genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22298363--22298830	44	10.6	43	72	11	333	19	22	23	34	1.97
22298318--22298844	44	12.0	43	67	8	281	19	22	23	34	1.96
22309282--22309349	29	2.4	29	74	13	70	58	0	0	41	0.98
22311277--22311336	22	2.7	22	82	12	77	78	1	3	16	0.97
22311277--22311334	19	3.1	18	80	7	62	77	1	3	17	0.99
22311280--22311336	15	3.9	15	73	8	55	78	1	3	15	0.96
22311365--22311391	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
22311426--22311514	27	3.1	27	69	27	85	64	2	10	23	1.36
22311455--22311800	113	3.1	113	93	3	511	63	4	8	24	1.40
22313495--22313692	45	4.5	44	75	7	161	30	19	14	35	1.92
22313505--22313675	89	1.9	90	84	5	231	31	18	15	34	1.92
22317210--22317431	46	4.8	47	74	13	176	27	19	29	22	1.98
22318134--22318166	13	2.5	13	100	0	66	6	21	39	33	1.78
22318535--22318575	22	1.9	22	90	5	66	14	43	21	19	1.87
22318942--22319069	46	2.8	45	80	4	157	28	20	28	23	1.99
22319132--22319404	49	5.6	49	75	8	218	27	21	27	23	1.99
22319138--22319360	98	2.3	98	88	1	331	28	22	26	21	1.99
22319789--22319911	61	2.0	61	100	0	246	23	26	9	40	1.85
22326960--22327082	46	2.7	46	84	5	142	26	17	28	26	1.98
22327128--22327288	49	3.3	48	77	6	180	28	22	27	21	1.99
22327134--22327356	98	2.3	98	85	4	308	29	22	26	21	1.99
22356492--22356534	21	2.0	21	100	0	86	53	9	0	37	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22363017--22363054	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
22365252--22365276	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22365693--22365739	24	1.9	25	87	12	71	53	0	0	46	1.00
22365693--22365739	25	1.9	24	87	12	69	53	0	0	46	1.00
22365692--22365745	25	2.2	24	80	9	65	55	1	0	42	1.10
22366459--22366513	27	2.0	27	82	6	67	36	9	5	49	1.58
22369810--22369862	27	2.0	25	82	10	61	30	16	5	47	1.70
22369967--22369998	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
22371692--22371745	26	2.1	26	85	0	72	61	3	3	31	1.31
22371723--22371764	18	2.3	18	84	15	59	71	2	2	23	1.10
22371725--22371764	19	2.1	19	90	9	64	75	2	2	20	1.04
22372106--22372147	10	4.2	10	81	9	50	40	0	0	59	0.97
22372105--22372151	19	2.5	19	85	0	67	42	0	0	57	0.98
22381240--22381266	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
22381751--22381793	23	1.9	22	81	13	52	46	11	11	30	1.76
22389219--22389262	23	2.0	22	82	13	54	25	13	22	38	1.91
22401438--22401817	50	7.5	50	75	4	325	26	17	25	31	1.97
22401485--22401767	101	2.8	101	93	1	460	27	18	23	30	1.98
22405980--22406151	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
22405927--22406149	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
22406007--22406184	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
22413887--22414096	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22413834--22414096	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
22413835--22414131	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
22418982--22419218	50	4.7	50	80	1	267	24	18	27	29	1.98
22418987--22419168	101	1.8	101	86	0	265	24	19	26	29	1.98
22418940--22419236	151	2.0	152	87	1	434	23	17	27	30	1.97
22425161--22425195	17	2.0	18	88	5	54	40	20	0	40	1.52
22433265--22433355	33	2.7	33	80	9	96	29	26	24	19	1.98
22433720--22433839	27	4.4	27	91	0	186	25	17	16	40	1.90
22438613--22438740	47	2.7	46	84	5	150	21	30	23	25	1.99
22446128--22446171	22	2.0	22	100	0	88	22	27	22	27	1.99
22450384--22450436	23	2.3	23	80	0	70	18	15	22	43	1.87
22450384--22450443	23	2.6	22	75	19	68	18	15	20	46	1.84
22455726--22455770	21	2.1	21	100	0	90	26	8	24	40	1.84
22464473--22464690	47	4.7	45	82	9	244	24	19	30	25	1.98
22464473--22464791	94	3.4	94	76	13	280	27	19	29	24	1.98
22466364--22466409	22	2.1	22	95	0	83	15	6	36	41	1.73
