genome.fa.s645.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168470.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_7, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26282861

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   

This is table  24  of  133  ( 15876 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5890684--5890784	49	2.1	49	83	7	125	17	2	31	47	1.63
5890720--5890899	12	14.1	13	65	20	62	17	0	33	48	1.51
5890861--5890967	36	3.0	36	71	14	103	11	0	39	48	1.45
5892467--5892740	144	1.9	144	81	3	327	41	11	12	34	1.79
5892467--5892856	144	2.7	144	78	7	319	42	11	11	35	1.77
5897022--5897053	13	2.6	12	90	9	55	84	0	15	0	0.63
5897022--5897094	33	2.2	33	79	13	80	78	2	13	5	1.04
5897289--5897853	49	11.7	46	78	10	305	36	20	12	30	1.90
5897284--5897852	47	11.8	49	81	8	503	36	19	13	30	1.90
5917395--5917442	9	5.4	9	82	12	55	79	0	0	20	0.74
5917399--5917442	16	2.9	15	89	3	61	79	0	0	20	0.73
5919439--5919480	22	1.9	22	85	0	57	30	21	21	26	1.98
5922256--5922338	27	3.1	25	75	13	76	13	4	6	75	1.14
5922280--5922338	10	5.5	10	75	15	55	11	5	3	79	1.01
5922575--5922636	29	2.1	29	90	0	97	53	8	9	29	1.62
5925342--5925390	16	3.2	16	72	21	50	61	8	6	24	1.47
5928681--5928784	52	2.0	52	98	0	199	31	9	19	39	1.84
5932451--5932498	23	2.2	23	85	7	64	43	0	0	56	0.99
5938089--5938114	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5938928--5939073	52	2.8	51	84	9	188	42	8	23	25	1.83
5939558--5939642	31	2.7	31	79	0	89	31	17	22	28	1.97
5939978--5940019	11	3.8	11	87	0	66	21	0	30	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5939977--5940019	22	2.0	22	95	0	77	23	0	30	46	1.52
5940044--5940200	52	3.0	53	79	9	189	43	7	20	28	1.79
5940652--5940853	107	1.9	108	82	3	255	37	17	12	32	1.87
5942935--5942999	20	3.2	20	76	16	64	20	1	29	49	1.58
5943985--5944132	61	2.4	60	84	6	190	37	10	5	45	1.62
5944142--5944470	58	5.5	58	79	11	294	37	9	5	47	1.59
5944078--5944221	72	2.0	72	86	6	202	38	8	4	48	1.55
5944593--5944630	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
5945257--5945291	14	2.4	15	95	4	63	5	8	14	71	1.29
5945541--5945589	13	3.8	12	79	15	53	71	0	0	28	0.86
5945543--5945591	17	2.8	17	82	14	64	69	0	0	30	0.89
5945544--5945599	17	3.2	16	78	14	58	66	0	0	33	0.92
5947038--5947076	17	2.4	17	91	4	62	35	5	10	48	1.59
5947303--5947337	17	2.1	17	88	0	52	45	14	2	37	1.59
5947459--5947483	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
5949087--5949115	15	2.0	15	93	6	51	20	0	6	72	1.07
5949676--5949716	20	2.0	20	95	0	73	34	4	21	39	1.75
5952487--5952516	14	2.1	14	100	0	60	26	6	13	53	1.64
5953084--5953195	3	33.7	3	71	16	62	30	3	3	62	1.29
5953087--5953187	40	2.6	39	78	13	109	30	3	3	61	1.32
5953176--5953254	20	4.0	19	76	15	72	29	3	2	64	1.24
5953122--5953215	29	3.3	29	73	11	88	27	4	4	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5953586--5953746	6	26.7	6	71	17	77	19	3	1	74	1.06
5953658--5953746	17	5.2	16	80	14	99	16	4	0	78	0.91
5953658--5953746	6	16.8	5	79	20	85	16	4	0	78	0.91
5953765--5954091	56	5.7	57	82	5	338	42	7	13	36	1.72
5957999--5958075	20	3.8	20	81	6	84	79	0	12	7	0.94
5957999--5958075	21	3.8	19	83	9	91	79	0	12	7	0.94
5959888--5960191	41	7.4	40	83	10	350	24	15	20	39	1.91
5959887--5960203	82	3.9	82	88	7	450	24	14	21	39	1.91
5959916--5960203	123	2.3	124	88	4	433	23	15	21	38	1.92
5960275--5960308	12	2.8	12	86	4	50	88	2	0	8	0.62
5960315--5960466	44	3.5	44	81	4	166	25	14	19	40	1.89
5961253--5961328	11	6.1	12	72	20	50	14	7	0	77	0.98
5961268--5961331	5	12.8	5	73	18	53	14	6	0	79	0.91
5961255--5961331	18	4.5	17	72	21	56	14	6	0	79	0.92
