genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   

This is table  52  of  172  ( 20562 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16964527--16964585	29	2.0	29	100	0	118	40	6	20	32	1.78
16977242--16977356	44	2.6	44	80	10	128	26	27	20	25	1.99
16977475--16977574	28	3.5	28	79	1	101	28	28	14	30	1.95
17006343--17006369	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
17006814--17006909	27	3.4	28	86	2	122	27	11	28	33	1.91
17006814--17006924	27	4.0	27	80	6	80	28	10	26	34	1.90
17010150--17010216	33	2.0	33	97	0	125	23	26	8	40	1.84
17014300--17014351	7	7.4	7	91	0	68	23	48	0	28	1.51
17016301--17016356	28	2.0	28	89	0	85	46	16	16	21	1.84
17019056--17019085	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
17020723--17020748	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
17023403--17023443	22	2.0	21	86	13	59	9	26	0	63	1.25
17025085--17025291	53	3.8	53	78	3	207	38	18	23	20	1.94
17028555--17028602	23	2.1	23	96	0	87	22	39	25	12	1.89
17030196--17030381	48	3.9	48	80	3	203	25	30	16	27	1.97
17036771--17036956	48	3.9	48	88	1	248	27	29	17	25	1.97
17036771--17037004	48	4.9	48	86	2	247	26	30	17	25	1.97
17038805--17038842	20	1.9	20	84	10	51	76	5	18	0	0.97
17038877--17038925	17	2.8	17	81	3	53	75	4	2	18	1.06
17042642--17042667	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
17048828--17048902	30	2.5	30	82	0	96	16	28	30	25	1.96
17054476--17054647	94	1.8	95	82	3	222	29	21	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17054423--17054645	46	4.7	46	77	6	207	29	21	26	21	1.99
17054662--17054782	49	2.4	48	83	6	136	30	23	25	20	1.98
17060408--17060486	27	3.2	27	60	29	66	26	29	20	24	1.99
17060384--17060555	47	3.7	47	88	7	244	29	28	19	22	1.98
17066394--17066515	46	2.6	47	81	3	140	31	22	24	20	1.98
17066576--17066698	49	2.5	49	84	4	158	30	22	25	21	1.98
17066482--17066698	93	2.3	96	80	10	223	27	22	26	23	2.00
17077930--17078099	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
17079207--17079310	52	2.0	52	94	0	181	31	19	23	25	1.98
17079573--17079676	52	2.0	52	94	0	181	24	18	17	40	1.91
17080013--17080219	105	2.0	105	95	0	369	27	19	27	25	1.99
17086055--17086224	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
17086077--17086259	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
17086268--17086460	97	2.0	97	97	0	368	33	15	21	29	1.94
17102478--17102648	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
17102471--17102643	46	3.7	46	76	13	176	29	28	19	21	1.98
17102471--17102664	46	4.2	46	71	15	150	29	28	19	22	1.98
17110065--17110235	93	1.8	93	89	0	270	29	28	20	21	1.98
17110058--17110230	46	3.8	45	76	13	172	29	28	19	21	1.98
17112125--17112207	42	2.0	41	81	9	96	16	34	25	22	1.95
17122393--17122531	43	3.2	43	77	9	131	29	15	22	32	1.95
17131432--17131552	43	2.9	42	79	11	147	33	24	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17133219--17133361	71	2.0	71	95	2	261	27	20	6	44	1.76
17140834--17140959	39	3.2	39	87	0	171	22	22	26	29	1.99
17148362--17149416	83	12.8	83	98	0	1964	25	29	22	21	1.99
17153154--17153331	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
17153175--17153330	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
17154959--17155114	84	1.9	84	98	0	303	28	23	19	28	1.98
17160533--17160605	35	2.1	35	84	5	94	34	6	28	30	1.83
17164754--17165195	220	2.0	220	99	0	875	33	6	21	38	1.78
17169343--17169373	12	2.6	12	100	0	62	32	9	6	51	1.60
17171142--17171377	109	2.2	109	100	0	472	37	3	9	49	1.52
17171192--17171371	59	3.2	59	62	29	147	36	3	9	50	1.53
17171142--17171421	109	2.6	109	89	4	307	40	4	8	46	1.53
17176008--17176103	28	3.1	28	66	18	66	60	9	0	30	1.28
17176018--17176075	20	3.1	20	76	19	61	65	5	0	29	1.14
