genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   

This is table  38  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8437050--8437095	21	2.1	21	84	4	56	82	17	0	0	0.67
8437032--8437094	27	2.3	27	86	0	81	76	22	0	1	0.88
8437063--8437096	6	5.7	6	90	10	52	88	11	0	0	0.52
8437033--8437093	13	4.5	13	77	6	68	77	21	0	1	0.86
8449213--8449269	19	2.8	19	78	7	60	24	17	14	43	1.86
8450122--8450230	50	2.2	49	83	1	128	60	5	8	25	1.47
8453155--8453231	1	77.0	1	73	0	55	85	1	6	6	0.78
8453156--8453270	8	13.9	8	75	16	58	80	1	8	8	0.96
8453155--8453219	9	6.9	9	77	22	71	86	1	4	7	0.77
8453156--8453271	19	5.9	19	74	18	96	81	1	8	8	0.96
8453164--8453231	22	3.2	21	84	12	86	85	1	7	5	0.80
8453156--8453271	40	2.9	40	81	8	114	81	1	8	8	0.96
8453164--8453231	21	3.3	20	83	6	82	85	1	7	5	0.80
8453755--8453793	19	2.1	19	90	0	60	56	5	23	15	1.59
8454716--8454909	87	2.2	86	88	2	273	27	14	14	43	1.85
8454720--8454909	43	4.4	43	81	3	220	27	14	14	43	1.84
8455195--8455222	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
8455195--8455236	12	3.4	13	90	3	52	11	2	7	78	1.04
8455335--8455377	16	2.7	15	85	10	50	74	0	6	18	1.04
8456607--8456708	50	2.0	51	84	5	136	57	4	10	26	1.52
8459344--8459375	16	1.9	17	93	6	57	59	9	0	31	1.29
8458949--8460019	362	3.0	359	87	3	1592	32	14	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8463086--8463140	18	3.1	18	81	0	56	27	7	38	27	1.83
8463141--8463189	18	2.7	18	77	3	53	36	2	30	30	1.69
8466056--8466107	24	2.2	24	82	6	61	34	7	17	40	1.78
8467394--8467535	68	2.1	68	94	0	248	45	16	4	33	1.67
8473544--8473577	17	1.9	18	88	5	52	26	0	5	67	1.13
8473580--8473609	14	2.1	14	93	0	51	46	20	10	23	1.80
8482193--8482225	17	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
8482312--8482367	21	2.7	21	81	8	78	35	3	1	58	1.26
8482797--8482833	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
8485291--8485349	29	2.1	28	81	9	66	32	1	5	61	1.28
8485417--8485468	26	1.9	28	84	7	72	32	0	7	59	1.26
8485991--8486029	20	2.0	20	85	10	53	30	7	0	61	1.24
8489532--8489601	36	1.9	36	88	0	104	37	31	4	27	1.76
8489528--8489603	18	4.2	18	72	0	80	35	34	3	26	1.75
8489532--8489614	36	2.4	35	84	6	98	37	31	3	27	1.74
8491387--8491419	10	3.4	10	91	4	50	90	9	0	0	0.44
8492369--8492424	29	1.9	29	82	7	69	53	14	3	28	1.57
8492748--8492802	25	2.2	25	93	0	92	14	29	12	43	1.82
8494291--8494367	9	8.3	9	71	21	61	0	33	3	62	1.14
8495133--8495163	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
8495645--8495690	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
8496115--8496142	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8499524--8499801	129	2.1	129	79	7	294	37	7	9	45	1.65
8499693--8499983	132	2.2	129	80	4	314	36	10	8	44	1.69
8511346--8511370	10	2.5	10	100	0	50	8	20	0	72	1.10
8514658--8514694	13	2.9	13	96	4	67	62	0	0	37	0.96
8515716--8515744	11	2.5	12	88	11	51	62	0	6	31	1.22
8515866--8515911	17	2.7	18	83	10	69	82	4	0	13	0.81
8516527--8516584	24	2.3	27	82	17	79	53	15	5	25	1.63
8517896--8517950	28	1.9	29	81	3	67	32	1	0	65	1.03
8517910--8517942	11	3.2	11	91	8	52	33	0	0	66	0.92
8533327--8533392	2	33.0	2	100	0	132	0	50	0	50	1.00
8534727--8534757	12	2.5	12	94	5	53	35	0	0	64	0.94
8534749--8534774	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8538604--8538634	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
8550836--8550896	31	2.0	31	100	0	122	44	13	0	42	1.43
8559331--8559380	26	1.9	26	88	8	75	64	2	4	30	1.23
8574108--8574142	9	3.8	9	96	3	61	88	0	2	8	0.61
