genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  76  of  172  ( 20562 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25208063--25208098	17	2.1	17	100	0	72	11	27	27	33	1.91
25208427--25208523	20	4.9	20	81	9	78	39	9	21	29	1.85
25208437--25208523	20	4.3	20	86	2	122	39	10	20	29	1.86
25208573--25208708	26	5.3	26	83	3	163	29	22	22	26	1.99
25208573--25208708	52	2.7	51	87	5	197	29	22	22	26	1.99
25208841--25208932	42	2.2	42	90	0	139	31	14	18	35	1.90
25208947--25209026	31	2.5	31	87	2	88	31	15	22	31	1.94
25208956--25209034	31	2.5	31	93	0	131	27	16	26	29	1.97
25209814--25209872	28	2.1	28	100	0	118	28	27	13	30	1.94
25221013--25221111	28	3.5	28	74	15	114	27	18	28	26	1.98
25221013--25221136	56	2.2	56	95	0	230	25	16	31	26	1.97
25221041--25221136	28	3.4	28	71	16	99	22	16	34	26	1.95
25224370--25224468	28	3.5	28	68	15	87	28	16	26	29	1.97
25224370--25224505	56	2.4	56	92	2	218	26	14	28	30	1.95
25224398--25224493	28	3.4	28	70	16	90	22	14	33	29	1.94
25229665--25229736	28	2.6	26	76	10	63	26	8	9	55	1.60
25234418--25234497	28	2.8	28	77	7	81	30	16	28	25	1.96
25236182--25236280	49	2.0	50	90	2	155	26	8	29	36	1.85
25240624--25240805	49	3.7	49	77	3	154	21	27	22	28	1.99
25242107--25242216	42	2.6	42	80	5	116	30	25	15	29	1.96
25244009--25244050	20	2.2	20	91	8	70	26	19	2	52	1.58
25246284--25246317	17	2.1	15	89	10	50	20	11	2	64	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25249622--25249752	47	2.8	49	80	13	150	25	16	31	27	1.96
25267410--25267447	15	2.5	15	91	4	58	36	7	23	31	1.84
25271898--25271951	18	2.8	19	73	21	58	31	7	1	59	1.36
25273266--25273336	33	2.2	33	84	5	90	36	22	16	23	1.94
25273504--25273546	22	2.0	22	85	0	59	39	23	23	13	1.90
25275898--25276030	40	3.4	39	83	7	171	27	21	27	24	1.99
25288070--25288406	84	4.0	84	98	0	638	28	2	21	48	1.63
25291533--25291889	47	7.6	45	73	14	210	22	29	19	28	1.98
25291533--25291889	94	3.8	92	79	9	366	22	29	19	28	1.98
25297822--25297873	26	2.0	27	84	3	70	30	3	28	36	1.75
25298348--25298685	29	11.8	29	78	9	306	24	16	21	37	1.94
25298596--25298685	28	3.2	28	86	9	137	27	13	23	35	1.92
25298403--25298701	57	5.2	57	77	14	242	23	15	22	38	1.92
25309403--25309437	16	2.2	16	100	0	70	42	25	0	31	1.55
25319043--25319095	19	2.8	19	100	0	106	20	20	26	32	1.98
25321508--25321537	10	3.0	10	100	0	60	60	20	20	0	1.37
25322624--25322688	33	2.0	33	100	0	130	56	3	6	33	1.39
25330650--25330812	42	3.8	43	74	13	140	30	26	17	25	1.98
25331923--25331947	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
25337322--25337442	47	2.6	47	91	0	197	27	31	7	33	1.84
25343434--25343538	23	4.4	24	88	7	144	35	20	19	25	1.95
25343434--25343538	47	2.2	48	86	8	144	35	20	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25343460--25343548	46	1.9	47	84	11	121	37	19	17	25	1.94
25362373--25362554	50	3.7	48	77	6	177	23	29	19	27	1.98
25362471--25362733	46	5.6	45	74	12	144	23	28	20	27	1.99
25362323--25362735	48	8.7	47	72	16	209	23	28	19	28	1.98
25369174--25369234	31	2.0	31	93	0	104	24	11	11	52	1.70
25369865--25369921	27	2.1	27	100	0	114	42	17	0	40	1.49
25371279--25371344	33	2.0	33	96	0	123	28	15	16	39	1.89
25373466--25373514	20	2.5	20	86	0	62	32	12	14	40	1.83
25385976--25386148	43	4.0	43	77	7	145	35	24	15	24	1.94
25391815--25391992	27	6.6	27	83	3	169	28	28	14	28	1.95
25391841--25391991	82	1.9	81	85	4	214	27	28	15	28	1.96
25391815--25391991	54	3.3	54	81	9	198	28	28	14	27	1.95
25394220--25394282	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
25397072--25397144	27	2.7	27	91	0	110	49	20	17	12	1.79
25401670--25401874	40	5.2	40	89	2	256	24	27	22	24	2.00
25405930--25405997	32	2.1	32	86	5	91	44	10	14	30	1.79
25412335--25412401	34	2.0	34	84	0	89	49	11	22	16	1.78
