genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1730490--1730523	17	1.9	18	88	5	52	23	44	23	8	1.81
1733907--1733935	13	2.2	13	100	0	58	24	17	31	27	1.97
1735876--1735932	30	1.9	30	85	0	78	40	8	21	29	1.83
1740301--1740361	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
1745566--1745637	35	2.1	35	91	0	117	15	20	19	44	1.86
1746555--1746580	12	2.2	12	100	0	52	30	7	23	38	1.83
1755912--1756075	43	3.9	42	81	8	154	29	16	23	30	1.96
1759864--1760138	54	5.1	54	95	0	469	26	13	20	38	1.90
1759864--1760151	27	10.7	27	88	0	396	26	14	19	39	1.90
1760538--1760583	18	2.6	18	82	0	56	23	17	8	50	1.74
1762849--1763064	48	4.5	48	75	10	165	27	26	16	29	1.97
1762882--1763075	48	4.0	48	82	2	228	28	25	17	28	1.97
1764180--1764294	20	5.8	20	72	0	104	20	24	19	35	1.95
1770393--1770478	45	1.9	45	90	0	136	34	22	25	17	1.95
1770527--1770723	54	3.7	53	84	4	243	36	17	24	21	1.95
1770535--1770734	108	1.8	109	89	1	312	35	17	25	22	1.95
1771532--1771589	28	2.2	24	76	21	71	48	3	22	25	1.66
1771538--1771591	28	1.9	28	100	0	108	48	3	22	25	1.67
1773256--1773323	34	2.0	34	91	0	109	13	16	26	44	1.84
1777485--1777606	6	19.8	6	74	17	108	46	15	20	17	1.84
1777485--1777597	25	4.8	25	80	18	152	46	15	21	17	1.84
1777485--1777599	31	3.5	31	72	25	119	46	14	20	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1777464--1777606	18	7.8	18	72	16	78	46	15	20	17	1.83
1777725--1777784	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
1777823--1777882	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
1777713--1778103	98	4.0	98	100	0	782	32	20	25	21	1.98
1777921--1777980	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
1778019--1778078	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
1788278--1789319	27	38.6	27	85	2	1198	40	7	21	30	1.81
1788278--1789335	108	9.8	108	93	1	1359	39	7	21	31	1.81
1789356--1789481	27	4.7	27	76	10	89	28	8	23	39	1.84
1789330--1789460	54	2.4	54	81	5	147	29	9	22	38	1.86
1793103--1793200	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
1793131--1793213	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
1793103--1793214	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
1799876--1800061	40	4.7	40	82	7	202	26	20	26	26	1.99
1799929--1800094	80	2.1	79	82	7	194	27	21	26	25	1.99
1799981--1800274	147	2.0	148	91	2	475	27	17	27	27	1.98
1806909--1807962	27	39.2	27	81	5	1177	40	9	21	28	1.84
1806908--1807960	161	6.5	161	96	0	1849	40	9	21	28	1.84
1807954--1808086	27	5.0	26	80	7	124	27	9	23	39	1.86
1807939--1808107	53	3.2	53	76	9	155	27	10	22	40	1.86
1807985--1808107	27	4.7	25	76	12	97	26	9	23	39	1.86
1810106--1810131	11	2.4	11	100	0	52	50	7	19	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1819363--1819414	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
1823468--1823514	23	2.0	23	95	0	85	25	29	34	10	1.90
1831762--1832141	48	7.9	48	80	2	388	26	26	19	27	1.99
1831763--1832142	96	3.9	96	88	4	550	26	26	19	27	1.99
1831762--1832141	144	2.6	144	81	4	449	26	26	19	27	1.99
1842408--1842585	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
1842408--1842585	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
1856265--1856331	32	2.2	28	84	10	80	62	5	1	29	1.28
1856285--1856334	14	3.4	14	75	25	50	64	4	0	32	1.12
1861524--1861569	9	5.3	9	78	19	53	41	8	13	36	1.75
1863574--1863637	33	1.9	33	87	6	94	39	14	15	31	1.87
1870196--1870235	18	2.2	18	86	8	55	15	30	0	55	1.41
1876568--1876615	18	2.6	18	78	15	53	81	2	12	4	0.93
1880819--1880881	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
1882532--1882772	40	6.1	40	87	2	324	25	27	21	25	1.99
