genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  120  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23044617--23044653	17	2.2	17	90	0	56	51	27	0	21	1.48
23044627--23044666	17	2.4	17	87	4	55	50	25	2	22	1.62
23046127--23046158	12	2.4	14	90	10	50	62	6	15	15	1.51
23046392--23046457	26	2.6	27	86	9	95	50	0	1	48	1.10
23046426--23046465	15	2.6	16	84	4	55	50	0	2	47	1.14
23046554--23046684	33	3.9	34	77	13	119	42	0	0	55	1.10
23046562--23046758	44	4.5	42	69	22	115	42	0	2	55	1.15
23046551--23046767	18	12.6	18	69	18	101	41	0	1	56	1.16
23046551--23046705	13	11.9	13	73	19	119	42	0	1	55	1.12
23046627--23046683	23	2.3	25	85	8	73	38	1	1	57	1.19
23046573--23046764	85	2.2	87	81	8	221	40	1	2	56	1.18
23047078--23047111	14	2.4	14	90	0	50	35	0	2	61	1.11
23047108--23047160	18	3.1	18	86	5	65	49	0	0	50	1.00
23057730--23058593	236	3.7	236	89	0	1278	36	15	15	32	1.89
23061935--23062005	36	2.0	35	83	2	88	36	22	12	28	1.91
23064627--23064701	6	12.7	6	74	23	61	21	0	1	77	0.85
23064622--23064709	15	5.9	14	85	14	115	21	0	1	77	0.84
23064621--23064758	37	3.8	36	78	12	133	21	1	2	74	1.00
23064622--23064807	59	3.0	58	75	20	148	24	1	2	70	1.09
23064640--23064801	20	7.9	21	68	22	53	25	1	2	70	1.10
23064623--23064833	14	14.9	14	68	24	81	25	2	3	69	1.16
23064621--23064756	15	9.3	14	75	20	111	21	1	2	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23064623--23064805	29	6.4	29	73	19	86	24	1	2	71	1.09
23064730--23064810	26	3.0	25	77	18	74	29	2	3	64	1.24
23064833--23064900	21	3.2	22	68	15	54	23	7	4	64	1.37
23065437--23065478	15	2.8	16	82	10	52	52	0	47	0	1.00
23065727--23065861	12	11.2	12	66	18	50	22	1	2	73	1.03
23065794--23065861	18	3.7	18	81	14	59	20	2	0	76	0.92
23065803--23065861	6	9.7	6	83	9	66	18	3	0	77	0.90
23065876--23066158	60	4.8	59	82	5	349	41	7	12	38	1.72
23065876--23066158	119	2.4	118	93	4	491	41	7	12	38	1.72
23066151--23066208	30	1.9	30	100	0	116	24	24	6	44	1.77
23072738--23072817	7	10.7	7	78	17	65	81	0	12	6	0.87
23072727--23072817	18	5.3	17	77	10	87	81	0	10	7	0.88
23072737--23072807	15	4.4	15	77	16	70	80	0	12	7	0.90
23072729--23072808	33	2.4	34	78	12	87	80	0	11	8	0.92
23073802--23074223	43	10.0	43	84	4	475	26	15	18	39	1.91
23073810--23074223	127	3.3	126	84	4	485	26	15	18	38	1.91
23073801--23074225	85	5.0	84	84	5	466	26	15	18	39	1.90
23074415--23074488	6	12.3	6	78	18	66	20	0	2	77	0.90
23074410--23074534	22	5.8	21	76	20	116	20	1	3	74	1.04
23074433--23074532	30	3.2	29	75	14	94	21	2	2	75	1.01
23074450--23074588	4	35.5	4	69	17	55	25	2	2	69	1.16
23074428--23074532	37	2.7	38	77	16	101	20	1	2	74	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23074526--23074583	25	2.4	23	78	18	64	31	1	3	63	1.21
23074411--23074577	7	24.3	7	72	22	67	23	1	3	70	1.12
23074623--23074679	17	3.3	18	82	7	73	17	3	5	73	1.16
23075499--23075531	4	8.5	4	86	6	50	24	0	0	75	0.80
23075527--23075563	3	12.0	3	94	5	65	32	0	0	67	0.91
23075622--23076037	58	7.1	58	81	9	458	43	7	11	38	1.69
23075712--23075801	27	3.2	27	67	25	69	41	6	12	40	1.69
23075641--23076037	118	3.4	118	90	4	590	43	7	11	37	1.69
23076811--23076876	34	1.9	34	90	0	105	45	9	10	34	1.70
23078517--23078580	21	3.0	22	74	4	67	37	18	14	29	1.90
23078697--23078740	23	1.9	23	90	0	70	22	18	29	29	1.97
23078743--23078906	86	1.9	87	81	6	199	31	15	21	31	1.95
23078889--23078936	23	2.1	23	84	0	60	29	18	22	29	1.98
23080790--23080833	22	2.0	22	90	4	70	13	9	9	68	1.40
23085012--23085093	35	2.3	35	85	0	119	40	14	13	31	1.85
23086752--23086782	15	2.0	16	93	6	55	25	0	3	70	1.02