22471397--22471421	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
22472139--22472307	44	3.7	47	81	10	170	27	18	28	24	1.98
22480173--22480314	44	3.3	41	82	7	142	25	16	24	33	1.96
22480176--22480314	43	3.2	42	81	9	131	25	16	24	33	1.96
22484745--22484785	15	3.1	14	80	19	52	36	0	0	63	0.95
22487016--22487262	49	5.0	50	84	2	318	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22488745--22488904	79	2.0	79	100	0	320	21	30	17	30	1.96
22489440--22489464	8	3.1	8	100	0	50	52	24	24	0	1.48
22493582--22493627	21	2.2	21	84	7	58	21	30	28	19	1.98
22503340--22503506	48	3.5	48	78	4	176	31	19	25	23	1.98
22503328--22503603	94	2.9	94	79	3	264	30	19	26	22	1.98
22503864--22503920	28	2.0	28	100	0	114	35	3	21	40	1.70
22508426--22508461	18	2.0	18	88	0	54	36	13	25	25	1.93
22511894--22511979	27	3.2	27	85	6	104	36	23	22	18	1.95
22513988--22514018	14	2.2	14	100	0	62	25	19	6	48	1.72
22516447--22516560	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
22516424--22516568	61	2.3	60	85	8	177	26	26	20	26	1.99
22516589--22516644	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
22520282--22520345	32	2.0	32	96	0	119	40	7	15	35	1.76
22520284--22520352	32	2.2	32	91	0	111	43	8	14	33	1.76
22521515--22521540	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
22523602--22523647	16	2.8	17	83	6	60	52	4	0	43	1.21
22524184--22524227	22	2.0	22	86	4	61	36	2	9	52	1.46
22524990--22525022	17	2.0	17	88	5	50	33	18	6	42	1.75
22526581--22526673	46	2.0	48	89	4	145	21	11	25	40	1.87
22527410--22527465	22	2.6	21	81	10	60	37	10	16	35	1.83
22576315--22576453	42	3.3	42	82	0	161	29	17	26	26	1.97
22582159--22582222	17	3.8	17	74	0	56	20	7	21	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22582268--22582394	68	1.9	68	88	3	193	24	10	26	38	1.87
22587549--22587573	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
22589873--22589922	26	1.9	26	95	0	91	32	24	26	18	1.97
22590062--22590115	27	2.0	27	82	7	65	33	18	18	29	1.95
22592295--22592434	40	3.5	39	75	13	133	26	27	21	25	1.99
22593583--22593845	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
22593583--22593845	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
22593777--22593854	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22601533--22601664	40	3.3	40	90	2	194	28	28	19	23	1.98
22602481--22602577	49	2.0	49	97	0	185	32	23	16	26	1.96
22610430--22610613	40	4.6	40	77	12	173	27	22	25	25	2.00
22610430--22610613	80	2.3	80	83	7	223	27	22	25	25	2.00
22615751--22615783	14	2.5	13	86	13	50	39	15	0	45	1.46
22615753--22615781	14	2.1	14	100	0	58	37	13	0	48	1.43
22623089--22623214	54	2.3	55	78	9	134	36	26	15	21	1.93
22632461--22632576	58	2.0	58	96	0	214	31	6	19	42	1.76
22641104--22641254	42	3.6	42	74	1	142	31	17	24	26	1.97
22643584--22643660	40	1.9	40	89	5	120	29	18	25	25	1.98
22643584--22643695	40	2.8	39	78	11	111	29	17	25	26	1.98
22658043--22658341	150	2.0	150	97	0	571	26	15	27	30	1.96
22659715--22659766	27	2.0	26	84	3	68	28	23	17	30	1.97
22666067--22666126	27	2.3	26	86	8	70	40	13	20	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22666080--22666134	27	2.0	27	96	0	101	36	16	23	23	1.94
22674068--22674172	27	3.9	27	75	0	102	40	17	18	23	1.90
22674068--22674172	54	1.9	54	84	0	138	40	17	18	23	1.90
22674208--22674257	23	2.2	23	86	13	68	24	14	20	42	1.88
22682451--22682507	24	2.3	25	85	8	73	45	19	17	17	1.86
22686004--22686047	22	2.0	23	81	4	54	45	18	4	31	1.69
22687419--22687488	28	2.5	28	88	0	113	31	31	12	24	1.93
22687469--22687575	40	2.7	39	85	1	133	35	28	15	20	1.94
22694049--22694140	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
22694285--22694407	26	4.8	26	92	1	196	26	23	23	26	2.00

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