5961262--5961313	26	2.0	26	85	11	70	11	9	0	78	0.95
5961273--5961332	30	1.9	30	86	6	84	15	8	0	76	1.00
5961254--5961326	27	2.7	27	79	12	78	13	8	0	78	0.97
5961307--5961331	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
5961349--5961502	58	2.7	57	87	3	220	43	7	13	35	1.73
5963837--5963882	24	1.9	24	82	8	58	54	0	0	45	0.99
5964618--5964646	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
5964620--5964645	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5964618--5964646	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5965064--5965132	12	5.7	12	80	16	72	60	0	1	37	1.06
5965064--5965140	20	4.1	20	74	16	65	62	0	1	36	1.04
5965329--5965358	15	2.1	14	93	6	51	63	0	0	36	0.95
5967783--5967914	60	2.2	61	77	10	137	42	9	9	38	1.70
5969674--5969732	29	2.0	29	96	0	109	28	3	8	59	1.43
5969806--5969869	32	1.9	34	87	12	98	76	3	1	18	1.00
5970641--5970733	3	32.3	3	87	8	95	65	6	1	26	1.23
5970736--5970770	17	2.1	17	88	0	52	42	14	0	42	1.45
5970808--5970848	3	13.3	3	84	5	55	65	4	0	29	1.13
5971269--5971306	14	2.7	14	100	0	76	42	15	15	26	1.87
5972507--5972551	8	5.4	8	80	19	56	11	13	0	75	1.05
5972507--5972551	17	2.7	16	89	6	63	11	13	0	75	1.05
5977000--5977076	21	3.7	19	75	23	75	77	5	0	16	0.94
5976997--5977076	23	3.6	23	79	14	89	77	5	0	17	0.94
5976997--5977074	13	6.6	12	73	16	65	76	5	0	17	0.96
5977829--5977883	3	19.7	3	82	14	73	61	0	1	36	1.06
5983043--5985139	714	2.9	711	82	3	2424	34	16	11	37	1.86
5996030--5996066	16	2.3	16	90	9	58	81	0	0	18	0.70
6012887--6012948	29	2.1	29	82	8	72	43	6	0	50	1.28
6012906--6012969	30	2.2	29	82	2	74	35	7	0	56	1.28
6015751--6015805	18	3.1	19	82	7	62	70	0	10	18	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6031875--6032054	91	2.0	91	96	0	333	21	28	17	32	1.96
6036150--6036206	27	2.1	27	83	3	71	24	3	0	71	1.01
6036178--6036284	41	2.6	42	77	12	123	21	6	1	70	1.20
6036226--6036279	17	3.1	16	82	15	63	18	7	1	72	1.17
6036150--6036256	24	4.5	23	73	18	78	22	5	0	71	1.13
6036478--6036513	18	2.1	17	89	5	54	66	22	11	0	1.22
6036686--6036752	6	10.5	6	73	17	55	16	5	0	77	0.95
6036686--6036752	5	12.8	5	72	24	50	16	5	0	77	0.95
6036697--6036757	15	4.4	14	76	17	65	16	8	0	75	1.03
6036693--6036757	21	3.2	21	74	22	66	16	7	0	75	1.03
6036681--6036753	27	2.8	26	80	15	80	16	8	0	75	1.03
6036769--6037163	58	6.7	57	79	10	377	43	5	12	38	1.65
6036769--6037164	118	3.4	116	81	7	444	43	5	12	38	1.65
6038967--6039041	22	3.4	21	75	14	71	42	14	2	40	1.60
6038967--6039059	44	2.1	44	91	0	150	41	12	2	43	1.55
6038989--6039065	22	3.5	22	79	13	95	41	10	1	46	1.46
6039034--6039099	33	2.0	32	85	2	87	53	7	0	39	1.30
6044872--6044908	16	2.1	19	85	14	53	64	8	5	21	1.40
6047442--6047467	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
6047972--6048195	112	2.0	112	97	0	421	26	13	14	45	1.82
6052442--6052516	38	1.9	39	83	2	98	65	0	0	34	0.93
6052525--6052581	30	1.9	30	82	7	71	52	7	0	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6062154--6062215	25	2.7	23	78	11	72	48	0	1	50	1.10
6062151--6062203	22	2.3	22	78	18	63	45	0	1	52	1.11
6062507--6062560	21	2.6	21	77	8	56	51	1	11	35	1.48
6064829--6064858	7	4.3	7	100	0	60	13	0	0	86	0.57
6068056--6068119	33	1.9	33	90	0	101	37	6	10	45	1.65
6068836--6068903	33	2.1	33	100	0	136	42	11	11	33	1.78
6072643--6072722	38	2.1	39	88	6	119	47	6	10	36	1.62
6074490--6074582	29	3.2	29	77	15	102	37	0	1	61	1.03
6074543--6074584	14	2.7	16	82	17	61	38	0	0	61	0.96
6074543--6074584	15	2.8	16	79	20	54	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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