17176018--17176070	17	3.0	17	76	17	54	66	5	0	28	1.15
17176912--17177001	43	2.1	43	91	0	144	22	30	15	32	1.95
17189522--17189591	35	2.0	35	97	0	131	25	30	11	32	1.91
17190738--17190854	27	4.3	27	84	4	146	27	25	9	37	1.87
17190738--17190854	54	2.2	54	87	3	164	27	25	9	37	1.87
17190858--17190980	53	2.3	53	80	6	140	42	20	8	28	1.82
17190886--17191037	27	5.7	27	80	8	177	41	21	7	28	1.81
17190886--17191041	80	2.0	80	83	7	201	41	21	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17190912--17191060	80	1.9	80	84	5	203	44	20	6	28	1.76
17191069--17191124	27	2.1	26	83	9	69	39	10	10	39	1.75
17191165--17191242	27	2.9	27	74	11	79	37	19	20	23	1.95
17192050--17192121	25	2.9	25	91	0	117	27	26	22	23	1.99
17192052--17192134	25	3.4	25	83	11	93	30	22	22	24	1.99
17192373--17192450	29	2.6	29	81	8	84	32	21	24	21	1.98
17194666--17194748	27	3.1	27	75	0	85	34	16	26	21	1.95
17198073--17198638	270	2.1	270	87	0	810	23	31	21	23	1.98
17199302--17199619	47	6.8	46	76	12	256	23	29	19	26	1.98
17199305--17199639	93	3.5	91	77	11	320	23	29	19	27	1.98
17199639--17199838	47	4.3	46	78	12	203	24	30	19	26	1.98
17199538--17199763	124	1.8	124	83	5	305	22	30	21	26	1.99
17202303--17202329	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
17209718--17209771	23	2.3	23	81	6	65	38	20	9	31	1.84
17214390--17214425	15	2.4	15	90	9	56	52	0	16	30	1.44
17216092--17216130	21	1.9	20	89	5	60	28	7	23	41	1.82
17216164--17216219	29	2.0	29	86	10	80	35	1	26	35	1.67
17220838--17220877	7	5.7	7	81	0	53	62	12	0	25	1.30
17221238--17221333	46	2.0	46	96	4	174	35	2	6	56	1.36
17226163--17226219	30	1.9	30	85	7	80	19	45	1	33	1.61
17226403--17226499	36	2.7	35	78	12	108	35	8	2	54	1.42
17226740--17226777	19	2.0	19	89	0	58	34	7	23	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17228932--17228983	18	2.9	19	83	11	65	32	13	15	38	1.86
17228977--17229110	18	7.4	18	74	9	112	35	12	14	38	1.84
17228977--17229110	54	2.5	53	81	7	153	35	12	14	38	1.84
17228913--17229208	36	8.0	36	71	11	179	36	12	14	36	1.85
17228977--17229208	18	12.5	18	71	9	108	35	12	15	36	1.85
17230053--17230182	47	2.8	46	81	6	154	26	20	30	23	1.98
17230058--17230225	46	3.6	45	77	12	153	28	19	27	23	1.98
17236896--17236942	18	2.6	18	93	0	85	27	6	31	34	1.82
17246959--17247165	53	3.8	54	79	1	218	19	23	18	38	1.93
17246972--17247165	55	3.6	53	78	2	181	19	23	19	38	1.93
17253731--17253765	17	2.0	18	88	5	54	40	20	0	40	1.52
17261101--17261135	17	2.0	18	88	5	54	40	20	0	40	1.52
17268786--17269088	40	7.6	40	90	2	387	24	20	28	27	1.99
17279075--17279124	17	2.9	17	79	5	57	20	18	22	40	1.92
17296136--17296209	37	2.0	37	97	0	139	21	4	21	52	1.63
17304399--17304435	18	2.1	18	100	0	74	48	10	5	35	1.61
17310261--17310337	38	2.1	37	90	2	118	33	10	24	31	1.89
17315783--17315823	21	2.0	21	85	0	55	39	0	2	58	1.11
17316696--17316866	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
17316691--17316863	46	3.7	46	76	13	183	28	27	21	22	1.99
17318234--17318412	85	2.1	85	100	0	358	39	8	26	26	1.84
17329485--17329592	26	4.2	26	87	0	162	36	23	7	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17330236--17330293	13	4.5	13	82	0	62	37	25	8	27	1.85
17330660--17330877	49	4.4	50	82	2	260	26	18	26	28	1.98
17330847--17330903	26	2.2	26	93	0	96	24	14	28	33	1.94
17333694--17333728	18	1.9	18	100	0	70	45	22	2	28	1.67
17334237--17334370	6	22.7	6	82	10	102	82	9	4	2	0.90
17334232--17334352	1	121.0	1	69	0	71	84	8	3	4	0.86
17336372--17336438	30	2.2	30	86	0	98	19	46	23	10	1.81
17351350--17351436	19	4.7	19	91	5	151	36	16	10	36	1.82
17351359--17351430	36	2.0	36	97	0	135	36	15	9	38	1.80
17351350--17351446	36	2.6	35	74	20	99	37	15	10	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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