genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26924832--26924937	36	3.1	36	81	15	161	40	18	13	27	1.88
26924826--26924923	30	3.1	30	81	16	133	35	19	15	29	1.92
26924937--26925010	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
26924950--26925014	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
26925824--26925918	25	3.8	25	94	0	154	26	25	23	25	2.00
26925824--26925931	25	4.4	24	90	3	128	28	23	23	25	1.99
26925822--26925954	50	2.6	50	78	12	139	30	23	21	24	1.99
26926066--26926157	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
26926245--26926301	29	2.0	28	83	6	71	22	21	24	31	1.98
26928581--26928647	6	10.8	6	78	12	73	52	14	14	17	1.75
26929418--26929773	27	13.2	27	86	4	459	26	21	19	32	1.97
26929418--26929827	54	7.6	53	82	7	393	26	20	19	33	1.97
26929417--26929827	81	5.1	81	83	4	465	26	20	19	33	1.97
26929758--26929883	27	4.7	27	81	3	119	27	8	22	41	1.83
26929759--26929897	54	2.6	54	80	4	138	28	8	23	39	1.84
26929834--26929951	27	4.4	27	77	4	76	31	8	26	33	1.86
26929847--26930072	54	4.2	54	87	1	213	36	8	23	32	1.85
26929848--26930072	81	2.8	81	81	2	193	36	8	23	32	1.85
26929876--26930072	27	7.3	27	85	0	268	36	8	23	31	1.84
26930085--26930205	27	4.5	26	80	9	120	29	11	19	38	1.87
26931821--26931910	27	3.3	27	93	0	153	24	25	11	38	1.88
26931942--26932092	27	5.6	27	84	1	196	41	22	7	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26931942--26932091	81	1.9	81	87	2	221	42	22	7	28	1.80
26931942--26932175	54	4.3	54	77	5	193	39	20	8	30	1.84
26932104--26932155	27	1.9	27	84	7	70	38	13	13	34	1.84
26933083--26933172	25	3.6	25	87	4	128	27	24	22	25	2.00
26933325--26933416	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
26940188--26940259	20	3.3	20	65	20	54	26	29	23	20	1.99
26940231--26940492	47	5.6	47	72	13	245	29	28	19	23	1.98
26940185--26940542	93	3.8	93	92	0	563	28	28	19	22	1.98
26940177--26940538	46	7.8	46	72	12	265	29	28	19	22	1.98
26948839--26949700	40	21.6	40	98	0	1663	27	25	22	25	2.00
26978442--26978663	40	5.6	40	90	3	342	27	26	22	22	2.00
26978442--26978663	80	2.8	80	95	0	383	27	26	22	22	2.00
26990808--26990984	27	6.5	26	80	6	158	26	16	28	28	1.97
26990808--26990963	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
26990804--26990984	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	28	1.97
27006765--27006942	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
27006786--27006941	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
27016635--27016765	49	2.7	50	83	2	158	25	30	17	26	1.97
27019069--27019301	49	4.7	50	81	6	267	24	16	27	30	1.96
27019174--27019257	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
27025844--27025869	12	2.2	12	100	0	52	38	30	0	30	1.58
27035360--27035483	26	4.8	26	88	1	160	31	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27035533--27035589	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
27035932--27035971	21	2.0	21	90	5	64	25	40	17	17	1.91
27041096--27041247	27	5.6	27	80	7	89	34	21	9	34	1.85
27041136--27041227	27	3.4	27	92	0	148	27	22	8	41	1.83
27041219--27041362	27	5.3	26	70	12	85	38	22	11	28	1.88
27041260--27041372	27	4.2	26	80	4	118	42	21	7	29	1.79
27041190--27041372	81	2.3	81	76	7	192	38	21	9	30	1.86
27041280--27041410	54	2.4	54	82	2	138	39	18	9	32	1.82
27041463--27041523	27	2.3	27	83	10	74	29	19	22	27	1.98
27042317--27042411	25	3.8	25	92	0	145	26	26	23	24	2.00
27042559--27042650	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
27042674--27042752	31	2.5	31	95	0	140	27	18	25	27	1.98
27045739--27045835	26	3.8	26	89	4	153	28	22	21	26	1.99
27045885--27045959	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
27045885--27045940	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
27045902--27045958	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
27051810--27051843	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