25413420--25413505	43	2.0	43	95	0	154	23	23	9	44	1.82
25416144--25416316	46	3.7	46	77	7	197	29	27	20	23	1.99
25416149--25416319	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.99
25431206--25431608	177	2.3	176	85	3	542	32	15	25	27	1.96
25431520--25431605	43	2.0	44	84	6	113	32	12	27	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25431585--25431632	24	2.0	24	100	0	96	41	12	29	16	1.85
25431409--25431770	200	1.8	200	87	3	541	32	17	24	25	1.97
25431631--25431873	132	1.8	132	81	5	303	29	20	22	27	1.98
25431884--25431964	42	1.9	42	94	0	144	34	17	18	29	1.94
25432043--25432081	10	3.9	10	82	0	51	82	0	0	17	0.68
25432032--25432080	24	2.0	25	88	4	73	79	0	2	18	0.83
25433223--25433626	203	2.0	201	83	5	503	29	5	7	57	1.49
25438095--25438192	48	2.0	48	96	0	178	36	20	22	20	1.95
25444658--25444765	54	2.0	54	100	0	216	33	27	25	12	1.93
25444952--25445094	71	2.0	71	95	0	259	33	20	13	32	1.92
25445270--25445365	46	2.1	46	92	1	158	31	18	17	32	1.95
25445344--25445521	27	6.6	27	82	5	153	29	28	15	26	1.96
25445365--25445520	82	1.9	81	84	6	208	29	28	15	26	1.96
25455747--25455931	79	2.3	82	83	7	229	24	28	22	24	2.00
25455728--25455931	40	5.1	40	79	10	213	24	27	22	25	2.00
25471163--25471327	87	1.9	87	94	0	294	16	30	18	34	1.93
25477438--25477471	16	2.1	16	88	0	50	32	0	17	50	1.47
25477876--25478005	66	1.9	67	83	10	165	34	15	30	20	1.93
25483303--25483413	55	2.0	55	96	0	204	32	13	26	27	1.94
25485433--25485562	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
25488704--25488864	43	3.8	42	73	12	123	25	17	24	32	1.96
25490308--25490362	23	2.4	23	87	0	83	18	30	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25508277--25508405	44	3.0	44	78	7	122	34	24	16	24	1.95
25508246--25508400	42	3.6	43	73	7	127	32	25	16	25	1.96
25512035--25512098	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
25512311--25512457	24	6.2	24	84	3	190	28	21	20	29	1.98
25512317--25512454	71	1.9	71	89	2	215	29	21	21	26	1.99
25512311--25512457	47	3.1	47	84	4	197	28	21	20	29	1.98
25512507--25512573	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
25512507--25512562	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
25512610--25512657	25	1.9	25	82	0	60	29	12	22	35	1.91
25516536--25516713	27	6.6	27	80	3	169	30	27	14	27	1.95
25523532--25523595	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
25523814--25523954	24	6.0	23	87	2	192	27	21	21	28	1.99
25523810--25523953	47	3.1	46	87	5	198	27	21	21	29	1.99
25523814--25523954	71	2.0	71	90	2	221	27	21	21	28	1.99
25524004--25524050	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
25524086--25524136	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
25525250--25525296	19	2.5	19	100	0	94	74	8	12	4	1.19
25539604--25539796	6	31.3	6	71	16	110	50	12	15	20	1.77
25539630--25539700	19	3.8	19	72	10	74	49	14	18	18	1.80
25539625--25539796	31	5.6	30	68	14	91	50	12	16	20	1.77
25539613--25539767	37	4.4	37	72	12	117	51	12	15	20	1.75
25539680--25539793	25	4.8	25	66	18	82	49	13	17	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25539625--25539792	68	2.6	62	82	10	210	50	13	16	20	1.77
25539649--25539796	68	2.2	68	92	0	242	50	12	15	20	1.77
25539923--25539999	27	2.9	26	84	3	73	37	20	18	23	1.94
25539938--25540021	27	3.1	27	76	6	80	39	23	15	21	1.92
25542200--25542280	18	4.4	18	68	9	56	53	9	16	20	1.71
25542398--25542498	27	3.8	26	81	6	94	39	18	21	19	1.92
25543118--25543256	27	5.2	27	84	0	154	27	19	15	37	1.92
25543120--25543256	54	2.6	54	84	2	170	27	19	16	37	1.93
25545317--25545416	6	16.3	6	72	17	64	48	13	18	21	1.81
25545349--25545416	25	2.7	25	82	8	84	45	13	19	22	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172