genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22694285--22694407	52	2.4	51	97	2	230	26	23	23	26	2.00
22694457--22694523	20	3.3	20	89	4	100	31	19	11	37	1.88
22694457--22694512	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
22694559--22694606	25	1.9	25	95	0	87	33	20	18	27	1.96
22695463--22695597	27	4.9	28	87	6	188	31	8	20	39	1.82
22695469--22695597	55	2.3	56	88	5	183	31	7	20	40	1.81
22698365--22698461	40	2.4	40	87	0	131	34	28	15	21	1.94
22714898--22714957	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
22714912--22714983	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
22722233--22722274	21	2.0	21	81	9	50	40	14	0	45	1.45
22751275--22751353	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22757288--22757366	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22757484--22757775	49	6.0	49	95	2	498	31	28	7	32	1.85
22775067--22775103	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
22775073--22775123	21	2.4	21	86	0	66	37	13	19	29	1.90
22775409--22775491	31	2.7	31	79	3	98	31	15	22	30	1.95
22779746--22779771	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
22785876--22785983	55	2.0	55	83	7	139	19	26	28	25	1.99
22796831--22796900	19	3.6	19	83	11	81	35	0	7	57	1.26
22796816--22796899	20	4.2	19	80	14	82	39	0	5	54	1.25
22799763--22799842	36	2.2	36	82	12	94	36	15	5	43	1.68
22799763--22799842	18	4.4	18	79	16	85	36	15	5	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22799798--22799845	18	2.7	18	96	0	87	33	16	6	43	1.73
22802144--22802177	17	1.9	17	88	5	50	14	47	23	14	1.82
22804973--22805013	21	2.0	21	95	0	73	24	29	19	26	1.98
22816261--22816488	90	2.5	90	87	3	307	46	11	10	30	1.75
22816261--22816539	90	3.1	90	81	5	244	47	12	11	28	1.76
22817682--22817825	40	3.6	40	81	2	182	26	16	25	31	1.97
22818701--22818754	19	3.2	19	65	29	57	18	22	31	27	1.97
22818697--22818769	32	2.3	32	92	0	128	15	23	34	27	1.94
22818873--22818898	12	2.2	12	100	0	52	26	42	23	7	1.81
22824064--22824130	35	1.9	35	93	0	116	41	22	10	25	1.85
22825311--22825498	40	4.6	41	80	9	197	28	13	24	33	1.94
22825338--22825476	41	3.4	41	84	3	149	29	15	24	30	1.96
22825317--22825498	81	2.2	82	82	8	221	27	14	25	32	1.94
22828020--22828117	48	2.0	48	100	0	196	51	6	12	30	1.64
22830293--22830419	68	1.9	68	85	9	179	42	3	3	49	1.39
22830474--22830499	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
22831659--22831721	33	1.9	33	86	0	90	25	25	22	26	2.00
22831682--22831743	28	2.2	28	77	2	72	32	25	22	19	1.97
22831849--22831893	23	2.0	21	83	8	54	46	17	15	20	1.84
22833975--22834122	74	2.0	74	98	0	287	35	25	14	25	1.94
22835509--22835539	15	2.1	15	93	0	53	12	16	16	54	1.71
22841616--22842100	241	2.0	241	98	0	934	30	20	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22844362--22844405	21	2.1	21	95	0	79	29	20	2	47	1.62
22845413--22845466	15	3.7	15	69	16	51	24	1	14	59	1.46
22846786--22846921	56	2.4	56	97	0	254	25	13	25	36	1.92
22852606--22852648	22	2.0	22	85	0	59	37	6	2	53	1.41
22853338--22853389	23	2.3	23	96	0	95	40	0	11	48	1.40
22858749--22859644	47	19.1	47	97	0	1594	32	12	29	25	1.92
22859219--22859293	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
22859621--22859708	46	1.9	46	85	0	122	31	9	32	26	1.87
22865341--22865437	40	2.5	38	74	12	106	32	37	13	16	1.88
22867250--22867304	20	2.8	19	81	8	56	23	1	3	70	1.12
22870501--22870547	20	2.3	20	100	0	94	8	27	38	25	1.85
22878647--22878714	22	3.4	22	64	29	60	42	8	29	19	1.81
22878646--22878722	38	2.0	38	94	0	136	40	11	28	19	1.87
22881618--22881987	125	3.0	126	90	1	566	39	15	16	27	1.89
22885193--22885240	21	2.3	21	82	7	62	8	22	39	29	1.83
22885577--22885667	30	3.1	29	79	7	103	10	16	41	30	1.83
