genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8110367--8110521	77	2.0	77	100	0	310	23	21	15	38	1.92
8110555--8110597	19	2.3	18	80	4	50	34	13	0	51	1.42
8114274--8114404	42	3.1	42	82	4	167	26	16	25	30	1.97
8114329--8114440	42	2.7	42	81	5	129	30	15	25	28	1.96
8116355--8116527	69	2.5	70	81	4	199	34	20	16	28	1.95
8118374--8118413	10	3.4	13	77	22	52	50	15	0	35	1.44
8118373--8118418	23	2.0	23	91	8	76	50	15	0	34	1.44
8118376--8118425	23	2.2	23	85	7	66	54	12	0	34	1.38
8121249--8121286	8	4.6	8	90	3	58	13	0	0	86	0.56
8125950--8126108	43	3.7	44	81	5	191	30	13	23	32	1.93
8126942--8126986	21	2.2	20	81	14	56	40	4	22	33	1.74
8137388--8137469	22	3.5	23	80	12	80	36	21	19	21	1.95
8137409--8137478	23	3.1	23	73	19	65	37	22	21	18	1.94
8137388--8137481	45	2.0	47	83	4	120	39	21	19	20	1.93
8140179--8140353	92	1.9	93	83	4	228	25	31	18	25	1.97
8145060--8145088	13	2.2	13	100	0	58	51	20	0	27	1.47
8146791--8146963	46	3.7	45	75	13	147	28	17	28	24	1.97
8148595--8148959	147	2.5	147	79	3	419	32	16	22	28	1.96
8158817--8158846	12	2.5	12	94	0	51	30	50	16	3	1.62
8161035--8161212	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
8161036--8161191	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
8161032--8161212	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169098--8169275	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
8169099--8169254	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
8169095--8169275	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
8177339--8177470	47	2.8	48	84	1	176	33	25	16	24	1.96
8181419--8181463	22	2.1	23	84	12	60	40	6	8	44	1.62
8182669--8182756	29	3.0	30	76	14	85	54	6	3	35	1.44
8184213--8184380	84	2.0	84	100	0	336	59	9	23	7	1.53
8199816--8199869	21	2.6	21	84	0	63	16	35	29	18	1.93
8204162--8204205	16	2.7	16	86	10	54	29	2	0	68	1.02
8204449--8204488	21	1.9	21	85	10	55	32	5	2	60	1.32
8204513--8204563	17	2.8	17	85	8	57	27	5	1	64	1.27
8206996--8207105	51	2.2	51	85	3	141	29	13	9	48	1.73
8209233--8209293	31	2.0	30	84	6	79	47	8	1	42	1.43
8214965--8215032	29	2.4	28	81	13	84	48	2	1	47	1.26
8218754--8218800	20	2.3	20	82	7	60	21	10	36	31	1.88
8220955--8221061	49	2.2	49	83	6	128	24	15	32	27	1.96
8221000--8221156	80	2.0	80	85	0	215	25	14	32	27	1.95
8222621--8222668	22	2.1	24	88	7	73	45	0	0	54	0.99
8225134--8225180	22	2.2	21	84	3	58	34	10	23	31	1.89
8228801--8228836	17	2.1	17	94	0	63	22	0	2	75	0.94
8229152--8229189	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
8241068--8241112	23	2.0	23	86	8	65	37	8	11	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8247963--8248039	30	2.6	30	80	0	91	29	22	16	31	1.96
8250416--8250466	26	2.0	26	84	0	66	41	1	5	50	1.37
8250515--8250565	12	3.9	13	85	12	61	27	5	0	66	1.14
8250507--8250568	15	4.0	15	74	15	63	29	6	0	64	1.18
8250505--8250568	8	8.1	8	78	16	53	29	6	0	64	1.18
8250513--8250596	12	6.9	12	76	15	57	32	5	0	61	1.20
8250630--8250703	32	2.3	33	83	6	89	52	0	5	41	1.24
8250624--8250703	33	2.5	31	81	8	88	51	0	5	43	1.23
8251757--8251804	21	2.2	22	92	3	80	45	0	6	47	1.27
8251769--8251866	46	2.2	46	85	9	130	46	5	5	42	1.47
8253554--8253609	22	2.5	23	76	2	60	37	1	0	60	1.07
8256001--8256035	4	8.8	4	100	0	70	77	0	22	0	0.78
8256002--8256050	8	6.9	7	90	9	57	77	0	22	0	0.77
8256716--8256756	21	2.0	21	90	9	66	68	0	0	31	0.90
8259843--8259881	19	2.1	19	90	9	62	30	5	0	64	1.15
8271203--8271253	25	2.0	25	100	0	102	35	15	19	29	1.93
