genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20600820--20600920	50	2.0	50	96	0	184	26	28	14	29	1.95
20606694--20606955	47	5.6	48	80	12	244	23	30	17	28	1.97
20606694--20606955	94	2.8	94	81	9	281	23	30	17	28	1.97
20608915--20608960	24	1.9	24	82	8	58	47	2	19	30	1.61
20611162--20611229	36	1.9	35	82	5	84	66	1	5	26	1.23
20616397--20616602	46	4.5	45	76	14	179	24	29	18	27	1.98
20618782--20618813	16	2.1	16	94	5	57	53	6	3	37	1.42
20618804--20619026	102	2.2	102	98	1	432	53	15	0	30	1.42
20619277--20619329	27	2.0	27	100	0	106	58	18	0	22	1.39
20619530--20619573	17	2.6	18	85	7	56	2	25	0	72	0.96
20619525--20619570	20	2.3	20	78	10	51	2	21	0	76	0.90
20619529--20619602	23	3.6	22	72	21	63	2	29	0	67	1.04
20619527--20619600	28	2.6	29	77	12	80	2	28	0	68	1.03
20620537--20620595	30	2.0	30	82	0	73	40	3	25	30	1.72
20621777--20621829	23	2.3	23	77	6	54	33	7	13	45	1.71
20630137--20630183	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
20630581--20631078	50	9.9	50	78	2	487	26	17	25	29	1.98
20630642--20631075	151	2.9	151	90	0	672	26	17	25	29	1.98
20630584--20631067	201	2.4	199	81	4	544	26	17	25	29	1.98
20630581--20631067	101	4.8	100	77	6	457	26	17	25	29	1.98
20630581--20631078	151	3.3	151	86	2	671	26	17	25	29	1.98
20631648--20631990	180	1.9	180	88	1	517	38	8	19	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20641037--20641064	14	2.0	14	100	0	56	21	21	28	28	1.99
20647740--20647797	15	3.9	14	84	8	71	13	18	13	53	1.73
20647740--20647797	30	1.9	30	86	6	82	13	18	13	53	1.73
20650764--20651203	50	8.7	50	78	7	410	26	16	25	30	1.97
20650764--20651203	101	4.4	98	77	8	400	26	16	25	30	1.97
20650767--20651203	151	2.9	151	88	2	608	26	16	26	30	1.97
20651407--20651438	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
20651768--20652123	180	2.0	180	85	2	482	38	8	19	33	1.82
20654907--20654950	10	4.5	10	78	16	56	27	0	2	70	0.99
20654973--20655013	18	2.2	19	87	12	59	34	2	4	58	1.32
20655094--20655134	9	4.6	9	84	9	57	41	2	2	53	1.27
20660476--20660579	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
20660476--20660601	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
20661488--20661544	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
20667798--20667875	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
20667828--20668155	174	1.9	174	97	0	620	30	14	24	31	1.94
20672939--20673001	31	2.1	31	87	3	92	61	12	1	23	1.39
20673405--20673446	20	2.0	21	90	4	68	21	7	0	71	1.09
20679306--20679335	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
20680048--20680256	103	2.0	103	93	0	355	30	19	15	33	1.93
20680810--20680847	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
20681099--20681132	12	2.8	12	90	0	50	50	8	20	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20684666--20685002	170	2.0	170	95	0	611	40	24	5	29	1.79
20689744--20689796	26	2.0	26	100	0	106	33	7	11	47	1.68
20691113--20691141	14	2.1	14	100	0	58	27	13	20	37	1.91
20692594--20692693	26	3.8	26	94	0	182	31	7	26	36	1.83
20694131--20694194	26	2.4	26	84	5	74	34	23	12	29	1.92
20694299--20694439	27	5.2	26	83	10	176	18	24	22	34	1.96
20694299--20694439	54	2.6	53	92	2	219	18	24	22	34	1.96
20696694--20696834	39	3.6	40	82	12	159	26	22	27	23	2.00
20699236--20699280	24	1.9	23	81	4	54	44	11	13	31	1.78
20709305--20709474	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
20709252--20709474	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	25	1.99
20709327--20709509	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
20710866--20711450	220	2.7	220	90	0	909	32	18	21	27	1.97
20711418--20711504	37	2.4	37	88	0	129	40	22	16	20	1.91
20711455--20712044	78	7.4	78	85	5	763	33	17	22	26	1.96
