genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   

This is table  1  of  133  ( 15876 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6574--6616	18	2.2	20	88	8	63	32	0	0	67	0.91
6617--6657	17	2.4	18	76	12	50	58	0	0	41	0.98
6634--6677	22	2.1	20	83	8	52	56	0	0	43	0.99
19576--19625	26	2.0	25	84	11	66	50	4	2	44	1.32
21560--28849	181	40.7	181	73	10	4312	41	9	8	40	1.67
27211--27243	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
25452--27507	183	11.4	181	72	12	811	41	9	8	40	1.68
27190--27871	183	3.8	183	76	12	455	42	9	8	39	1.67
27549--28852	182	7.2	180	75	9	998	41	9	9	40	1.69
28714--29012	160	1.9	160	81	2	368	46	8	8	36	1.64
29188--29225	19	1.9	20	89	10	60	31	10	7	50	1.66
29343--31673	181	12.7	176	70	13	678	40	8	9	41	1.67
29337--29962	177	3.5	180	78	7	596	40	6	9	43	1.62
30111--31673	181	8.7	179	76	8	1210	39	8	9	41	1.69
30094--31623	537	2.8	534	79	6	1564	39	8	9	42	1.69
33120--33163	19	2.3	19	100	0	88	20	20	22	36	1.95
37279--37487	105	2.0	101	85	7	278	31	30	12	25	1.93
50439--50584	55	2.6	57	85	8	199	54	11	19	14	1.70
51875--52167	68	4.2	68	74	6	268	29	16	12	41	1.86
52085--52132	17	2.8	17	83	0	60	29	14	18	37	1.91
52024--52132	34	3.2	34	66	19	91	29	14	14	41	1.86
52120--52221	53	1.9	52	84	5	134	31	17	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52338--52865	119	4.5	119	77	7	387	20	22	12	45	1.84
52400--52929	119	4.5	118	79	8	420	20	21	13	44	1.85
53278--53422	50	2.8	52	83	4	161	37	8	16	37	1.79
53964--54005	18	2.3	18	91	0	66	14	4	0	80	0.86
54109--54162	24	2.3	23	78	9	54	64	3	3	27	1.27
56797--56842	21	2.2	20	88	3	65	23	0	10	65	1.24
56797--56850	20	2.6	21	88	2	74	24	0	14	61	1.34
56807--56843	11	3.5	11	82	10	51	24	0	13	62	1.31
56797--57047	123	2.0	124	95	0	450	29	2	11	56	1.48
56918--56965	21	2.3	20	89	3	69	27	0	10	62	1.27
56918--56973	20	2.7	21	88	2	78	26	0	14	58	1.36
56930--56966	11	3.5	11	82	10	51	24	0	13	62	1.31
57006--57047	19	2.2	19	86	0	57	38	2	4	54	1.34
57723--57928	110	1.9	110	87	2	306	46	5	4	43	1.47
59278--59308	16	1.9	16	93	0	53	51	35	0	12	1.40
59482--59542	29	2.1	28	90	3	95	34	8	21	36	1.83
60023--60182	59	2.7	59	93	2	270	43	6	11	38	1.67
59828--60247	187	2.2	188	82	8	480	44	6	10	38	1.66
60100--60247	76	1.9	75	80	12	169	41	8	9	40	1.67
75966--76001	18	1.9	19	94	5	65	2	5	13	77	1.05
76444--76496	7	7.7	7	83	12	65	1	1	16	79	0.92
76444--76487	6	6.7	6	82	17	52	2	0	15	81	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76444--76487	13	3.3	13	90	6	70	2	0	15	81	0.78
76444--76496	27	2.0	27	85	7	72	1	1	16	79	0.92
77760--77790	16	1.9	16	93	0	53	48	9	0	41	1.36
78820--78861	17	2.6	16	89	10	68	76	0	16	7	1.00
78948--78997	6	8.0	6	81	16	57	18	4	0	78	0.91
81566--81658	46	2.0	46	91	0	150	46	12	8	32	1.73
85854--85917	21	3.0	22	82	15	80	18	7	4	68	1.32
85854--85917	23	3.0	23	84	11	91	18	7	4	68	1.32
87275--87376	33	3.0	35	78	5	127	28	3	13	53	1.57
87529--87560	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
99068--99099	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
99257--99324	21	3.2	21	73	8	66	36	2	8	51	1.48
99684--99900	22	9.9	21	73	9	94	39	7	6	46	1.60
99694--99900	66	3.1	66	78	6	163	39	7	7	46	1.59
99673--99841	44	3.9	43	81	4	160	38	7	6	47	1.57
99778--99862	44	1.9	44	83	4	109	40	3	9	47	1.53
99864--99968	52	2.0	52	85	3	140	44	11	1	41	1.51