8271455--8271529	31	2.4	31	88	0	114	30	26	17	25	1.97
8271819--8271876	21	2.7	22	87	10	77	31	22	12	34	1.91
8289668--8289715	24	2.0	24	95	0	87	41	10	16	31	1.82
8293682--8293733	25	2.1	25	92	0	86	48	5	13	32	1.66
8297185--8297221	18	2.1	18	100	0	74	16	0	37	45	1.47
8297383--8297411	14	2.1	14	93	6	51	27	6	37	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8306176--8306209	13	2.6	13	100	0	68	14	17	38	29	1.90
8310161--8310251	46	2.0	46	95	0	164	37	15	16	30	1.90
8314053--8314089	19	2.0	18	94	5	65	16	10	0	72	1.10
8314869--8315065	102	1.9	102	88	5	299	30	14	25	28	1.95
8317069--8317107	9	4.6	8	81	12	51	82	0	15	2	0.79
8317069--8317107	17	2.3	17	86	8	53	82	0	15	2	0.79
8324309--8324440	3	42.3	3	68	14	54	28	8	3	59	1.41
8324312--8324364	27	2.0	27	85	7	72	28	3	3	64	1.28
8324308--8324364	30	1.9	30	85	7	80	28	3	5	63	1.33
8324422--8324497	28	2.7	28	68	13	66	32	7	3	55	1.47
8324546--8324658	3	39.0	3	68	13	58	33	6	1	58	1.33
8324571--8324658	38	2.5	35	81	7	97	34	4	2	59	1.30
8324571--8324655	35	2.4	34	78	16	93	34	4	2	58	1.31
8324772--8324851	24	3.3	24	74	19	76	32	3	2	61	1.27
8324789--8324850	23	2.7	23	82	7	63	32	3	1	62	1.20
8324872--8324912	21	2.0	20	85	4	55	34	2	7	56	1.40
8324962--8325012	22	2.3	21	80	9	57	37	3	3	54	1.37
8324962--8325027	24	2.8	23	78	10	64	37	4	4	53	1.42
8325101--8325174	25	3.0	25	68	18	64	35	8	5	51	1.55
8333522--8333566	25	1.9	24	82	13	58	33	8	15	42	1.78
8340628--8340699	18	3.7	18	69	25	56	47	2	25	25	1.65
8340614--8340693	42	1.9	42	86	0	115	47	3	22	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8341570--8341677	42	2.6	43	79	8	107	26	19	28	25	1.99
8345545--8345582	20	1.9	20	88	0	58	73	2	5	18	1.14
8346421--8346447	6	4.5	6	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8347388--8347544	45	3.5	45	84	1	217	22	21	17	39	1.92
8347522--8347638	44	2.6	45	86	2	164	19	14	17	48	1.81
8347382--8347544	89	1.8	89	85	0	227	22	20	17	39	1.92
8352777--8352849	34	2.1	34	80	9	78	38	4	13	43	1.63
8353785--8353909	62	2.0	62	100	0	250	25	28	19	26	1.98
8362954--8362988	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
8368662--8368706	19	2.3	20	88	3	65	6	26	4	62	1.39
8371068--8371162	12	8.1	13	67	25	52	34	24	2	38	1.67
8371085--8371137	18	3.0	17	86	5	70	33	22	1	41	1.65
8371079--8371162	34	2.5	34	83	11	102	33	23	2	40	1.68
8371079--8371160	17	4.8	17	81	10	87	34	23	2	40	1.68
8371291--8371323	17	2.1	16	88	11	50	27	6	0	66	1.15
8376654--8376700	20	2.4	20	82	3	60	65	0	25	8	1.20
8379360--8379404	22	2.1	22	91	4	74	13	13	20	53	1.72
8379485--8379589	52	2.0	51	94	3	192	32	13	25	27	1.93
8381179--8381290	56	2.0	56	98	0	215	24	16	21	37	1.94
8383083--8383150	31	2.2	31	86	5	93	4	10	2	82	0.92
8383063--8383120	20	2.9	21	79	7	66	3	12	3	81	0.95
8383068--8383184	51	2.3	50	81	10	139	5	11	6	76	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8390127--8390225	50	2.0	50	97	0	189	33	19	19	28	1.96
8390315--8390349	16	2.2	16	89	0	52	71	0	14	14	1.15
8390614--8390680	35	1.9	35	93	0	116	28	32	22	16	1.95
8394360--8394395	18	2.0	18	88	0	54	25	25	19	30	1.98
8399985--8400032	25	2.0	25	87	4	71	68	10	0	20	1.18
8401321--8401383	26	2.3	28	86	10	87	15	6	33	44	1.72
8410021--8410067	24	2.0	24	100	0	94	46	4	4	44	1.42
8429424--8429543	51	2.4	52	80	9	142	50	1	5	41	1.36
8430974--8431039	33	2.0	33	100	0	132	45	9	18	27	1.79
8437248--8437278	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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