genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   

This is table  75  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777988--14778167	86	2.1	85	87	1	261	36	12	17	33	1.87
14777988--14778204	85	2.5	86	81	2	204	36	12	17	33	1.88
14778180--14778221	19	2.3	19	87	4	59	50	11	9	28	1.70
14778234--14778278	17	2.6	17	82	0	54	44	11	15	28	1.81
14778252--14778356	36	2.9	36	86	0	111	46	10	14	28	1.77
14778272--14778333	19	3.4	19	75	8	74	50	11	11	27	1.72
14778282--14778337	17	3.2	17	73	9	58	46	10	10	32	1.73
14778534--14778658	45	2.9	43	80	4	133	39	8	16	36	1.79
14779664--14779730	9	6.9	9	78	21	55	2	7	5	83	0.89
14779656--14779700	20	2.2	21	84	11	58	0	13	4	82	0.82
14779656--14779740	13	6.1	13	75	11	53	3	9	4	82	0.93
14780012--14780069	19	3.1	18	83	14	64	1	20	0	77	0.86
14780013--14780069	20	2.7	20	86	10	69	1	21	0	77	0.86
14780023--14780077	26	2.2	25	90	6	85	0	20	0	80	0.72
14780018--14780082	20	3.4	18	78	19	62	1	21	0	76	0.86
14783989--14784037	21	2.4	21	78	21	59	53	12	6	28	1.62
14783994--14784045	23	2.2	24	80	12	65	59	9	3	26	1.46
14791908--14791942	18	2.0	18	88	5	54	40	22	2	34	1.69
14795423--14795458	11	3.0	13	84	15	51	8	13	8	69	1.36
14803825--14803865	19	2.2	19	86	8	57	48	21	12	17	1.79
14814139--14814184	13	3.3	13	80	14	56	23	23	6	45	1.76
14815896--14815951	23	2.3	23	81	12	58	75	1	19	3	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14816202--14816227	8	3.2	8	100	0	52	88	0	11	0	0.52
14817248--14817305	29	2.0	29	83	10	73	51	3	1	43	1.28
14822020--14822044	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
14822856--14822947	36	2.6	36	85	0	121	30	1	27	41	1.63
14822861--14822971	36	3.1	36	79	5	116	33	2	25	38	1.70
14823988--14824030	15	2.9	15	75	3	52	41	0	9	48	1.35
14828936--14829024	11	8.4	11	83	13	107	47	15	1	35	1.53
14828937--14829005	5	13.0	5	81	15	68	47	15	0	36	1.46
14828940--14829024	27	3.1	27	88	6	120	47	15	1	36	1.53
14828942--14829006	16	4.0	16	82	9	87	49	13	0	36	1.43
14829000--14829029	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
14829061--14829111	22	2.2	24	86	6	70	21	7	1	68	1.25
14829074--14829117	18	2.4	18	76	0	52	20	4	2	72	1.13
14833507--14833560	17	3.2	18	82	15	62	68	0	20	11	1.19
14833507--14833574	33	2.2	30	84	7	91	72	0	17	10	1.12
14833507--14833574	9	8.6	8	74	19	63	72	0	17	10	1.12
14833550--14833574	13	1.9	13	100	0	50	84	0	8	8	0.79
14834017--14834172	75	2.1	75	97	0	294	47	8	20	23	1.78
14834242--14834282	22	1.9	21	85	5	55	39	4	24	31	1.76
14834237--14834391	78	2.0	79	84	3	206	33	7	25	33	1.83
14834886--14834984	27	3.7	27	87	5	137	27	7	20	45	1.76
14835157--14835219	23	2.8	23	73	2	56	28	11	19	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14835206--14835261	22	2.6	21	70	10	51	37	10	16	35	1.83
14835029--14835289	108	2.4	107	88	3	364	35	11	17	35	1.87
14835567--14835658	48	1.9	48	81	0	112	34	13	10	41	1.79
14835662--14835727	18	3.7	18	75	4	62	40	15	6	37	1.72
14837638--14837694	24	2.5	24	83	11	66	10	8	5	75	1.18
14843429--14843479	23	2.3	22	83	10	59	27	19	3	49	1.66
14855625--14855670	15	3.1	15	84	9	58	30	2	6	60	1.34
14855722--14855777	27	2.0	30	82	10	73	28	3	12	55	1.54
14868330--14868502	56	3.1	56	89	0	265	48	13	9	27	1.74
14873422--14873470	22	2.2	22	88	3	71	51	20	4	24	1.65
14874939--14875057	53	2.2	53	95	0	211	48	13	14	23	1.79
14884658--14884690	11	2.8	12	86	13	50	75	6	15	3	1.11
14884785--14884821	12	3.2	12	92	3	58	91	2	5	0	0.48
14892776--14892800	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14893841--14893915	39	1.9	39	94	0	132	48	13	9	29	1.73
14894665--14894697	17	2.0	17	88	5	50	24	9	18	48	1.76
