genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17353633--17353675	21	2.0	21	86	0	59	34	9	34	20	1.85
17354991--17355048	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
17355388--17355656	47	5.7	47	71	10	149	27	20	30	21	1.98
17358350--17358444	43	2.2	43	98	0	181	21	41	22	15	1.90
17366095--17366208	44	2.6	43	83	9	133	59	0	6	34	1.22
17366116--17366210	44	2.2	44	96	0	172	62	0	5	32	1.18
17369697--17370069	186	2.0	186	98	0	728	40	10	18	30	1.85
17370303--17370584	150	1.9	150	94	0	501	35	13	23	28	1.92
17384535--17384624	19	4.6	19	72	10	67	47	14	8	28	1.74
17388588--17388727	74	1.9	74	88	5	212	41	28	13	16	1.86
17391449--17391497	25	2.0	25	100	0	98	32	8	24	34	1.85
17393940--17393970	16	1.9	16	93	0	53	45	0	9	45	1.36
17395909--17395973	20	3.2	20	71	16	71	18	21	21	38	1.93
17395909--17396169	40	6.5	39	79	6	236	19	26	17	36	1.94
17395969--17396026	20	2.9	20	67	10	55	20	29	15	34	1.94
17396050--17396109	20	3.0	20	78	9	68	16	23	15	45	1.85
17396113--17396169	20	2.8	20	70	19	55	17	33	19	29	1.95
17403278--17403329	18	2.8	18	94	2	86	21	15	23	40	1.91
17405913--17406002	39	2.3	40	84	3	119	24	31	13	31	1.93
17406030--17406100	20	3.5	20	66	7	54	18	26	15	39	1.90
17406039--17406114	40	1.9	40	86	0	107	19	26	17	36	1.94
17408861--17408933	34	2.1	34	82	0	83	31	23	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17420249--17420284	18	1.9	19	88	5	56	25	22	30	22	1.99
17428642--17428830	41	4.7	41	83	3	258	20	22	28	28	1.98
17428642--17428830	80	2.3	81	86	4	258	20	22	28	28	1.98
17439176--17439437	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
17447190--17447407	79	2.7	80	81	8	225	25	27	21	26	1.99
17447204--17447407	40	5.1	40	78	10	195	25	27	22	25	2.00
17449930--17450054	40	3.1	40	89	0	196	23	24	28	24	2.00
17452032--17452074	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
17456405--17456490	43	2.0	43	93	0	145	34	13	26	24	1.93
17457656--17457820	40	4.1	39	86	6	206	23	23	27	24	2.00
17457656--17457820	80	2.1	80	87	4	235	23	23	27	24	2.00
17460790--17460953	43	3.8	44	72	12	135	32	25	15	26	1.95
17467971--17468334	46	7.7	48	75	9	288	26	20	29	22	1.99
17468155--17468330	99	1.8	96	87	3	262	25	20	30	23	1.98
17478570--17478753	40	4.7	40	82	8	209	25	21	27	25	2.00
17478622--17478785	79	2.1	79	82	8	192	26	21	26	25	1.99
17482718--17482807	39	2.3	39	90	0	135	30	20	26	23	1.98
17488017--17488141	28	4.5	28	94	1	216	34	26	12	27	1.91
17496267--17496437	27	6.4	27	81	5	195	40	19	17	22	1.91
17496267--17496437	53	3.2	54	83	5	204	40	19	17	22	1.91
17499229--17499286	15	3.9	15	72	0	53	55	17	17	10	1.69
17499221--17499291	30	2.4	29	79	6	79	56	16	16	9	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17504346--17504400	24	2.3	24	87	0	83	50	21	1	25	1.58
17505295--17505376	15	5.5	15	79	1	85	56	17	14	12	1.68
17507327--17507396	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
17515120--17515190	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
17538920--17539232	27	11.5	27	82	6	269	26	16	30	27	1.97
17538919--17539206	136	2.1	137	92	1	490	26	16	29	26	1.97
17538920--17539179	109	2.4	110	89	2	382	26	16	30	26	1.97
17538920--17539232	109	2.9	106	84	7	362	26	16	30	27	1.97
17539449--17539961	257	2.0	257	97	0	963	27	12	22	37	1.90
17543760--17543863	29	3.6	30	75	7	108	26	31	12	28	1.93
17543936--17543972	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
17548758--17548795	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
17548952--17549207	46	5.5	46	78	8	277	30	28	18	22	1.97
17548950--17549261	46	6.7	48	76	13	246	30	28	19	22	1.98
17548946--17549258	139	2.3	139	100	0	626	30	28	18	22	1.98
17549681--17549740	30	2.0	30	86	0	84	33	25	3	38	1.72
17549798--17549962	82	2.0	82	97	0	312	24	24	10	41	1.86
