genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  111  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586783--21587028	123	2.0	122	92	0	411	22	23	16	37	1.93
21590730--21590789	27	2.3	27	83	16	81	46	0	1	51	1.10
21591226--21591265	17	2.4	17	87	8	55	52	10	2	35	1.48
21592696--21592725	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
21593112--21593156	23	2.0	23	86	8	65	28	4	0	66	1.11
21603964--21604041	22	3.6	23	71	20	69	53	2	0	43	1.14
21605144--21605173	16	1.9	15	93	6	51	73	0	0	26	0.84
21605161--21605223	32	2.0	33	84	6	85	52	3	0	44	1.17
21605560--21605603	23	2.0	23	86	13	65	29	4	0	65	1.12
21613148--21613185	14	2.5	15	87	8	51	60	2	0	36	1.11
21614857--21614883	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
21615694--21615721	11	2.5	11	100	0	56	46	10	17	25	1.80
21624723--21624786	30	2.1	30	97	0	119	28	6	7	57	1.51
21634110--21634149	18	2.3	17	91	4	62	35	7	2	55	1.42
21634393--21634427	17	2.1	17	94	0	61	34	0	0	65	0.93
21636204--21636301	50	2.0	50	87	4	144	29	9	12	48	1.71
21636885--21636962	21	3.8	20	81	6	84	17	25	14	42	1.87
21641955--21641992	11	3.5	11	85	0	58	52	2	5	39	1.38
21641930--21642004	22	3.5	22	87	5	100	53	4	5	37	1.43
21641986--21642047	25	2.5	25	76	7	65	53	1	1	43	1.20
21641936--21642013	11	7.7	10	69	18	54	52	2	5	39	1.37
21641955--21642049	22	4.3	22	80	5	84	53	2	3	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642143--21642214	22	3.3	22	82	7	83	47	5	5	41	1.50
21642167--21642214	11	4.4	11	81	0	51	54	6	2	37	1.38
21642263--21642323	22	2.8	22	80	9	63	52	6	4	36	1.49
21642384--21642566	96	1.9	96	93	0	312	48	6	7	38	1.57
21642477--21642570	22	4.4	22	74	12	79	47	7	6	38	1.57
21642477--21642570	42	2.2	44	82	3	111	47	7	6	38	1.57
21642433--21642566	32	4.2	32	66	17	80	47	6	8	37	1.60
21642622--21642679	8	7.8	8	74	14	52	60	0	3	36	1.14
21642589--21642769	22	8.4	21	73	14	102	53	4	7	34	1.50
21642607--21642767	84	1.9	86	83	7	213	53	3	7	35	1.47
21642893--21642989	11	8.8	11	71	4	70	49	7	6	37	1.55
21642893--21642989	44	2.2	44	83	3	124	49	7	6	37	1.55
21642849--21643009	22	7.3	22	75	6	94	48	4	6	39	1.52
21643281--21643783	22	22.9	22	69	9	125	49	5	6	38	1.52
21643281--21643783	44	11.4	44	69	11	217	49	5	6	38	1.52
21643399--21643606	90	2.3	90	78	4	217	49	5	8	36	1.57
21643488--21643730	65	3.7	65	70	9	190	48	5	7	38	1.54
21643757--21643813	30	1.9	30	88	0	87	45	5	7	42	1.53
21644190--21644250	22	2.8	23	78	11	67	63	13	0	22	1.28
21644278--21644360	21	4.0	20	79	14	87	49	14	6	30	1.67
21653068--21653146	24	3.2	26	76	18	71	44	1	2	51	1.23
21653082--21653120	8	4.9	8	83	0	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21657236--21657262	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21666404--21666451	18	2.5	20	76	16	55	39	4	0	56	1.19
21666719--21666757	20	2.0	20	89	0	60	17	5	5	71	1.23
21671577--21671611	5	6.6	5	87	12	52	60	2	0	37	1.12
21675071--21675119	23	2.1	23	85	7	64	44	4	4	46	1.41
21676759--21676797	21	1.9	19	85	10	51	56	0	0	43	0.99
21679010--21679323	159	2.0	159	92	1	522	43	18	14	22	1.87
21680032--21680493	145	3.2	145	77	9	417	40	8	14	37	1.77
21689294--21689330	16	2.2	17	90	4	58	35	5	0	59	1.20
21692967--21693017	13	4.2	12	78	12	50	58	3	7	29	1.44
21692968--21693018	24	2.1	24	82	7	59	56	3	7	31	1.46
21693525--21693594	29	2.4	29	88	4	97	40	1	1	57	1.17
21693618--21693745	30	4.3	29	73	12	107	51	1	5	41	1.34
21694022--21694076	23	2.5	22	82	8	58	5	23	1	69	1.19
21694033--21694076	23	1.9	23	86	9	63	6	22	2	68	1.25
21696240--21696273	13	2.6	13	86	13	52	52	0	0	47	1.00
21702540--21702570	16	1.9	16	93	0	53	58	9	25	6	1.54
