genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  113  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22136793--22136840	22	2.1	23	85	11	64	70	6	2	20	1.19
22136815--22136859	17	2.7	17	86	3	65	73	11	0	15	1.10
22136784--22136841	23	2.4	24	78	18	59	70	5	3	20	1.21
22137697--22137732	5	7.2	5	93	0	63	77	0	22	0	0.76
22137755--22137797	16	2.6	16	81	3	50	51	4	0	44	1.22
22137750--22137804	19	2.9	19	76	10	60	50	3	0	45	1.19
22140108--22140259	76	2.0	76	88	0	223	35	9	25	28	1.88
22144153--22144338	87	2.1	90	84	6	252	68	1	8	22	1.23
22145501--22145690	66	2.9	65	76	6	168	42	11	23	23	1.86
22145501--22145736	131	1.8	130	81	2	294	43	10	22	23	1.84
22145437--22145795	196	1.8	195	81	6	449	42	10	22	24	1.84
22145370--22146011	65	9.8	65	73	9	325	42	11	22	24	1.86
22145827--22146033	65	3.2	64	76	13	176	44	13	19	23	1.85
22148771--22148825	23	2.4	23	79	11	60	67	1	3	27	1.17
22149178--22149234	30	2.0	29	89	6	89	42	19	3	35	1.68
22150145--22150175	14	2.2	14	100	0	62	80	6	0	12	0.89
22150210--22150495	63	4.7	61	82	11	365	33	13	6	45	1.71
22150518--22150559	6	6.8	6	81	13	50	80	0	0	19	0.70
22150513--22150551	12	3.0	12	85	14	51	76	0	2	20	0.90
22150519--22150557	18	2.2	18	90	0	60	79	0	0	20	0.73
22151544--22151599	25	2.3	24	80	17	62	58	5	0	35	1.21
22151738--22151776	21	1.9	21	89	5	62	15	28	35	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22151870--22151928	19	3.3	17	81	11	64	6	0	6	86	0.71
22151870--22151928	27	2.2	27	90	6	93	6	0	6	86	0.71
22151877--22151929	20	2.7	20	83	16	67	7	0	7	84	0.76
22151939--22152534	42	14.7	41	88	7	834	37	20	18	23	1.94
22151961--22152534	82	7.1	79	93	3	832	37	20	18	23	1.94
22153782--22153844	7	9.1	7	89	6	76	4	9	0	85	0.72
22153781--22153835	1	55.0	1	79	0	56	5	5	0	89	0.61
22157591--22157621	14	2.2	14	100	0	62	80	6	0	12	0.89
22157654--22157939	63	4.7	61	82	11	365	33	13	6	45	1.71
22157965--22158009	13	3.2	14	87	9	65	82	0	0	17	0.68
22157965--22158009	7	6.4	7	82	7	56	82	0	0	17	0.68
22157975--22158007	10	3.2	11	83	16	52	84	0	0	15	0.61
22157770--22157994	121	1.9	120	79	6	256	38	11	7	43	1.68
22158994--22159034	18	2.2	19	80	16	50	65	0	0	34	0.93
22159008--22159034	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22159209--22159247	21	1.9	21	89	5	62	15	28	35	20	1.93
22159287--22159326	6	6.5	6	85	5	53	2	12	0	85	0.71
22162076--22162117	21	2.0	21	85	0	57	66	2	11	19	1.34
22164974--22165309	160	2.1	160	98	0	654	40	9	11	38	1.75
22165431--22165547	19	6.7	18	72	15	61	68	0	7	23	1.21
22165434--22165550	22	5.4	21	69	25	75	68	0	7	23	1.21
22165431--22165611	89	2.1	88	88	5	269	69	0	7	22	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22165518--22165562	19	2.4	19	85	7	56	68	0	6	24	1.13
22165431--22165604	86	2.1	84	81	11	196	69	0	8	21	1.18
22165577--22165625	19	2.6	19	84	9	66	77	2	6	14	1.05
22165571--22165646	24	3.2	24	78	14	84	77	1	9	11	1.05
22165483--22165616	5	24.8	5	68	22	51	71	0	8	19	1.15
22165481--22165610	6	20.8	6	70	17	70	71	0	8	20	1.11
22165583--22165646	18	3.5	18	76	2	65	78	1	9	10	1.04
22166790--22166961	65	2.6	65	83	3	220	43	8	23	25	1.81
22166920--22167128	65	3.2	65	77	8	192	44	11	22	21	1.83
22166983--22167256	65	4.2	66	75	12	208	41	11	23	23	1.86
22167715--22167844	4	32.8	4	68	17	58	29	3	2	64	1.23
22167706--22167834	7	17.6	7	69	22	63	28	3	3	65	1.23
22167711--22167844	38	3.6	37	77	9	121	29	3	2	64	1.22
22168143--22168185	22	2.0	22	81	4	52	18	0	16	65	1.28
22168153--22168205	25	2.3	22	77	9	52	22	0	13	64	1.28
22168221--22168279	31	1.9	31	89	0	91	18	11	20	49	1.79
22168659--22168696	7	5.3	7	82	17	51	23	0	0	76	0.79