17553720--17553789	36	1.9	36	100	0	140	32	24	17	25	1.96
17561649--17561702	26	2.1	27	93	6	94	62	0	0	37	0.95
17561653--17561709	27	2.1	27	90	6	89	61	0	0	38	0.96
17562054--17562093	8	4.9	8	81	6	53	57	2	0	40	1.12
17567463--17567522	24	2.5	24	86	2	75	21	3	16	58	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17568611--17568653	16	2.6	16	85	7	50	41	6	11	39	1.68
17573745--17573854	56	2.0	56	90	0	175	29	16	24	30	1.96
17575367--17575537	86	2.0	86	97	0	324	25	21	28	25	1.99
17577474--17577575	50	2.0	50	96	0	186	22	16	20	40	1.91
17579188--17579287	50	2.0	50	96	0	182	39	15	19	27	1.91
17580711--17580807	48	2.0	48	85	0	131	29	14	23	31	1.94
17585801--17585833	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
17586617--17586755	60	2.3	59	84	8	165	27	26	20	25	1.99
17586748--17586803	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
17589911--17589971	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17594999--17595084	43	2.0	43	86	8	122	29	30	17	23	1.97
17596452--17596546	43	2.3	41	77	20	99	46	24	11	17	1.81
17597110--17597163	28	2.0	27	82	7	65	48	1	3	46	1.30
17597147--17597198	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
17597146--17597189	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
17600592--17600668	40	1.9	40	83	0	100	33	15	18	32	1.92
17600746--17600841	40	2.4	40	84	1	122	29	17	21	31	1.96
17600459--17600847	151	2.5	153	77	6	405	32	16	20	29	1.95
17601146--17601184	7	5.6	7	96	0	69	17	0	35	46	1.49
17601234--17601325	7	12.9	7	73	8	51	22	0	30	46	1.52
17601241--17601282	22	1.9	22	85	0	57	21	0	30	47	1.51
17601232--17601305	29	2.6	29	80	6	80	22	0	29	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17601297--17601326	15	2.0	15	93	0	51	20	0	43	36	1.52
17602577--17602614	20	1.9	20	89	10	60	36	10	10	42	1.74
17604365--17604452	30	2.9	31	76	3	90	28	25	17	29	1.97
17606303--17606399	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
17608810--17608892	30	2.7	31	79	5	98	12	20	2	65	1.37
17608961--17609024	16	4.2	14	74	16	56	3	17	3	76	1.04
17611016--17611110	30	3.2	30	72	3	93	27	16	28	27	1.97
17611295--17611391	30	3.2	30	77	2	106	28	26	15	28	1.96
17619317--17619404	30	2.9	30	74	0	95	28	15	28	27	1.96
17620257--17620330	33	2.2	34	79	13	82	12	25	0	62	1.30
17623143--17623181	10	3.8	10	80	6	51	20	2	7	69	1.26
17625797--17625890	28	3.3	28	80	2	107	27	12	29	29	1.93
17627651--17627698	20	2.4	20	71	0	51	29	18	29	22	1.98
17630893--17631030	38	3.6	38	85	0	204	34	23	19	22	1.96
17636733--17636792	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
17639492--17639588	30	3.2	30	71	8	81	27	27	15	28	1.96
17645196--17645292	30	3.2	30	77	2	115	28	14	27	28	1.95
17647633--17647932	150	2.0	150	99	0	591	34	17	18	30	1.93
17648658--17648713	12	4.5	12	86	4	76	14	3	7	75	1.16
17649257--17649413	30	5.2	30	75	1	163	28	27	15	28	1.96
17649258--17649413	60	2.6	60	96	2	287	28	27	16	28	1.97
17652183--17652279	30	3.2	30	75	8	99	28	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17657551--17657607	11	5.5	10	74	15	53	78	1	15	3	0.96
17657540--17657605	21	3.1	20	79	14	62	78	3	15	3	0.99
17657551--17657607	5	11.0	5	78	10	53	78	1	15	3	0.96
17657555--17657603	26	1.9	25	84	12	64	79	2	14	4	0.97
17657688--17657712	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
17657682--17657737	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
17657688--17657766	30	2.6	31	78	6	90	63	1	22	12	1.36
17657746--17657778	12	2.8	12	90	9	50	60	0	21	18	1.36
17659998--17660096	30	3.3	30	77	2	92	28	23	16	32	1.96
17660584--17660941	181	2.0	178	95	1	635	34	17	19	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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