genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  110  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21419351--21419389	2	20.5	2	84	10	55	53	0	0	46	1.00
21420617--21420938	110	2.9	110	66	22	265	37	6	3	52	1.44
21420617--21421064	224	2.0	223	96	2	837	37	6	2	54	1.40
21421413--21421445	17	1.9	17	88	11	50	54	6	0	39	1.25
21422400--21422432	15	2.2	15	100	0	66	21	12	12	54	1.69
21425530--21425569	20	2.0	20	90	0	62	40	27	17	15	1.89
21425970--21426026	17	3.6	15	82	15	62	15	7	0	77	0.98
21425918--21426019	16	6.4	16	71	17	70	18	2	3	74	1.10
21425988--21426027	21	1.9	22	90	10	66	15	10	0	75	1.05
21426053--21426266	57	3.7	58	86	5	299	44	5	13	35	1.67
21426773--21426800	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
21427880--21427916	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
21428267--21428331	29	2.2	29	80	0	76	58	10	6	24	1.54
21432240--21432283	21	2.1	21	100	0	88	38	25	4	31	1.76
21435195--21435253	26	2.2	27	78	9	66	44	0	5	50	1.24
21435202--21435253	26	2.0	27	84	3	70	44	0	5	50	1.26
21438319--21438367	15	3.1	16	80	11	57	51	2	0	46	1.12
21438491--21438539	24	2.1	22	85	7	62	53	2	0	44	1.12
21439323--21439364	18	2.4	17	85	14	59	47	0	2	50	1.14
21440516--21440560	22	2.0	22	86	0	63	31	6	0	62	1.21
21441717--21441750	10	3.4	10	95	0	59	91	0	5	2	0.51
21447215--21447263	16	2.9	17	87	6	82	89	0	4	6	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21447215--21447277	33	1.9	32	90	3	99	87	0	4	7	0.67
21447213--21447266	1	54.0	1	81	0	63	90	0	3	5	0.53
21448282--21448368	41	2.1	41	93	0	147	24	16	21	37	1.93
21448342--21448394	26	2.0	26	100	0	106	18	15	30	35	1.92
21448301--21448435	67	2.0	67	98	0	261	20	17	26	35	1.94
21448368--21448572	41	5.0	41	83	4	252	22	16	20	40	1.91
21448368--21448549	83	2.2	82	88	2	267	21	16	21	39	1.92
21448368--21448585	83	2.6	84	79	11	261	22	16	21	39	1.92
21448366--21448602	124	1.9	124	86	1	341	23	16	20	39	1.92
21448656--21448685	8	3.8	8	90	0	51	90	3	0	6	0.56
21448832--21448929	13	7.4	13	73	13	74	17	2	0	80	0.80
21448834--21448891	31	1.9	30	92	3	98	15	1	0	82	0.74
21448824--21448931	43	2.5	40	78	15	110	17	2	0	79	0.85
21448833--21448931	6	16.2	6	78	12	94	18	2	0	79	0.82
21449895--21450006	5	21.6	5	71	14	52	20	2	3	73	1.11
21449950--21450006	11	5.2	10	80	16	60	14	1	3	80	0.92
21449943--21450006	17	3.5	17	81	8	65	14	3	3	79	0.97
21449933--21450011	27	2.9	27	79	7	72	16	5	2	75	1.08
21450114--21450208	31	3.2	31	62	22	76	41	10	8	40	1.70
21450024--21450470	58	7.7	58	79	8	383	43	6	11	38	1.68
21450145--21450243	27	3.5	27	65	20	67	46	7	10	36	1.65
21450097--21450470	122	3.2	114	76	12	380	43	7	11	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21450088--21450413	180	1.8	178	87	5	487	42	7	12	38	1.70
21450032--21450470	236	1.9	236	89	3	688	42	6	12	38	1.69
21454567--21454669	30	3.4	30	80	6	102	19	1	25	53	1.55
21454666--21454700	15	2.2	16	90	5	54	37	2	14	45	1.59
21454690--21454736	8	5.8	8	76	14	51	23	2	25	48	1.62
21454666--21454741	16	4.8	16	74	6	64	31	2	19	46	1.64
21454690--21454718	9	3.3	9	95	4	51	20	0	27	51	1.47
21455229--21455286	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
21456756--21456797	20	2.1	20	86	8	59	38	2	0	59	1.10
21459824--21459904	12	6.4	13	73	15	62	61	1	1	35	1.12
21460978--21461052	30	2.5	30	76	4	80	38	0	1	60	1.06
21461001--21461040	16	2.4	18	76	20	50	45	0	2	52	1.14
21461017--21461067	19	2.8	19	77	16	63	47	0	0	52	1.00
21464518--21464561	24	2.0	21	86	13	61	59	0	0	40	0.98
21464525--21464591	27	2.4	27	83	11	75	70	1	0	28	0.96
21464576--21464610	17	2.1	17	88	0	52	82	14	2	0	0.77
