2	29	77	6	118	29	29	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25199999--25200097	29	3.5	28	69	14	85	25	31	16	27	1.96
25201494--25201536	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
25202763--25202890	62	2.1	62	96	0	238	26	5	28	39	1.78
25207455--25207611	27	5.8	27	89	0	215	30	23	7	38	1.81
25207442--25207639	54	3.7	54	83	0	216	33	22	7	36	1.83
25207442--25207674	27	8.6	27	84	0	117	35	22	7	34	1.82
25207442--25207640	81	2.5	81	83	0	254	33	22	7	36	1.83
25207604--25207717	27	4.2	27	85	0	129	42	19	7	30	1.80
25207604--25207717	54	2.1	54	85	3	149	42	19	7	30	1.80
25208021--25208064	21	2.0	22	87	12	65	22	11	40	25	1.87

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