genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  9  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357845--2357895	17	3.0	17	97	0	93	29	7	0	62	1.23
2358365--2358398	4	8.5	4	86	0	50	17	0	0	82	0.67
2368462--2368640	95	1.9	94	88	1	268	31	32	16	20	1.94
2369690--2369750	31	2.0	31	90	0	95	63	6	16	13	1.48
2374997--2375032	11	3.3	11	92	7	56	22	2	0	75	0.94
2375155--2375200	19	2.4	19	82	7	58	21	8	6	63	1.46
2376020--2376087	26	2.7	25	80	8	77	13	4	4	77	1.06
2376110--2376191	6	12.7	6	74	15	58	15	4	1	78	0.99
2376110--2376178	17	4.2	17	71	18	58	14	4	1	79	0.95
2376026--2376175	11	13.5	11	69	20	82	16	4	4	75	1.11
2376199--2376665	58	7.9	58	84	5	555	45	6	12	35	1.67
2383610--2383657	10	4.4	11	80	17	55	85	0	8	6	0.74
2383601--2383651	23	2.3	23	86	10	70	80	0	11	7	0.90
2383634--2383673	17	2.4	17	86	0	53	82	0	10	7	0.84
2383601--2383673	34	2.1	35	82	2	85	79	0	12	8	0.93
2384986--2385067	43	1.9	42	87	7	121	37	10	15	35	1.83
2385334--2385867	41	13.1	41	87	6	757	23	17	22	36	1.95
2385334--2385867	122	4.4	121	88	6	740	23	17	22	36	1.95
2385850--2385885	18	2.0	18	94	0	63	13	16	36	33	1.89
2385813--2385926	59	1.9	59	98	0	219	20	19	26	34	1.96
2385868--2385970	41	2.5	41	98	0	197	20	18	27	33	1.96
2385769--2386058	95	3.0	98	94	3	489	21	17	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385957--2385983	13	2.1	13	100	0	54	22	11	37	29	1.89
2385916--2386024	54	2.0	54	98	0	209	22	16	27	33	1.95
2385970--2386148	41	4.3	41	85	4	227	24	14	23	37	1.92
2385970--2386148	81	2.2	84	82	6	222	24	14	23	37	1.92
2386156--2386191	8	4.5	8	86	13	56	88	2	0	8	0.59
2386285--2386323	21	1.9	21	89	5	62	20	30	28	20	1.98
2386381--2386417	16	2.2	18	80	14	51	27	0	2	70	1.01
2386397--2386540	27	4.8	31	64	25	76	27	2	4	65	1.23
2387044--2387093	20	2.5	21	77	9	59	34	24	22	20	1.97
2387434--2387510	11	7.7	10	81	12	61	14	5	1	79	0.97
2387434--2387515	17	5.2	16	75	11	64	14	4	1	79	0.96
2387433--2387515	27	3.0	25	77	19	76	14	4	1	79	0.95
2387445--2387501	18	3.2	18	85	2	80	12	3	1	82	0.87
2387361--2387508	22	6.6	22	67	7	75	15	4	4	76	1.09
2387474--2387520	17	3.0	16	84	9	53	17	4	0	78	0.90
2387532--2388051	58	8.8	58	85	5	652	44	6	13	36	1.69
2387523--2388051	117	4.5	117	86	5	692	44	6	13	35	1.69
2387846--2387937	28	3.1	28	63	27	64	41	6	15	36	1.73
2388702--2388766	26	2.6	25	72	18	62	46	9	0	44	1.35
2388797--2388821	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2389277--2389301	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2394946--2395049	44	2.4	44	81	10	117	77	5	8	7	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394948--2395049	45	2.3	45	81	6	111	78	4	8	7	1.09
2398358--2398398	17	2.4	17	91	0	64	51	7	2	39	1.43
2400938--2400968	15	2.1	15	93	0	53	74	16	6	3	1.16
2401528--2401578	23	2.2	23	82	6	59	43	0	0	56	0.99
2402487--2402516	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2409658--2409687	9	3.3	9	95	0	51	40	23	0	36	1.55
2411983--2412120	72	1.9	72	86	0	195	26	21	18	33	1.96
2414797--2414990	96	2.0	96	93	2	336	39	18	11	29	1.87
2416065--2416111	23	2.1	23	84	7	62	61	0	0	38	0.96
2416984--2417029	24	1.9	24	86	0	65	34	2	4	58	1.30
2421162--2421202	21	1.9	21	90	5	64	68	0	4	26	1.10
2421976--2422040	26	2.4	26	82	10	69	40	1	1	56	1.18
2422061--2422092	12	2.6	13	90	9	50	31	0	0	68	0.90
2426491--2426734	124	2.0	123	90	3	386	27	24	12	35	1.92
2426821--2426862	14	2.9	14	86	13	50	69	0	2	28	1.01
2427043--2427082	20	2.0	20	85	4	55	47	0	0	52	1.00
2427054--2427096	20	2.1	21	87	12	63	44	0	2	53	1.13