21465121--21465155	16	2.2	16	89	0	52	88	2	8	0	0.61
21465685--21465729	17	2.7	16	83	10	54	22	0	4	73	1.01
21465776--21465825	17	3.0	16	80	13	57	66	2	2	30	1.14
21466084--21466121	19	2.0	19	100	0	76	36	15	0	47	1.46
21466156--21466204	15	3.1	15	80	8	53	48	30	2	18	1.59
21466156--21466204	16	3.1	15	85	8	62	48	30	2	18	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21471431--21471463	17	1.9	17	88	11	50	54	6	0	39	1.25
21472150--21472182	17	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
21474365--21474489	18	6.9	18	73	13	105	27	4	35	32	1.78
21474364--21474465	36	3.0	33	80	7	132	27	4	32	35	1.78
21474443--21474485	21	2.0	21	95	0	77	27	2	44	25	1.66
21478270--21478318	25	1.9	26	91	4	82	40	10	2	46	1.49
21478550--21478587	20	2.0	20	89	5	60	60	5	0	34	1.19
21481867--21481905	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
21483786--21483860	30	2.5	30	84	4	98	32	17	14	36	1.90
21492294--21492332	14	2.6	14	84	8	51	51	0	0	48	1.00
21492457--21492505	24	2.1	22	85	7	62	53	2	0	44	1.12
21493429--21493463	13	2.7	13	90	0	52	14	2	2	80	0.95
21494738--21494769	13	2.5	13	94	0	55	31	0	0	68	0.90
21495692--21495716	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
21496313--21496377	34	1.9	34	96	0	121	66	4	3	26	1.26
21496354--21496385	13	2.5	13	94	0	55	84	3	0	12	0.74
21503651--21503680	9	3.2	9	95	4	51	63	0	0	36	0.95
21503653--21503682	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
21507758--21507817	28	2.1	27	85	11	77	53	0	0	46	1.00
21507816--21507863	25	1.9	25	82	0	60	45	6	0	47	1.27
21515811--21515869	19	3.0	20	90	5	102	54	13	15	16	1.72
21516649--21516717	32	2.1	33	82	17	83	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517225--21517255	6	5.2	6	96	0	53	0	32	3	64	1.09
21517251--21517281	16	1.9	16	93	0	53	16	6	0	77	0.97
21517375--21517426	19	2.8	18	85	5	59	11	13	1	73	1.19
21518575--21518761	92	2.0	92	96	0	347	39	10	16	34	1.82
21523838--21523914	31	2.4	33	79	16	81	62	1	2	33	1.17
21524021--21524051	12	2.7	12	95	5	55	3	12	0	83	0.75
21524407--21524458	21	2.5	21	78	9	61	11	17	0	71	1.15
21524437--21524466	15	2.0	15	93	0	51	13	10	0	76	1.01
21527512--21527561	19	2.6	19	93	3	82	64	6	4	26	1.35
21529110--21529174	18	3.5	19	73	12	64	56	3	0	40	1.15
21529502--21529537	11	3.3	11	88	0	54	11	2	0	86	0.68
21529497--21529539	19	2.3	19	80	8	52	18	2	0	79	0.85
21544835--21544866	3	10.7	3	93	0	55	65	0	31	3	1.08
21547052--21547092	20	2.1	20	86	4	57	53	2	24	19	1.57
21550640--21550672	2	16.5	2	93	0	57	0	45	0	54	0.99
21551647--21551685	21	1.9	20	84	5	51	58	0	0	41	0.98
21554607--21554645	14	2.7	14	80	4	51	79	0	15	5	0.90
21554719--21554793	28	2.7	29	82	13	88	72	1	20	6	1.15
21554735--21554783	25	2.0	25	84	8	64	69	0	24	6	1.11
21558215--21558259	19	2.4	19	92	0	72	24	13	17	44	1.85
21558565--21558625	23	2.7	22	77	7	68	21	9	0	68	1.18
21562401--21562440	20	2.0	20	95	0	71	52	10	12	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21564833--21564862	12	2.5	12	94	0	51	60	0	0	40	0.97
21571092--21571194	3	34.3	3	84	0	89	5	40	0	53	1.25
21571095--21571180	15	5.5	15	81	4	100	5	41	0	52	1.25
21571092--21571183	18	5.6	18	75	21	112	5	41	0	53	1.24
21571092--21571194	30	3.3	30	94	4	161	5	40	0	53	1.25
21571092--21571194	33	3.2	33	84	8	149	5	40	0	53	1.25
21575240--21575268	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
21575268--21575300	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
21578124--21578168	23	2.0	23	82	8	56	62	6	2	28	1.33
21583116--21583150	17	2.1	17	94	0	61	54	14	0	31	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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