genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  116  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22434911--22434960	21	2.3	22	83	13	59	28	0	8	64	1.22
22435167--22435217	21	2.6	19	77	14	59	68	3	1	25	1.17
22435256--22435283	9	3.1	9	100	0	56	10	21	35	32	1.88
22436152--22436214	22	3.0	21	86	11	76	80	1	17	0	0.78
22436155--22436213	8	7.4	8	74	14	50	81	1	16	0	0.78
22436155--22436225	21	3.5	20	80	16	74	78	2	16	1	0.94
22436228--22436280	3	17.7	3	96	0	97	66	0	1	32	1.03
22436450--22436853	48	8.3	48	80	8	390	36	20	12	29	1.90
22436450--22436853	147	2.7	148	83	6	475	36	20	12	29	1.90
22445899--22445946	25	1.9	25	82	0	60	33	2	2	62	1.18
22446408--22446438	16	1.9	16	93	0	53	19	0	35	45	1.51
22446469--22446614	16	9.2	16	68	12	77	21	1	31	45	1.60
22446394--22446508	51	2.2	50	80	11	126	16	0	34	47	1.53
22446547--22446610	32	2.0	33	84	9	87	18	3	34	43	1.66
22447870--22447920	23	2.2	23	89	0	75	35	3	43	17	1.68
22448115--22448178	18	3.7	19	70	19	59	46	0	0	53	1.00
22448144--22448177	12	2.8	12	90	0	50	44	0	0	55	0.99
22448315--22448535	110	2.0	110	82	0	271	36	16	21	25	1.94
22448491--22448559	22	3.0	22	89	4	93	33	23	18	24	1.97
22448712--22448779	23	3.0	23	84	4	75	29	22	23	25	1.99
22448449--22448865	221	1.9	219	86	2	593	38	18	20	22	1.93
22448840--22448882	22	2.0	22	90	0	68	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22448801--22448999	110	1.8	109	86	3	292	37	18	20	23	1.94
22448963--22449022	23	2.7	23	86	2	77	30	18	21	30	1.97
22448851--22449155	133	2.3	132	87	1	430	36	17	21	25	1.95
22449258--22449324	23	3.0	23	80	2	82	28	20	22	28	1.99
22449264--22449331	23	3.0	22	80	6	75	26	23	23	26	2.00
22449156--22449596	133	3.3	132	86	3	573	35	19	21	23	1.96
22449414--22449465	23	2.3	22	81	15	61	28	19	23	28	1.98
22448845--22449770	442	2.1	440	85	2	1243	35	18	21	24	1.96
22449533--22449639	22	4.8	23	75	10	98	28	19	24	27	1.99
22449424--22449766	175	2.0	175	82	8	421	33	18	23	24	1.97
22449712--22449764	22	2.4	22	87	0	70	24	18	28	28	1.98
22449732--22449956	120	1.9	120	87	2	335	36	15	15	33	1.88
22450013--22450091	41	1.9	41	92	0	131	27	15	20	36	1.92
22452358--22452383	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
22453297--22453340	21	2.1	21	83	8	54	70	4	0	25	1.06
22454237--22454279	16	2.7	15	82	7	50	81	2	16	0	0.79
22454282--22454319	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
22456258--22456286	13	2.1	14	93	6	51	55	0	37	6	1.27
22456555--22456603	16	3.2	16	80	5	57	65	2	10	22	1.34
22461819--22461883	3	21.7	3	96	0	121	30	0	1	67	1.00
22463534--22463645	46	2.4	45	77	12	120	32	5	16	45	1.70
22463524--22463706	22	8.1	22	71	16	74	31	4	18	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463855--22463900	22	2.1	22	84	4	58	45	6	6	41	1.56
22463869--22463908	20	1.9	21	90	10	64	47	2	5	45	1.38
22463864--22463919	20	2.7	20	78	13	60	42	7	5	44	1.54
22463832--22463967	58	2.3	57	86	3	182	38	6	9	44	1.63
22463843--22463994	58	2.7	58	84	2	155	38	7	9	44	1.64
22464064--22464148	19	4.5	19	70	11	66	23	14	14	48	1.80
22464153--22464215	18	3.5	18	80	6	65	31	12	11	44	1.78
22464170--22464225	18	3.1	17	79	5	58	32	14	7	46	1.71
22465977--22466019	23	1.9	23	90	4	70	11	2	25	60	1.43
22466027--22466096	33	2.1	34	83	2	88	17	0	18	64	1.30
22466180--22466406	117	1.9	117	88	2	339	36	1	10	51	1.47
22467114--22467146	13	2.3	15	90	10	52	57	3	0	39	1.14
22467395--22467446	16	3.2	16	80	2	59	23	1	1	73	1.04
22467395--22467447	22	2.3	24	83	9	74	22	1	1	73	1.03
22471211--22471389	73	2.4	73	86	3	234	25	24	20	29	1.99
22477823--22477863	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
