genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  40  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8860929--8861082	42	3.7	42	78	3	139	25	45	7	21	1.78
8860931--8861082	63	2.4	63	74	2	144	25	45	7	21	1.78
8860941--8861055	21	5.5	21	79	4	106	24	46	7	20	1.77
8861091--8861179	21	4.2	21	72	12	58	31	38	11	19	1.87
8863003--8863066	28	2.3	27	84	10	85	34	1	1	62	1.14
8863004--8863076	28	2.6	29	82	10	71	36	4	1	57	1.26
8863131--8863209	29	2.8	28	79	12	72	48	2	8	40	1.48
8863460--8863505	23	2.0	23	100	0	92	39	13	34	13	1.83
8865456--8865485	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8865506--8865530	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
8872642--8872723	23	3.7	21	69	21	51	45	2	2	50	1.28
8887035--8887074	15	2.7	15	92	0	62	30	2	27	40	1.70
8887060--8887111	18	2.8	18	91	2	86	21	5	38	34	1.77
8891618--8891660	18	2.3	19	84	8	52	4	18	0	76	0.95
8896437--8896661	15	15.3	15	67	20	91	55	1	1	41	1.16
8896442--8896675	23	10.1	23	70	20	150	56	1	1	40	1.15
8896455--8896675	18	11.7	18	72	18	146	57	1	1	40	1.16
8896511--8896675	35	4.9	34	70	18	87	60	0	0	39	1.02
8896554--8896623	8	9.2	8	68	22	53	57	0	0	42	0.99
8896552--8896675	41	2.9	43	87	6	148	60	0	0	39	0.97
8896692--8896779	19	4.9	18	69	21	60	46	1	1	51	1.15
8900444--8900478	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8902448--8902523	3	25.3	3	100	0	152	65	0	0	34	0.93
8903815--8903880	33	2.0	33	85	8	89	51	3	13	31	1.56
8903994--8904148	7	23.4	7	68	15	80	19	1	32	45	1.61
8904042--8904115	20	3.8	19	73	10	69	21	1	31	45	1.60
8904073--8904142	27	2.6	28	77	6	74	24	0	28	47	1.52
8904079--8904167	26	3.4	26	80	1	97	19	0	32	48	1.49
8906862--8907128	47	5.7	47	81	8	274	45	14	10	29	1.78
8906862--8907129	94	2.8	93	83	5	315	45	14	11	29	1.79
8909585--8909629	19	2.4	19	88	0	63	37	26	8	26	1.86
8913082--8913142	23	2.7	23	80	9	65	11	6	4	77	1.12
8913093--8913163	27	2.7	27	86	6	92	9	7	5	77	1.12
8913100--8913145	21	2.1	21	92	8	74	8	4	6	80	1.01
8913104--8913151	21	2.2	22	85	3	71	6	2	8	83	0.88
8913678--8913829	25	6.1	26	84	10	169	51	7	11	28	1.65
8913678--8913829	74	2.0	75	83	8	195	51	7	11	28	1.65
8914435--8914525	44	2.0	48	87	8	136	47	9	2	40	1.49
8914932--8915081	7	22.7	7	67	16	70	18	2	33	46	1.60
8914968--8915034	13	5.2	13	76	5	73	16	0	34	49	1.46
8914966--8915039	26	3.0	24	80	11	87	16	0	36	47	1.47
8914961--8915094	6	20.5	6	68	19	65	19	0	32	47	1.55
8915012--8915094	13	6.3	12	75	16	60	21	1	31	45	1.60
8915059--8915160	14	7.6	14	69	18	65	23	0	31	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915165--8915266	53	1.9	53	82	2	125	17	0	31	50	1.53
8915059--8915266	27	7.8	27	73	8	119	20	0	32	46	1.54
8915196--8915262	13	5.2	12	81	10	71	13	1	40	44	1.53
8917588--8917652	20	3.2	20	68	12	53	27	10	15	46	1.79
8917587--8917667	40	2.0	40	83	9	103	25	9	17	46	1.78
8919647--8919686	12	3.3	12	89	0	53	7	10	0	82	0.84
8919682--8919716	7	5.0	7	96	0	61	31	14	0	54	1.40
8919856--8919927	19	3.6	19	78	14	74	33	6	11	48	1.65
8919856--8919998	20	7.7	20	72	19	82	34	6	10	48	1.63
8924742--8924795	22	2.6	20	74	25	58	40	1	0	57	1.09
8924835--8924870	17	2.1	18	90	10	58	63	0	0	36	0.94
8926077--8926174	13	8.1	12	75	13	51	24	4	2	69	1.17
8926065--8926108	23	2.0	21	86	8	61	15	2	2	79	0.93
8926065--8926110	17	2.6	17	80	19	51	17	2	2	78	0.96
8926065--8926132	35	1.9	35	82	5	84	22	2	1	73	1.05
8926237--8926349	26	4.9	25	76	21	90	30	4	1	62	1.25
