genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  39  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707430--8707460	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
8707701--8707736	17	2.1	17	89	0	54	33	2	8	55	1.44
8711866--8712001	17	7.6	18	73	18	54	70	0	8	21	1.12
8711897--8712043	17	8.4	17	78	13	131	70	0	9	19	1.18
8711874--8712043	24	7.1	23	71	24	88	70	0	8	20	1.18
8712377--8712430	26	2.1	26	85	0	72	44	14	16	24	1.85
8712403--8712475	32	2.2	33	85	2	94	43	9	19	27	1.81
8712403--8712556	33	4.7	32	73	8	105	40	10	20	28	1.85
8712631--8712724	33	2.9	33	75	12	95	46	11	15	25	1.80
8712696--8712749	26	2.1	26	85	0	72	44	14	16	24	1.85
8712755--8712892	33	4.2	33	73	9	104	42	8	18	29	1.80
8712266--8712908	319	2.0	320	93	0	1108	43	10	18	27	1.83
8712756--8712899	66	2.2	66	80	7	150	43	9	18	29	1.81
8712875--8712965	32	2.8	32	76	3	94	45	14	25	15	1.84
8713045--8713191	58	2.5	58	82	2	179	42	12	19	25	1.86
8713575--8713610	14	2.6	15	83	16	51	44	5	22	27	1.75
8714675--8714707	17	2.0	17	88	5	50	3	15	0	81	0.80
8714711--8714748	20	1.9	20	88	0	58	13	21	2	63	1.42
8718930--8719005	36	2.1	36	82	0	89	51	14	6	27	1.67
8719222--8719290	18	3.7	18	76	19	63	78	0	4	17	0.91
8719216--8719263	21	2.3	21	82	10	62	77	0	0	22	0.78
8721008--8721101	38	2.5	37	83	6	118	43	13	8	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721210--8721328	38	3.1	38	87	0	166	42	17	8	31	1.79
8721339--8721616	48	5.8	48	82	3	283	39	17	12	30	1.87
8721339--8721616	144	1.9	143	84	5	364	39	17	12	30	1.87
8721799--8721841	22	2.0	22	90	0	68	41	9	23	25	1.84
8722044--8722101	18	3.2	17	76	13	55	39	12	17	31	1.86
8722126--8722209	36	2.3	36	81	2	87	42	10	7	39	1.67
8722193--8722282	47	1.9	47	88	0	135	37	13	10	38	1.78
8722291--8722329	20	2.0	20	100	0	78	35	25	0	38	1.56
8724952--8725346	132	3.0	133	78	9	355	49	13	11	26	1.75
8725136--8725382	132	1.9	133	83	7	324	48	13	12	25	1.77
8726678--8726732	12	4.6	12	77	8	58	54	10	7	27	1.61
8726654--8726784	36	3.9	36	73	20	102	54	12	6	27	1.61
8726757--8726821	20	3.1	21	78	10	71	55	10	4	29	1.54
8726769--8726831	20	3.1	20	70	4	54	58	9	4	26	1.49
8728250--8728342	6	15.8	6	80	3	73	66	10	1	21	1.28
8728250--8728342	18	5.3	18	77	8	102	66	10	1	21	1.28
8729019--8729058	21	1.9	21	85	10	55	42	10	0	47	1.37
8731472--8731599	43	2.9	43	76	15	127	19	0	31	49	1.49
8731535--8731694	16	10.4	14	73	16	97	22	0	30	46	1.56
8731544--8731699	32	5.0	31	73	14	124	24	0	28	46	1.58
8731534--8731694	15	10.5	15	72	9	101	22	0	30	46	1.56
8732081--8732139	22	2.6	23	73	24	54	69	3	1	25	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733099--8733140	13	2.9	15	76	16	52	11	0	9	78	0.96
8733108--8733141	16	2.1	17	88	5	52	14	0	8	76	1.01
8733363--8733473	22	5.0	22	82	2	150	28	24	22	24	1.99
8733361--8733473	45	2.5	44	85	2	154	28	23	22	25	1.99
8733944--8734015	29	2.5	29	95	0	135	37	8	27	26	1.85
8734199--8734710	33	15.6	32	82	7	525	32	16	20	30	1.95
8734199--8734709	197	2.6	193	85	6	652	32	16	20	30	1.95
8734199--8734709	65	7.8	64	84	7	591	32	16	20	30	1.95
8735477--8735510	17	2.0	17	88	11	52	2	14	0	82	0.79
8738978--8739192	73	2.9	75	84	5	244	27	23	15	33	1.95
8739066--8739201	73	1.9	73	95	1	247	28	23	16	30	1.97
8739319--8739781	234	2.0	234	96	0	854	41	18	9	30	1.83
8741293--8741332	19	2.0	20	86	13	57	10	20	22	47	1.79
8745866--8745924	21	2.8	20	85	14	84	50	5	1	42	1.34
8746760--8746794	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
8748692--8748716	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