22168659--22168706	22	2.1	23	81	11	55	27	0	4	68	1.07
22168721--22168761	21	2.0	21	85	9	57	14	4	0	80	0.87
22168784--22168944	60	2.8	58	82	6	182	43	6	13	36	1.70
22172099--22172129	15	2.1	15	93	0	53	19	29	6	45	1.75
22179337--22179376	15	2.7	15	92	3	64	80	2	10	7	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22180388--22180513	41	3.0	41	77	8	132	29	15	19	35	1.92
22180402--22180513	42	2.7	41	79	9	129	30	14	21	33	1.93
22180474--22180608	46	2.9	46	86	2	182	23	13	20	42	1.88
22180783--22180969	14	13.4	14	68	18	70	26	2	3	67	1.18
22180805--22180989	31	5.5	31	72	11	91	27	3	3	65	1.23
22180827--22180986	14	12.2	13	71	20	86	28	2	3	66	1.20
22180836--22180974	4	35.5	4	71	15	62	28	2	2	66	1.18
22181561--22181608	16	2.9	17	77	20	57	50	0	50	0	1.00
22181825--22181857	16	2.0	17	94	5	59	30	0	3	66	1.06
22181906--22182250	59	5.7	60	84	10	438	43	7	12	36	1.71
22181907--22182249	184	1.9	186	90	6	554	43	7	12	37	1.71
22181926--22182250	125	2.7	118	84	11	372	42	8	12	37	1.72
22184981--22185024	20	2.2	20	84	15	56	65	2	4	27	1.23
22186514--22186545	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22188080--22188138	26	2.3	26	78	0	73	45	8	11	33	1.71
22193067--22193105	19	2.0	20	90	5	62	74	0	23	2	0.94
22193810--22193853	22	2.0	23	86	4	63	22	2	2	72	1.07
22199296--22199729	131	3.4	125	77	8	408	53	8	17	20	1.70
22200629--22201023	86	4.6	85	77	6	285	37	18	13	30	1.89
22200664--22201022	172	2.1	171	79	5	375	38	18	13	29	1.90
22201005--22201065	32	1.9	32	93	0	104	39	18	11	31	1.86
22201065--22201116	26	2.0	26	96	0	95	32	26	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22201071--22201128	26	2.2	26	90	0	89	31	24	13	31	1.94
22201358--22201393	17	2.1	17	94	0	63	88	8	0	2	0.59
22201799--22201858	23	2.6	23	83	0	66	25	21	18	35	1.96
22201874--22201928	23	2.4	23	81	6	58	36	25	10	27	1.89
22202129--22202220	41	2.3	41	81	9	116	39	17	7	35	1.78
22202360--22202430	22	3.2	22	76	4	81	33	16	8	40	1.79
22202357--22202459	44	2.3	45	86	6	149	33	18	8	39	1.81
22202357--22202452	22	4.4	22	72	7	79	34	16	8	40	1.79
22202446--22202608	82	2.0	82	86	2	229	38	14	12	34	1.85
22202546--22202741	104	1.9	104	83	8	256	39	18	10	31	1.84
22202713--22202792	22	3.6	22	81	0	97	28	26	15	30	1.96
22202627--22202896	148	1.8	148	80	4	330	37	18	12	31	1.88
22203068--22203123	19	2.9	19	82	10	69	76	12	5	5	1.12
22203076--22203151	29	2.8	28	78	11	77	78	9	9	2	1.04
22205516--22205542	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
22214233--22214294	20	3.1	20	77	9	72	50	14	4	30	1.64
22214428--22214507	33	2.5	33	85	4	101	53	8	6	31	1.56
22214502--22214648	31	5.1	31	73	17	136	53	12	5	29	1.60
22214462--22214681	83	2.6	83	91	2	350	53	11	5	29	1.60
22214446--22214710	115	2.3	113	80	10	288	53	10	6	29	1.60
22214678--22214743	20	3.1	20	74	10	60	56	9	4	30	1.51
22214698--22214804	24	4.5	24	77	12	114	56	9	3	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22214829--22214874	16	2.7	17	83	10	58	54	8	8	28	1.61
22215498--22215542	12	3.5	13	87	9	65	73	4	0	22	1.01
22215498--22215546	25	2.0	25	84	8	64	73	4	0	22	1.00
22215819--22216104	42	6.8	43	75	8	144	38	17	14	30	1.89
22215867--22216106	84	2.9	84	78	9	249	38	16	13	31	1.87
22215801--22216109	126	2.5	126	81	6	342	38	18	13	29	1.89
22218809--22218869	6	10.2	6	72	13	54	77	3	1	18	0.99
22218827--22218856	14	2.2	14	94	5	53	76	0	0	23	0.78
22219794--22219883	46	2.0	46	84	0	117	40	21	10	28	1.85
22219945--22219972	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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