genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  66  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21691580--21691638	26	2.3	26	84	0	73	32	8	13	45	1.74
21700289--21700466	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21700290--21700445	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21700286--21700466	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21705048--21705227	51	3.6	48	81	10	211	30	26	18	24	1.98
21705044--21705229	101	1.9	100	94	1	327	29	26	19	24	1.98
21716110--21716144	17	2.1	17	89	5	54	57	0	5	37	1.23
21720593--21720625	15	2.2	15	89	10	50	84	0	0	15	0.61
21723357--21723469	56	2.0	56	91	0	181	52	15	8	23	1.70
21724820--21724851	13	2.3	15	89	10	50	25	0	6	68	1.12
21724909--21724934	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
21730088--21730210	47	2.6	47	82	6	135	30	17	26	25	1.97
21732815--21733019	46	4.4	46	77	9	166	27	17	29	25	1.98
21732815--21733118	94	3.2	94	80	7	294	28	19	27	24	1.99
21732815--21733118	48	6.4	47	73	8	195	28	19	27	24	1.99
21734772--21734803	14	2.3	14	100	0	64	34	31	15	18	1.93
21739430--21739486	30	1.9	30	88	0	87	31	7	28	33	1.84
21739824--21739992	48	3.6	45	73	12	144	31	17	26	24	1.97
21739870--21739992	46	2.6	46	81	8	124	32	17	26	23	1.97
21744357--21744397	21	2.0	21	95	0	73	0	53	19	26	1.45
21748226--21748743	259	2.0	259	99	0	1018	34	24	13	28	1.93
21750092--21750158	34	2.0	34	82	5	82	32	1	19	46	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21750144--21750384	62	3.9	62	97	0	437	36	4	15	43	1.67
21750093--21750384	16	18.5	16	67	15	135	35	4	15	44	1.66
21750510--21750782	99	2.8	99	94	0	492	51	4	6	37	1.47
21750697--21750889	62	3.2	60	74	16	202	55	2	5	36	1.37
21750657--21750889	118	2.0	118	92	1	387	53	3	6	37	1.41
21753819--21753844	12	2.2	12	100	0	52	50	23	7	19	1.73
21756648--21756733	40	2.2	40	86	0	127	23	22	22	32	1.98
21757826--21757911	40	2.2	40	86	0	127	23	22	22	32	1.98
21757928--21758110	94	1.9	95	84	3	244	22	19	20	36	1.95
21758045--21758192	40	3.7	40	83	1	172	23	22	21	32	1.98
21758041--21758210	80	2.1	80	78	8	184	22	22	21	33	1.97
21758187--21758268	41	2.0	41	85	4	112	18	25	19	36	1.94
21761842--21761892	20	2.5	20	96	0	93	21	25	33	19	1.97
21767978--21768032	22	2.5	22	88	5	85	12	29	34	23	1.92
21781960--21782023	32	2.0	32	96	0	119	21	20	15	42	1.89
21782281--21782354	27	2.7	27	87	4	96	39	24	9	27	1.86
21782309--21782513	27	7.6	27	86	1	259	35	20	20	23	1.96
21782619--21782649	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
21786690--21786727	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
21794089--21794139	20	2.5	21	78	15	63	45	13	0	41	1.44
21798183--21798282	47	2.2	46	82	8	114	47	12	9	32	1.72
21802289--21802553	10	27.8	10	67	18	86	59	3	3	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21802278--21802552	19	14.5	18	69	18	134	58	3	3	34	1.31
21802443--21802548	34	3.0	33	79	16	92	58	0	3	36	1.23
21802278--21802552	9	29.0	9	68	19	134	58	3	3	34	1.31
21811650--21811807	42	3.7	42	83	4	183	30	25	15	28	1.96
21813835--21814177	40	8.6	40	90	2	451	27	28	20	24	1.99
21834834--21834885	25	2.1	24	86	10	70	46	0	5	48	1.26
21834941--21835001	30	2.0	30	83	6	77	47	11	9	31	1.72
21846162--21846219	27	2.1	28	81	12	68	68	8	8	13	1.37
21856316--21856447	29	4.6	29	79	3	142	25	19	21	32	1.97
21856316--21856447	57	2.3	58	82	1	149	25	19	21	32	1.97
21856400--21856508	44	2.5	43	78	1	119	23	17	22	36	1.94
21856444--21856514	29	2.4	29	80	0	79	26	16	22	33	1.96
21856369--21856519	73	2.1	73	88	1	223	25	17	21	35	1.95
21856467--21856511	15	3.1	15	75	18	58	17	13	28	40	1.88
21856665--21856754	37	2.4	37	83	0	108	36	24	22	16	1.94