20711458--20712044	322	1.8	315	86	4	840	33	17	22	26	1.96
20711984--20712257	45	6.1	45	77	6	268	30	16	27	26	1.96
20712058--20712257	89	2.2	90	84	3	278	31	15	28	25	1.96
20712610--20712664	17	3.2	17	89	5	92	40	10	12	36	1.79
20712613--20712673	18	3.4	18	93	4	97	36	13	13	37	1.83
20712637--20712699	23	3.0	22	82	11	62	34	7	17	39	1.79
20712966--20712999	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20722869--20723006	45	2.9	47	81	12	149	31	19	23	25	1.98
20722883--20723006	23	5.3	23	78	12	112	33	16	24	25	1.96
20730611--20730733	61	2.0	62	92	4	205	29	24	11	34	1.90
20739876--20739914	19	2.1	19	100	0	78	41	0	15	43	1.46
20740242--20740360	43	2.8	43	79	3	134	27	16	21	33	1.95
20753667--20753734	27	2.5	27	90	0	100	41	16	20	22	1.90
20754006--20754030	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
20756859--20756931	9	7.8	9	81	6	65	36	2	0	60	1.11
20756859--20756931	10	7.7	10	74	20	50	36	2	0	60	1.11
20756845--20756949	28	3.8	27	77	16	92	33	4	0	61	1.17
20756845--20756903	19	3.0	20	73	9	59	32	5	0	62	1.17
20756860--20756954	18	5.2	18	73	16	72	32	3	0	64	1.10
20756923--20756965	18	2.5	16	82	14	50	27	4	0	67	1.10
20757059--20757236	91	2.0	90	84	5	234	33	7	19	39	1.79
20757886--20757933	25	2.0	25	95	4	89	33	4	20	41	1.72
20759829--20759879	16	3.2	16	72	5	59	76	0	19	3	0.94
20759829--20759884	15	3.7	15	71	9	51	75	0	21	3	0.96
20759826--20759898	30	2.4	31	95	2	130	69	0	24	5	1.09
20764745--20764890	40	3.6	40	78	5	150	33	26	15	23	1.95
20764742--20764890	81	1.8	81	85	0	208	33	26	15	24	1.95
20772657--20773297	47	13.6	47	92	4	983	28	29	8	32	1.87
20773047--20773297	49	5.2	49	91	5	368	27	29	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20778268--20778324	26	2.1	27	96	3	107	45	14	8	31	1.75
20780284--20780368	43	2.0	43	92	0	143	38	7	27	27	1.82
20783531--20783584	25	2.2	25	89	0	81	25	20	14	38	1.91
20783630--20783688	21	2.9	21	89	2	84	32	20	10	37	1.86
20783630--20783696	10	6.6	10	83	6	82	32	19	10	37	1.86
20784048--20784092	21	2.0	23	83	8	58	28	42	11	17	1.84
20786023--20786064	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
20786023--20786061	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
20786686--20786720	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
20790739--20790875	43	3.2	43	76	10	138	27	23	19	29	1.98
20790720--20790876	43	3.7	43	75	8	133	26	25	21	27	1.99
20790720--20790876	85	1.8	85	83	5	210	26	25	21	27	1.99
20801746--20801783	20	1.9	20	84	10	51	50	21	5	23	1.69
20804583--20804640	24	2.4	24	80	11	64	25	22	20	31	1.98
20804844--20804906	27	2.3	27	81	5	74	23	20	20	34	1.96
20804889--20805095	27	7.7	27	81	3	130	30	7	20	40	1.81
20804942--20805101	81	2.0	81	86	0	221	31	8	19	40	1.82
20804943--20805109	27	6.2	27	87	0	199	31	9	19	39	1.84
20804944--20805116	54	3.2	54	86	0	229	31	9	19	40	1.83
20809961--20810155	47	4.1	47	87	1	266	32	13	28	25	1.93
20810036--20810111	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
20810310--20810454	37	3.9	37	92	0	236	22	18	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20812181--20812367	96	1.9	96	96	0	347	44	11	17	27	1.82
20822678--20822729	25	2.2	23	82	6	59	32	21	1	44	1.63
20824702--20824769	25	2.7	25	81	6	75	39	7	16	36	1.76
20824702--20824769	24	2.7	25	84	6	75	39	7	16	36	1.76
20848628--20848752	46	2.7	46	91	0	196	21	20	27	30	1.98
20848977--20849014	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
20857947--20857976	12	2.5	12	88	0	51	20	50	0	30	1.49
20859713--20859903	56	3.4	56	88	0	256	32	23	13	29	1.93
20868453--20868497	22	2.0	22	86	0	63	24	42	13	20	1.87
20868868--20868928	25	2.4	27	76	13	67	36	3	1	59	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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