genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  55  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17943455--17943650	41	4.7	42	75	8	157	26	16	26	30	1.97
17943452--17943658	43	4.9	42	73	12	147	25	16	27	30	1.97
17943452--17943640	84	2.2	84	85	3	247	26	16	25	30	1.97
17943663--17943910	56	4.4	56	89	0	361	27	14	24	33	1.94
17958108--17958155	25	2.0	24	84	12	62	64	2	10	22	1.35
17964405--17964448	20	2.2	20	83	4	52	0	25	20	54	1.45
17964615--17964756	51	2.8	51	80	8	155	25	16	28	28	1.97
17965151--17965178	11	2.5	11	100	0	56	60	7	7	25	1.48
17967820--17969328	288	5.3	287	84	2	1789	33	19	17	29	1.94
17967820--17969328	575	2.6	572	83	2	1891	33	19	17	29	1.94
17976320--17976401	41	2.0	41	95	0	146	19	19	7	53	1.68
17977150--17977330	79	2.3	80	82	11	223	24	28	22	24	1.99
17977150--17977332	39	4.6	41	82	12	215	25	27	22	24	2.00
17991739--17991764	10	2.6	10	100	0	52	61	26	0	11	1.30
17992929--17992957	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
17994969--17995046	27	2.9	27	86	7	122	30	21	2	44	1.66
17996755--17996884	29	4.5	29	76	7	131	24	10	21	43	1.83
18004839--18004901	30	2.1	30	93	0	108	26	23	12	36	1.91
18005115--18005233	23	5.1	23	93	1	202	31	20	21	27	1.98
18005284--18005350	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
18005284--18005339	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
18009824--18009963	73	1.9	73	83	0	181	28	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18011806--18011840	13	2.7	13	86	0	52	48	8	5	37	1.58
18015877--18015911	11	3.3	11	88	8	54	42	0	5	51	1.25
18023419--18023464	23	2.0	23	100	0	92	30	13	8	47	1.72
18032633--18032808	51	3.5	48	79	7	174	26	19	26	28	1.99
18039117--18039216	42	2.4	42	83	5	112	33	23	18	26	1.97
18040286--18040408	39	3.2	39	83	4	158	26	28	20	25	1.99
18041652--18041781	27	4.9	27	93	0	217	28	20	10	41	1.84
18041613--18042033	27	15.6	27	76	8	158	38	19	9	32	1.83
18041652--18041807	81	1.9	80	82	1	195	30	19	9	39	1.84
18041773--18041968	80	2.4	81	80	2	216	42	20	8	28	1.80
18041759--18041951	54	3.6	53	75	4	190	41	21	7	28	1.81
18041990--18042041	27	1.9	27	92	7	88	42	11	11	34	1.77
18042096--18042186	27	3.4	27	83	8	114	35	19	25	19	1.96
18042985--18043172	26	7.3	26	86	4	258	27	21	23	27	1.99
18042985--18043172	52	3.7	52	93	3	312	27	21	23	27	1.99
18043378--18043456	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
18049759--18049933	46	3.8	46	74	14	155	30	29	18	21	1.97
18049766--18049937	93	1.8	93	90	2	274	29	29	19	22	1.98
18049810--18049953	46	3.1	44	71	15	114	30	27	18	23	1.97
18051222--18051301	27	3.0	27	85	5	101	33	13	15	37	1.86
18051225--18051307	26	3.2	26	82	5	87	30	12	19	38	1.88
18054262--18054290	15	2.0	15	93	6	51	20	0	6	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18055600--18056156	185	3.0	184	88	2	803	41	17	8	33	1.80
18060249--18060295	21	2.4	18	80	19	51	40	0	4	55	1.19
18060304--18060359	27	2.2	27	84	9	73	35	3	0	60	1.14
18061797--18061858	10	6.2	9	80	15	52	72	6	0	20	1.06
18061797--18061834	10	3.8	10	93	6	60	71	5	0	23	1.07
18061808--18061862	23	2.3	24	76	17	62	69	7	0	23	1.14
18066382--18066508	63	2.0	63	95	0	227	34	18	14	31	1.92
18083563--18083592	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
18087216--18087275	28	2.1	28	90	0	93	31	30	6	31	1.83
18089239--18089274	18	2.0	18	94	0	63	58	5	13	22	1.56
18092973--18093043	38	1.9	38	83	8	94	47	0	5	46	1.26
18093246--18093296	16	3.2	16	84	15	70	23	31	9	35	1.87
18093876--18093919	22	2.1	21	91	8	72	43	2	6	47	1.42
18093919--18094025	53	2.0	53	85	3	144	40	4	26	28	1.76
18098147--18098251	52	2.0	52	98	0	201	20	13	32	34	1.91
18102910--18102970	30	2.0	30	93	6	106	50	24	1	22	1.58
18103275--18103336	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
