genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7830014--7830121	51	2.1	51	89	0	162	44	4	14	36	1.66
7831540--7831616	8	8.2	9	70	22	52	50	1	1	46	1.17
7831615--7831702	11	8.3	10	69	19	54	60	2	2	35	1.22
7831617--7831696	32	2.5	31	86	6	115	58	1	2	37	1.19
7831916--7831988	21	3.5	21	96	3	130	49	2	5	42	1.40
7832251--7832323	19	3.9	18	81	12	78	56	0	1	42	1.08
7832272--7832304	6	5.5	6	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7832253--7832330	37	2.1	37	84	13	99	53	0	1	44	1.08
7832272--7832337	25	2.8	22	78	17	69	53	0	0	46	1.00
7833846--7833876	15	2.1	15	93	0	53	41	19	9	29	1.83
7850358--7850409	3	17.3	3	83	0	68	42	0	57	0	0.98
7850360--7850415	9	6.2	9	78	15	62	44	0	55	0	0.99
7850348--7850409	12	5.2	12	88	0	70	43	0	54	1	1.09
7854158--7854212	10	5.8	10	87	8	53	43	0	9	47	1.35
7854164--7854212	15	3.5	14	86	10	57	44	0	10	44	1.37
7868355--7868410	28	2.0	28	96	0	103	30	25	12	32	1.92
7871832--7871928	34	2.9	34	90	3	142	15	13	35	36	1.87
7875051--7875109	30	2.0	30	87	12	86	61	13	3	22	1.47
7875843--7875885	6	7.5	6	89	10	54	4	6	0	88	0.63
7875838--7875885	17	2.9	16	87	6	60	4	8	0	87	0.66
7875838--7875885	11	4.4	11	89	5	62	4	8	0	87	0.66
7876101--7876152	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887428--7887724	49	6.2	50	72	14	182	24	27	18	28	1.98
7894761--7895020	49	5.5	48	74	8	219	24	29	18	26	1.98
7897412--7897667	78	3.2	78	81	8	275	39	8	16	34	1.80
7897535--7897768	89	2.7	84	80	9	240	40	11	14	34	1.81
7899005--7899038	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7900714--7900773	30	2.0	30	83	0	75	35	15	26	23	1.94
7903695--7904050	97	3.5	99	78	9	310	28	21	18	32	1.97
7908979--7909018	19	2.2	19	86	4	55	42	2	0	55	1.13
7910118--7910414	9	32.6	9	69	17	120	32	2	2	62	1.23
7910120--7910202	16	5.4	15	68	23	57	33	0	2	63	1.07
7910126--7910230	28	3.8	26	72	13	77	33	1	1	62	1.17
7910126--7910195	28	2.6	27	75	8	79	34	0	1	64	1.03
7910160--7910281	57	2.1	57	83	5	149	30	2	4	62	1.29
7910160--7910281	10	12.8	10	70	18	57	30	2	4	62	1.29
7910264--7910328	30	2.2	29	83	2	76	38	3	1	56	1.24
7910305--7910427	9	14.2	8	70	15	59	28	4	0	66	1.15
7910385--7910435	18	3.0	17	81	18	54	23	1	0	74	0.92
7910393--7910435	17	2.6	16	88	7	59	23	2	0	74	0.93
7910117--7910432	19	17.4	17	66	18	79	31	2	2	62	1.23
7917906--7917938	9	3.7	9	100	0	66	9	24	0	66	1.20
7921004--7921037	17	1.9	18	88	5	52	2	17	8	70	1.25
7921573--7921615	13	3.5	13	75	18	56	34	2	16	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923579--7923618	19	2.1	19	86	9	55	52	0	2	45	1.14
7924228--7924255	13	2.2	13	100	0	56	21	17	7	53	1.67
7926319--7926356	18	2.1	18	85	9	51	44	0	2	52	1.14
7931653--7931711	30	2.0	30	100	0	118	23	13	0	62	1.31
7936142--7936261	6	19.3	6	69	19	77	49	15	16	19	1.80
7936151--7936261	31	3.5	31	92	1	177	49	14	17	18	1.80
7936193--7936250	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
7936398--7936499	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
7936658--7936722	22	3.0	22	82	8	87	32	23	24	20	1.98
7937150--7937343	27	7.2	27	79	5	178	25	21	18	34	1.96
7937149--7937343	54	3.6	54	85	0	257	25	21	18	33	1.96
7937158--7937343	81	2.3	80	84	4	239	25	22	18	32	1.97
7937327--7937803	27	17.7	27	87	3	420	29	7	22	40	1.81
7937325--7937803	81	5.9	80	83	4	464	29	7	22	40	1.82
7937762--7937819	27	2.2	27	81	3	64	32	1	20	44	1.62
7939335--7939436	31	3.3	31	79	5	98	21	21	13	43	1.87
7942955--7942996	13	3.3	13	83	6	59	21	7	2	69	1.25
7945037--7945190	77	2.0	77	92	0	254	25	21	14	38	1.92
