genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56482370

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23063375--23063450	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
23063644--23063722	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23071258--23071369	35	3.2	35	72	7	102	30	16	24	28	1.97
23071227--23071403	69	2.6	69	80	3	212	34	13	24	27	1.93
23074958--23075174	46	4.7	46	93	1	328	39	15	23	21	1.91
23074909--23075174	138	2.0	130	86	7	372	38	15	24	21	1.92
23075435--23075481	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
23076543--23076609	35	1.9	35	84	0	89	26	16	20	35	1.94
23076509--23076736	104	2.2	104	79	1	224	33	13	19	33	1.90
23076613--23076808	34	5.7	34	71	9	112	38	11	20	29	1.87
23076551--23076730	35	5.2	35	74	6	150	31	13	20	34	1.91
23076564--23076762	104	1.9	104	83	0	254	34	12	21	32	1.90
23076709--23076812	34	3.1	34	83	5	129	43	12	20	24	1.86
23079864--23079889	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23089118--23089220	53	1.9	53	94	0	179	13	27	34	24	1.93
23091790--23091824	18	2.0	18	94	5	63	14	40	28	17	1.88
23092411--23092454	19	2.3	19	92	0	70	50	9	34	6	1.61
23097725--23097757	17	1.9	17	93	0	57	39	21	18	21	1.93
23102621--23102779	40	4.0	40	86	2	230	25	26	22	25	2.00
23109907--23110242	40	8.4	40	94	1	545	26	27	22	23	1.99
23113513--23113662	42	3.5	42	81	1	183	30	16	23	30	1.96
23113512--23113666	85	1.8	84	83	4	204	30	16	23	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23117855--23117908	22	2.5	22	81	3	65	18	35	31	14	1.91
23127706--23127884	90	2.0	90	98	0	349	36	5	11	47	1.61
23130227--23130279	25	2.1	25	96	0	97	41	22	11	24	1.86
23132750--23132887	31	4.6	31	69	19	94	42	3	2	51	1.34
23132785--23132822	20	1.9	20	94	0	67	50	0	0	50	1.00
23132728--23132892	88	1.9	88	97	0	312	44	3	3	49	1.33
23136513--23136543	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
23136513--23136567	18	3.1	18	86	0	74	7	20	0	72	1.07
23140243--23140299	17	3.9	15	76	17	57	68	3	24	3	1.21
23140347--23140386	18	2.1	20	86	9	57	72	2	22	2	1.09
23142364--23142437	10	7.4	10	73	10	62	22	28	16	32	1.96
23148274--23148401	38	3.4	38	86	4	159	22	19	24	33	1.97
23148399--23148528	45	2.9	45	87	2	190	23	21	26	28	1.99
23179107--23179258	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
23179107--23179283	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
23187277--23187625	28	12.5	28	94	1	576	33	29	12	25	1.92
23189401--23189625	49	4.5	49	83	3	297	29	28	18	24	1.98
23189401--23189632	100	2.3	98	85	2	311	29	28	18	24	1.98
23191369--23191712	26	13.2	26	99	0	670	34	7	23	34	1.82
23193931--23194362	216	2.0	216	98	0	837	34	16	16	33	1.91
23198666--23198781	27	4.2	28	82	7	114	34	22	24	18	1.96
23198666--23198781	55	2.1	56	82	10	141	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23198887--23198979	28	3.3	28	86	0	123	33	7	25	33	1.84
23199229--23199258	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
23201827--23201909	34	2.4	34	75	0	85	25	24	25	25	2.00
23207923--23208186	47	5.6	47	88	4	372	32	9	30	26	1.88
23207923--23208181	143	1.8	142	88	5	396	32	9	30	27	1.89
23210740--23210940	40	5.1	40	88	0	260	24	21	27	25	1.99
23217354--23217419	34	1.9	34	96	0	123	28	24	22	24	1.99
23219189--23219311	43	2.9	43	85	0	165	30	16	22	30	1.96
23222896--23222974	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23224024--23224145	61	2.0	61	95	3	219	27	26	11	34	1.91
23231599--23231712	43	2.7	43	86	8	144	28	16	23	30	1.96
23231643--23231745	43	2.4	42	79	8	109	31	18	20	30	1.96
23233033--23233162	24	5.4	24	91	7	210	28	20	20	30	1.97
23233220--23233276	9	5.9	9	73	15	51	35	21	10	33	1.87
23233208--23233278	20	3.5	20	90	0	115	32	21	12	33	1.91
23233315--23233362	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
23240165--23240270	53	2.0	53	90	0	167	30	27	22	19	1.98
