genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  115  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22305080--22305122	21	2.0	21	90	0	68	34	20	9	34	1.85
22307513--22307713	25	8.4	23	68	22	73	67	1	6	23	1.25
22307508--22307766	85	3.1	80	74	21	239	68	1	6	22	1.23
22307516--22307768	42	6.0	41	76	17	211	69	1	6	22	1.22
22307561--22307774	5	38.8	5	70	22	96	70	1	6	21	1.19
22308874--22309030	65	2.4	65	81	2	163	46	8	19	25	1.78
22313517--22313575	22	2.8	21	80	10	75	30	28	16	23	1.97
22313662--22313714	23	2.3	23	86	0	70	30	20	15	33	1.93
22314214--22314290	22	3.5	22	76	11	86	33	23	10	32	1.89
22314297--22314453	81	1.9	81	84	2	208	36	18	12	31	1.89
22314364--22314578	104	2.1	103	84	6	274	37	20	11	30	1.88
22314544--22314622	22	3.6	22	82	3	97	31	22	12	32	1.92
22314440--22314743	147	2.1	148	81	3	362	35	19	13	31	1.90
22314899--22314959	14	4.4	14	75	15	56	77	13	3	6	1.09
22314884--22314931	22	2.1	23	84	3	62	75	14	0	10	1.06
22314902--22314958	27	2.1	27	83	6	71	77	12	3	7	1.10
22316473--22316513	14	2.8	15	82	13	50	78	0	17	4	0.93
22317395--22317424	6	5.0	6	91	0	51	86	0	13	0	0.57
22320344--22320391	22	2.2	21	78	10	51	43	2	10	43	1.50
22320403--22320446	22	2.0	22	90	0	70	45	9	6	38	1.63
22320408--22320471	22	2.9	22	82	13	69	42	6	7	43	1.58
22320463--22320642	22	8.3	22	68	10	93	53	5	7	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22320567--22320731	22	7.6	21	68	13	93	53	4	8	32	1.52
22321182--22321351	22	7.5	22	67	13	85	49	4	6	39	1.50
22321202--22321396	44	4.4	43	71	18	136	49	4	6	40	1.47
22321141--22321422	137	2.1	131	90	3	447	48	4	7	39	1.53
22321237--22321389	22	6.9	21	67	12	65	49	3	6	40	1.47
22321394--22321454	22	3.0	22	71	26	71	49	6	8	36	1.59
22321406--22321436	16	1.9	16	100	0	62	51	3	6	38	1.44
22321442--22321547	22	4.9	22	71	8	65	44	4	9	41	1.58
22321422--22321721	44	6.8	43	69	11	162	45	6	10	37	1.64
22321141--22321511	137	2.8	130	83	7	366	47	4	8	39	1.55
22321462--22321780	22	14.5	22	71	9	141	44	7	10	36	1.69
22321429--22321609	66	2.7	66	76	4	168	44	6	9	39	1.63
22321747--22321800	11	4.9	11	81	6	56	40	3	11	44	1.58
22321747--22321813	22	3.0	22	82	0	80	40	2	11	44	1.56
22321810--22321908	22	4.5	22	80	2	92	47	10	4	38	1.56
22321810--22321907	44	2.2	44	83	0	115	47	10	4	37	1.56
22321901--22321992	22	4.2	22	72	10	73	43	5	8	42	1.58
22322247--22322321	22	3.4	22	77	3	78	49	6	6	37	1.55
22322484--22322552	22	3.1	22	82	0	84	42	7	7	43	1.60
22322542--22322584	22	2.0	22	90	0	68	51	6	6	34	1.56
22322709--22322759	22	2.3	22	79	0	66	45	5	9	39	1.62
22322744--22322776	17	1.9	17	93	0	57	54	6	9	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22327864--22327919	27	2.1	27	96	0	103	60	10	8	19	1.55
22328843--22329208	181	2.0	184	94	3	641	31	15	9	43	1.79
22329138--22329168	11	2.8	11	95	0	53	0	9	0	90	0.46
22329138--22329175	17	2.2	17	86	9	51	5	7	0	86	0.69
22329363--22329387	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22333947--22333988	16	2.9	14	82	10	57	78	7	7	7	1.09
22334315--22334444	59	2.2	60	87	4	183	21	20	5	52	1.66
22337219--22337263	20	2.2	20	100	0	90	35	4	8	51	1.54
22337226--22337271	20	2.3	20	92	0	74	41	6	6	45	1.56
22338046--22338513	125	3.7	125	77	9	462	52	9	17	20	1.72
22338046--22338508	256	1.8	256	87	0	694	52	9	17	20	1.72
22339427--22339734	86	3.6	85	79	6	291	39	19	12	28	1.89
22340559--22340610	23	2.3	23	86	0	68	40	15	9	34	1.80
22340808--22340893	41	2.1	41	86	0	118	36	17	12	33	1.88
22341040--22341137	22	4.5	22	80	0	115	37	25	7	29	1.83
22341040--22341138	44	2.2	44	90	0	153	37	25	7	30	1.82
22341269--22341356	37	2.4	37	98	1	169	45	2	7	44	1.45