7951169--7951211	12	3.6	12	78	9	52	69	0	2	27	1.00
7954027--7954089	3	21.0	3	100	0	126	66	0	33	0	0.92
7954686--7954727	23	1.9	22	85	9	59	7	28	47	16	1.73
7954825--7955017	20	11.1	16	66	25	56	43	5	1	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958049--7958113	12	5.3	12	71	14	53	21	3	1	73	1.05
7958028--7958079	23	2.2	24	83	13	63	23	3	3	69	1.22
7959668--7959692	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
7966544--7966577	6	5.7	6	85	0	50	14	5	0	79	0.91
7967316--7967350	18	1.9	18	94	0	61	20	22	37	20	1.95
7968079--7968165	30	2.9	30	93	1	149	12	12	19	55	1.69
7969719--7969761	13	3.2	13	86	3	59	53	4	0	41	1.21
7977043--7977096	27	2.0	27	92	0	90	33	16	18	31	1.93
7991628--7991674	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
7999584--7999625	21	2.0	22	90	4	68	47	0	0	52	1.00
8000784--8000838	24	2.3	24	93	6	94	45	16	9	29	1.78
8001605--8001651	23	2.0	23	100	0	94	34	34	8	23	1.85
8007892--8007972	29	2.8	29	98	1	155	32	30	19	17	1.95
8010528--8010561	16	2.1	17	94	5	61	52	23	0	23	1.47
8020532--8020590	29	2.0	30	90	3	93	30	5	15	49	1.66
8020536--8020599	29	2.2	29	83	8	76	32	7	12	46	1.70
8029379--8029456	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
8029328--8029472	47	3.1	47	89	0	218	26	31	9	32	1.89
8033256--8033552	47	6.4	47	92	1	447	26	30	9	32	1.89
8033388--8033465	25	3.2	25	63	17	65	29	26	7	35	1.84
8041280--8041473	24	8.0	24	91	4	291	29	21	19	29	1.97
8041300--8041473	49	3.6	49	94	0	305	29	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041523--8041589	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
8049958--8050049	39	2.3	39	85	5	123	23	29	22	23	1.99
8049939--8050102	40	4.1	40	77	10	131	23	27	22	26	2.00
8055777--8055998	46	4.7	50	75	8	173	27	19	29	23	1.98
8059581--8059783	40	5.1	40	79	8	182	26	28	23	21	1.99
8059593--8059783	80	2.4	79	83	6	217	26	28	23	21	1.99
8059602--8059783	79	2.3	80	83	6	210	27	28	22	21	1.99
8060874--8060948	30	2.5	30	95	0	132	45	6	22	25	1.77
8060874--8060948	15	5.0	15	65	12	55	45	6	22	25	1.77
8068294--8068474	40	4.6	40	76	12	176	28	28	20	22	1.99
8068285--8068474	80	2.4	79	83	6	215	27	29	21	22	1.99
8068294--8068475	79	2.3	80	82	4	217	28	28	21	21	1.99
8069273--8069396	30	4.1	30	92	1	194	44	5	24	25	1.75
8069282--8069386	15	7.0	15	66	12	72	44	6	22	25	1.77
8086851--8086926	38	2.0	38	100	0	152	28	15	31	23	1.96
8089851--8089961	56	2.0	55	98	1	213	28	13	9	48	1.73
8093032--8093087	29	1.9	29	85	0	76	39	17	0	42	1.50
8093072--8093324	130	2.0	122	82	11	302	33	8	5	52	1.56
8093211--8093275	20	3.6	18	80	10	60	27	1	3	67	1.14
8096340--8096374	17	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
8099705--8099827	33	3.8	33	70	12	112	27	24	21	26	1.99
8099738--8099838	34	3.2	33	68	16	95	28	23	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8099711--8099856	62	2.4	62	92	1	240	28	23	21	25	1.99
8099746--8099838	33	3.1	28	70	16	87	27	23	21	26	1.99
8099754--8099857	29	3.4	29	71	17	95	27	24	22	25	1.99
8100145--8100214	25	2.8	25	88	0	104	25	20	24	30	1.99
8101147--8101253	27	3.9	27	74	13	92	30	6	17	44	1.74
8101210--8101366	27	5.8	27	77	8	140	29	8	21	40	1.83
8101211--8101366	81	1.9	81	84	5	208	29	8	20	41	1.83
8101365--8102075	27	26.4	27	82	4	794	41	9	20	28	1.82
8101365--8102075	81	8.8	81	95	0	1203	41	9	20	28	1.82
8105186--8105285	39	2.6	38	77	4	103	31	30	23	16	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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