21863552--21863750	51	3.9	51	91	1	328	30	25	12	32	1.92
21869973--21870216	51	4.8	51	89	2	375	28	25	14	31	1.95
21869973--21870214	101	2.4	102	90	3	373	28	25	14	30	1.95
21870256--21870301	24	1.9	24	95	0	83	19	21	19	39	1.93
21872300--21872351	20	2.6	20	96	0	95	11	30	32	25	1.91
21872427--21872451	13	1.9	13	100	0	50	4	40	24	32	1.73
21879647--21879701	20	2.8	21	81	13	64	43	9	16	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21879752--21879913	26	6.3	26	90	3	251	28	20	23	27	1.99
21883069--21883132	24	2.6	24	85	2	83	31	23	10	34	1.89
21890204--21890267	24	2.6	24	87	2	92	32	23	9	34	1.87
21891489--21891525	19	1.9	19	88	0	56	32	2	5	59	1.34
21894610--21894736	67	1.9	67	90	0	200	30	27	22	19	1.98
21895802--21895877	9	8.9	9	72	16	54	39	11	6	42	1.68
21895802--21895877	34	2.2	34	83	0	89	39	11	6	42	1.68
21897850--21898151	46	6.5	46	78	17	277	27	19	29	23	1.98
21897845--21898151	94	3.3	94	91	5	457	27	20	28	23	1.99
21897850--21898206	47	7.6	47	76	11	290	27	19	29	23	1.98
21897850--21898207	140	2.5	139	79	10	374	27	19	29	23	1.98
21905553--21905824	46	5.8	44	77	10	183	29	19	29	21	1.98
21905553--21905773	46	4.7	46	80	7	214	28	19	29	21	1.98
21905558--21905820	47	5.6	47	74	11	168	29	19	28	22	1.98
21905599--21905824	93	2.4	94	78	8	219	29	19	29	20	1.97
21905558--21905821	140	1.9	141	80	5	311	29	19	29	21	1.98
21906653--21906754	42	2.4	42	96	0	186	14	23	38	23	1.92
21909685--21909725	20	2.0	20	85	0	55	41	14	0	43	1.45
21911383--21911446	32	2.0	32	96	0	119	42	3	14	40	1.61
21917814--21917863	25	2.0	25	100	0	100	32	8	4	56	1.47
21917818--21917874	25	2.3	25	87	0	78	36	5	7	50	1.52
21923478--21923507	12	2.5	12	100	0	60	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21923509--21923552	20	2.2	19	88	8	61	20	13	6	59	1.57
21923516--21923557	20	2.1	20	100	0	84	19	16	4	59	1.54
21927930--21927990	15	4.1	15	84	0	77	31	14	0	54	1.41
21941830--21941874	4	10.5	4	81	13	54	71	0	4	24	1.05
21942246--21942319	37	2.0	37	100	0	148	45	16	16	21	1.84
21942708--21942740	10	3.4	10	91	4	50	12	42	27	18	1.85
21943804--21944144	44	7.6	44	74	9	260	29	19	18	32	1.96
21951828--21951876	8	5.6	9	80	17	50	73	0	6	20	1.04
21951831--21951877	23	2.1	22	84	11	60	74	0	6	19	1.03
21955562--21955671	19	5.7	19	71	19	68	34	2	4	58	1.33
21955534--21955683	77	1.9	77	93	4	257	33	3	6	57	1.40
21957732--21957940	110	1.9	108	84	5	278	46	3	4	44	1.42
21958145--21958400	106	2.4	104	70	12	221	47	6	8	37	1.59
21962170--21962210	17	2.4	17	87	0	55	2	9	14	73	1.19
21962804--21962952	45	3.3	45	81	5	167	28	22	16	33	1.95
21962786--21962916	44	3.0	44	76	6	138	31	20	15	32	1.94
21962786--21962952	89	1.9	89	84	0	226	28	21	15	34	1.94
21962784--21962978	89	2.2	89	79	0	219	28	20	16	34	1.95
21973981--21974042	20	3.2	20	73	11	65	32	24	1	41	1.64
21983244--21983278	15	2.3	15	90	0	52	25	40	8	25	1.84
21984732--21984779	20	2.3	20	89	3	78	54	10	10	25	1.66
21985562--21985612	19	2.7	18	79	11	57	37	1	5	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21987223--21987349	59	2.1	60	81	7	143	45	14	3	36	1.63
21987669--21987783	61	1.9	61	83	0	149	38	7	14	39	1.76
21989406--21989450	22	2.0	22	87	8	65	28	2	4	64	1.25
21989411--21989465	27	2.0	28	86	13	78	30	1	5	61	1.29
21991331--21991481	27	5.6	26	80	4	115	26	16	28	28	1.97
21991331--21991456	54	2.3	54	82	8	148	26	16	28	28	1.97
21991358--21991507	55	2.8	54	81	6	160	27	15	30	27	1.96
21991331--21991486	82	1.9	81	81	3	188	26	16	28	28	1.96
21991358--21991507	27	5.5	27	81	3	113	27	15	30	27	1.96
21999779--21999956	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

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