1882826--1882900	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
1891201--1891495	143	2.1	141	85	2	394	23	18	18	40	1.92
1897574--1897604	12	2.6	12	89	0	53	70	0	29	0	0.87
1898551--1898613	31	2.0	31	84	6	83	52	17	1	28	1.54
1908576--1908622	22	2.1	22	92	0	76	14	19	48	17	1.81
1908555--1908853	149	2.0	145	86	6	411	27	10	46	15	1.78
1909832--1909888	21	2.7	21	94	0	105	42	10	10	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1910334--1910362	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
1910851--1910938	23	3.5	24	79	13	88	36	1	7	54	1.37
1913047--1913093	25	1.9	25	87	12	71	27	6	2	63	1.30
1914367--1914417	21	2.4	21	80	0	57	27	23	31	17	1.97
1927013--1927046	5	6.8	5	100	0	68	20	0	58	20	1.39
1928195--1928234	21	2.0	20	85	5	53	52	15	2	30	1.55
1928684--1928708	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1928845--1928880	19	1.9	18	88	5	54	50	0	0	50	1.00
1928852--1928904	13	4.1	13	75	15	56	47	0	1	50	1.12
1928862--1928913	26	2.0	27	96	3	97	42	0	1	55	1.10
1933956--1933988	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
1934110--1934171	30	2.1	30	87	0	88	53	12	4	29	1.59
1935043--1935080	20	2.0	19	85	10	51	47	2	0	50	1.15
1937058--1937091	14	2.4	14	85	0	50	67	5	2	23	1.26
1943320--1943367	24	2.0	25	83	4	62	27	2	8	62	1.35
1943902--1943942	17	2.4	17	95	0	73	36	34	0	29	1.58
1947538--1947712	21	8.3	21	83	8	205	45	17	21	15	1.85
1947538--1947714	63	2.8	64	85	7	229	45	16	22	15	1.84
1948417--1948539	42	2.9	42	85	0	147	17	20	14	47	1.83
1948410--1948536	21	6.0	21	74	2	103	17	19	15	47	1.83
1953433--1953471	18	2.2	17	86	13	53	64	0	2	33	1.08
1954137--1954176	19	2.1	19	95	0	71	65	0	7	27	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1954144--1954278	10	14.0	10	65	18	54	62	0	5	30	1.24
1954145--1954276	30	4.6	28	70	11	79	62	0	6	30	1.24
1954144--1954274	19	6.8	20	68	12	85	64	0	6	29	1.23
1954458--1954542	10	8.6	10	74	15	70	30	2	1	65	1.12
1954458--1954529	19	3.7	19	81	7	81	31	2	1	63	1.17
1954476--1954520	21	2.2	21	88	4	65	33	2	0	64	1.06
1954527--1954556	16	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
1963214--1963353	69	2.0	69	100	0	280	25	5	21	47	1.73
1968399--1968446	22	2.4	22	80	13	59	43	6	2	47	1.40
1975919--1976033	55	2.1	55	96	1	214	53	2	12	32	1.52
1975928--1976053	55	2.3	55	88	2	182	57	3	13	25	1.54
1984094--1984148	13	4.2	13	71	17	51	40	0	0	60	0.97
1984083--1984148	20	3.4	19	76	14	71	42	0	0	57	0.98
1984074--1984147	15	5.3	15	72	21	63	41	0	0	58	0.98
1995625--1995674	25	2.0	25	84	0	64	48	0	0	52	1.00
1998482--1998508	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2008692--2008718	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
2010260--2010338	39	2.0	39	95	0	140	43	2	16	37	1.62
2019205--2019248	18	2.5	17	85	14	54	70	0	2	27	0.99
2019205--2019280	19	4.1	19	71	11	68	61	0	3	34	1.14
2019696--2019753	11	5.2	11	87	2	80	22	32	1	43	1.64
2019696--2019771	22	3.4	23	84	14	97	25	31	1	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2019695--2019769	33	2.2	33	84	9	98	24	32	1	42	1.63
2019695--2019771	11	6.9	11	74	21	72	24	31	1	42	1.63
2019731--2019830	51	2.0	51	86	4	139	26	26	3	45	1.68
2022245--2022365	21	5.8	21	83	3	154	46	24	1	27	1.62
2025542--2025930	124	3.1	124	89	2	611	30	23	15	30	1.96
2025542--2025981	124	3.5	124	85	4	568	30	23	16	30	1.96
2026110--2026147	16	2.4	16	86	0	58	50	26	0	23	1.50
2026097--2026165	23	2.9	25	81	12	83	52	26	0	21	1.47
2028433--2028494	31	2.0	31	87	6	90	51	4	8	35	1.53
2043516--2043545	12	2.6	12	94	5	53	23	0	6	70	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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