genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27290806--27291105	150	2.0	150	99	0	591	22	17	17	42	1.89
27301936--27302025	27	3.3	28	80	6	96	40	15	10	34	1.81
27301960--27302034	27	2.8	27	83	4	80	40	18	10	30	1.85
27301936--27302042	54	2.0	54	81	3	126	38	18	10	32	1.85
27301979--27302187	81	2.6	81	83	5	208	29	23	10	36	1.87
27302031--27302215	27	6.9	27	89	2	246	27	22	9	40	1.84
27302206--27302445	27	8.8	27	77	3	194	37	19	10	32	1.85
27302064--27302241	81	2.2	81	82	0	203	29	19	8	41	1.82
27302485--27302555	27	2.6	27	88	4	108	32	25	23	18	1.97
27302480--27302567	27	3.3	27	80	10	101	37	21	21	19	1.94
27303557--27303648	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
27303672--27303750	31	2.5	31	84	8	106	31	17	24	26	1.97
27305336--27305370	17	2.1	17	100	0	70	45	42	0	11	1.40
27308668--27308702	18	2.0	18	88	5	54	20	0	2	77	0.90
27312116--27312179	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
27326398--27326427	15	2.0	15	100	0	60	40	20	26	13	1.89
27335936--27336180	27	9.1	27	84	2	244	21	17	19	41	1.91
27337045--27337412	27	13.7	27	86	0	459	25	13	20	40	1.89
27337767--27337826	18	3.3	18	83	0	84	23	18	16	41	1.90
27345929--27346009	41	2.0	40	97	2	153	29	11	34	24	1.90
27347184--27347361	40	4.5	40	87	2	234	24	21	28	24	1.99
27354054--27354115	33	1.9	32	96	3	115	30	11	35	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27355300--27355516	40	5.5	40	87	3	280	23	23	28	24	2.00
27355300--27355516	79	2.7	79	88	4	296	23	23	28	24	2.00
27361065--27361349	47	6.1	47	88	0	347	35	10	28	25	1.89
27361113--27361190	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
27361323--27361441	46	2.6	46	94	0	211	34	10	31	24	1.88
27365141--27365997	46	18.6	46	97	0	1599	43	15	23	17	1.87
27366643--27366686	22	2.0	22	95	0	79	25	9	40	25	1.84
27373658--27373686	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
27388590--27388620	15	2.1	15	93	0	53	25	3	0	70	1.02
27388821--27388845	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27416607--27416868	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
27423491--27423532	23	1.9	23	85	9	61	23	9	11	54	1.66
27428945--27428987	16	2.7	16	92	0	68	46	16	23	13	1.83
27429202--27429342	28	5.0	29	83	1	162	26	13	29	30	1.94
27429202--27429337	57	2.4	58	86	3	188	25	13	30	29	1.94
27433275--27433304	10	3.0	10	95	0	51	30	36	10	23	1.87
27434098--27434259	42	3.8	42	81	1	198	30	21	14	33	1.94
27439663--27439692	10	3.0	10	95	0	51	26	40	13	20	1.89
27440489--27440646	42	3.7	42	83	1	181	29	22	16	32	1.95
27442595--27442678	42	2.0	42	95	0	150	23	19	30	26	1.98
27442950--27443031	28	2.9	29	85	5	114	25	15	31	26	1.96
27444154--27444187	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27445945--27445974	15	2.1	14	93	6	51	50	6	10	33	1.62
27450487--27450520	16	2.1	16	88	0	50	47	20	20	11	1.81
27454109--27454158	14	3.7	14	75	15	52	50	10	4	36	1.55
27460886--27460930	22	2.0	22	83	8	56	40	24	6	28	1.80
27464162--27464302	40	3.5	40	86	2	196	26	25	21	25	2.00
27466179--27466300	43	2.9	42	82	2	163	28	25	16	29	1.97
27468864--27468895	16	2.0	16	93	0	55	28	6	15	50	1.68
27470894--27471054	38	4.0	38	72	13	133	30	25	14	29	1.95
27473299--27473340	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
27476545--27476636	47	2.0	47	88	0	139	34	23	14	27	1.93
27478572--27478691	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27479819--27480043	40	5.7	40	84	5	278	25	21	27	26	1.99
27479826--27480076	119	2.1	119	81	7	278	27	20	26	26	1.99
27488879--27489044	46	3.6	47	77	16	175	31	29	18	20	1.96
27488883--27489054	93	1.8	93	88	2	265	30	30	18	20	1.97
27488926--27489069	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
