genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  7  of  172  ( 20562 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2045656--2045698	14	2.9	15	83	13	54	39	6	13	39	1.72
2045682--2045727	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
2045803--2045845	18	2.4	18	92	0	68	48	2	0	48	1.14
2051149--2051198	25	2.0	25	92	0	82	54	0	40	6	1.25
2051958--2052041	42	2.0	41	86	2	114	23	16	26	33	1.96
2057485--2057589	48	2.2	48	82	3	131	24	14	18	42	1.87
2058770--2058837	34	2.0	34	100	0	136	17	26	17	38	1.92
2063031--2063063	17	1.9	17	88	11	50	69	15	0	15	1.19
2063031--2063064	18	1.9	17	88	5	50	70	14	0	14	1.17
2080304--2080558	46	5.1	51	81	11	305	35	13	22	28	1.92
2080290--2080551	98	2.7	98	92	1	445	34	14	22	28	1.93
2080522--2080630	37	3.0	36	88	5	166	34	16	23	24	1.95
2088756--2088790	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2091604--2091667	33	1.9	33	100	0	128	34	6	17	42	1.74
2093043--2093117	23	3.3	23	96	0	141	45	25	8	21	1.79
2094040--2094103	33	1.9	34	87	6	96	34	4	17	43	1.69
2094431--2094466	17	2.1	17	89	0	54	69	8	11	11	1.37
2106863--2107005	3	47.7	3	100	0	286	66	0	0	33	0.92
2107788--2107819	7	4.4	7	96	4	55	15	0	25	59	1.36
2124368--2124392	12	2.1	12	100	0	50	8	0	32	60	1.26
2134734--2134760	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
2158954--2159056	42	2.5	42	85	7	156	40	10	23	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2159853--2159879	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2161147--2161250	40	2.6	40	80	3	102	28	23	16	31	1.96
2161302--2161432	40	3.3	40	83	0	163	29	22	19	29	1.98
2168978--2169046	31	2.3	31	75	7	72	42	0	1	56	1.08
2174973--2175004	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
2183737--2183788	22	2.5	20	80	14	61	23	5	0	71	1.07
2197623--2197671	25	2.0	25	91	0	80	34	4	0	61	1.15
2203567--2203604	17	2.2	18	85	4	51	28	0	0	71	0.87
2203569--2203651	28	2.9	29	82	8	107	32	1	0	66	1.00
2203617--2203656	11	3.5	11	83	6	53	37	2	0	60	1.11
2203589--2203664	39	1.9	40	89	2	118	35	1	0	63	1.03
2220858--2220950	44	2.1	46	87	4	136	30	4	29	36	1.77
2233237--2233265	6	4.8	6	100	0	58	0	51	13	34	1.42
2236041--2236084	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
2236040--2236095	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
2236053--2236118	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
2236084--2236128	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
2236291--2236329	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
2236536--2236607	12	6.3	11	73	13	56	29	5	2	62	1.32
2252835--2253003	93	1.8	92	83	6	225	31	9	14	44	1.77
2254634--2254666	16	1.9	18	88	11	52	75	3	0	21	0.93
2256063--2256101	19	2.0	20	85	5	53	43	5	7	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256868--2256897	12	2.4	13	94	5	53	60	10	0	30	1.30
2256945--2256987	21	2.0	21	82	8	52	62	2	11	23	1.40
2257217--2257251	17	2.1	17	89	10	54	82	0	5	11	0.82
2257217--2257251	18	2.0	17	88	5	52	82	0	5	11	0.82
2269741--2269779	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2270005--2270102	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
2270007--2270095	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
2281055--2281460	219	1.9	219	92	0	686	17	28	19	35	1.94
2282183--2282211	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
2282831--2283009	55	3.2	54	79	6	171	24	6	21	48	1.73
2282831--2282975	58	2.6	57	83	6	172	23	6	22	46	1.76
2284631--2284691	9	6.8	9	92	0	95	40	26	9	22	1.85
2284631--2284691	27	2.3	27	94	0	113	40	26	9	22	1.85
2286832--2286868	19	2.0	19	89	5	58	54	2	0	43	1.14
2286831--2286887	25	2.2	27	84	6	73	56	1	0	42	1.10
