genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  108  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20977517--20977651	47	3.0	44	77	8	144	37	7	24	31	1.83
20977519--20977651	45	2.9	45	79	6	142	37	7	23	31	1.83
20977873--20977924	21	2.5	21	87	9	72	40	3	38	17	1.68
20982816--20982868	22	2.5	21	79	11	63	49	7	5	37	1.55
20983599--20983640	22	1.9	22	90	9	68	45	11	14	28	1.80
20983621--20983904	98	2.9	98	93	1	455	32	16	10	41	1.82
20984699--20984729	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
20985159--20985416	130	2.0	130	81	8	303	46	5	5	42	1.52
20985665--20985712	24	2.0	24	91	0	78	27	18	31	22	1.97
20990554--20990583	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
20990556--20990585	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
20991005--20991158	80	1.9	80	88	2	229	25	8	12	53	1.66
20993052--20993093	21	2.0	21	100	0	84	23	0	19	57	1.41
20998251--20998300	21	2.4	20	77	9	55	38	0	2	60	1.09
20998947--20999093	78	1.9	78	86	0	213	27	9	13	48	1.73
21001907--21001999	43	2.2	44	92	3	154	43	4	30	22	1.72
21002434--21002469	17	2.1	17	89	0	54	27	0	16	55	1.42
21008043--21008067	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21011997--21012026	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
21011999--21012028	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
21014793--21014822	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
21014795--21014824	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21015237--21015382	78	1.9	78	89	2	231	27	7	13	52	1.67
21016088--21016133	22	2.1	22	83	0	56	15	4	8	71	1.26
21022358--21022401	21	2.1	21	83	8	54	40	0	0	59	0.98
21023518--21023542	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21024612--21024688	26	3.0	25	73	1	73	46	1	9	42	1.43
21027940--21028087	78	1.9	78	92	0	251	27	8	14	49	1.72
21030975--21031084	54	2.1	53	83	8	134	36	10	9	43	1.72
21035085--21035128	21	2.1	21	83	8	54	40	0	0	59	0.98
21037350--21037426	26	3.0	25	73	1	73	46	1	9	42	1.43
21044559--21044595	19	1.9	19	88	0	56	5	0	8	86	0.70
21045472--21045598	43	3.0	42	79	11	141	43	15	12	28	1.83
21046327--21046394	35	1.9	35	90	0	109	27	20	19	32	1.97
21046472--21046531	21	2.8	21	80	14	68	31	13	20	35	1.91
21046527--21046627	31	3.2	30	84	6	121	29	17	17	34	1.94
21047482--21047588	45	2.4	45	80	3	126	43	18	13	24	1.85
21049027--21049060	15	2.3	15	90	10	52	8	17	0	73	1.08
21049408--21049495	6	14.2	6	71	19	65	1	21	1	76	0.92
21049408--21049493	11	6.9	12	68	28	56	1	22	1	75	0.94
21049411--21049505	25	3.7	25	81	13	97	2	22	1	74	0.98
21049440--21049580	35	4.1	34	72	18	89	4	17	0	76	1.00
21049438--21049537	8	11.9	8	69	18	53	3	16	1	80	0.90
21049463--21049537	13	5.4	13	71	20	62	4	12	1	82	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21049412--21049542	24	4.9	25	74	18	86	3	17	1	77	1.00
21051719--21051761	19	2.3	18	88	4	59	41	13	13	30	1.84
21057868--21057955	6	16.0	5	75	20	54	71	2	4	21	1.15
21057845--21057929	12	6.9	12	66	24	52	71	2	2	23	1.09
21057854--21057944	17	5.5	17	71	23	61	71	2	3	23	1.12
21057874--21057926	19	2.7	19	85	11	63	71	3	1	22	1.12
21057869--21057955	12	7.4	11	74	22	61	72	2	4	20	1.14
21063346--21063389	20	2.1	21	88	12	65	63	4	4	27	1.33
21072553--21072587	17	2.1	17	100	0	70	54	17	0	28	1.43
21076636--21076670	8	4.4	8	92	0	61	14	0	22	62	1.31
21084497--21084653	52	3.0	52	85	1	199	26	25	8	39	1.85
21091578--21091649	34	2.1	34	84	5	92	37	8	9	44	1.68
21095635--21095718	6	14.0	6	73	5	62	22	1	10	65	1.31
21095635--21095718	18	4.6	19	80	7	77	22	1	10	65	1.31
21095655--21095699	17	2.6	18	85	7	65	22	2	8	66	1.30
21095758--21095792	13	2.8	12	91	8	52	85	2	0	11	0.69