21702626--21702695	20	3.0	25	78	20	96	27	52	7	12	1.65
21703911--21703972	28	2.3	27	85	2	88	38	20	20	19	1.93
21704629--21704764	49	2.8	49	84	6	145	46	29	1	22	1.61
21704631--21704690	32	1.9	31	86	10	86	50	31	0	18	1.47
21704640--21704768	18	7.9	16	72	10	73	45	31	1	20	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704656--21704779	49	2.5	49	90	0	185	45	31	1	20	1.61
21704640--21704784	65	2.2	66	79	10	147	45	33	1	20	1.59
21708413--21708453	20	2.1	20	86	4	57	53	2	2	41	1.27
21730244--21730276	17	1.9	17	88	11	50	33	30	12	24	1.91
21734609--21734679	36	2.0	36	94	0	124	42	16	11	29	1.83
21737460--21737499	20	2.0	20	90	0	62	27	12	27	32	1.93
21738063--21738140	29	2.7	29	82	2	104	42	8	10	38	1.70
21739698--21739731	15	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
21741879--21742035	52	3.0	52	80	1	163	44	6	19	29	1.75
21742151--21742225	37	2.0	37	100	0	150	21	2	33	42	1.67
21743837--21743870	16	2.1	16	88	0	50	73	2	5	17	1.16
21745367--21745404	18	2.1	18	90	0	58	36	21	10	31	1.87
21746621--21746689	35	2.0	35	86	8	97	33	8	2	55	1.46
21746635--21746714	35	2.3	34	81	14	92	31	10	5	53	1.55
21751526--21752089	45	11.8	49	78	12	452	40	20	11	27	1.86
21751542--21752089	49	11.5	48	79	11	508	40	20	11	27	1.87
21756166--21756262	32	3.2	32	63	24	82	35	13	9	42	1.76
21755765--21756264	59	8.4	59	84	8	579	34	13	7	45	1.72
21756322--21756393	17	4.1	17	71	15	56	76	2	6	13	1.10
21756330--21756393	11	5.8	11	77	15	53	76	1	7	14	1.07
21757265--21757315	9	5.4	9	79	9	57	80	3	0	15	0.86
21757265--21757315	19	2.7	19	81	0	66	80	3	0	15	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21757265--21757314	15	3.5	15	86	7	70	82	4	0	14	0.82
21757301--21757364	21	3.0	21	74	17	60	62	7	4	25	1.42
21757260--21757340	32	2.8	28	76	14	83	72	4	2	19	1.14
21764920--21764950	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21767366--21767396	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21767738--21767801	2	33.5	2	85	14	91	50	0	1	48	1.10
21768130--21768173	2	21.5	2	90	4	70	52	0	2	45	1.13
21767750--21768439	375	1.8	378	88	4	1074	39	8	13	38	1.75
21767750--21768439	377	1.8	375	89	4	1075	39	8	13	38	1.75
21768597--21768648	21	2.5	21	90	6	79	50	0	0	50	1.00
21768597--21768648	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
21768621--21768681	30	2.0	30	83	0	77	54	1	0	44	1.10
21769139--21769188	4	12.5	4	95	0	55	40	0	10	50	1.36
21769146--21769203	30	1.9	30	100	0	116	34	0	15	50	1.45
21769150--21769203	26	2.1	26	96	0	99	33	0	16	50	1.46
21769156--21769203	4	12.5	4	89	8	64	31	0	18	50	1.48
21771623--21771656	17	1.9	18	88	5	52	52	11	0	35	1.38
21774318--21774366	23	2.2	24	79	17	61	40	0	4	55	1.19
21774332--21774387	21	2.6	21	80	13	60	42	0	3	53	1.18
21775755--21775788	10	3.4	10	87	0	50	67	2	0	29	1.05
21774801--21776276	375	3.9	376	89	3	2097	44	7	8	39	1.63
21780359--21780404	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21781982--21782029	23	2.2	22	88	7	71	18	31	10	39	1.85
21781988--21782034	23	2.0	23	95	0	85	17	29	17	36	1.92
21784617--21784698	38	2.2	37	82	10	96	60	0	1	37	1.04
21788770--21788798	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
21794700--21794724	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
21804988--21805029	21	2.0	20	82	13	50	19	2	7	71	1.20
21808416--21808672	133	1.9	136	89	4	405	48	7	8	35	1.63
21808955--21808983	15	1.9	15	100	0	58	65	0	0	34	0.93
21808978--21809104	50	2.4	52	81	12	145	48	1	1	48	1.20
21809195--21809316	63	2.0	62	88	1	181	37	9	0	51	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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