22342970--22343057	31	3.0	28	77	18	81	53	30	0	15	1.43
22342970--22343059	7	12.0	8	71	18	52	52	32	0	15	1.43
22343007--22343083	21	3.6	21	84	7	93	53	27	0	19	1.46
22343059--22343186	30	4.3	29	74	13	100	45	29	2	22	1.65
22343064--22343186	60	2.0	60	87	6	178	44	30	2	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22343108--22343206	30	3.3	28	76	8	90	41	32	4	22	1.72
22343224--22343336	30	3.7	30	73	11	88	48	27	0	23	1.57
22343294--22343365	15	4.8	15	76	10	67	55	23	0	20	1.43
22343318--22343373	29	1.9	29	92	0	94	53	23	0	23	1.46
22344466--22344810	104	3.3	104	82	3	401	37	17	11	33	1.86
22346550--22346610	29	2.1	28	82	11	70	68	4	8	18	1.33
22348493--22348522	13	2.3	13	94	0	51	80	0	3	16	0.85
22348850--22348886	13	2.7	14	91	4	58	0	8	2	89	0.58
22349367--22349436	31	2.2	32	82	12	92	28	24	22	24	1.99
22349986--22350327	60	5.7	58	88	6	472	44	7	14	33	1.72
22349986--22350327	119	2.9	117	89	5	501	44	7	14	33	1.72
22352077--22352108	16	2.1	15	94	5	55	56	0	0	43	0.99
22352102--22352147	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
22355015--22355053	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
22370646--22370681	3	12.3	3	94	5	65	66	0	0	33	0.92
22370646--22370684	20	2.0	20	100	0	78	66	0	0	33	0.92
22370646--22370678	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
22373559--22373616	25	2.3	25	77	11	64	58	0	8	32	1.28
22373723--22373761	17	2.4	17	87	12	55	30	2	0	66	1.05
22373723--22373761	16	2.4	17	86	4	53	30	2	0	66	1.05
22377921--22377963	16	2.7	16	85	0	59	27	2	6	62	1.33
22382480--22382531	14	3.7	14	76	7	52	11	1	34	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22382473--22382531	28	2.1	29	87	9	86	11	3	33	50	1.56
22382960--22383024	23	3.0	22	77	6	69	29	1	6	63	1.28
22383076--22383138	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
22383689--22383720	16	2.1	15	94	5	55	0	9	0	90	0.45
22394369--22394448	27	3.1	25	69	22	67	48	0	1	50	1.08
22394369--22394413	22	2.1	21	84	12	56	48	0	0	51	1.00
22394386--22394434	23	2.1	24	82	17	59	46	0	2	51	1.12
22394422--22394473	26	2.1	23	82	10	59	46	0	1	51	1.12
22394613--22394645	12	2.7	13	86	13	52	66	0	0	33	0.92
22394586--22394645	24	2.6	24	75	15	63	61	1	0	36	1.06
22395605--22395648	19	2.5	17	82	10	52	47	2	0	50	1.13
22395582--22395637	29	2.0	28	86	6	78	50	0	0	50	1.00
22400075--22400123	23	2.1	24	92	3	82	55	0	2	42	1.11
22402641--22402669	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22403618--22403662	22	2.0	22	83	8	56	46	6	0	46	1.29
22406659--22406705	22	2.1	22	96	0	85	40	10	0	48	1.38
22406915--22406945	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
22407968--22408093	62	2.0	62	82	8	150	42	15	11	31	1.81
22408633--22408699	34	2.0	34	91	5	109	26	14	11	46	1.80
22411417--22411447	14	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
22412665--22412840	81	2.2	80	82	6	219	37	5	5	51	1.48
22412665--22412881	81	2.7	82	80	9	205	37	5	6	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22413527--22413572	15	2.9	16	84	9	51	39	0	0	60	0.97
22415226--22415278	24	2.3	23	76	20	58	39	0	0	60	0.97
22415486--22415521	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
22424767--22424819	27	2.0	27	100	0	106	45	16	15	22	1.85
22427545--22427610	31	2.2	30	86	2	87	43	7	15	33	1.74
22430290--22430401	53	2.1	53	98	0	215	27	16	17	38	1.91
22431901--22431984	30	2.8	30	85	0	114	35	11	1	51	1.47
22432416--22432449	15	2.2	16	89	5	52	14	11	0	73	1.10
22433133--22433238	49	2.2	49	81	6	117	27	16	10	45	1.80
22434215--22434240	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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