8749068--8749092	9	2.8	9	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8756808--8756836	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8756828--8756892	13	4.8	14	75	7	71	40	0	0	60	0.97
8756844--8756925	33	2.5	32	81	12	96	43	0	1	54	1.07
8757068--8757520	236	1.9	234	83	4	585	36	12	4	46	1.63
8757023--8759396	246	9.6	240	72	15	1003	37	11	5	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8757778--8759224	239	5.8	250	71	15	813	36	12	5	45	1.66
8759663--8759764	51	2.0	51	84	7	136	35	5	0	57	1.29
8765905--8765948	22	1.9	24	90	9	74	47	9	4	38	1.56
8766702--8766746	23	2.0	23	100	0	90	22	0	8	68	1.16
8767922--8768014	46	2.0	47	91	2	152	40	20	2	36	1.65
8770130--8770176	24	2.0	24	87	8	69	44	2	0	53	1.12
8772954--8773042	44	2.0	44	95	0	160	59	11	10	19	1.59
8782516--8782647	42	3.1	42	90	2	185	18	35	13	32	1.90
8782517--8782647	21	6.2	21	76	5	131	18	35	13	32	1.90
8782648--8782701	21	2.6	21	87	0	81	16	37	12	33	1.87
8782593--8782703	54	2.1	54	100	0	222	17	36	13	33	1.89
8782768--8782802	17	2.1	17	89	5	54	14	11	22	51	1.74
8783790--8783869	33	2.5	32	78	13	83	43	1	1	53	1.16
8784024--8784142	62	1.9	62	87	0	175	40	5	3	51	1.40
8784249--8784367	62	1.9	63	86	5	170	41	11	5	42	1.63
8784242--8786588	515	4.6	507	83	7	2824	36	12	4	45	1.63
8785022--8785146	63	2.0	64	85	3	171	40	11	4	44	1.59
8786431--8786805	211	1.8	210	83	6	505	37	8	5	48	1.57
8786069--8786977	460	2.0	462	89	2	1384	36	11	5	47	1.62
8786934--8787015	40	2.0	41	92	2	139	41	3	7	47	1.49
8788322--8788354	16	1.9	17	88	11	50	57	6	18	18	1.60
8792134--8792168	17	1.9	18	88	11	54	60	5	17	17	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8803886--8803910	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
8807066--8807109	22	1.9	24	90	9	74	47	9	4	38	1.56
8809039--8809131	46	2.0	47	87	2	134	41	22	1	34	1.61
8809746--8809773	10	2.8	10	100	0	56	32	17	10	39	1.84
8811276--8811322	24	2.0	24	83	8	60	42	2	2	53	1.25
8812687--8812754	24	2.8	24	84	0	91	60	10	5	23	1.51
8812937--8813041	52	2.0	52	100	0	210	43	14	13	28	1.83
8812954--8813034	25	3.2	25	63	30	62	45	12	14	27	1.81
8814182--8814270	44	2.0	44	91	0	142	61	8	7	21	1.51
8823510--8823631	21	5.8	20	77	9	104	16	35	16	31	1.91
8823516--8823655	21	6.7	21	73	6	95	17	37	15	30	1.91
8823563--8823655	42	2.2	42	80	0	114	19	39	12	27	1.88
8823736--8823797	21	3.0	21	90	0	97	24	43	9	22	1.83
8823745--8823851	21	5.1	21	79	2	81	24	42	10	23	1.85
8823823--8823914	21	4.4	21	76	2	69	30	40	7	21	1.81
8823866--8824018	42	3.7	42	76	5	130	25	45	7	21	1.79
8823878--8823991	21	5.5	21	77	6	97	24	46	7	21	1.77
8826069--8826147	29	2.8	28	81	9	79	48	2	10	39	1.51
8829016--8829050	17	1.9	18	88	11	54	60	5	17	17	1.55
8843932--8843981	24	2.2	22	82	7	55	46	8	6	40	1.58
8843941--8843984	22	1.9	24	90	9	74	47	9	4	38	1.56
8845379--8845459	42	1.9	42	85	9	112	41	8	4	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8845929--8846021	46	2.0	47	87	2	134	40	21	2	35	1.65
8848140--8848186	24	2.0	24	83	8	60	42	2	2	53	1.25
8849558--8849605	24	2.1	23	85	11	64	54	6	8	31	1.55
8850098--8850162	29	2.2	29	100	0	130	52	15	3	29	1.58
8860574--8860695	21	5.8	20	77	9	104	16	35	16	31	1.91
8860580--8860719	21	6.7	21	73	6	95	17	37	15	30	1.91
8860627--8860719	42	2.2	42	80	0	114	19	39	12	27	1.88
8860799--8860860	21	3.0	21	90	0	97	24	43	9	22	1.83
8860808--8860914	21	5.1	21	79	2	81	24	42	10	23	1.85
8860886--8860977	21	4.4	21	76	2	69	30	40	7	21	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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