2291932--2291991	27	2.2	27	96	0	111	36	11	16	35	1.85
2294645--2294718	34	2.1	35	85	9	98	36	20	10	32	1.87
2294890--2295122	41	5.7	40	88	4	315	23	27	20	28	1.99
2294890--2295124	82	2.9	82	91	1	364	23	27	20	28	1.99
2295825--2296075	72	3.3	73	88	8	344	44	12	3	39	1.60
2295825--2296099	80	3.6	78	86	8	395	44	13	3	39	1.60
2316211--2316247	17	2.3	17	86	9	51	56	5	0	37	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318199--2318244	18	2.5	19	80	13	53	28	0	2	69	1.00
2318197--2318247	24	2.1	25	85	10	70	29	0	1	68	1.00
2322325--2322484	33	4.8	32	70	20	96	28	26	23	21	1.99
2322361--2322561	102	2.0	102	92	0	339	31	27	20	20	1.98
2333440--2333480	20	2.1	19	86	13	57	24	4	2	68	1.22
2334188--2334236	19	2.7	18	82	17	66	42	0	26	30	1.55
2334328--2334387	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
2334485--2334509	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
2336482--2336574	46	2.0	46	93	0	159	35	6	13	44	1.70
2337636--2337684	5	9.8	5	100	0	98	38	20	20	20	1.93
2344501--2344560	25	2.3	26	88	11	95	38	6	3	51	1.45
2344512--2344560	25	2.0	25	100	0	98	32	8	4	55	1.48
2344628--2344701	27	2.7	27	85	4	96	25	29	25	18	1.98
2344937--2344971	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
2348091--2348117	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2351180--2351266	26	3.4	25	70	23	83	55	11	5	27	1.58
2351335--2351400	21	3.1	21	74	10	71	0	28	0	71	0.87
2351341--2351471	18	7.2	17	69	15	75	0	29	0	70	0.87
2351343--2351468	41	3.4	36	76	18	141	0	29	0	70	0.87
2351369--2351506	14	10.8	13	68	21	71	0	31	0	68	0.90
2351371--2351505	4	34.0	4	74	20	72	0	31	0	68	0.89
2351324--2351504	75	2.4	75	85	7	249	0	32	0	67	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351338--2351505	10	18.3	9	69	25	54	0	30	0	69	0.89
2351621--2351660	10	4.1	10	90	3	55	10	25	20	45	1.81
2351677--2351738	23	2.6	24	89	5	99	46	0	12	40	1.42
2357805--2357877	34	2.1	34	100	0	146	34	10	9	45	1.72
2362157--2362234	28	2.8	28	96	0	138	43	8	24	23	1.82
2362220--2362635	138	3.0	138	99	0	814	29	18	12	39	1.87
2364343--2364504	78	2.1	78	95	0	288	44	10	2	42	1.52
2365805--2365843	19	2.0	20	85	10	53	20	0	5	74	1.01
2370952--2370996	21	2.0	21	83	8	54	44	15	2	37	1.59
2371045--2371140	48	2.0	48	97	0	183	28	20	13	37	1.91
2372436--2372512	19	3.8	19	67	21	50	55	1	3	38	1.26
2377525--2377573	24	2.0	24	88	0	71	36	6	26	30	1.81
2378737--2379250	280	1.8	282	97	1	987	36	12	8	42	1.72
2380090--2380673	299	1.9	301	87	2	852	32	14	19	34	1.92
2381043--2381091	25	2.0	25	91	0	80	20	16	0	63	1.31
2383691--2383758	33	2.1	33	88	0	100	32	26	16	25	1.96
2385406--2385531	50	2.5	51	85	1	173	19	30	24	26	1.98
2385500--2385566	35	1.9	35	90	0	107	23	28	19	28	1.98
2385964--2386020	30	1.9	30	85	7	80	33	21	5	40	1.75
2388699--2388751	3	17.3	3	96	3	97	64	0	0	35	0.94
2389542--2389572	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
2389550--2389574	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389650--2389730	36	2.2	36	95	0	144	11	20	41	25	1.86
2391976--2392024	21	2.3	22	85	3	64	69	0	2	28	1.00
2391989--2392037	20	2.5	19	77	9	55	69	0	2	28	1.00
2392031--2392056	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2395842--2395939	51	1.9	51	93	0	169	35	14	27	22	1.93
2399630--2399670	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2401576--2401609	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2407863--2407911	24	2.0	24	100	0	98	34	16	8	40	1.78
2415139--2415168	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
2424008--2424865	39	22.0	39	100	0	1716	28	7	12	51	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172