14898481--14898505	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14902798--14902841	20	2.3	19	88	11	63	70	6	6	15	1.31
14905342--14905379	20	1.9	20	84	10	51	34	10	13	42	1.78
14904897--14906062	585	2.0	588	81	3	1377	34	15	15	34	1.89
14906827--14907192	59	6.0	59	74	14	271	35	12	5	46	1.66
14906939--14907071	66	2.0	67	89	1	205	32	12	5	49	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14906874--14907107	125	1.8	127	84	7	321	33	14	6	45	1.71
14907018--14907173	58	2.7	56	84	7	186	36	10	5	46	1.63
14908334--14908480	44	3.3	43	79	12	147	48	17	10	23	1.77
14908625--14908675	16	3.4	14	75	19	50	37	9	7	45	1.67
14908789--14909057	114	2.4	114	90	0	405	35	16	14	33	1.89
14909119--14909172	20	2.7	20	79	2	63	37	14	9	38	1.79
14909196--14909236	21	2.0	21	90	9	66	39	9	9	41	1.71
14909251--14909691	21	19.6	22	79	13	402	37	14	9	37	1.80
14909248--14909696	46	10.0	43	78	12	415	37	14	9	37	1.80
14909248--14909691	67	6.6	67	82	10	468	37	15	9	37	1.80
14910970--14911112	9	14.4	9	67	24	58	7	16	0	75	1.02
14910970--14911065	19	5.4	19	64	26	57	7	17	0	75	1.03
14910979--14911114	30	4.7	29	73	13	104	7	16	0	75	1.01
14910970--14911114	60	2.5	56	77	19	145	7	16	0	75	1.01
14911069--14911116	13	3.5	13	83	11	53	6	12	0	81	0.87
14911068--14911114	22	2.2	22	85	7	62	8	10	0	80	0.89
14911476--14911512	19	1.9	19	94	0	65	0	10	0	89	0.49
14911476--14911515	20	2.0	20	95	0	71	0	12	0	87	0.54
14911476--14911512	10	3.8	10	89	7	58	0	10	0	89	0.49
14911476--14911515	11	3.8	11	87	12	57	0	12	0	87	0.54
14911476--14911511	9	3.9	9	92	3	54	0	11	0	88	0.50
14911479--14911522	20	2.2	20	87	0	61	2	13	0	84	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14915107--14915284	59	3.0	58	83	8	225	37	10	5	47	1.60
14916241--14916279	8	4.8	8	87	6	51	15	2	0	82	0.79
14920481--14920586	53	2.0	52	81	7	124	29	14	22	33	1.93
14921521--14921877	180	2.0	180	84	4	470	32	16	12	38	1.86
14924251--14924290	21	2.0	20	90	5	62	30	12	10	47	1.74
14926533--14926592	16	3.8	16	70	14	52	33	10	5	51	1.57
14949852--14949880	12	2.5	12	94	5	51	17	6	24	51	1.69
14951538--14951626	42	2.1	42	91	0	142	37	8	25	28	1.86
14956976--14957023	20	2.4	20	96	0	87	27	12	20	39	1.89
14958183--14958234	22	2.3	22	90	3	77	19	9	17	53	1.70
14962050--14962097	21	2.3	21	86	13	64	25	14	10	50	1.74
14963297--14963359	26	2.4	28	74	15	71	60	7	7	23	1.51
14965004--14965043	21	1.9	21	84	0	53	57	7	12	22	1.60
14967605--14969476	159	11.8	159	76	6	1449	40	11	16	31	1.85
14970378--14970959	160	3.7	158	78	7	574	40	13	15	31	1.85
14970378--14970959	159	3.7	156	78	9	523	40	13	15	31	1.85
14972551--14972588	20	1.9	20	89	10	60	55	7	26	10	1.61
14974041--14974088	21	2.3	20	80	13	53	29	14	8	47	1.73
14979745--14979779	18	2.0	18	88	5	54	14	5	11	68	1.37
14984023--14984065	18	2.3	18	84	4	50	60	11	4	23	1.50
14988158--14988486	135	2.4	139	81	7	364	42	8	13	34	1.76
14989037--14989091	19	3.1	19	75	24	73	38	10	16	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14989031--14989083	16	3.1	16	82	17	63	37	11	16	33	1.85
14989809--14989901	1	93.0	1	68	0	51	2	2	11	83	0.82
14989809--14989901	32	3.0	31	83	13	111	2	2	11	83	0.82
14989809--14989892	37	2.3	36	84	12	100	2	1	13	83	0.81
14989809--14989901	26	3.7	24	86	12	116	2	2	11	83	0.82
14989809--14989893	6	13.8	6	77	17	77	2	1	12	83	0.80
15006582--15006626	23	1.9	24	90	4	74	82	8	6	2	0.93
15006580--15006626	8	5.9	8	77	7	51	82	8	6	2	0.90
15008082--15008329	126	2.0	127	87	5	360	28	13	19	38	1.90
15008081--15008327	42	5.9	42	81	7	295	28	14	18	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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