genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  125  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24145971--24146066	22	4.4	22	77	2	95	33	6	5	55	1.47
24146166--24146227	22	2.8	22	80	0	70	37	11	3	48	1.55
24146213--24146289	20	3.8	21	78	13	81	35	6	10	48	1.63
24149695--24149729	18	1.9	18	94	0	61	60	5	8	25	1.49
24150564--24150593	16	1.9	15	93	6	51	43	16	13	26	1.85
24151778--24151812	18	1.9	18	94	0	61	57	0	11	31	1.34
24157700--24157763	30	2.1	30	85	8	85	45	1	0	53	1.10
24161966--24162024	29	2.0	29	90	0	91	37	11	20	30	1.89
24165365--24165424	31	2.0	31	86	3	86	46	1	8	43	1.43
24167852--24167917	22	3.1	21	80	10	73	60	0	1	37	1.06
24174275--24174408	67	2.0	67	100	0	268	37	20	10	31	1.87
24178096--24178133	2	19.5	2	89	5	60	47	0	2	50	1.15
24192784--24192816	16	2.1	16	94	0	57	48	12	0	39	1.40
24193329--24193361	16	2.1	16	94	0	57	45	6	6	42	1.53
24193906--24193955	6	8.2	6	80	4	55	52	0	0	48	1.00
24193906--24193965	25	2.4	25	88	2	86	53	1	1	43	1.20
24193882--24193950	28	2.5	28	78	0	75	53	0	0	46	1.00
24194344--24194392	2	26.0	2	82	12	59	55	0	2	42	1.11
24194510--24194568	27	2.1	29	85	14	81	49	3	0	47	1.18
24195927--24195965	16	2.4	16	83	8	53	46	7	2	43	1.46
24198236--24198279	22	2.0	22	100	0	88	22	9	9	59	1.56
24204704--24204729	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24207444--24207468	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
24219344--24219383	20	2.0	20	100	0	80	40	5	10	45	1.60
24219409--24219474	21	3.0	21	79	12	62	36	1	1	60	1.15
24219394--24219478	14	5.9	14	70	20	50	31	1	2	64	1.13
24220454--24220520	27	2.7	23	77	20	71	58	0	1	40	1.07
24220462--24220517	27	2.1	27	89	0	85	58	0	1	39	1.08
24223234--24223509	140	2.0	140	82	4	333	35	10	21	32	1.87
24224088--24224150	29	2.2	28	85	2	90	55	6	9	28	1.56
24232090--24232122	2	16.5	2	93	0	57	54	45	0	0	0.99
24232242--24232277	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
24235213--24235244	6	5.7	6	92	7	50	84	0	0	15	0.63
24235462--24235492	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
24236303--24236340	18	2.1	18	95	0	67	39	0	0	60	0.97
24237259--24237312	20	2.6	22	72	19	53	37	5	0	57	1.22
24238004--24238034	12	2.6	12	94	0	53	25	0	0	74	0.82
24239456--24239497	15	2.7	16	81	7	50	73	0	0	26	0.83
24239457--24239482	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24245553--24245585	17	1.9	17	93	0	57	12	9	6	72	1.26
24255917--24255995	38	2.1	38	97	0	149	35	15	15	34	1.89
24261002--24261043	16	2.5	17	84	7	59	66	2	2	28	1.16
24270814--24270838	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
24271061--24271128	31	2.2	31	91	0	109	38	17	2	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24272608--24272664	26	2.2	24	87	9	78	52	3	5	38	1.41
24274985--24275039	14	3.7	15	73	9	51	43	0	0	56	0.99
24282819--24282861	12	3.1	14	77	16	54	46	0	2	51	1.13
24285851--24285914	32	2.0	32	90	0	101	21	15	20	42	1.89
24291183--24291255	29	2.4	29	86	8	94	50	0	1	47	1.09
24291485--24291514	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
24297998--24298036	16	2.5	16	83	4	53	46	2	0	51	1.14
24298257--24298316	26	2.4	26	86	5	79	48	0	3	48	1.18
24299126--24299235	42	2.6	42	77	14	111	60	19	16	3	1.49
24299195--24299229	12	2.9	12	95	0	61	62	20	17	0	1.32
24301086--24301124	13	3.0	13	100	0	78	38	7	15	38	1.76
24304358--24304433	27	2.9	27	75	5	77	63	3	0	32	1.13
24304672--24304697	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24307870--24308151	60	4.8	59	84	4	345	35	9	4	50	1.56
24307870--24308151	119	2.4	118	82	2	361	35	9	4	50	1.56
24308071--24308112	15	2.9	14	86	10	50	30	4	4	59	1.39
