genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430652--2430687	17	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
2430654--2430710	24	2.5	23	82	5	71	31	1	1	64	1.13
2430915--2431031	29	4.0	28	77	9	103	36	23	2	37	1.69
2432063--2432198	69	2.0	69	86	0	191	29	19	22	28	1.98
2432426--2432483	30	1.9	30	92	0	98	48	12	6	32	1.67
2432464--2432524	23	2.5	24	81	5	79	40	8	9	40	1.68
2432458--2432524	24	2.8	24	81	6	82	40	8	8	41	1.68
2432516--2432570	27	2.1	26	82	3	65	27	12	7	52	1.65
2432506--2432548	18	2.5	17	88	7	68	25	11	11	51	1.72
2432585--2432631	15	2.9	16	75	15	51	34	8	10	46	1.69
2432558--2432639	18	4.7	17	71	15	69	37	8	10	42	1.71
2435804--2436099	148	2.0	148	100	0	592	32	6	22	39	1.78
2437402--2437502	30	3.4	30	90	0	157	12	28	30	27	1.93
2438161--2438562	108	3.8	103	81	10	422	28	19	18	34	1.95
2438161--2438615	209	2.2	212	83	5	555	30	19	18	31	1.96
2439997--2440095	50	2.0	51	95	2	182	39	13	21	26	1.90
2442467--2442560	30	3.1	30	79	0	98	10	24	31	32	1.89
2442474--2442583	30	3.7	30	81	0	94	10	22	30	35	1.89
2443626--2443726	30	3.4	30	90	0	157	12	28	30	27	1.93
2446301--2446413	19	5.8	19	89	4	181	36	15	10	38	1.82
2446301--2446412	40	2.8	40	95	2	201	36	14	10	38	1.81
2446294--2446413	59	2.1	56	89	6	179	36	15	10	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446675--2447180	44	11.7	43	74	10	329	27	23	20	28	1.99
2446763--2447101	89	3.9	88	74	14	290	26	24	20	28	1.99
2446579--2447184	217	2.8	217	94	0	1041	27	22	20	28	1.99
2446722--2447180	173	2.6	176	80	8	469	27	23	20	27	1.99
2448562--2448608	14	3.3	14	85	11	60	4	2	8	85	0.81
2448568--2448606	20	2.0	20	89	0	60	2	2	10	84	0.81
2454043--2454082	3	13.0	3	85	15	55	62	2	0	35	1.09
2454026--2454087	28	2.2	29	88	8	92	56	6	1	35	1.35
2454648--2454739	19	4.8	19	89	5	150	36	15	9	38	1.80
2456102--2456245	30	4.8	30	79	5	141	11	25	31	32	1.90
2456139--2456218	29	2.7	29	83	11	92	15	22	30	32	1.94
2456196--2456271	30	2.5	30	78	4	82	10	23	30	35	1.89
2456944--2457217	105	2.6	102	80	7	266	25	19	18	36	1.95
2459031--2459161	30	4.4	30	80	3	120	12	28	28	31	1.93
2459857--2460245	102	3.8	100	79	8	394	26	19	19	34	1.96
2460760--2461056	109	2.7	106	78	7	324	34	18	19	28	1.95
2462404--2462537	30	4.5	30	78	0	133	13	26	26	32	1.94
2462397--2462537	60	2.3	60	84	2	176	12	26	27	32	1.93
2471563--2471614	21	2.5	21	87	0	77	30	30	9	28	1.89
2473559--2473610	21	2.5	21	87	0	77	30	30	9	28	1.89
2482004--2482093	44	2.0	44	97	0	171	37	15	24	22	1.93
2490213--2490277	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493387--2493411	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2494624--2494654	14	2.2	14	100	0	62	29	32	6	32	1.83
2500257--2500292	18	2.1	17	89	5	54	80	0	2	16	0.83
2500687--2500712	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2522183--2522233	9	5.7	9	88	6	77	43	21	9	25	1.83
2522889--2522944	28	2.0	28	92	0	94	42	3	10	42	1.56
2524821--2524852	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2525831--2525868	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2526895--2527148	95	2.7	92	80	7	228	30	18	15	35	1.92
2526937--2527148	95	2.2	95	82	4	264	30	17	16	35	1.93
2540393--2540454	27	2.3	27	83	5	81	56	4	4	33	1.42
2540405--2540457	24	2.2	24	86	0	70	58	3	5	32	1.39
2541839--2541903	21	3.1	21	75	4	69	38	15	26	20	1.92
2541813--2541936	42	3.0	41	80	9	126	44	16	20	17	1.87
2546231--2546434	41	5.0	41	86	4	236	32	25	21	20	1.97
2552616--2552943	114	2.9	112	82	6	392	25	20	25	28	1.99