2427054--2427105	21	2.5	21	84	9	63	42	3	1	51	1.31
2427426--2427508	26	3.3	26	69	11	66	50	0	0	49	1.00
2427792--2427827	17	2.0	19	89	10	58	38	5	5	50	1.49
2431943--2432008	32	2.1	32	85	0	87	56	0	1	42	1.08
2442064--2442179	58	2.0	58	100	0	232	39	15	13	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447276--2447343	30	2.3	31	87	10	97	42	5	0	51	1.26
2450312--2450364	27	2.0	26	85	10	72	33	13	0	52	1.40
2453462--2453495	2	17.5	2	93	6	61	50	0	50	0	1.00
2458597--2458672	23	3.0	25	69	23	61	64	3	3	27	1.29
2458755--2458808	28	2.0	26	85	7	72	50	0	0	50	1.00
2459189--2459249	29	2.1	29	90	9	97	29	0	14	55	1.40
2470569--2470615	24	2.0	24	83	8	60	10	4	4	80	0.98
2474940--2474985	23	2.0	24	86	4	67	50	0	2	47	1.13
2488982--2489115	36	3.7	36	82	0	151	14	20	35	28	1.93
2490508--2490534	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
2493448--2493491	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
2497933--2497969	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2498257--2498281	8	3.1	8	100	0	50	28	12	12	48	1.76
2508013--2508041	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2510220--2510337	38	3.0	40	77	20	106	52	4	0	43	1.20
2516709--2516752	22	2.0	22	100	0	88	31	18	9	40	1.81
2524564--2524711	73	2.0	73	100	0	296	37	17	15	29	1.91
2531042--2531115	30	2.5	30	71	8	71	35	2	20	41	1.66
2532579--2532680	30	3.4	30	78	10	93	38	11	8	41	1.73
2533708--2533746	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2534174--2534211	20	2.0	20	94	5	69	50	0	0	50	1.00
2534434--2534480	18	2.4	20	82	10	53	85	6	2	6	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534789--2534892	12	8.9	11	68	17	50	25	1	2	70	1.12
2534791--2534894	18	5.9	17	73	10	68	25	1	2	70	1.12
2534849--2534891	16	2.6	17	82	17	63	18	0	2	79	0.85
2534839--2534921	27	2.9	28	72	16	73	26	3	2	67	1.19
2534899--2534954	23	2.5	22	85	8	76	25	7	1	66	1.27
2535942--2536280	59	5.7	60	83	7	401	44	7	12	35	1.70
2535946--2536279	177	1.9	178	89	4	523	44	6	12	35	1.70
2540112--2540158	15	2.8	17	75	24	55	76	0	19	4	0.95
2541325--2541405	43	1.9	42	85	7	110	38	11	16	34	1.84
2541673--2542174	41	12.1	42	90	3	750	24	17	22	36	1.95
2541673--2542174	83	6.0	83	89	2	726	24	17	22	36	1.95
2541673--2542174	125	4.0	124	89	3	733	24	17	22	36	1.95
2542188--2542231	8	5.5	8	89	8	63	86	9	0	4	0.70
2542196--2542231	15	2.3	15	95	4	63	86	11	0	2	0.68
2543502--2543532	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2549686--2549778	30	3.2	30	63	27	72	37	6	11	44	1.67
2549661--2549940	58	4.8	59	81	6	297	41	6	11	40	1.67
2549612--2549940	116	2.8	116	83	6	376	41	6	11	40	1.67
2551108--2551147	22	1.9	21	85	10	55	62	17	2	17	1.44
2576802--2577015	71	3.0	71	96	0	394	41	10	11	36	1.76
2577337--2577367	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
2583436--2583471	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589246--2589289	23	1.9	23	90	0	70	54	0	0	45	0.99
2590478--2590509	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2595636--2595669	13	2.5	14	90	4	52	50	0	0	50	1.00
2617438--2617498	32	1.9	32	89	0	95	22	9	29	37	1.87
2623910--2623960	15	3.4	15	75	5	50	5	43	0	50	1.26
2629432--2629465	14	2.3	15	90	5	52	29	2	0	67	1.05
2631181--2631225	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
2631957--2632017	31	2.0	31	86	0	86	57	3	4	34	1.36
2641720--2641763	18	2.5	18	85	3	63	34	0	0	65	0.93
2641780--2641821	10	4.2	10	84	0	57	57	0	0	42	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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