18103493--18103541	25	2.0	25	91	0	80	26	18	26	28	1.98
18103493--18103554	25	2.5	25	81	5	72	25	17	27	29	1.98
18106017--18106050	17	2.0	17	88	0	50	20	26	29	23	1.99
18106990--18107030	17	2.4	17	83	0	55	39	26	17	17	1.91
18108853--18108914	21	3.0	20	79	9	61	37	16	11	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18108875--18108926	11	4.9	11	76	9	54	30	21	9	38	1.85
18108852--18108926	10	7.1	11	76	7	57	33	17	12	37	1.86
18108866--18108914	21	2.3	21	92	0	80	36	18	8	36	1.81
18109038--18109167	27	4.8	27	83	0	161	26	22	17	33	1.96
18109038--18109167	54	2.4	54	85	0	179	26	22	17	33	1.96
18109224--18109449	27	8.4	27	84	3	226	30	7	21	41	1.80
18109224--18109449	81	2.8	80	83	4	267	30	7	21	41	1.80
18113989--18114075	32	2.8	32	84	5	97	45	6	4	42	1.51
18116016--18116251	116	2.0	116	97	0	445	35	14	10	39	1.80
18120256--18120296	7	5.9	7	94	0	73	58	0	12	29	1.34
18123549--18123690	39	3.6	39	91	0	230	28	26	23	21	1.99
18124136--18124370	118	2.0	118	99	0	461	37	14	8	38	1.78
18126022--18126080	25	2.3	25	97	2	109	44	3	22	30	1.69
18129806--18129990	40	4.7	40	81	5	187	25	28	21	24	1.99
18129922--18129999	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
18134544--18134730	94	2.0	94	96	0	347	36	26	18	18	1.94
18138748--18138864	27	4.3	27	80	4	128	40	17	19	22	1.92
18138748--18138864	54	2.2	54	84	3	155	40	17	19	22	1.92
18139207--18139263	18	3.2	18	78	9	71	24	21	15	38	1.92
18140369--18140444	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
18141635--18141779	40	3.6	40	85	4	184	24	24	26	23	2.00
18149491--18149515	11	2.3	11	100	0	50	24	16	8	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18158978--18159063	24	3.6	24	81	10	81	26	30	15	27	1.96
18161029--18161343	55	5.8	54	74	1	281	21	23	17	37	1.94
18161040--18161334	109	2.7	109	95	0	511	20	23	18	37	1.94
18169717--18170100	192	2.0	192	95	0	696	31	19	11	37	1.88
18170857--18170896	21	1.9	21	94	0	71	55	10	5	30	1.54
18171022--18171066	22	2.0	22	100	0	90	60	0	4	35	1.17
18173577--18173635	25	2.2	27	85	11	86	20	16	0	62	1.32
18173578--18173627	25	2.0	25	96	0	91	22	12	0	66	1.24
18175065--18175151	42	2.1	42	97	0	165	33	28	13	24	1.93
18182724--18182816	24	3.9	24	78	4	80	43	21	20	15	1.88
18187728--18187766	19	2.1	19	100	0	78	33	25	15	25	1.95
18191511--18191544	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
18193754--18193834	42	1.9	42	87	0	117	19	24	27	28	1.99
18195669--18195842	48	3.6	48	88	1	251	24	16	30	28	1.97
18195659--18195872	96	2.2	96	78	9	247	26	17	28	27	1.98
18197511--18197634	27	4.6	27	93	2	149	30	29	13	26	1.94
18197511--18197634	55	2.3	54	91	1	194	30	29	13	26	1.94
18197743--18197783	19	2.2	19	100	0	82	31	26	0	41	1.56
18205552--18205703	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
18205552--18205703	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
18213103--18213130	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
18214552--18214664	27	4.1	27	79	10	106	36	21	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18214552--18214664	55	2.1	54	81	8	131	36	21	23	18	1.95
18216082--18216128	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
18219487--18219574	44	2.0	44	95	0	158	31	34	9	25	1.87
18221948--18222056	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
18222265--18222761	47	10.6	47	98	0	895	26	31	10	30	1.91
18226600--18226712	27	4.2	26	82	8	118	37	22	23	17	1.94
18226600--18226712	55	2.1	54	83	5	138	37	22	23	17	1.94
18228131--18228201	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
18231576--18231616	20	2.0	20	95	0	73	39	7	19	34	1.80
18246534--18246564	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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