2552843--2553016	73	2.4	73	89	1	260	25	17	27	29	1.98
2553290--2553337	16	2.9	16	84	3	69	20	0	45	33	1.52
2553312--2553358	22	2.1	23	92	4	78	19	0	48	31	1.49
2553323--2553361	7	5.4	7	87	6	51	15	0	43	41	1.46
2556632--2557077	194	2.3	193	87	1	633	29	14	18	38	1.89
2558579--2558707	43	3.1	43	78	2	129	27	14	25	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561087--2561195	21	5.2	21	74	5	69	42	17	22	17	1.89
2566416--2566478	30	2.1	30	90	0	99	58	14	1	25	1.45
2573674--2573700	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2579700--2579733	16	2.1	16	100	0	68	47	11	0	41	1.40
2580602--2580718	58	2.0	58	100	0	234	25	22	13	38	1.91
2585010--2585068	10	5.8	10	93	2	64	45	54	0	0	0.99
2585018--2585068	5	10.2	5	97	0	93	43	56	0	0	0.99
2585722--2585760	19	2.1	19	95	0	69	28	5	23	43	1.75
2594203--2594250	24	2.0	23	84	4	60	68	2	4	25	1.18
2595801--2595857	28	2.0	28	82	0	69	19	12	10	57	1.63
2596029--2596073	22	2.1	22	88	12	67	60	13	2	24	1.45
2604211--2604278	8	9.0	8	73	15	56	58	0	0	41	0.98
2604241--2604274	15	2.2	15	89	5	50	67	0	0	32	0.91
2604272--2604302	16	1.9	16	93	0	53	45	3	9	41	1.53
2609870--2609921	6	8.7	6	95	0	86	38	11	15	34	1.83
2615966--2616012	18	2.6	18	74	16	51	55	0	0	44	0.99
2616182--2616228	18	2.6	18	74	16	51	55	0	0	44	0.99
2615916--2616347	216	2.0	216	99	0	855	43	7	14	34	1.74
2619832--2619865	17	2.0	17	88	11	52	35	14	0	50	1.44
2625160--2625219	9	6.4	9	86	7	75	65	0	1	33	1.03
2625143--2625252	40	2.8	41	83	9	156	59	0	3	37	1.15
2625217--2625242	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626436--2626588	77	2.0	76	93	2	263	27	13	8	50	1.71
2628810--2628847	20	1.9	20	89	10	60	28	10	15	44	1.80
2630056--2630093	20	1.9	20	88	0	58	7	0	18	73	1.06
2632678--2632720	17	2.5	17	84	3	59	51	0	0	48	1.00
2633001--2633025	9	2.8	9	100	0	50	68	0	24	8	1.16
2633296--2633329	12	2.9	12	91	4	52	23	0	11	64	1.26
2633373--2633563	101	1.9	98	92	3	319	26	1	15	57	1.45
2635871--2636152	75	3.7	76	86	6	387	26	7	13	52	1.67
2639263--2639315	18	3.0	18	77	2	54	5	26	0	67	1.12
2645346--2645408	3	21.0	3	75	18	60	66	0	4	28	1.12
2645346--2645408	21	3.0	21	88	6	92	66	0	4	28	1.12
2645360--2645415	12	4.9	12	76	12	55	69	0	3	26	1.04
2645516--2645580	26	2.5	26	74	18	64	58	1	1	38	1.17
2647082--2647146	23	2.9	22	84	6	78	15	6	40	38	1.72
2658892--2658942	19	2.5	21	84	9	61	15	11	3	68	1.34
2660527--2660563	12	3.1	12	88	0	56	59	2	0	37	1.12
2660541--2660567	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2660702--2660763	3	20.7	3	84	0	79	59	1	4	33	1.28
2662392--2662873	44	10.8	44	69	13	191	28	21	18	30	1.97
2662569--2662883	175	1.8	175	93	0	549	28	21	18	31	1.97
2665527--2665568	12	3.5	12	84	12	59	35	9	0	54	1.33
2666736--2666831	31	3.1	31	92	3	156	46	14	8	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2670068--2670093	13	2.0	13	100	0	52	84	0	7	7	0.77
2671372--2671419	5	9.4	5	80	13	53	20	22	14	41	1.89
2681530--2681582	3	17.7	3	82	0	61	58	1	5	33	1.32
2684067--2684105	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2684330--2684400	23	3.1	23	91	0	115	22	21	23	32	1.98
2696316--2696356	22	1.9	22	90	5	66	65	14	9	9	1.46
2697475--2697530	22	2.5	22	85	0	67	66	5	3	25	1.29
2697690--2697742	21	2.4	21	79	17	63	43	5	3	47	1.45
2699012--2699078	34	1.9	35	88	8	102	34	8	8	47	1.66
2699069--2699143	32	2.3	32	84	4	89	28	8	16	48	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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