genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  35  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7864589--7864669	31	2.6	31	84	9	94	44	11	13	30	1.79
7865355--7865501	44	3.3	43	84	4	186	47	16	10	25	1.79
7865736--7865776	16	2.5	16	88	11	57	34	9	21	34	1.87
7866485--7866536	24	2.2	24	86	10	72	5	11	1	80	0.96
7868594--7868618	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
7869649--7869698	22	2.3	22	79	6	57	44	12	4	40	1.60
7874528--7874577	26	1.9	26	91	0	82	64	4	4	28	1.30
7875769--7875843	8	9.5	8	76	15	50	26	0	21	52	1.47
7875805--7875865	16	3.7	16	82	4	59	21	0	29	49	1.50
7875856--7875921	20	3.1	21	68	14	55	19	0	30	50	1.48
7875898--7875972	39	1.9	39	88	0	114	22	1	30	45	1.61
7876048--7876147	29	3.5	29	77	2	103	22	2	28	48	1.62
7876072--7876116	14	3.2	14	83	0	54	15	2	28	53	1.54
7875997--7876149	57	2.7	57	82	3	155	22	2	28	46	1.65
7876193--7876226	14	2.4	14	90	0	50	17	2	26	52	1.58
7876106--7876233	64	2.0	64	84	7	170	25	3	23	47	1.66
7876534--7876562	10	2.7	11	89	10	51	24	0	0	75	0.80
7876600--7876645	3	15.0	3	84	8	58	28	0	4	67	1.10
7876717--7876755	10	4.0	10	83	3	53	28	2	2	66	1.18
7880910--7881018	56	1.9	56	85	3	148	43	2	8	45	1.48
7881007--7881057	21	2.4	21	93	0	84	56	0	5	37	1.23
7881007--7881067	21	2.9	21	85	4	70	57	1	4	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881585--7881619	16	2.2	16	90	10	54	28	0	8	62	1.24
7887603--7887647	13	3.2	14	81	9	56	55	0	2	42	1.12
7887603--7887658	28	2.0	27	86	3	76	55	0	1	42	1.10
7888984--7889025	19	2.2	20	86	4	59	45	11	0	42	1.41
7889104--7889138	14	2.3	16	80	19	56	42	0	0	57	0.99
7889108--7889138	14	2.2	14	100	0	62	45	0	0	54	0.99
7889906--7889941	16	2.2	17	90	5	56	41	2	2	52	1.30
7892024--7892072	23	2.3	21	86	10	64	46	4	2	46	1.33
7892061--7892132	29	2.5	27	82	10	81	55	2	6	34	1.41
7892190--7892571	188	2.0	188	98	1	739	42	15	12	30	1.84
7901613--7901650	16	2.2	18	90	9	62	71	0	0	28	0.87
7905255--7905464	66	3.2	67	81	4	194	43	13	23	19	1.87
7905255--7905501	132	1.9	132	80	6	295	43	14	22	19	1.87
7905323--7905499	66	2.7	66	85	5	241	44	15	23	17	1.86
7908194--7908234	19	2.2	18	91	4	64	12	2	2	82	0.86
7908212--7908250	16	2.6	14	88	8	51	15	2	5	76	1.06
7908206--7908274	19	3.8	18	77	11	70	17	1	4	76	1.02
7908339--7908377	15	2.8	13	82	14	51	79	0	0	20	0.73
7912290--7912326	19	2.0	18	89	5	56	67	5	13	13	1.39
7912293--7912334	18	2.5	16	78	21	50	73	4	11	9	1.22
7915555--7915627	35	2.1	34	84	2	92	15	1	5	78	1.00
7915557--7915627	19	3.5	20	76	22	69	15	1	5	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7927602--7927643	20	2.2	20	87	12	61	73	2	9	14	1.18
7929356--7929426	34	2.1	34	81	0	79	35	19	11	33	1.88
7934248--7934302	28	2.0	28	85	0	74	45	14	7	32	1.72
7936991--7937018	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
7937072--7937137	18	3.6	18	75	6	62	74	7	1	16	1.12
7938062--7938098	17	2.2	17	90	4	58	72	5	2	18	1.15
7938243--7938273	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
7938538--7938619	34	2.4	35	83	6	105	34	10	13	41	1.79
7938562--7938619	17	3.5	17	78	2	73	36	8	13	41	1.76
7938642--7938680	18	2.3	17	86	8	53	38	15	12	33	1.85
7939013--7939067	20	2.7	21	86	5	69	40	12	9	38	1.75
7939037--7939075	20	2.0	20	94	0	69	33	10	12	43	1.77
7938946--7939140	86	2.3	86	80	3	205	39	12	9	38	1.76
7939033--7939182	65	2.3	64	80	5	160	39	12	9	39	1.75
7940509--7940621	8	14.5	8	79	11	101	12	11	0	75	1.10
7940508--7940613	31	3.4	31	80	14	96	12	13	0	73	1.15