8574922--8574961	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
8574925--8575008	15	5.7	14	77	8	53	61	4	1	32	1.24
8585739--8585850	28	3.9	30	76	13	94	48	1	0	49	1.18
8585828--8585878	21	2.4	22	75	18	63	54	0	0	45	0.99
8586994--8587071	29	2.6	29	85	6	93	47	0	1	51	1.09
8587184--8587208	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8587893--8587930	19	2.0	19	94	0	67	86	0	13	0	0.56
8587893--8587932	9	4.4	9	87	12	64	87	0	12	0	0.54
8589071--8589131	27	2.3	26	83	8	79	34	8	8	49	1.62
8590753--8590813	30	2.0	30	87	6	88	32	0	8	59	1.27
8590769--8590813	20	2.3	19	77	7	54	31	0	6	62	1.21
8591745--8591824	23	3.4	23	86	3	106	56	3	2	37	1.31
8591773--8591815	12	3.6	12	83	0	59	55	4	2	37	1.33
8592482--8592530	26	1.9	26	87	4	73	44	6	0	48	1.27
8592568--8592662	30	3.2	30	78	11	97	52	0	9	37	1.34
8592586--8592725	30	4.8	30	80	11	139	55	1	4	38	1.28
8592669--8592717	23	2.1	23	85	7	64	59	2	2	36	1.21
8606867--8606896	14	2.1	14	93	0	51	46	13	3	36	1.60
8608512--8608576	33	1.9	34	81	9	80	52	0	1	46	1.10
8616036--8616089	26	2.1	26	100	0	108	38	18	14	27	1.90
8619183--8619237	2	28.0	2	85	3	67	45	5	1	47	1.36
8619191--8619241	26	2.0	24	88	7	75	45	9	1	43	1.48
8619582--8619622	14	2.7	16	82	17	52	43	0	4	51	1.23
8619916--8619972	13	4.4	13	75	16	64	59	7	8	24	1.52
8621246--8621280	17	2.1	17	88	0	52	28	2	17	51	1.59
8621400--8621494	34	2.7	34	75	18	88	50	0	0	49	1.00
8621399--8621485	27	3.3	27	74	20	76	49	0	0	50	1.00
8621435--8621502	16	4.5	15	71	10	50	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8621401--8621502	30	3.3	30	73	8	80	49	0	0	50	1.07
8621758--8621783	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8632913--8632951	20	2.0	20	84	0	51	43	2	0	53	1.14
8633383--8633428	19	2.3	20	85	3	58	32	0	4	63	1.14
8633583--8633616	13	2.6	14	86	13	54	29	0	0	70	0.87
8634552--8634586	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
8645357--8645393	11	3.3	11	92	3	56	75	0	0	24	0.80
8646048--8646125	23	3.4	23	75	8	70	41	12	16	29	1.86
8646057--8646147	45	2.0	45	82	4	112	39	14	16	29	1.88
8646243--8646298	22	2.4	24	74	17	64	42	8	14	33	1.77
8647981--8648023	16	2.8	16	89	3	70	0	4	6	88	0.63
8652526--8652720	56	3.6	52	79	10	171	34	7	7	49	1.60
8655141--8655183	22	2.0	22	90	0	68	53	37	6	2	1.41
8657855--8657915	31	1.9	32	83	12	81	67	4	0	27	1.11
8664813--8664846	13	2.6	13	86	13	52	52	0	0	47	1.00
8695067--8695101	17	2.0	18	88	5	54	34	0	0	65	0.93
8698463--8698518	29	1.9	29	82	7	69	46	1	1	50	1.22
8698616--8698655	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
8701120--8701191	22	3.3	22	69	11	76	44	5	8	41	1.58
8701141--8701169	11	2.7	11	94	5	51	48	0	0	51	1.00
8704533--8704615	6	14.3	6	74	14	68	74	0	8	16	1.05
8704533--8704615	34	2.4	34	80	9	98	74	0	8	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8704930--8705012	33	2.5	33	80	3	105	43	10	16	28	1.82
8704984--8705037	26	2.1	26	85	0	72	44	14	16	24	1.85
8705042--8705163	33	3.7	32	72	9	93	39	9	20	30	1.85
8705232--8705332	33	3.1	33	76	9	109	47	11	14	25	1.79
8705381--8705474	33	2.8	33	69	15	77	41	8	20	29	1.82
8704873--8705473	320	1.9	320	95	0	1076	42	10	18	27	1.83
8705486--8705546	32	1.9	32	83	6	79	45	11	24	18	1.82
8705519--8705614	31	3.0	31	73	8	86	47	11	20	19	1.80
8705631--8705777	58	2.5	58	82	4	190	44	11	17	26	1.83
8706161--8706196	14	2.6	15	83	16	51	44	5	22	27	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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