genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  36  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8081851--8082365	118	4.3	115	77	15	476	35	10	4	48	1.59
8082032--8082167	67	2.0	67	85	8	186	36	13	2	48	1.54
8081892--8082344	244	1.9	243	82	10	586	36	10	4	48	1.58
8082393--8082418	9	2.9	9	100	0	52	92	0	0	7	0.39
8083467--8083828	44	8.2	44	82	5	394	45	18	12	24	1.83
8083468--8083828	89	4.1	86	82	6	386	45	18	12	24	1.83
8083468--8083828	175	2.1	174	83	6	442	45	18	12	24	1.83
8095319--8095981	59	11.2	58	80	8	667	37	11	4	46	1.60
8095319--8095968	120	5.4	119	86	4	792	36	11	4	47	1.61
8096437--8096475	19	2.0	20	90	5	62	20	15	25	38	1.92
8100251--8100335	41	2.1	41	88	0	125	34	7	18	40	1.78
8100416--8100662	105	2.4	105	82	4	293	37	17	12	32	1.88
8100543--8100588	22	2.1	21	88	4	65	39	19	13	28	1.89
8100664--8100710	22	2.1	22	92	0	76	31	17	21	29	1.96
8100551--8100789	127	1.9	127	88	1	363	34	19	15	29	1.93
8100707--8100864	83	1.9	83	87	5	230	36	20	11	32	1.88
8100781--8101275	209	2.4	210	81	4	570	34	16	14	34	1.89
8100779--8101304	105	5.0	105	81	1	545	33	15	14	35	1.89
8101285--8101343	22	2.7	21	78	5	64	37	10	22	30	1.87
8101867--8101898	15	2.1	15	94	0	55	43	12	21	21	1.86
8101876--8102084	86	2.4	85	81	5	233	32	10	21	35	1.87
8102080--8102109	15	2.0	15	93	0	51	36	13	30	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8102122--8102216	46	2.0	47	87	2	138	36	18	16	27	1.93
8103506--8103873	125	2.9	123	79	9	332	19	17	6	55	1.63
8111859--8111889	16	2.0	16	93	6	55	0	0	9	90	0.46
8120235--8120480	92	2.7	91	77	6	244	38	14	10	36	1.80
8120227--8120475	46	5.4	45	74	8	171	37	14	10	36	1.82
8120507--8120698	99	1.9	101	82	8	241	35	14	15	34	1.87
8121191--8121245	24	2.3	24	83	0	65	41	20	16	21	1.90
8121592--8121707	31	3.8	31	78	4	128	34	16	15	33	1.90
8121655--8121739	31	2.7	31	79	0	98	31	17	14	36	1.90
8133364--8133400	14	2.6	14	82	0	56	32	0	0	67	0.91
8134507--8134552	22	2.0	24	84	16	62	41	10	6	41	1.66
8140259--8140300	18	2.3	18	88	8	59	30	14	28	26	1.95
8144883--8144929	21	2.3	20	82	10	51	48	0	4	46	1.21
8145261--8145289	14	2.0	15	93	6	51	89	0	10	0	0.48
8145851--8145889	15	2.5	16	79	4	53	69	2	25	2	1.14
8147801--8147847	22	2.2	22	85	7	62	4	31	0	63	1.13
8148231--8148287	23	2.5	24	83	8	66	31	1	3	63	1.22
8148648--8148707	28	2.1	29	81	9	70	35	0	16	48	1.47
8148677--8148711	17	2.0	18	88	5	54	37	0	20	42	1.52
8150616--8150655	18	2.2	18	86	0	53	12	2	2	82	0.87
8150615--8150684	31	2.3	31	80	9	81	17	1	4	77	1.01
8150660--8150829	4	41.5	4	66	16	55	25	3	4	65	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150624--8150681	20	2.9	19	71	19	55	17	1	5	75	1.06
8150766--8150846	21	3.9	21	74	16	62	25	3	2	67	1.19
8150861--8150906	20	2.3	20	92	0	74	13	8	6	71	1.29
8150856--8150907	20	2.5	21	84	9	70	11	9	5	73	1.25
8151817--8151894	17	5.0	16	75	18	76	15	8	1	74	1.13
8151818--8151894	5	15.0	5	71	22	54	15	7	1	75	1.09
8151906--8151936	16	1.9	16	100	0	62	58	9	0	32	1.31
8151908--8152196	57	4.9	58	86	6	343	45	7	11	35	1.69
8151908--8152195	117	2.5	115	82	9	327	45	7	11	35	1.69
8152406--8154016	403	4.0	403	97	1	3064	30	19	19	31	1.96
8152406--8154016	801	2.0	805	97	1	3062	30	19	19	31	1.96
8155724--8155811	37	2.4	37	88	5	126	80	0	12	6	0.89
8155724--8155815	24	3.8	25	80	13	95	79	0	14	6	0.92
8157530--8158049	42	12.4	41	80	9	432	26	15	18	39	1.91
8157609--8158012	42	9.7	42	84	5	482	26	15	18	39	1.91
8157609--8158012	125	3.2	123	87	5	544	26	15	18	39	1.91