23087114--23087174	25	2.4	25	79	12	72	73	1	4	19	1.10
23098895--23098943	24	2.0	24	84	0	62	38	6	8	46	1.58
23099550--23099619	28	2.5	28	88	4	97	37	11	12	38	1.80
23101335--23101395	29	2.3	25	81	15	70	54	0	0	45	1.00
23101640--23101674	14	2.5	14	86	13	54	42	2	0	54	1.15
23102698--23102752	17	3.1	17	81	7	65	80	12	5	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23103964--23104013	17	2.9	17	82	5	57	20	0	10	70	1.16
23106979--23107070	48	1.9	48	93	0	157	30	20	21	27	1.98
23109217--23109268	18	2.9	17	80	11	59	15	3	3	76	1.07
23110208--23110354	4	37.0	4	73	11	115	21	1	6	71	1.15
23110233--23110280	19	2.5	20	80	10	55	18	2	6	72	1.15
23110197--23110354	17	9.2	17	74	11	128	20	2	5	70	1.19
23110306--23110369	29	2.2	28	81	8	74	26	0	4	68	1.09
23110393--23110552	59	2.7	59	85	4	225	43	8	13	35	1.75
23110378--23110561	59	3.1	58	82	4	208	46	8	11	33	1.70
23111166--23111195	11	2.9	10	90	9	51	70	0	3	26	1.03
23112587--23112627	18	2.4	16	88	8	55	24	2	12	60	1.43
23112928--23112973	23	2.0	22	83	4	56	19	8	0	71	1.11
23121000--23121039	10	3.9	10	80	6	53	85	2	7	5	0.83
23127017--23127091	39	2.0	37	84	10	98	80	8	2	9	1.01
23133958--23134015	28	2.1	28	81	12	66	20	1	5	72	1.13
23134553--23135161	321	1.9	321	95	0	1112	38	19	16	25	1.92
23135249--23135377	4	32.2	4	67	18	56	22	1	6	69	1.19
23135297--23135377	24	3.4	24	77	14	80	22	0	7	70	1.12
23135297--23135388	47	2.0	47	80	8	107	23	0	7	68	1.15
23144908--23144935	13	2.2	13	100	0	56	85	7	7	0	0.73
23144912--23144995	16	5.1	16	73	8	71	78	1	9	10	1.02
23144925--23145001	26	3.1	25	85	9	104	76	0	10	12	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23144940--23144979	19	2.2	20	86	13	59	72	0	12	15	1.12
23144925--23145001	25	3.1	24	84	12	111	76	0	10	12	1.02
23146098--23146392	63	4.7	63	81	1	286	27	26	11	34	1.91
23146098--23146436	63	5.4	63	78	5	272	27	25	11	35	1.90
23146097--23146437	189	1.8	189	83	3	454	27	25	11	35	1.91
23151249--23151307	23	2.6	23	83	5	66	79	3	13	3	0.98
23153622--23153832	33	6.5	31	72	9	113	35	19	13	31	1.91
23153594--23153832	31	7.5	30	72	10	127	35	19	13	32	1.90
23153875--23154022	60	2.4	60	82	4	163	29	18	16	35	1.94
23154149--23154329	38	4.9	37	72	7	134	19	18	12	49	1.79
23155430--23155485	18	3.1	17	82	12	58	16	3	3	76	1.06
23156456--23156535	21	3.7	21	78	6	70	22	5	3	68	1.25
23156422--23156550	4	32.0	4	66	12	50	22	3	5	68	1.24
23157755--23157827	30	2.4	29	82	13	85	23	1	28	46	1.60
23157876--23158053	58	3.1	57	77	10	186	16	1	33	48	1.54
23158001--23158040	21	1.9	21	84	0	53	10	0	37	52	1.35
23158027--23158097	29	2.4	29	75	9	81	21	2	33	42	1.67
23158516--23158558	3	14.3	3	85	0	50	34	2	2	60	1.22
23160108--23160250	37	3.9	36	66	20	82	48	15	19	16	1.82
23160060--23160234	74	2.4	71	78	12	169	51	14	18	15	1.76
23160262--23160310	22	2.2	22	92	0	80	30	10	22	36	1.87
23160273--23160335	22	2.9	22	82	0	72	31	11	22	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23160313--23160551	119	2.0	119	83	1	300	32	14	18	34	1.92
23160514--23160730	105	2.1	104	87	0	308	34	13	15	35	1.87
23160647--23160826	80	2.2	80	93	0	297	36	17	15	31	1.91
23160541--23160931	184	2.1	183	85	2	505	36	14	15	33	1.88
23160908--23160984	22	3.5	21	78	5	64	35	12	18	33	1.89
23160726--23160955	104	2.2	103	81	2	300	37	15	15	31	1.88
23160923--23160997	22	3.4	22	80	7	80	34	13	20	32	1.91
23161596--23161735	41	3.5	40	77	11	133	35	13	18	32	1.90
23163161--23163205	13	3.7	12	82	11	56	2	13	2	82	0.86
23163159--23163205	24	1.9	25	91	4	78	2	12	2	82	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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