genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19552722--19552777	18	3.1	18	67	10	51	39	16	19	25	1.91
19553039--19553088	23	2.2	23	82	13	59	40	20	16	24	1.91
19553123--19553188	27	2.4	27	87	0	87	25	19	15	39	1.91
19553140--19553215	27	2.8	27	83	0	89	19	21	21	38	1.94
19553150--19553237	27	3.3	27	79	3	88	20	20	20	38	1.94
19553232--19553489	27	9.7	27	85	2	317	36	15	15	32	1.89
19553232--19553490	106	2.4	106	87	2	351	36	15	15	32	1.89
19556787--19556934	43	3.4	43	72	11	124	22	14	28	34	1.94
19565203--19565232	8	3.8	8	90	0	51	53	10	23	13	1.69
19574202--19574579	189	2.0	189	98	0	729	30	21	11	36	1.89
19577615--19577657	18	2.5	17	81	7	50	16	39	25	18	1.91
19592805--19592893	32	2.8	32	73	0	79	31	17	21	29	1.96
19593067--19593240	50	3.5	50	89	0	258	27	29	19	24	1.98
19593488--19593548	26	2.3	27	94	2	106	32	16	13	37	1.87
19593527--19593685	27	5.9	27	77	10	157	33	8	19	38	1.83
19593528--19593692	54	3.1	53	81	6	199	32	9	21	37	1.85
19602561--19602637	39	1.9	39	86	2	109	27	22	25	24	2.00
19602522--19602665	40	3.6	39	78	7	132	25	23	27	24	2.00
19602521--19602671	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
19610609--19610685	39	1.9	39	86	2	109	27	22	25	24	2.00
19610570--19610713	40	3.6	39	78	7	132	25	23	27	24	2.00
19610569--19610719	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19613187--19613312	56	2.2	56	87	0	180	34	24	12	28	1.92
19613268--19613537	43	6.3	43	84	2	310	31	27	14	26	1.95
19613295--19613533	128	1.9	129	84	0	327	30	28	15	26	1.96
19621462--19621531	16	4.4	16	90	0	86	30	0	35	34	1.58
19637850--19638121	46	5.9	46	86	8	374	21	20	27	30	1.98
19649398--19649506	27	4.0	26	83	9	128	37	22	22	17	1.94
19650930--19650976	24	2.0	24	86	0	67	21	38	4	36	1.73
19657224--19657318	27	3.5	26	79	13	111	41	22	21	15	1.90
19657224--19657332	27	4.0	28	76	7	100	38	22	22	17	1.93
19658756--19658826	24	3.0	24	91	0	115	23	38	1	36	1.64
19661883--19662095	43	5.0	43	81	4	216	23	13	23	39	1.90
19661883--19662095	86	2.5	86	83	1	266	23	13	23	39	1.90
19661899--19662124	86	2.6	86	79	4	249	22	14	24	38	1.91
19661892--19662136	129	1.9	129	80	6	291	22	14	24	38	1.92
19664502--19664592	34	2.7	34	88	3	132	24	23	18	34	1.96
19664620--19664695	33	2.3	33	78	17	86	26	26	15	31	1.96
19668631--19668893	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
19675728--19675952	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
19675884--19675961	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19678695--19678730	17	2.1	17	94	0	63	16	13	11	58	1.63
19688289--19688422	47	2.9	47	85	7	193	25	18	32	23	1.97
19689460--19689493	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19705125--19705355	112	2.1	113	94	2	403	31	26	12	28	1.93
19705450--19705489	21	1.9	21	100	0	80	20	30	40	10	1.85
19707446--19707523	13	6.5	13	80	16	105	48	14	0	37	1.43
19707446--19707523	36	2.2	36	97	0	147	48	14	0	37	1.43
19707481--19707531	23	2.3	23	96	3	95	49	13	0	37	1.43
19708036--19708074	7	5.7	7	82	17	55	71	0	0	28	0.86
19708034--19708074	20	2.0	20	90	9	66	68	0	0	31	0.90
19709739--19709781	17	2.5	17	80	3	50	27	0	2	69	1.00
19710136--19710174	17	2.2	17	86	4	51	33	0	5	61	1.18
19713220--19713328	54	2.0	54	98	0	209	18	3	58	19	1.53
19713650--19713705	28	2.0	27	96	3	103	51	0	16	32	1.44
19715680--19715749	29	2.4	29	83	9	97	50	8	1	40	1.42
19716375--19716418	18	2.4	19	84	3	63	18	0	6	75	1.02
19716380--19716421	15	2.8	15	85	7	50	16	0	4	78	0.91
19716596--19716656	31	2.0	31	86	0	86	40	11	13	34	1.80
19722172--19722216	7	6.1	7	85	10	63	80	2	0	17	0.82
19722270--19722320	23	2.2	23	80	13	61	50	0	1	47	1.12
19722509--19722572	31	2.1	30	82	5	74	28	17	7	46	1.75