27051979--27052273	50	5.9	50	75	3	252	27	16	24	31	1.97
27051988--27052306	150	2.1	151	83	5	385	27	16	24	31	1.96
27055845--27056022	39	4.6	39	94	0	293	24	21	24	28	1.99
27060732--27060805	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
27066618--27067068	39	11.6	39	98	0	866	21	22	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27081455--27081592	27	5.1	27	80	11	158	34	20	24	20	1.96
27081462--27081596	54	2.5	54	91	1	218	34	20	25	19	1.96
27084404--27084527	26	4.8	26	92	1	205	29	23	19	27	1.98
27084577--27084651	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
27084577--27084632	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
27084594--27084650	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
27092517--27092640	26	4.8	26	92	3	189	29	22	20	28	1.98
27092690--27092746	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
27093089--27093128	21	2.0	21	90	5	64	22	40	20	17	1.92
27095246--27095336	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
27095310--27096444	47	24.1	47	97	0	1957	25	31	13	29	1.94
27099972--27100067	27	3.4	28	89	2	131	27	12	28	32	1.93
27100000--27100082	27	3.0	27	85	5	87	30	10	25	33	1.90
27099972--27100083	28	4.0	27	82	6	89	28	11	25	33	1.91
27108026--27108123	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
27108054--27108136	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
27108026--27108137	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
27110070--27110293	39	5.7	39	87	0	295	23	20	25	31	1.98
27111779--27111900	27	4.5	27	86	6	176	18	15	23	42	1.88
27127106--27127177	34	2.2	33	89	2	108	25	29	20	23	1.98
27134810--27134878	35	2.0	34	85	2	93	37	11	15	33	1.84
27142691--27142728	18	2.1	18	95	0	67	42	10	13	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27159026--27159104	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
27159238--27159566	47	7.0	47	99	0	640	29	29	8	31	1.87
27167044--27167204	27	6.0	27	86	0	196	43	19	16	20	1.88
27167044--27167204	81	2.0	81	87	4	236	43	19	16	20	1.88
27177462--27177495	17	1.9	17	88	5	50	14	23	44	17	1.86
27178221--27178259	5	7.6	5	88	11	53	15	0	0	84	0.62
27178221--27178259	11	3.8	10	87	12	53	15	0	0	84	0.62
27187349--27187777	108	4.0	108	97	0	795	30	26	16	26	1.97
27199669--27199819	80	1.9	80	100	0	302	25	27	21	25	2.00
27208299--27208462	40	4.1	40	89	3	235	28	28	20	23	1.99
27217967--27218011	20	2.2	21	84	11	58	31	0	22	46	1.52
27219699--27219738	21	1.9	21	84	0	53	42	10	15	32	1.79
27219784--27219878	25	3.8	25	92	0	154	27	26	22	24	2.00
27219783--27219905	25	5.0	23	85	6	111	28	25	21	24	1.99
27220099--27220182	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
27224731--27224819	45	2.0	44	90	0	133	29	14	28	26	1.95
27233781--27233948	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
27233804--27233948	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
27241003--27241110	20	5.4	20	92	1	164	54	0	24	21	1.45
27243947--27244014	23	3.1	21	76	14	75	50	0	0	50	1.00
27253277--27253416	70	2.0	70	98	0	271	20	15	22	42	1.89
27257080--27257370	40	7.3	40	78	9	274	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27257080--27257347	79	3.4	79	84	7	312	25	21	28	25	1.99
27259191--27259218	14	2.0	14	100	0	56	35	14	28	21	1.92
27259946--27260025	41	2.0	41	87	9	119	15	40	25	20	1.90
27260940--27261143	46	4.4	47	77	10	163	24	29	18	27	1.98
27271295--27271450	42	3.7	42	82	1	195	32	24	14	29	1.94
27273144--27273308	42	4.0	42	83	0	172	36	23	16	23	1.94
27273158--27273317	83	1.9	83	81	2	194	36	22	15	25	1.93
27278452--27278517	32	2.1	32	100	0	132	37	12	3	46	1.56
27278888--27278952	34	1.9	34	84	6	87	26	21	24	27	1.99
27287926--27287966	14	3.0	14	80	16	50	56	2	4	36	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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