genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21284471--21284985	48	10.7	47	79	4	426	24	28	19	27	1.98
21284471--21284994	144	3.6	144	86	2	681	24	28	19	27	1.98
21284471--21284995	96	5.4	96	79	4	538	24	28	19	27	1.98
21288125--21288213	28	3.3	27	84	9	112	33	14	25	25	1.94
21288239--21288509	51	5.3	51	89	0	434	33	13	22	30	1.92
21288239--21288509	102	2.7	102	98	0	524	33	13	22	30	1.92
21291008--21291166	42	3.6	43	76	13	153	33	24	16	25	1.95
21293105--21293138	17	2.0	17	100	0	68	23	23	35	17	1.95
21296174--21296226	18	2.9	18	72	10	54	24	24	0	50	1.49
21303770--21303884	29	4.1	27	76	9	95	27	27	14	29	1.95
21317431--21317511	33	2.5	32	78	11	87	46	9	4	38	1.59
21317492--21317532	18	2.3	18	91	0	64	53	7	0	39	1.29
21317688--21317787	29	3.2	30	77	8	103	46	15	5	34	1.67
21321118--21321222	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
21321078--21321241	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
21321078--21321228	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
21324876--21324963	45	2.0	45	83	0	113	30	28	17	23	1.97
21325773--21325805	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
21326367--21326488	43	2.8	43	96	2	219	24	31	21	22	1.98
21328879--21328906	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
21337075--21337252	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
21337076--21337231	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21337072--21337252	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
21337157--21337263	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
21345140--21345317	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21345141--21345296	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21345137--21345317	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21348296--21348324	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
21348943--21348971	13	2.2	13	100	0	58	41	20	0	37	1.53
21353463--21353492	16	1.9	16	93	6	53	33	6	23	36	1.81
21373459--21373506	22	2.2	22	92	0	78	54	14	6	25	1.63
21375750--21375785	17	2.1	17	100	0	72	27	16	19	36	1.93
21382146--21382178	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
21383810--21383897	45	2.0	45	93	0	149	22	10	26	40	1.86
21385803--21385876	35	2.1	34	87	7	105	25	27	21	25	2.00
21385859--21386004	76	1.9	76	84	5	197	27	22	20	29	1.99
21403547--21403608	29	2.1	29	87	0	88	16	22	38	22	1.92
21409026--21409293	40	6.7	40	88	2	378	24	22	27	24	2.00
21415720--21415760	21	1.9	22	95	5	75	31	21	14	31	1.94
21416334--21416379	22	2.1	22	100	0	92	34	13	23	28	1.92
21420030--21420124	25	3.8	25	81	5	102	36	17	23	22	1.95
21420016--21420113	50	1.9	51	81	2	117	31	18	24	25	1.97
21420110--21420164	24	2.3	25	71	9	60	43	20	16	20	1.88
21420249--21420298	26	1.9	26	84	8	66	42	18	20	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21420743--21420784	21	2.0	21	90	0	66	40	16	0	42	1.48
21420743--21420781	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
21423310--21423338	14	2.1	14	100	0	58	44	0	6	48	1.29
21424569--21425933	682	2.0	682	93	0	2329	32	27	14	26	1.95
21434409--21434747	50	7.0	50	86	7	439	27	11	21	39	1.87
21434463--21434723	92	2.8	92	87	5	344	27	9	21	40	1.85
21434421--21434684	142	1.9	141	94	0	465	26	10	21	40	1.87
21441386--21441424	9	4.4	9	80	6	53	0	15	0	84	0.62
21441386--21441425	15	2.6	16	88	7	57	0	17	0	82	0.67
21444048--21444206	77	2.1	77	86	2	221	20	20	38	20	1.93
21455139--21455193	19	2.9	19	77	17	62	40	1	1	56	1.21
21457496--21457622	42	3.0	43	90	2	211	29	25	19	24	1.98
21457492--21457625	43	3.1	43	90	2	225	29	26	20	23	1.98
21462204--21462402	41	4.9	41	82	3	206	22	23	20	34	1.97
21462737--21462856	43	2.8	42	82	12	145	29	27	19	24	1.98
21466810--21466936	67	1.9	67	95	0	227	38	11	6	43	1.67
