genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14784449--14784663	45	4.9	45	80	5	217	26	20	26	26	1.99
14796181--14796495	48	6.6	48	78	8	279	28	18	29	23	1.98
14796231--14796495	142	1.9	142	89	6	419	27	17	30	24	1.97
14796171--14796495	96	3.4	96	82	4	399	28	17	29	24	1.97
14798783--14798880	28	3.5	27	75	10	90	27	15	30	26	1.96
14798794--14798909	56	2.1	56	85	3	155	30	15	29	25	1.96
14798985--14799051	32	2.1	32	85	0	89	38	10	19	31	1.85
14803269--14803314	23	2.0	23	95	0	83	36	26	19	17	1.94
14820633--14820702	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
14827334--14827371	19	2.0	19	94	0	67	50	5	23	21	1.69
14832185--14832223	20	2.0	20	84	0	51	38	0	17	43	1.50
14837337--14837501	59	2.8	59	84	0	240	33	31	13	21	1.92
14840762--14840852	37	2.5	37	98	0	173	24	31	20	23	1.98
14840999--14841531	48	11.1	48	99	0	1030	31	26	6	35	1.81
14844009--14845009	40	25.0	40	96	0	1750	25	29	22	22	1.99
14845143--14845235	46	2.0	46	95	2	170	32	22	4	40	1.73
14846312--14846417	37	2.9	37	95	0	185	26	32	17	23	1.97
14846567--14846739	48	3.6	48	91	3	292	32	26	5	35	1.80
14846672--14846809	70	1.9	72	94	2	244	30	27	5	36	1.80
14846621--14846857	118	2.0	122	92	5	403	31	26	5	36	1.80
14846743--14847698	48	20.0	48	99	0	1853	31	26	6	35	1.81
14851148--14851506	40	9.0	40	86	0	459	28	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14861906--14861940	14	2.5	14	95	0	61	57	0	0	42	0.99
14863824--14863886	31	2.0	31	100	0	126	23	22	12	41	1.88
14866402--14866449	24	2.0	24	100	0	96	37	12	8	41	1.73
14867637--14867682	4	11.0	4	86	9	65	21	2	2	73	1.04
14867637--14867682	21	2.2	21	88	7	67	21	2	2	73	1.04
14867637--14867684	17	2.9	16	90	6	69	20	2	2	75	1.02
14868035--14868095	10	5.9	10	70	14	52	59	1	0	39	1.08
14877102--14877135	17	2.0	17	88	11	52	55	29	8	5	1.54
14877334--14877404	36	2.0	35	91	5	108	39	8	19	30	1.82
14885161--14885185	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
14892324--14892371	14	3.3	15	77	14	55	58	0	4	37	1.18
14893536--14893653	9	12.1	9	67	18	58	29	3	3	63	1.27
14893849--14893938	31	3.0	30	82	8	101	47	12	7	32	1.69
14905435--14905897	230	2.0	230	96	0	845	35	23	12	27	1.92
14918581--14918953	158	2.4	158	83	5	441	28	13	20	38	1.89
14921057--14921119	30	2.1	30	93	0	108	58	12	3	25	1.49
14921933--14922074	75	1.9	76	81	7	173	38	0	33	28	1.57
14929265--14929304	16	2.5	17	74	25	50	62	10	7	20	1.50
14936352--14936376	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
14936353--14936484	62	2.1	62	87	5	187	26	21	8	43	1.80
14937269--14937343	17	4.5	17	71	17	59	56	1	1	41	1.16
14944102--14944252	38	3.9	38	85	1	176	31	26	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14944102--14944252	76	2.0	78	84	5	200	31	26	20	21	1.98
14951317--14951467	38	3.9	38	90	1	203	29	25	23	21	1.99
14954436--14954504	30	2.4	30	82	4	79	30	18	10	40	1.84
14957214--14957279	13	5.1	13	81	7	89	36	24	7	31	1.83
14959261--14959308	22	2.2	22	96	0	87	14	29	43	12	1.82
14968612--14968715	4	26.8	4	70	23	55	25	1	0	73	0.94
14968599--14968675	22	3.4	22	83	15	77	22	1	0	76	0.86
14968590--14968699	34	3.5	30	79	17	109	23	1	0	73	0.98
14968597--14968675	7	11.4	7	76	15	58	21	1	0	77	0.84
14968613--14968722	29	3.9	27	83	13	125	25	1	0	72	0.94
14968621--14968703	21	4.1	20	84	15	93	24	2	0	73	0.95
14968610--14968723	15	7.8	15	75	22	93	26	1	0	71	0.95
14971162--14971201	10	4.0	10	86	0	62	27	10	2	60	1.42
14977028--14977117	45	2.0	44	93	2	153	26	14	23	35	1.93
14978615--14978666	20	2.6	20	96	0	95	19	34	32	13	1.90
15002227--15002271	23	2.0	23	82	8	56	13	8	0	77	0.98
15004775--15005159	40	9.6	40	88	2	558	24	28	21	26	1.99
15008815--15008842	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