8158347--8158418	30	2.2	32	83	11	85	26	8	0	65	1.21
8158330--8158420	17	5.2	16	73	19	58	25	7	0	67	1.17
8159313--8159377	5	12.8	5	81	18	73	16	4	0	78	0.91
8159314--8159367	21	2.5	22	82	14	76	16	5	0	77	0.94
8159373--8159605	59	4.1	56	80	11	235	43	6	12	37	1.67
8161888--8161915	5	5.6	5	100	0	56	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8164430--8164477	21	2.2	22	85	10	64	52	0	2	45	1.12
8166517--8166555	18	2.3	18	86	8	55	38	0	2	58	1.12
8168564--8168598	13	2.8	13	91	4	54	54	25	11	8	1.64
8168711--8168890	50	3.7	50	73	11	149	40	20	10	29	1.85
8168935--8168988	26	2.1	26	82	0	63	40	16	7	35	1.77
8171800--8171847	24	2.0	23	84	11	62	35	4	12	47	1.60
8171998--8172098	17	6.0	17	74	10	73	39	15	8	35	1.79
8171998--8172102	34	3.1	34	83	0	111	39	16	8	36	1.79
8172012--8172102	17	5.4	17	75	0	74	41	16	8	32	1.79
8172097--8172169	36	2.1	34	82	5	83	32	10	10	45	1.74
8172252--8172329	22	3.7	21	75	10	61	32	8	12	46	1.73
8173640--8173705	8	8.1	8	75	9	53	16	4	1	77	1.01
8173901--8173964	3	21.3	3	96	0	119	67	0	1	31	1.00
8174157--8174239	39	2.1	40	82	6	98	49	7	4	38	1.52
8175339--8175380	14	2.9	14	86	10	50	57	9	2	30	1.44
8178387--8178427	21	1.9	22	85	14	59	26	19	9	43	1.82
8179676--8179723	17	2.9	16	81	6	60	41	4	10	43	1.58
8185507--8185560	22	2.6	22	83	13	62	50	9	0	40	1.35
8185549--8185642	19	4.8	18	72	19	64	48	8	1	41	1.40
8185701--8185770	18	3.7	18	83	11	86	55	5	2	35	1.38
8185940--8185988	21	2.3	21	82	0	53	38	6	6	48	1.53
8185975--8186021	20	2.4	19	79	10	58	38	2	4	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8186031--8186073	21	2.1	21	91	4	70	18	0	13	67	1.23
8186104--8186128	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8186093--8186144	21	2.4	22	70	3	52	32	1	3	61	1.25
8191645--8191687	11	3.7	11	87	6	50	9	4	6	79	1.06
8192482--8192535	20	2.8	20	75	8	58	35	0	1	62	1.06
8192522--8192592	29	2.4	31	79	15	78	43	0	2	53	1.15
8192950--8193002	24	2.2	24	89	0	79	13	7	1	77	1.06
8194556--8194591	19	2.0	19	89	10	58	30	0	2	66	1.06
8195045--8195086	15	2.8	15	85	7	50	11	21	0	66	1.23
8195712--8195741	7	4.3	7	95	0	51	46	0	10	43	1.37
8196328--8196418	45	2.0	45	91	4	148	57	1	1	40	1.13
8196360--8196403	20	2.2	21	88	11	67	56	0	0	43	0.99
8196710--8196753	17	2.6	18	82	7	56	70	0	6	22	1.11
8216388--8216444	24	2.4	24	90	0	87	17	15	36	29	1.91
8216388--8216452	24	2.7	23	80	17	78	16	16	35	30	1.92
8221772--8222252	102	4.7	102	91	1	741	18	22	34	24	1.96
8226406--8226453	15	3.3	13	83	16	51	31	2	0	66	1.03
8226397--8226453	29	2.0	29	83	13	73	31	3	0	64	1.10
8226708--8226823	61	1.9	61	82	3	144	31	6	12	50	1.66
8229388--8229416	13	2.1	14	93	6	51	20	0	6	72	1.07
8231158--8231211	17	3.4	16	77	10	65	16	22	0	61	1.35
8238686--8238737	3	17.7	3	96	4	97	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8248860--8248942	27	2.8	30	75	14	100	30	13	21	34	1.92
8253265--8253302	13	2.6	15	88	12	53	55	0	0	44	0.99
8253469--8253517	19	2.6	19	96	0	89	63	4	0	32	1.13
8253508--8253599	47	2.0	46	87	10	134	51	5	3	40	1.41
8255087--8255171	45	2.0	41	82	11	100	31	23	18	25	1.97
8255152--8255185	16	2.1	16	94	0	59	32	17	14	35	1.91
8256417--8256442	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8256654--8256683	3	10.0	3	92	0	51	36	0	0	63	0.95
8258122--8258246	47	2.7	47	77	7	121	53	4	2	39	1.35
8258152--8258243	47	2.0	46	87	10	134	51	5	3	40	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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