21470594--21470636	18	2.3	19	80	8	52	55	0	2	41	1.12
21470609--21470660	18	2.8	18	85	8	61	50	0	1	48	1.12
21470688--21470743	22	2.7	21	86	8	71	50	10	0	39	1.37
21470688--21470744	21	2.8	20	84	10	71	50	10	0	38	1.37
21473967--21474012	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
21479758--21479812	22	2.5	22	76	2	58	45	3	10	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21481229--21481275	15	3.2	15	87	3	60	63	0	0	36	0.94
21481264--21481328	28	2.3	27	77	12	69	55	3	4	36	1.36
21484758--21484803	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21484765--21484809	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
21491806--21491855	25	2.0	24	92	3	82	42	4	0	54	1.19
21491822--21491863	20	2.1	20	82	8	50	40	2	0	57	1.12
21497929--21497987	32	1.9	31	89	6	93	28	3	18	49	1.64
21499225--21499273	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
21499361--21499400	20	2.0	20	95	0	71	42	15	12	30	1.83
21512233--21512296	22	2.8	23	81	9	69	67	25	0	7	1.17
21527887--21527945	22	2.6	22	89	2	82	20	23	16	38	1.92
21532099--21532181	39	2.1	41	84	4	107	26	16	25	31	1.97
21538557--21538598	7	6.0	7	85	0	57	35	0	35	28	1.58
21538557--21538598	14	3.0	14	92	0	66	35	0	35	28	1.58
21538558--21538598	21	2.0	21	90	9	66	34	0	36	29	1.58
21553266--21553338	30	2.4	30	79	6	76	50	0	1	47	1.09
21553614--21553688	33	2.3	33	95	0	132	45	17	10	26	1.81
21556505--21556554	25	2.0	26	84	4	66	64	12	12	12	1.51
21563513--21563570	27	2.2	25	82	14	64	56	1	0	41	1.09
21566774--21567025	129	2.0	129	86	3	355	26	18	20	35	1.95
21593947--21594008	28	2.2	28	79	0	70	22	20	29	27	1.99
21593958--21594010	15	3.7	15	80	10	65	18	24	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21593973--21593997	13	1.9	13	100	0	50	16	28	32	24	1.96
21594047--21594100	21	2.6	20	82	5	63	40	16	18	24	1.90
21594309--21594361	25	2.1	25	82	0	61	39	22	16	20	1.92
21595582--21595678	48	2.0	48	100	0	194	16	26	12	44	1.83
21599115--21599226	27	4.2	26	80	11	118	38	22	23	16	1.93
21599115--21599226	54	2.1	54	83	3	136	38	22	23	16	1.93
21606005--21606036	16	2.0	16	93	0	55	31	9	6	53	1.58
21607008--21607119	27	4.2	26	77	5	89	38	18	24	18	1.93
21609364--21609434	29	2.4	29	95	0	133	22	16	23	36	1.94
21609441--21609572	65	2.0	65	83	2	167	18	14	31	36	1.90
21624202--21624260	30	1.9	31	86	3	84	22	38	0	38	1.54
21624238--21624474	125	1.9	128	86	6	349	23	45	0	30	1.56
21625011--21625079	30	2.3	30	92	0	111	23	26	15	34	1.95
21625211--21625244	18	1.9	18	88	5	52	52	2	0	44	1.16
21629489--21629516	12	2.3	12	100	0	56	17	10	7	64	1.47
21629632--21629663	15	2.1	15	100	0	64	40	6	25	28	1.79
21632194--21632288	41	2.3	40	82	5	109	65	7	2	25	1.30
21632271--21632339	28	2.5	27	79	6	75	62	0	7	30	1.22
21640646--21640671	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21643505--21643545	18	2.3	18	91	0	64	65	9	4	19	1.40
21645486--21645520	17	2.0	18	88	5	54	37	5	14	42	1.69
21650035--21650088	27	2.0	27	100	0	108	22	18	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21653905--21654047	74	1.9	74	86	0	205	26	23	20	28	1.99
21659361--21660218	426	2.0	427	99	0	1691	35	9	20	34	1.85
21662850--21662921	29	2.4	30	77	15	76	47	4	1	47	1.30
21662902--21662931	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
21673765--21673957	47	4.0	48	81	8	187	23	17	29	30	1.97
21677751--21677928	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21677772--21677927	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21678416--21678441	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
21679954--21680048	29	3.2	28	72	19	84	49	11	14	24	1.76
21679964--21680118	59	2.6	60	86	4	215	51	9	14	23	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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