23240916--23240976	31	2.0	31	90	0	95	29	22	16	31	1.96
23241185--23241290	24	4.4	24	90	9	171	28	21	19	30	1.98
23241192--23241289	47	2.1	48	94	5	173	29	20	20	29	1.98
23241403--23241450	25	1.9	25	91	0	78	25	18	25	31	1.98
23247343--23247552	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23247290--23247552	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
23247290--23247552	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
23247343--23247587	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
23255278--23255501	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
23255239--23255501	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
23255239--23255501	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
23261884--23262051	31	5.4	31	73	7	124	20	22	12	45	1.84
23261901--23262054	31	4.9	31	76	4	139	20	22	12	45	1.84
23261967--23262064	31	3.2	31	76	2	99	22	18	11	47	1.80
23268781--23268994	49	4.4	48	77	6	198	24	27	20	28	1.99
23270087--23270120	17	1.9	18	94	5	61	26	20	5	47	1.73
23276019--23276196	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23276040--23276195	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23284083--23284260	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23284104--23284259	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23289512--23289630	48	2.5	48	78	0	121	30	22	16	30	1.96
23289651--23289789	49	2.8	48	85	2	179	19	28	22	29	1.98
23292371--23292539	45	3.8	45	83	3	189	23	15	28	32	1.95
23297617--23298061	47	9.5	47	96	0	764	32	8	30	28	1.87
23298180--23298295	37	3.1	37	91	2	180	25	18	29	25	1.98
23301624--23301681	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
23301952--23302109	49	3.2	49	93	2	266	31	8	30	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23302227--23302305	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
23318520--23318587	34	2.0	34	97	0	127	27	23	16	32	1.96
23322502--23322738	48	4.9	48	84	0	312	26	18	28	26	1.98
23322504--23322733	96	2.4	96	95	0	406	26	18	28	26	1.98
23334826--23334871	23	2.0	23	95	0	83	34	21	6	36	1.80
23342387--23342764	48	7.8	48	76	7	309	29	18	25	26	1.98
23342382--23342762	96	3.9	95	84	4	460	28	18	25	26	1.98
23349021--23349075	16	3.4	16	75	9	58	49	1	3	45	1.30
23350588--23350644	19	2.9	20	74	12	55	45	19	24	10	1.81
23353747--23353837	46	2.0	46	93	2	157	29	23	9	37	1.87
23355221--23355477	130	2.0	130	97	0	487	42	20	5	31	1.76
23374770--23374938	43	4.0	43	77	11	179	30	27	17	24	1.97
23374770--23374927	84	1.9	84	88	5	239	29	27	18	25	1.98
23376061--23376089	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
23382825--23382951	41	3.0	41	75	8	114	29	25	18	25	1.98
23382828--23382962	43	3.2	41	72	11	105	30	26	17	25	1.97
23384088--23384116	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
23406027--23406105	20	4.0	20	72	0	68	40	22	16	20	1.91
23406014--23406162	59	2.5	60	82	5	160	38	18	18	24	1.92
23406060--23406209	59	2.5	60	82	3	160	37	15	20	27	1.92
23406305--23406379	38	2.0	38	83	0	96	45	10	21	22	1.82
23407956--23408007	26	2.0	26	100	0	104	53	11	15	19	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23410732--23410808	38	2.0	38	94	0	136	23	19	24	32	1.97
23410777--23411002	48	4.8	48	74	10	216	26	23	20	29	1.99
23418655--23418710	18	3.1	18	97	0	103	30	5	14	50	1.65
23419115--23419166	18	3.1	17	76	10	54	48	5	3	42	1.45
23424650--23424825	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23424647--23424818	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23431354--23431398	22	2.0	23	91	8	74	24	28	22	24	1.99
23432207--23432382	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
23432204--23432375	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23434590--23434645	26	2.2	26	93	0	94	32	1	1	64	1.14

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