21100718--21100765	20	2.3	20	82	10	53	81	0	6	12	0.87
21102102--21102413	47	7.0	46	75	13	258	36	6	15	41	1.73
21102205--21102247	22	2.0	22	85	0	59	32	2	11	53	1.50
21102156--21102403	83	2.9	82	77	12	250	35	6	13	43	1.70
21102238--21102413	45	3.8	46	81	5	169	36	6	15	42	1.72
21102731--21102765	17	2.1	17	88	0	52	37	17	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21103237--21103268	15	2.1	15	100	0	64	46	6	18	28	1.73
21116160--21116218	27	2.1	28	96	3	111	28	11	22	37	1.89
21117443--21117513	23	3.0	23	76	13	65	74	4	1	19	1.06
21118289--21118366	34	2.3	34	76	12	79	69	1	11	17	1.25
21118782--21118815	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
21123218--21123266	24	2.0	24	100	0	98	30	12	8	48	1.69
21125814--21125852	19	2.1	19	95	0	69	30	25	5	38	1.78
21127346--21127400	24	2.4	23	81	6	67	49	0	0	50	1.00
21130102--21130158	25	2.3	26	90	6	91	19	5	31	43	1.73
21133558--21133689	42	3.1	42	66	16	110	42	20	12	25	1.86
21133513--21133705	84	2.3	84	90	0	314	42	22	9	24	1.84
21133513--21133748	84	2.8	84	86	2	296	41	22	10	25	1.85
21134543--21134940	221	1.8	221	85	0	562	35	13	15	34	1.87
21146083--21146125	21	2.0	21	90	0	68	32	30	4	32	1.78
21148187--21148216	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
21149888--21149938	12	4.2	12	81	18	52	17	0	9	72	1.11
21149905--21149938	6	5.7	6	86	13	52	14	0	14	70	1.17
21149895--21149930	18	1.9	19	88	5	56	16	0	11	72	1.12
21150929--21150986	17	3.5	17	73	17	59	17	5	1	75	1.06
21150930--21150993	32	2.0	31	85	11	85	18	4	1	75	1.06
21151055--21151104	25	1.9	26	84	8	66	22	6	14	58	1.58
21151201--21151250	25	1.9	27	88	8	77	20	4	18	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21151949--21152097	39	3.7	39	72	14	122	22	7	12	58	1.58
21151930--21152121	84	2.3	83	92	2	330	22	7	12	57	1.59
21153285--21153309	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
21157061--21157290	41	5.5	41	74	12	153	27	13	14	44	1.83
21157056--21157324	87	3.2	87	81	7	243	26	13	15	44	1.82
21157093--21157343	82	3.0	84	80	6	247	27	13	15	43	1.84
21157095--21157314	41	5.2	41	79	7	190	26	13	15	45	1.83
21158671--21158714	6	7.5	6	94	2	72	15	0	11	72	1.11
21158717--21158770	22	2.4	22	76	11	56	9	7	5	77	1.11
21158872--21158979	50	2.2	49	88	3	155	20	6	12	60	1.55
21158893--21158969	25	3.1	25	75	7	84	23	7	11	57	1.60
21158997--21159082	43	2.0	43	84	8	113	33	6	8	51	1.59
21159085--21159121	14	2.5	15	91	4	58	21	5	13	59	1.54
21160629--21160663	12	2.9	12	86	0	52	17	2	8	71	1.23
21160683--21160735	23	2.3	23	83	6	63	20	9	7	62	1.50
21161650--21161693	21	2.0	22	82	4	54	20	0	6	72	1.07
21163490--21163532	16	2.8	15	75	6	50	25	20	11	41	1.86
21165933--21165986	25	2.1	26	83	16	69	81	3	11	3	0.95
21165940--21165986	20	2.5	19	86	10	69	82	4	10	2	0.88
21166384--21166437	8	6.8	8	91	8	92	75	0	12	11	1.04
21166360--21166447	16	5.2	17	84	13	94	75	2	13	9	1.14
21167348--21167400	25	2.1	25	100	0	106	30	11	24	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21167553--21167660	22	5.0	21	75	11	85	36	7	15	40	1.76
21167580--21167664	43	2.0	43	88	0	125	38	9	14	37	1.78
21167540--21167666	21	5.8	22	79	4	132	36	8	15	39	1.79
21167691--21167794	42	2.5	41	78	12	95	35	12	16	35	1.86
21168236--21168280	19	2.4	18	82	7	54	37	13	13	35	1.84
21168249--21168287	18	2.1	19	95	4	71	35	12	12	38	1.82
21168383--21168838	43	10.5	43	80	4	445	25	12	16	45	1.82
21168383--21168824	130	3.4	127	79	7	453	25	12	16	45	1.82
21168383--21168838	87	5.3	87	79	5	399	25	12	16	45	1.82
21169070--21169121	4	13.0	4	79	0	59	21	0	7	71	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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