27493453--27494336	44	20.1	44	100	0	1768	34	15	0	49	1.45
27500352--27500409	29	2.0	29	96	0	107	31	18	13	36	1.90
27500356--27500424	29	2.4	28	88	9	95	28	17	13	40	1.87
27504699--27504791	40	2.3	40	92	0	150	19	27	20	32	1.97
27504598--27504961	195	1.9	195	98	0	701	26	24	18	29	1.98
27509608--27509781	46	3.8	46	83	3	242	30	27	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27509608--27509782	92	1.9	92	96	0	323	30	27	22	19	1.98
27511706--27511794	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
27511706--27511785	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27511717--27511794	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27514734--27514914	46	3.9	46	85	0	236	29	27	22	20	1.98
27514734--27514913	92	2.0	92	88	0	270	29	27	22	20	1.98
27517567--27517603	19	1.9	19	88	0	56	45	0	2	51	1.15
27517576--27517615	19	2.1	19	85	4	53	42	0	5	52	1.23
27518664--27518703	7	5.7	7	90	0	62	30	35	0	35	1.58
27518660--27518710	21	2.4	21	80	0	66	29	29	0	41	1.57
27518663--27518710	14	3.4	14	77	11	53	29	31	0	39	1.57
27518732--27518770	20	2.0	20	85	10	53	17	12	2	66	1.35
27521427--27521481	27	2.0	27	100	0	110	29	23	18	29	1.98
27524416--27524515	27	3.6	27	86	8	112	32	29	12	27	1.92
27524418--27524515	28	3.5	28	91	2	144	32	28	12	26	1.92
27552831--27553682	46	18.5	46	98	0	1605	26	30	6	36	1.83
27555534--27555558	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27560547--27560702	68	2.2	69	78	13	160	20	27	16	35	1.94
27567561--27567600	13	3.1	13	88	0	62	15	30	32	22	1.94
27575607--27575686	15	5.4	15	75	12	76	10	17	13	58	1.62
27580466--27580685	40	5.6	40	80	4	232	25	25	22	25	2.00
27583320--27583395	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27584584--27584728	40	3.6	39	80	6	155	26	24	24	24	2.00
27592353--27592497	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
27594470--27594515	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
27595519--27596143	312	2.0	312	100	0	1250	33	20	16	28	1.95
27602901--27603029	46	2.8	46	85	1	168	22	23	23	31	1.99
27603917--27604178	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
27616743--27616781	18	2.2	18	86	9	53	38	10	10	41	1.73
27619880--27619925	19	2.4	20	75	7	51	45	0	4	50	1.21
27620411--27620459	17	3.1	17	71	11	50	44	0	0	55	0.99
27620632--27620666	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
27622368--27622403	16	2.2	16	90	9	56	0	11	2	86	0.68
27627473--27627590	44	2.8	42	78	10	130	32	27	16	22	1.96
27627599--27627758	79	2.0	80	93	1	277	22	20	17	39	1.92
27642392--27642617	39	5.7	39	83	3	202	21	24	26	27	1.99
27642423--27642605	78	2.3	79	82	3	226	21	23	27	27	1.99
27648911--27649075	43	3.9	42	78	7	127	30	26	17	24	1.97
27665148--27665186	18	2.2	18	100	0	78	33	25	12	28	1.93
27665672--27665771	51	2.0	51	84	7	132	37	24	15	24	1.93
27665733--27665816	43	2.0	43	87	0	123	28	29	17	23	1.97
27676690--27676714	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
27682147--27682180	14	2.4	14	100	0	68	38	8	23	29	1.85
27697742--27698071	54	6.1	54	87	1	419	25	16	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27697769--27698125	27	13.2	27	84	3	362	26	15	18	39	1.90
27698000--27698154	27	5.7	28	81	10	126	27	9	20	41	1.83
27700012--27700072	21	2.9	21	78	9	63	16	39	26	18	1.91
27703076--27703298	40	5.6	38	81	8	189	24	26	21	26	1.99
27703074--27703298	80	2.8	79	78	6	213	24	27	21	26	1.99
27703230--27703307	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27705635--27705794	40	4.0	40	85	4	198	21	21	26	30	1.98
27709169--27709236	24	2.7	26	84	4	95	25	23	17	33	1.96
27716326--27716356	14	2.3	13	94	5	53	16	12	32	38	1.86
27717451--27717488	19	2.0	19	100	0	76	52	26	5	15	1.64

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