22886139--22886171	7	4.7	7	92	0	57	57	12	3	27	1.49
22888828--22888894	30	2.2	31	94	2	118	25	26	4	43	1.74
22888911--22888957	25	2.0	24	87	8	69	57	0	0	42	0.98
22890044--22890096	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
22890077--22890167	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
22890332--22890368	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22890410--22890595	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
22890312--22890601	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
22897936--22898085	1	150.0	1	90	0	237	0	0	4	95	0.30
22898406--22898551	73	2.0	74	93	1	249	21	12	15	50	1.76
22908684--22908728	20	2.1	22	88	8	67	33	0	6	60	1.23
22908682--22908733	22	2.3	23	81	15	65	30	1	5	61	1.30
22914534--22914567	10	3.3	10	84	8	50	5	20	14	58	1.57
22916093--22916126	16	2.1	16	94	0	59	55	5	23	14	1.61
22929174--22929498	172	1.9	173	85	3	458	31	14	12	41	1.84
22930132--22930456	172	1.9	173	86	4	469	31	13	12	42	1.82
22928575--22930490	958	2.0	958	99	0	3751	26	19	17	37	1.93
22938622--22938662	21	2.0	21	85	0	55	29	2	2	65	1.18
22939258--22939292	17	2.0	18	88	5	54	42	5	0	51	1.25
22939277--22939327	6	8.2	6	75	16	50	33	0	5	60	1.21
22946113--22946231	58	2.1	58	84	6	152	34	10	21	33	1.88
22953678--22953741	29	2.2	30	85	2	85	29	23	18	28	1.98
22954278--22954336	29	2.0	29	83	0	73	22	22	27	28	1.99
22954454--22954483	15	2.0	15	93	0	51	56	6	13	23	1.60
22958096--22958128	13	2.4	14	90	10	50	36	3	6	54	1.41
22959050--22959137	43	2.1	41	82	6	104	31	2	7	57	1.40
22960338--22960379	22	1.9	22	95	0	75	47	9	7	35	1.64
22962737--22962776	19	2.1	19	90	0	62	10	40	27	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22963452--22963510	19	3.3	19	64	22	54	44	10	18	27	1.82
22963454--22963514	21	3.2	21	61	29	55	47	8	16	27	1.75
22963450--22963521	35	2.0	36	97	2	137	50	8	16	25	1.73
22963850--22964021	48	3.6	48	78	3	184	22	27	19	30	1.98
22963850--22964026	96	1.8	96	87	0	264	22	27	20	29	1.98
22974373--22974436	27	2.4	26	84	7	76	32	18	28	20	1.96
22982290--22982344	19	2.9	18	86	8	65	12	27	20	40	1.88
22982310--22982350	20	2.0	20	95	0	73	9	26	24	39	1.86
22985239--22985272	16	2.1	16	94	0	59	23	23	23	29	1.99
22988719--22989011	146	2.0	146	97	0	559	32	17	9	40	1.81
22993587--22993649	27	2.3	28	81	13	78	46	23	4	25	1.72
22993627--22993712	27	3.1	27	76	17	95	38	16	10	34	1.83
22993774--22993884	27	4.1	27	94	2	179	31	22	26	19	1.98
22993753--22993880	54	2.4	54	84	7	179	34	21	23	20	1.97
22994590--22994676	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
22994726--22994861	52	2.7	51	89	5	197	28	20	22	28	1.98
22994726--22994861	26	5.3	26	83	3	163	28	20	22	28	1.98
22994994--22995085	42	2.2	42	88	3	132	30	13	21	34	1.91
22995109--22995210	31	3.3	31	95	0	177	32	15	24	27	1.96
23016615--23016688	25	2.9	25	79	2	76	41	6	14	36	1.73
23019352--23019456	27	4.1	26	73	11	99	37	17	20	24	1.94
23019416--23019474	27	2.2	27	87	0	82	37	16	22	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23019815--23019882	18	3.8	18	79	14	86	23	17	17	41	1.90
23019815--23019891	18	4.3	18	76	12	77	24	16	16	41	1.89
23019886--23019978	34	2.7	34	93	0	150	26	23	25	23	2.00
23022894--23022923	15	2.0	15	100	0	60	13	20	20	46	1.83
23035145--23035210	29	2.3	29	81	5	71	30	24	1	43	1.63
23047391--23047456	24	2.8	24	79	6	64	24	24	16	34	1.95
23055087--23055151	24	2.7	23	86	6	78	29	24	12	33	1.92
23055332--23055384	20	2.7	20	76	2	54	33	5	20	39	1.76
23058644--23058680	8	4.6	8	93	0	65	56	18	24	0	1.41
23062526--23063525	47	21.1	47	96	1	1802	32	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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