22477933--22477989	15	3.7	15	77	15	55	68	12	0	19	1.20
22477965--22478016	21	2.5	20	84	3	59	73	9	3	13	1.23
22478942--22478973	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
22479821--22480137	102	3.1	99	81	8	334	31	8	17	42	1.80
22482369--22482406	15	2.6	15	87	4	51	63	0	7	28	1.23
22487908--22487946	12	3.2	12	85	7	60	41	23	7	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22488526--22488635	52	2.1	52	83	3	132	41	8	11	38	1.72
22488610--22489334	186	3.9	186	82	5	836	41	10	13	34	1.79
22488615--22489328	372	1.9	372	84	3	963	42	10	13	34	1.78
22490718--22490792	14	5.7	13	76	22	52	17	1	4	77	0.99
22490721--22490784	18	3.5	19	74	20	64	15	1	4	78	1.00
22490740--22490789	9	5.4	9	79	11	57	18	2	4	76	1.04
22490729--22490789	18	3.5	17	84	10	79	16	1	4	77	1.03
22490854--22490902	25	2.0	25	84	8	64	46	4	8	40	1.52
22498301--22498362	9	6.8	9	75	15	56	79	1	14	4	0.98
22498302--22498380	18	4.4	18	73	14	65	81	1	11	6	0.93
22498311--22498387	20	3.7	20	74	16	66	79	2	10	7	1.03
22498301--22498380	9	9.0	8	74	23	54	80	1	12	6	0.96
22498348--22498387	10	3.9	10	87	12	55	80	2	7	10	1.00
22499247--22499302	21	2.7	21	83	5	78	41	8	14	35	1.77
22499710--22499826	42	2.8	42	90	0	171	19	21	15	43	1.87
22499773--22499931	58	2.7	58	86	0	228	22	16	14	45	1.84
22499889--22500066	42	4.2	42	91	0	284	21	19	12	46	1.83
22501045--22501094	21	2.5	20	84	12	66	12	0	6	82	0.85
22511144--22511168	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22515370--22515397	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
22517292--22517323	15	2.1	15	94	0	55	34	9	6	50	1.60
22519860--22519909	15	3.3	15	80	5	64	4	18	4	74	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22525020--22525062	19	2.3	19	84	8	52	30	4	0	65	1.13
22526780--22526824	12	3.6	12	82	8	54	62	2	0	35	1.08
22526927--22526999	21	3.6	21	65	10	53	58	0	8	32	1.27
22529995--22530053	20	2.9	21	80	10	59	61	3	23	11	1.46
22532456--22532546	27	3.2	27	64	17	67	38	15	5	40	1.70
22532398--22532685	59	4.9	59	85	9	385	35	12	8	43	1.73
22532398--22532685	117	2.5	118	87	5	408	35	12	8	43	1.73
22532644--22532730	42	2.2	40	89	6	131	36	12	3	47	1.59
22532585--22532785	100	2.0	100	89	4	307	37	11	5	44	1.66
22532797--22532846	22	2.3	23	89	6	77	76	0	2	22	0.89
22532864--22532904	5	8.2	5	91	8	50	75	0	0	24	0.80
22533656--22533719	20	3.2	19	78	12	65	71	1	4	21	1.12
22533636--22533739	24	4.4	24	76	9	72	72	1	4	21	1.13
22533673--22533736	27	2.3	26	86	7	83	71	1	4	21	1.12
22533683--22533756	23	3.0	25	78	11	73	71	1	4	22	1.10
22534014--22534103	45	2.0	44	87	6	128	41	21	14	23	1.89
22534018--22534438	41	10.1	41	80	5	271	38	19	15	25	1.92
22534064--22534441	83	4.6	81	82	4	330	38	19	15	26	1.92
22536123--22536192	12	5.7	12	85	11	97	2	18	0	78	0.87
22536123--22536192	24	2.8	25	85	12	108	2	18	0	78	0.87
22536123--22536192	25	2.9	25	85	10	101	2	18	0	78	0.87
22540252--22540335	5	16.8	5	82	14	79	79	0	2	17	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22540252--22540338	6	15.0	6	80	16	87	79	0	2	18	0.84
22541242--22541289	17	2.8	17	83	3	60	68	4	8	18	1.31
22541267--22541324	30	1.9	30	82	6	73	72	1	6	18	1.16
22543480--22543546	35	1.9	34	82	11	82	7	5	8	77	1.12
22543721--22543773	22	2.4	22	83	0	61	30	9	26	33	1.88
22544008--22544304	40	7.3	40	71	11	133	37	11	16	34	1.85
22544003--22544237	80	2.9	80	74	12	212	38	11	16	34	1.84
22544198--22544304	41	2.7	40	78	7	110	35	12	15	36	1.85
22544008--22544301	162	1.8	161	81	8	373	37	11	16	34	1.85
22544580--22544604	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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