15009168--15009264	40	2.4	40	81	8	117	28	25	14	30	1.95
15011877--15012061	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	25	1.99
15011930--15012084	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	25	1.99
15014712--15014773	20	3.1	20	83	0	88	11	24	38	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15016401--15016578	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
15016402--15016557	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
15016398--15016578	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
15024433--15024609	27	6.5	26	82	6	158	25	15	29	28	1.96
15024433--15024588	82	1.9	81	85	3	215	26	16	30	27	1.96
15024429--15024609	82	2.2	81	81	2	211	26	16	29	28	1.96
15027955--15028064	48	2.3	48	90	0	166	32	14	24	28	1.94
15028098--15028231	49	2.7	49	82	0	160	27	21	26	23	1.99
15030846--15031169	80	4.1	80	99	0	639	31	15	11	41	1.82
15036245--15036367	47	2.6	47	97	0	228	27	28	21	22	1.99
15041014--15041135	42	2.9	41	83	7	147	29	25	14	30	1.95
15041015--15041135	43	2.9	42	82	7	138	28	25	14	30	1.95
15042142--15042176	17	1.9	18	88	11	54	25	14	5	54	1.62
15043126--15043195	30	2.3	30	97	0	131	21	34	24	20	1.97
15049258--15049308	21	2.4	22	93	6	88	50	5	3	39	1.45
15051046--15051142	30	3.2	30	75	2	97	29	25	14	29	1.95
15053818--15053882	26	2.5	26	80	10	69	27	13	26	32	1.94
15054130--15054161	8	4.0	8	91	0	55	3	25	21	50	1.64
15056058--15056920	46	18.7	46	96	1	1527	25	19	24	30	1.98
15057145--15057182	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
15064337--15065199	46	18.7	46	96	1	1561	25	19	24	30	1.98
15065373--15065505	69	1.9	69	98	0	257	36	12	24	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15066443--15066563	57	2.1	57	100	0	242	33	11	23	31	1.91
15068494--15068560	32	2.1	32	97	0	125	38	11	16	32	1.85
15076507--15076573	32	2.1	32	100	0	134	40	11	14	32	1.83
15082129--15082287	43	3.7	43	77	15	145	30	25	20	23	1.98
15088365--15088609	48	5.1	48	94	0	418	35	6	26	30	1.82
15088756--15088864	37	2.9	37	86	2	157	22	18	31	27	1.97
15091949--15091990	11	4.1	10	80	14	50	52	28	0	19	1.46
15092729--15092850	43	2.8	42	80	7	129	32	22	18	26	1.97
15099552--15099593	21	1.9	23	85	9	61	45	28	0	26	1.54
15101901--15101995	42	2.3	42	80	12	106	33	27	16	22	1.95
15104508--15104542	17	1.9	19	88	11	56	51	8	11	28	1.67
15106234--15106293	31	1.9	31	86	6	86	20	40	20	20	1.92
15107656--15107840	40	4.7	40	82	6	207	25	26	22	25	2.00
15107684--15107840	79	2.0	80	83	6	203	25	27	22	24	2.00
15107928--15108056	40	3.2	40	83	3	145	24	25	20	28	1.99
15108051--15108097	23	2.0	23	95	0	85	12	23	25	38	1.90
15108012--15108136	63	2.0	62	92	1	205	19	25	23	32	1.98
15108074--15108175	40	2.5	40	84	9	120	21	26	23	28	1.99
15108855--15108974	66	1.9	63	88	10	183	40	16	13	30	1.87
15109745--15109884	69	2.0	69	98	0	271	25	30	12	32	1.93
15111799--15111906	54	2.0	54	92	0	180	33	25	14	25	1.95
15116426--15116575	27	5.5	27	80	6	144	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15119787--15119892	40	2.6	40	92	1	176	28	26	20	24	1.99
15124037--15124083	21	2.2	20	82	14	51	4	23	0	72	1.02
15128284--15128318	18	1.9	18	100	0	70	14	28	5	51	1.65
15130090--15130149	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
15134077--15134161	42	2.0	42	97	0	161	32	18	0	48	1.49
15134670--15135035	199	1.9	196	96	1	678	23	18	14	43	1.87
15138400--15138460	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
15142215--15142301	30	2.9	30	91	3	140	49	3	11	35	1.56
15144209--15144326	57	2.1	57	80	7	132	27	17	20	33	1.95
15148176--15149047	27	32.3	27	96	1	1613	29	23	25	21	1.99

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