19722641--19722665	11	2.3	11	100	0	50	28	8	28	36	1.85
19722706--19722759	19	2.9	18	83	10	56	70	1	5	22	1.18
19722715--19722782	18	3.9	17	74	25	63	70	1	2	25	1.09
19722697--19722780	19	4.6	19	65	21	54	72	2	4	20	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19722750--19722790	18	2.3	18	83	12	57	70	4	0	24	1.06
19724754--19724940	50	3.8	49	80	7	189	24	18	29	28	1.98
19726324--19726578	129	2.0	130	91	2	415	33	19	18	28	1.95
19729218--19729247	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
19729232--19729349	44	2.7	44	78	12	134	25	20	22	31	1.98
19729339--19729707	88	4.2	88	83	3	418	23	21	21	33	1.97
19729309--19729705	176	2.2	178	85	1	528	22	22	21	33	1.97
19732978--19733010	16	2.0	17	88	5	50	15	12	24	48	1.78
19737618--19737657	21	1.9	21	85	10	55	15	25	12	47	1.80
19741351--19741402	26	2.0	26	100	0	104	30	3	26	38	1.74
19742891--19743047	78	2.0	78	94	0	278	30	23	25	20	1.98
19747580--19747604	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
19749975--19750124	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
19749947--19750124	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
19749948--19750103	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
19758137--19758314	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19758138--19758293	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19758134--19758314	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19761296--19761372	38	2.0	38	92	0	127	36	15	19	28	1.92
19762754--19762802	21	2.3	20	80	10	53	61	12	2	24	1.42
19764968--19765360	130	3.0	130	100	0	786	28	20	15	35	1.93
19772253--19772329	38	2.0	38	97	0	145	42	18	14	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19782765--19782811	23	2.0	24	87	4	69	14	23	21	40	1.90
19785979--19786185	47	4.4	47	92	0	324	32	8	30	27	1.87
19786304--19786382	37	2.1	37	88	4	115	24	20	31	24	1.98
19787853--19787900	25	1.9	25	83	8	62	35	2	20	41	1.64
19788408--19788564	43	3.7	43	79	5	183	29	15	23	31	1.95
19796510--19796560	18	2.8	18	96	0	93	13	31	43	11	1.80
19799336--19799404	35	2.0	34	91	2	111	39	23	18	18	1.93
19802432--19802831	100	4.0	100	99	0	791	36	7	16	40	1.75
19803169--19803228	21	2.9	19	80	14	66	18	5	3	73	1.16
19803168--19803238	10	6.7	10	75	15	63	21	4	2	71	1.15
19811485--19811535	14	3.6	14	73	5	50	78	3	15	1	0.99
19812487--19812543	28	2.0	28	96	0	105	29	19	14	36	1.91
19822694--19822816	43	2.9	43	82	3	133	20	18	30	30	1.96
19824266--19824290	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19826818--19826888	37	1.9	37	85	0	97	29	14	32	23	1.94
19827180--19827222	16	2.6	17	82	14	54	76	2	6	13	1.08
19827176--19827260	6	14.3	6	71	11	59	74	1	7	17	1.11
19827199--19827258	13	4.9	13	78	15	58	73	0	6	20	1.05
19830401--19830478	39	2.0	39	94	0	138	35	5	24	34	1.78
19834574--19834705	68	1.9	68	93	0	228	36	9	15	37	1.81
19835093--19835247	78	2.0	78	91	5	251	25	20	16	38	1.92
19843920--19844111	40	4.8	40	90	1	208	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19848678--19848702	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19851105--19851195	45	2.0	45	82	4	112	27	13	21	37	1.91
19856489--19856673	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
19856489--19856673	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
19861232--19861275	24	2.0	23	86	13	65	40	11	18	29	1.85
19862243--19862333	45	2.0	45	89	0	137	25	14	23	37	1.92
19862668--19862983	148	2.1	151	80	9	387	43	3	9	43	1.54
19863551--19863608	10	5.5	10	72	11	53	18	3	3	74	1.11
19868002--19868071	27	2.6	27	83	0	95	41	21	15	21	1.90
19868002--19868081	27	3.0	26	80	7	88	40	18	15	26	1.90

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