99918--99995	22	3.5	22	82	5	86	44	12	1	41	1.51
99979--100042	22	2.9	22	81	9	85	26	7	6	59	1.49
99988--100061	22	3.4	21	85	7	85	25	6	6	60	1.47
100055--100101	23	2.0	23	84	8	60	44	12	4	38	1.62
100112--100159	21	2.2	23	78	14	57	37	8	2	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100142--100184	15	2.8	16	86	6	54	37	4	6	51	1.50
100186--100284	44	2.3	42	81	6	110	39	9	3	48	1.50
100316--100382	22	3.0	22	82	4	73	35	5	5	52	1.51
100672--100787	22	5.2	22	75	8	90	37	11	6	44	1.67
100725--100772	24	2.0	24	87	0	69	37	10	6	45	1.64
100762--100818	22	2.6	22	75	10	62	38	5	10	45	1.61
101016--101069	21	2.5	21	81	3	63	35	7	0	57	1.27
101169--101303	22	6.2	21	69	9	67	36	5	6	51	1.53
101339--101635	22	13.6	22	68	5	82	37	8	4	48	1.55
101327--101461	44	3.1	44	79	3	130	38	9	3	48	1.54
102317--102597	148	1.9	149	80	2	332	37	12	7	42	1.70
103293--103429	3	47.7	3	71	13	83	35	2	4	58	1.30
104061--104090	10	3.1	10	95	4	53	16	0	0	83	0.65
105131--105162	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
105683--106116	119	3.6	119	76	4	383	42	12	22	21	1.87
106033--106544	119	4.3	120	72	6	337	45	13	20	20	1.85
106087--106847	356	2.1	356	81	2	839	45	14	20	19	1.85
106389--106882	119	4.2	119	75	4	406	45	14	21	19	1.85
111601--111636	9	3.9	9	96	3	63	19	0	2	77	0.88
112293--112339	19	2.4	19	86	10	60	51	27	2	19	1.58
114549--114721	37	4.5	37	87	11	240	27	7	2	61	1.37
125707--125802	3	33.3	3	71	15	60	33	3	6	57	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125707--125802	8	11.5	8	77	14	61	33	3	6	57	1.39
126370--126469	51	2.0	51	87	0	146	27	12	15	46	1.80
126669--126735	5	13.6	5	86	9	75	16	1	4	77	1.00
133608--133705	50	1.9	51	85	4	135	44	17	11	26	1.82
134927--134982	28	2.0	28	96	0	103	44	7	12	35	1.70
147955--147988	6	5.7	6	96	0	59	29	17	35	17	1.93
147954--147994	18	2.3	17	84	12	55	31	19	34	14	1.92
148176--148204	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
154861--154919	22	2.6	22	75	17	59	47	3	0	49	1.18
156158--156219	17	3.8	18	70	25	57	53	0	1	45	1.10
156191--156228	19	2.0	19	85	10	51	55	0	2	42	1.14
157396--157453	26	2.2	27	81	6	73	46	0	3	50	1.18
158042--158074	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
158487--158512	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
160264--160384	64	1.9	64	83	3	156	42	14	12	30	1.82
162678--162712	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
162779--162811	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
163498--163535	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
167786--167827	17	2.5	17	100	0	84	78	4	9	7	1.08
172919--172974	4	13.2	4	76	23	53	30	1	0	67	1.01
173009--173056	19	2.6	17	81	15	60	25	6	4	64	1.35
173011--173118	44	2.4	43	78	7	110	23	6	4	65	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173408--173466	26	2.4	25	77	5	66	27	3	16	52	1.60
174024--174098	6	12.0	6	72	18	55	16	5	1	77	1.02
174034--174108	5	14.8	5	71	20	50	13	5	2	78	1.02
174024--174098	17	4.4	17	73	13	64	16	5	1	77	1.02
174033--174113	34	2.5	33	80	8	85	13	6	2	77	1.05
174126--174515	59	6.7	58	84	6	486	44	7	13	35	1.71
174125--174515	118	3.3	117	86	4	540	44	7	13	35	1.70
181198--181249	8	5.8	9	86	9	54	80	0	7	11	0.89
182254--182424	41	4.1	41	82	2	180	23	18	22	35	1.96
182744--182791	19	2.6	17	81	15	60	25	6	4	64	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133