7940524--7940603	23	3.4	23	83	13	101	15	11	1	72	1.18
7940581--7940626	7	6.3	7	82	7	56	13	4	2	80	0.95
7944960--7945031	18	3.9	18	75	7	65	73	9	1	15	1.15
7947035--7947060	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
7950605--7950645	16	2.5	17	80	11	50	39	0	58	2	1.11
7956832--7956881	25	2.0	24	85	11	66	36	2	10	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7956867--7956912	15	3.1	15	77	0	56	32	0	2	65	1.05
7956898--7956955	24	2.4	24	77	8	64	39	0	5	55	1.22
7956955--7957029	24	3.1	24	84	5	89	48	0	0	52	1.00
7956946--7957029	23	3.6	23	80	13	82	47	0	0	52	1.00
7956967--7957029	24	2.7	23	95	5	108	44	0	0	55	0.99
7965852--7965886	2	17.5	2	93	0	61	0	51	0	48	1.00
7974661--7974703	21	2.1	20	87	12	61	48	0	18	32	1.48
7983070--7983130	21	2.9	21	87	0	86	34	4	6	54	1.48
7983371--7983414	22	2.0	22	100	0	88	45	4	4	45	1.44
7985563--7985608	20	2.2	21	84	3	58	32	2	6	58	1.36
7985558--7985662	21	5.0	21	72	9	81	33	3	6	56	1.44
7985796--7986201	21	19.3	21	70	12	142	38	6	8	47	1.59
7985823--7986004	63	2.9	64	79	9	180	40	6	7	45	1.58
7986152--7986201	10	4.7	11	73	9	50	34	2	10	54	1.45
7987723--7988275	275	2.0	275	93	0	953	26	13	14	44	1.83
7988693--7988717	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
7991585--7991616	17	1.9	16	93	6	55	71	6	3	18	1.20
7992067--7992106	21	1.9	22	85	10	57	80	2	12	5	0.98
7994017--7994054	17	2.2	17	86	9	51	76	5	0	18	0.97
7997014--7997086	36	2.0	35	85	15	96	38	2	1	57	1.22
8011948--8012082	62	2.2	62	94	0	234	22	17	10	49	1.76
8022048--8022072	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8022327--8022372	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
8029611--8029655	22	2.0	22	82	0	54	24	4	0	71	1.05
8029641--8029689	21	2.5	21	87	9	68	38	0	4	57	1.18
8031418--8031504	30	3.0	29	76	5	95	40	5	18	35	1.75
8031425--8031550	29	4.3	30	77	6	80	45	6	11	36	1.67
8033874--8033911	19	2.1	19	90	5	60	39	7	13	39	1.73
8040576--8040634	18	3.3	19	86	9	79	84	0	1	13	0.69
8040563--8040634	26	2.9	24	78	17	67	81	2	1	13	0.86
8040574--8040634	8	7.6	8	75	12	54	85	0	1	13	0.68
8049506--8049566	31	2.0	30	87	3	86	50	4	0	44	1.23
8049655--8049696	13	3.2	13	82	3	57	59	0	0	40	0.97
8049643--8049724	17	4.6	18	72	14	62	56	0	0	43	0.99
8050616--8050640	8	3.1	8	100	0	50	0	52	0	48	1.00
8057445--8057472	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
8064216--8064332	59	2.0	60	84	1	155	36	6	11	44	1.68
8066910--8067028	34	3.5	34	82	0	130	34	13	14	37	1.85
8066883--8067027	68	2.1	68	83	0	173	35	14	13	36	1.86
8068443--8068494	14	3.6	14	80	10	59	69	1	0	28	0.99
8071181--8071212	3	10.7	3	93	0	55	37	0	28	34	1.57
8071178--8071212	12	2.9	12	95	0	61	40	0	25	34	1.56
8072258--8072297	20	2.1	19	86	9	55	37	0	5	57	1.21
8072667--8072714	20	2.4	19	86	6	60	72	2	6	18	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8071402--8073277	964	1.9	969	84	6	2468	46	9	7	36	1.65
8073277--8073343	27	2.5	27	90	0	107	49	10	1	38	1.46
8076524--8076573	26	2.0	25	88	4	73	44	0	6	50	1.26
8076599--8076649	26	1.9	27	88	4	77	58	1	0	39	1.09
8076610--8076650	19	2.2	19	86	8	57	60	2	0	36	1.10
8076672--8076737	22	3.1	21	74	12	64	50	1	0	48	1.10
8077131--8077167	20	2.0	20	89	10	60	48	0	0	51	1.00
8077703--8077737	18	1.9	18	88	0	52	34	8	2	54	1.46
8079846--8080475	217	3.0	207	85	6	852	37	14	8	39	1.77
8081850--8082387	59	9.1	58	77	14	410	36	10	4	48	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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