24308036--24308360	105	3.0	105	81	13	310	36	9	4	49	1.55
24308130--24308439	60	5.3	60	80	12	324	35	10	3	49	1.56
24307968--24308438	163	2.8	160	82	8	491	35	10	4	50	1.55
24308143--24308442	59	5.1	58	80	11	328	35	10	4	49	1.56
24308307--24308638	69	4.9	67	77	14	321	37	9	3	49	1.52
24308378--24308652	69	3.9	70	83	6	337	39	9	3	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24309094--24309132	19	2.0	20	90	5	62	35	10	15	38	1.81
24309536--24309567	4	8.0	4	92	0	55	21	0	0	78	0.76
24309877--24311025	86	13.4	85	71	9	311	47	12	16	23	1.81
24310067--24311097	172	6.0	171	75	5	717	47	12	16	23	1.81
24310088--24310963	340	2.6	343	80	4	856	47	12	16	22	1.81
24310096--24311097	86	11.7	86	74	5	571	47	12	16	23	1.81
24311883--24312055	59	2.9	59	82	3	206	19	13	9	56	1.65
24322613--24322849	58	4.0	60	80	10	265	35	8	3	52	1.50
24322622--24322841	56	3.8	57	82	10	241	35	8	3	51	1.50
24322846--24323275	60	7.1	60	73	13	326	35	9	5	49	1.58
24322747--24322946	103	2.0	99	86	5	276	37	11	4	47	1.58
24323068--24323415	71	5.1	71	77	12	306	35	7	5	51	1.53
24323003--24323344	129	2.6	130	85	3	438	34	7	5	51	1.54
24323137--24323421	70	4.5	60	75	15	218	35	8	5	50	1.55
24323196--24323406	70	3.0	68	81	9	264	34	8	6	50	1.58
24328706--24328874	83	2.0	83	98	0	329	34	18	5	40	1.75
24332504--24332529	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
24334438--24334464	12	2.2	12	100	0	54	25	40	7	25	1.82
24334513--24334571	25	2.2	27	82	8	68	32	13	1	52	1.50
24336271--24336297	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24351871--24351896	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24352599--24352741	18	7.6	18	69	23	75	52	0	1	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24352604--24352726	23	5.2	24	76	12	114	51	0	0	47	1.12
24352638--24352722	15	5.6	15	76	14	77	55	1	1	42	1.15
24352839--24352870	16	1.9	17	93	6	57	56	6	0	37	1.25
24352837--24352904	26	2.7	26	79	2	84	47	2	0	50	1.16
24353016--24353055	14	2.9	14	88	3	55	40	2	0	57	1.12
24353021--24353057	14	2.6	14	91	0	56	35	2	0	62	1.10
24356364--24356457	29	3.1	31	81	10	104	64	4	1	29	1.19
24358899--24358943	22	2.0	23	86	4	65	44	2	0	53	1.13
24358906--24358960	18	3.2	18	72	15	53	49	0	1	49	1.11
24369034--24369091	25	2.3	25	79	8	64	51	0	0	48	1.00
24369049--24369094	20	2.2	22	84	7	60	58	0	0	41	0.98
24370288--24370357	30	2.5	29	82	13	76	54	0	1	44	1.09
24374111--24374137	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24378452--24378490	14	2.6	16	84	12	55	48	0	2	48	1.15
24381048--24381089	21	2.0	22	90	9	70	42	7	0	50	1.30
24384573--24384627	13	4.4	12	80	15	67	58	0	0	41	0.98
24384577--24384653	24	3.3	24	71	23	67	54	0	1	44	1.08
24384937--24384970	18	2.0	17	88	11	52	55	0	5	38	1.24
24384937--24384971	17	2.0	18	94	5	63	57	0	5	37	1.23
24385951--24386005	16	3.4	16	75	14	60	47	0	1	50	1.11
24385939--24386015	32	2.5	30	87	10	104	44	1	1	53	1.17
24385974--24386042	27	2.6	24	74	17	57	47	2	4	44	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24386083--24386142	29	2.1	29	83	0	75	31	0	1	66	1.01
24386095--24386150	15	3.8	15	81	13	71	35	0	0	64	0.94
24386444--24386490	16	2.8	17	80	6	51	61	0	4	34	1.15
24387057--24387089	7	4.7	7	85	14	50	27	0	3	69	1.03
24387160--24387192	14	2.3	15	90	10	52	72	0	6	21	1.05
24387248--24387285	15	2.5	15	86	0	58	44	2	2	50	1.30
24387309--24387518	21	10.6	21	66	24	93	50	1	0	47	1.18
24387270--24387473	51	4.1	51	71	17	142	48	1	0	49	1.19
24387296--24387519	16	13.8	16	65	23	69	49	2	0	47	1.20
24387426--24387520	38	2.5	37	86	5	129	48	1	0	50	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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