8926242--8926355	22	5.1	21	76	18	90	30	4	2	62	1.28
8926253--8926355	21	4.6	21	77	14	75	30	4	2	62	1.31
8926301--8926403	42	2.5	40	79	14	104	25	5	2	66	1.28
8926940--8926972	15	2.1	16	88	5	50	48	0	51	0	1.00
8926938--8926975	19	2.1	19	90	5	60	47	0	52	0	1.00
8927346--8927455	56	2.0	56	96	0	202	49	7	10	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927366--8927551	96	1.9	95	88	5	277	49	6	8	35	1.59
8927461--8927642	57	3.2	56	82	6	206	45	5	12	36	1.66
8935508--8935566	22	2.8	20	80	7	64	77	0	11	10	0.98
8935509--8935561	22	2.5	21	84	6	70	83	0	9	7	0.83
8936557--8937230	87	7.8	87	84	5	838	22	14	21	40	1.90
8936557--8937230	44	15.7	43	85	5	846	22	14	21	40	1.90
8938947--8938984	20	1.9	20	94	0	67	36	10	0	52	1.36
8939055--8939109	20	2.8	20	81	10	67	45	14	5	34	1.68
8939888--8939937	20	2.6	20	87	6	68	54	0	0	46	1.00
8939884--8939941	18	3.1	18	78	9	62	50	0	0	50	1.00
8944977--8945001	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
8964932--8964969	7	5.6	7	81	6	51	31	0	0	68	0.90
8964931--8964969	13	2.9	14	92	3	62	33	0	0	66	0.92
8972224--8972286	32	2.0	32	84	6	83	15	4	15	63	1.47
8978858--8979202	172	2.0	173	93	1	595	46	15	10	26	1.79
8980001--8980025	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8983644--8983682	20	1.9	21	84	5	53	41	20	15	23	1.90
8987556--8987621	27	2.3	27	82	12	71	30	4	4	60	1.37
8987565--8987680	42	2.9	41	73	16	100	26	2	6	63	1.32
8988135--8988178	23	1.9	24	90	9	74	25	4	11	59	1.51
8988519--8988558	19	2.2	18	90	4	62	17	2	2	77	0.99
8993640--8993665	8	3.2	8	100	0	52	23	23	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8993678--8993801	55	2.3	55	83	5	144	20	17	17	44	1.87
8993678--8993838	55	2.9	55	80	9	141	19	17	18	45	1.86
8993849--8994168	55	5.8	55	78	4	288	22	20	13	43	1.87
8993849--8994204	110	3.2	107	76	7	322	23	20	12	43	1.86
8995345--8995635	58	4.9	58	82	7	327	36	12	5	45	1.64
8995682--8995735	29	1.9	29	81	7	67	77	11	1	9	1.06
8997679--8997709	13	2.4	13	88	0	53	67	3	6	22	1.28
9006531--9006579	24	2.0	24	88	7	73	55	0	4	40	1.19
9007372--9007425	26	2.1	26	92	0	90	24	24	5	46	1.74
9008015--9008085	35	2.0	35	100	0	142	40	8	25	25	1.83
9009632--9009702	37	1.9	37	85	5	99	42	8	0	49	1.33
9015321--9015373	12	4.6	12	86	9	74	26	1	5	66	1.25
9015326--9015380	22	2.5	22	87	3	74	27	1	3	67	1.17
9015324--9015373	6	8.7	6	80	8	59	28	2	4	66	1.21
9015979--9016008	14	2.1	14	93	0	51	10	0	10	80	0.92
9016546--9016607	22	2.5	26	82	12	78	17	1	3	77	0.98
9016539--9016615	26	2.8	26	79	11	75	16	1	3	77	0.98
9016546--9016620	22	3.2	24	78	15	77	18	1	2	77	0.96
9016539--9016621	29	2.8	29	76	16	82	18	1	3	77	0.99
9016703--9016776	24	3.1	23	86	7	103	32	5	9	52	1.56
9016953--9016993	20	2.1	20	90	4	66	34	4	9	51	1.56
9020894--9020940	21	2.3	20	75	10	51	36	0	12	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9021221--9021440	17	12.9	17	71	3	120	34	10	14	40	1.79
9021222--9021440	85	2.6	85	78	4	199	34	10	14	40	1.80
9021370--9021473	51	2.1	50	80	8	113	31	10	14	43	1.79
9021394--9021469	34	2.3	33	86	2	98	28	11	14	44	1.80
9021308--9021467	85	1.9	85	84	2	214	33	10	13	43	1.78
9021394--9021518	50	2.5	51	80	6	148	28	10	15	45	1.79
9021776--9021854	24	3.4	23	77	8	72	32	2	10	54	1.47
9021776--9021869	23	4.0	24	78	8	77	30	3	11	54	1.52
9021964--9022004	20	2.1	20	95	4	75	29	4	12	53	1.58
9026344--9026400	21	2.7	20	76	10	60	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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